一种检测猪肉质性状的方法

摘要

本发明公开了一种检测猪肉质性状的方法。该方法，是检测自序列1的5′端第451位核苷酸或自序列2的5′端第112位核苷酸为C还是G，确定猪的基因型，然后通过基因型确定肉质性状；确定猪的基因型的方法为：如果自序列1的5′端第451位核苷酸为C时，其纯合体的基因型为AA；自序列1的5′端第451位核苷酸为G时，其纯合体的基因型为BB；杂合体基因型为AB；通过基因型确定猪肉质性状的方法为：所述AA基因型猪的猪肉嫩度和PH值高于AB基因型猪，AB基因型猪的猪肉嫩度和PH值高于BB基因型猪。本发明的方法可用于检测猪的嫩度和pH值等反映肌肉品质的性状，为猪的分子育种提供了一个准确简便的检测其遗传性状的方法。

权利要求

1.一种检测猪肉质性状的方法，检测自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C还是G，确定猪的基因型，然后通过基因型确定肉质性状；

所述确定猪的基因型的方法为：如果自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C时，其纯合体的基因型为AA；自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为G时，其纯合体的基因型为BB；它们的杂合体基因型为AB；

通过基因型确定猪肉质性状的方法为：所述AA基因型猪的猪肉嫩度和肌肉PH值高于AB基因型猪，AB基因型猪的猪肉嫩度和肌肉pH值高于BB基因型猪。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述检测自序列表中序列2的5′端第

112位核苷酸为C还是G确定基因型的方法包括先PCR扩增含有自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸的猪基因组片段，然后对扩增产物进行测序或者用XspI进行酶切；

所述含有自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸的PCR扩增产物为序列表中序列

2所示的核酸片段；用XspI酶切所述扩增产物，若得到111bp，108bp 2个片段，其基因型为AA纯合体；若得到219bp一个片段，其基因型为BB纯合体；若得到111bp，108bp和219bp三个片段，其基因型为AB杂合体。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增的模板为猪基因组DNA；所述PCR扩增的引物对为序列表中序列5所示的寡核苷酸和序列表中序列6所示的寡核苷酸。

说明书

一种检测猪肉质性状的方法

技术领域

[0001] 一种检测猪肉质性状的方法。

背景技术

[0002] 现代育种技术使猪的生长速度和瘦肉率等都有了很大的提高。然而，由于肉质性状与生长性状以及胴体性状在总体上存在一定的颉颃关系，在那些经高强度选择生长速度和胴体瘦肉率的品系中，常伴随着猪肉品质的下降。随着人们生活水平的提高，猪肉消费已不再单独追求瘦肉型，而是要求色、香、味具全的优质猪肉。与之相适应的，猪的育种生产也正在向着优质肉猪培育的方向发展，发达国家已在1996至2000年期间将肉质性状纳为猪的育种目标。因此选育具有较好的肌肉颜色、pH值、系水力、肌内脂肪和嫩度的优质肉猪一直是商品猪生产者、肉品经营者、育种学家们孜孜不倦的追求目标。

[0003] 猪肉质性状为屠宰后测定的性状，常规育种方法很难对其进行选择。遗传是决定肉质特性的重要因素，从总体上看，猪肉质性状的遗传力为中等偏下，但不同从遗传基础上看，这些性状受到一个或多个数量性状位点的影响，这些数量性状位点大部分是由多个基因组成，也有很少部分存在着主效基因。随着分子生物学技术和基因组技术的进步，人们期望通过各种现代生物技术手段寻找这些主效基因和与之紧密连锁的分子标记以及参与这类性状形成的基因网络。

[0004] 近年来，采用分子生物学技术对影响猪肉质性状的主效基因、候选基因及QTL定位已取得迅猛发展，目前已有多个肉质性状的主效基因被鉴定，如导致PSE肉的氟烷基因(halothanegene，HAL)和增加肌糖原含量，降低腌制和烹饪火腿产量的效益，并引起猪肉酸化的酸肉基因(Rendement Napole gene，RN)。然而这两种主效基因仅分别在特定群体中，并已应用于猪的标记辅助选择。其他与猪肉质性状相关的基因有：(1)Gerbens等证实了位于猪6号染色体上的心脏脂肪酸结合蛋白与猪中肌内脂肪含量显著相关，该基因已被申请了专利，其专利号为WO 97/35878；(2)激素敏感脂酶(Hormone Lipase，HSL)，作为脂肪降解的限速酶，在脂肪动员过程中负责甘油三脂向甘油二脂的转换。随着它的活性增高，甘油三脂的分解速度增快，脂肪的沉积减少，从而降低胴体的脂肪含量。因此可把它作为标记基因对脂肪含量进行选择。现在已将HSL基因定位在猪6号染色体上6p1.1-1.2上；(3)影响肌肉嫩度的组织蛋白酶B(Cathepsin B，CTSB)基因(Russo V，Fontanesi L，Davoli R，Nanni C L，Cagnazzo M，Buttazzoni L，Virgili R，Yerle M.Investigation ofcandidate genes for meat quality in dry-cured ham production：the porcinecathepsin B(CTSB)and cystatin B(CSTB)genes.Anim Genet，2002，33：123-131.)。

[0005] 滋养层细胞来源的非编码RNA(trophoblast-derived noncoding RNA，TncRNA)是一种典型的RNA聚合酶II转录的长非编码RNA。Peyman(Peyman JA.Repression ofmajor histocompatibility complex genes by a human trophoblast ribonucleicacid.Biol Reprod，1999，60：23-31)发现在人上，它有多个转录本，0.5kb长的转录本特异性表达于胎盘之中，2.4kb的转录本表达于胎盘、心脏和胰腺中，而长约4.0kb的转录本遍在性表达。在这些转录本中，0.5kb的研究最多，主要与MHC II分子的表达有关，如TncRNA通过抑制II类反式激活因子(class II，majorhistocompatibility complex，transactivator，CIITA)的第3、4号启动子来抑制干扰素γ诱导的MHCII分子的表达，但它不改变CIITA启动子区的甲基化，而且这种抑制反应可以跨物种行使(Geirsson A，Bothwell AL，Hammond GL.Inhibitionof alloresponse by a human trophoblast non-coding RNA suppressing class IItransactivator promoter III and major histocompatibility class II expressionin murine B-lymphocytes.J Heart Lung Transplant，2004，23：1077-1081)。而对于其他两种转录本的研究，最近Hutchinson在扫描核内转录物时发现两种连锁性的非编码RNA与SC35剪接域相关，其中有一条为NEAT(nuclear enriched abundanttranscripts)，实际上就是TncRNA中4.0kb的转录本，亚细胞分布实验发现该转录本主要分布于胞核，位于SC35核斑的外周，可能参与mRNA的代谢(Hutchinson JN，Ensminger AW，Clemson CM，Lynch CR，Lawrence JB，Chess A.A screen for nucleartranscripts identifies two linked noncoding RNAs associated with SC35splicing domains.BMC Genomics，2007，8：39)。此外，从该非编码RNA的表达变化看，TncRNA在病毒感染或毒素刺激的组织或细胞中上调表达(Saha S，Murthy S，Rangarajan PN.Identification and characterization of a virus-induciblenon-coding RNA in mouse brain.J Gen Virol，2006，87：1991-1995)，在多种肿瘤的不同阶段也是差异表达的，如Ishiyama(Ishiyama T，Kano J，Anami Y，OnukiT，Iijima T，Morisita Y，Yokota J，Noguchi M.OCIA domain containing 2 ishighly expressed in adenocarcinoma mixed subtype with bronchioloalveolarcarcinoma component and is associated with better prognosis.Cancer Sci，2007，98：50-57)发现TncRNA在侵染性的混合型肺腺癌(含细支气管肺泡癌)中的表达量远高于非侵染性的细支气管肺泡癌。有趣的是该非编码RNA在杜氏营养不良症的肌肉中下调表达，而在训练的肌肉中上调表达(Timmons JA，Larsson O，Jansson E，Fischer H，Gustafsson T，Greenhaff PL，Ridden J，Rachman J，Peyrard-JanvidM，Wahlestedt C，et al.Human muscle gene expression responses to endurancetraining provide a novel perspective on Duchenne muscular dystrophy.FASEBJ，2005，19：750-760)。

[0006] 尽管影响猪肉质性状的侯选基因的研究取得了一些重要进展，但对于肉质性状形成的分子机制了解甚少，这也限制了候选基因的鉴定和分子标记辅助选择的应用。随着基因组技术的发展，人们可以从基因组水平全貌了解性状形成的分子机制。在哺乳动物基因组中，约62％被转录，而在这些转录单元中超过一半为非编码RNA(FANTOM Consortiumand RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group(GenomeNetwork Project Core Group).The Transcriptional Landscape of the MammalianGenome.Science，2005，309：1559-1563)。因而，仅依据编码基因进行分析会造成转录谱信息的残缺，这些信息的丢失对于理解性状形成的分子机制非常不利。根据这种信息筛选候选基因的工作也就十分困难。另外，非编码RNA作为一种调控分子在某些性状形成过程中起着重要作用已得到证明，如非编码RNA簇(GTL2、MEG8、PEG11)还在绵羊的Callipyge表型(一种臀部和后肢骨骼肌异常肥大的现象)的极化超显性方式遗传中起着至关重要的作用(Davis E，Jensen CH，Schroder HD，Farnir F，Shay-Hadfield T，Kliem A，Cockett N，Georges M，Charlier C.Ectopic expressionof DLKl protein in skeletal muscle of padumnal heterozygotes causes thecallipyge phenotype.Curr Biol，2004，14：1858-1862)。这些要求创造性的改变以往思路，进一步探求和寻找与猪重要经济性状相关非编码RNA基因的工作迫在眉睫。

发明内容

[0007] 本发明的目的是提供一种检测猪肉质性状的方法。

[0008] 本发明所提供的一种检测猪肉质性状的方法，是检测自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸或自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C还是G，确定猪的基因型，然后通过基因型确定肉质性状；

[0009] 所述确定猪的基因型的方法为：如果自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸或自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C时，其纯合体的基因型为AA；自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸或自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为G时，其纯合体的基因型为BB；它们的杂合体基因型为AB；

[0010] 通过基因型确定猪肉质性状的方法为：所述AA基因型猪的猪肉嫩度和肌肉PH值高于AB基因型猪，AB基因型猪的猪肉嫩度和肌肉PH值高于BB基因型猪。

[0011] 所述方法中，所述检测自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸或自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C还是G确定基因型的方法包括先PCR扩增含有自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸的猪基因组片段，然后对扩增产物进行测序或者用XspI酶切扩增产物；

[0012] 所述含有自序列表中序列1的5′端第451位核苷酸的PCR扩增产物为具有序列表中序列1所述核苷酸序列的片段或具有序列2所述核苷酸序列的片段；所述XspI酶切所述具有序列2所述核苷酸序列的片段，若得到111bp，108bp 2个片段，其基因型为AA纯合体；当若得到219bp一个片段，其基因型为BB纯合体；若得到111bp，108bp和219bp三个片段，其基因型为AB杂合体；

[0013] 为了使方法更简便，具有更高的效率，上述酶切后获得片段的检测方法为凝胶电泳检测。

[0014] 所述扩增产物的模板为猪基因组DNA；所述扩增得到具有序列1所述核苷酸序列的片段的引物对为具有序列表中序列3所述序列的核苷酸和具有序列表中序列4所述序列的核苷酸；所述扩增得到具有序列2所述核苷酸序列的片段的引物对为具有序列表中序列5所述序列的核苷酸和具有序列表中序列6所述序列的核苷酸。

[0015] 本发明的方法在保守区设计引物扩增不同品种猪基因组DNA的上调表达的长非编码RNA基因的物种间保守区，获得的片段含有一C/G突变，并利用该突变位点引起的XspI酶切位点的多态性检测猪重要经济性状-肉质相关性状。实验证明了该突变位点与猪重要经济性状-肉质相关性状存在显著相关，表明本发明利用该突变位点检测猪的肉质性状的方法是非常准确简便的方法。

[0016] 综上所述，本发明的方法可用于检测猪的嫩度和pH值等反映肌肉品质的性状，从而为猪的分子育种提供了一个新的检测其遗传性状的方法，并将在猪的育种中发挥重要作用。

附图说明

[0017] 图1为本发明中包含猪TncRNA基因物种间保守区序列，保守区序列用下划线标注，突变位点用方框标注。

[0018] 图2为本发明中猪TncRNA基因保守区的三种基因型(AA，AB，BB)XspI-RFLP检测电泳结果。M：DNA分子量标准(100-1500bp ladder)

具体实施方式

[0019] 下述实施例中提到的实验方法，如无特别说明均为常规方法。

[0020] 实施例1、RFLP多态性检测猪肉质性状的方法的建立及其效果验证[0021] 1、猪肉质相关基因的部分DNA序列的单核苷酸多态性检测

[0022] 在LongSAGE数据库(唐中林，博士论文，华中农业大学，2006)中，筛选出一部分没有基因诠释的差异表达标签，然后从对应的UniGene数据库中下载EST序列，并利用SeqMan软件(Lasergene 6.0，USA)进行Contigs拼接。对这些Contigs，利用ORFfinder软件(NCBI)进行阅读框(Open read frame，ORF)预测，保留没有编码潜能或只含＜100aa的Contigs，并对于这些预测的小肽进行Blastp比对，进一步保留与现有各种蛋白质数据库都没有同源性的Contigs，然后利用Blastn(NCBI)搜索人基因组加转录本数据库，发现可能与人滋养层来源的非编码RNA(trophoblast-derived noncoding RNA，TncRNA)有部分的序列同源性。此外，Blast搜索牛基因组序列发现猪的该contig与牛29号染色体的基因组contig存在较高的同源性，但牛该基因组区域尚无基因注释。利用Wu-Blast搜索TIGR的牛基因索引数据库(The DFCI Bos taurus Gene Index(BtGI))发现牛该区域的TC序列对应人TncRNA所处的染色体位置。因此，该猪contig对应的转录本为猪长非编码RNATncRNA基因，该基因与猪肉质性状相关。以猪的该contig物种间保守区序列为依据设计引物，引物序列如下：

[0023] UPL4：5′GGAGGTGGAC AAAATTGACC 3′(如序列表中序列3所示)

[0024] UPR4：5′GACACGGGACATTGGAGAAC 3′(如序列表中序列4所示)

[0025] 分别以通城猪、大白猪、长白猪、五指山猪、莱芜猪、巴马香猪各三只的基因组DNA为模板，以UPL4和UPR4为引物进行PCR扩增，PCR反应总体积为25μL，其中模板DNA为2+
50ng，含1×buffer，75μmol/L的dNTP，0.3μmol/L的引物，1.5mmol/L的Mg ，1.0U Taq DNA聚合酶。PCR扩增程序为：95℃ 5min，95℃ 30s，60℃ 30s，然后72℃ 30s共循环35次，最后72℃延伸5min。

[0026] 产物片段长559bp，分别纯化回收，克隆测序，然后将所有测序获得的序列用DNAstar软件中的SeqMan程序比对并分析其可能的多态位点，测序表明上述PCR扩增片段具有序列表中序列1的核苷酸序列。结果显示在上述扩增的序列中包含2个的多态位点，即序列表中序列1的5′端第434位核苷酸为C或T(存在C-T转换突变)和序列表中序列1的5′端第451位核苷酸为C或G(C-G的颠换突变)。其中序列表中序列1的5′端第451位核苷酸的C-G突变，会引起XspI酶切位点的多态。

[0027] 2、RFLP多态性检测猪肉质性状的方法的建立

[0028] 在这两个多态位点设计引物，并采用XspI-RFLP方法进行SNP分型，引物序列如下：

[0029] SnL3：5′-GTACCCGCTGAAAGCTACGC-3′(如序列表SEQ ID：5所示)[0030] SnR2：5′-GGCCTAGACACGGGACATTG-3′(如序列表SEQ ID：6所示)[0031] 用于基因多态性检测的DNA样品来自7个猪群，见表1。采用常规方法提取其基因组DNA后于-20℃保存作为模板。

[0032] 表1.SNPs检测的群体和样品数

[0033]品种组合 样品数 类型 来源地
五指山猪
Wuzhishan 43 近交系小型猪 购自中国农业科学院畜牧研究所
香猪 42 近交系小型猪 购自贵州市畜禽良种场
Xiang
巴马香猪 45 近交系小型猪 购自广西大学巴马香猪近交繁育
Bamaxiangpig 中心
购自山东省莱芜市莱芜黑猪保种
莱芜猪Laiwu pigs 41 地方纯种
场
长白猪Landrace 17 国外纯种 购自湖北通城县畜牧局
大白猪Yorkshire 20 国外纯种 购自湖北通城县畜牧局
通城猪 44 地方纯种 购自湖北通城县畜牧局
Tongcheng

[0034] PCR扩增条件：

[0035] PCR反应总体积20μL，其中猪基因组DNA约100ng，含1×buffer(Promega)，1.5mmol/L MgCl2，dNTP终浓度为150μmol/L，引物终浓度为0.2μmol/L，2U TaqDNA聚合酶(Promega)。PCR扩增程序为：95℃ 5min，95℃ 30s，60℃ 30s，然后72℃ 25s共循环35次，最后72℃延伸5min。PCR反应产物用2％琼脂糖凝胶电泳检测并拍照，并回收测序。

[0036] XspI-RFLP检测：

[0037] PCR产物用XspI酶切，酶切反应体积是10μL，其中10×buffer 1μL，PCR产物3-5μL，限制性内切酶0.2-0.3μL(10.0U)，用ddH2O补足10μL，将样品混匀后离心，37℃温浴4h。

[0038] 用2％琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，记录基因型，凝胶成像系统照像。

[0039] 结果表明，利用引物对SnL3和SnR2扩增得到的片段长226bp，具有序列表中序列2的核苷酸序列(自序列表中序列2的5′端第1-226位核苷酸序列，图1所示的序列)，自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸为C或G(序列表中序列1的5′端第451位核苷酸)；自序列表中序列2的5′端第130位核苷酸为C或T(序列表中序列1的5′端第434位核苷酸)。自序列表中序列2的5’端第112位核苷酸为XspI-RFLP检测多态性位点。当自序列表中序列2的5’端第112位核苷酸为C时(序列表中序列1的5′端第451位核苷酸为C)，该基因假定为由A等位基因控制，当序列表中序列2的5’端第112位核苷酸为G时(序列表中序列1的5′端第451位核苷酸为G)，该基因假定为由B等位基因控制，这两个等位基因可组成三种基因型：纯和体AA、BB，杂和体AB。

[0040] 当自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸处为C时，在序列表中序列2所示的片段中，有2个XspI的酶切位点，分别为自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸处和自序列表中序列2的5′端第219位核苷酸处，当自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸处为G时，只有自序列表中序列2的5′端第219位核苷酸处一个XspI的酶切位点，但219处酶切产生的小片段(7bp)在琼脂糖凝胶电泳分析时很难检测到，因此分型时不考虑该片段。

[0041] 当基因型为AA时，XspI酶切检测结果有111bp，108bp共2个片段；基因型为BB时，则导致失去了112处的XspI酶切位点，XspI酶切得到1个片段，长度为219bp；当基因型为杂和体AB时，则XspI酶切得到111bp，108bp和219bp。猪肉质相关基因XspI-RFLP的三种基因型AA，AB和BB如图2所示。

[0042] 结果表明表1所述的猪通过PCR测序检测和PCR后XspI-RFLP检测其多态性的结果是一致的，自序列表中序列2的5′端第112位核苷酸的单核苷酸多态性在不同品种中的分布如表2所示，根据表2的基因型和基因频率的结果显示，在所检测的这几个品种中，除了长白猪两种等位基因相差不大外(C vs.G＝0.412vs.0.588)，其它几个品种都是A等位基因占优势。

[0043] 表2.XspI-RFLP多态性在7个猪群中的分布

[0044]样本含量 基因型个体数 基因频率
品种
AA AB BB A B
莱芜猪Laiwu pigs 41 24 17 0 0.793 0.207
五指山猪Wuzhishan pigs 40 39 1 0 0.988 0.012
巴马香猪Bama xiang pigs 49 16 24 9 0.571 0.429
贵州小型猪Xiang pigs 41 24 7 10 0.671 0.329
通城猪Tongcheng pigs 43 14 26 3 0.628 0.372
长白猪Landrace 17 5 4 8 0.412 0.588
大白猪Yorkshire 20 6 13 1 0.625 0.375

[0045] 3、猪不同基因型与其肉质性状的关联分析

[0046] 试验猪群：将三元杂交组合品种，即长×(大×通)(简称为长大通)、大×(长×通)(简称大长通)，及三个纯繁组品种(瑞典长白、英国大白和通城猪)仔猪断奶后，从每个品种中挑选8窝出生日期尽可能相近、生长较一致的仔猪(每窝4-6头，原则上公母各半)作为候试猪群，，每个品种包含3个公猪血统。预试前从候选群中挑选发育正常的猪只参加试验，共172头，提取基因组DNA样品，按照步骤2的方法检测基因型，并按照下述方法检测肉质性状。

[0047] 肉质性状检测方法：

[0048] 肉色：屠宰后2h内测定眼肌胸腰结合处的横断面的颜色，采用美国和日本的标准比色板测定法，按5级分制标准肉色评分图评分.大理石纹：大理石纹评定方法同肉色评定，以大理石纹评分图为参照对象。

[0049] pH值：屠宰后45min内用酸度计(美国奥立龙公司，CHN82801型)直接测定左半胴体倒数第3与第4胸椎处背最长肌的pH值。

[0050] 系水力：屠宰后2h内采用重量加压测定法测定.称取10g左右左半胴体第2、3腰椎处背最长肌，在肉样上方各覆盖一层医用纱布，纱布外各垫18层化学分析定性滤纸，滤纸外各垫一层硬质书写用塑料垫板，将垫好的肉样放置于压缩仪平台上中央位置，匀速缓慢转动压缩仪的摇把，使磅秤上的压力达到35公斤，并保持此压力5分钟，而后迅速撤除压力，取出被压肉样，并立即用电子秤称重，前后之差即为失去的水分，再计算系水力。

[0051] 滴水损失：屠宰后2h内在第3，4处腰椎处背最长肌处，顺肌纤维方向切成2cm厚的肉样，除去筋膜、脂肪组织，将其制成2(高)×3(宽)×5(长)的肉样，将肉样置于精密天平上称重，用扎丝钩住肉样一端，使肌纤维垂直向下吊挂于小铁笼中，并置于充气的聚乙烯食品袋中，扎紧袋口，避免肉样与袋壁接触；放入冰箱，在2-4℃条件下储存24h，取出肉样，小心用滤纸擦拭肉样，而后置于精密天平上称重，前后之差即为失去的水分，再计算滴水损失。

[0052] 肌肉嫩度：屠宰后2h内在胸、腰椎结合处背最长肌上，顺肌纤维方向切成2cm厚的肉样，剥离附带的筋膜、脂肪组织，用聚乙烯食品将肉样包好，于15-16℃下放置24h进行尸僵处理；再将其置于冰箱，在2-4℃条件下熟化24h；取出经熟化的肉样放至室温，打开肉袋，用温度计插入肌肉中心部位，扎好袋口，使袋口向上放入恒温水浴锅。加盖后持续加热，直至肌肉中心部位达70℃。取出肉样，用自来水冲洗片刻，使肉样冷至室温；按与肌纤维呈垂直方向切取1.5cm厚的肉样，再用直径为1.27cm的圆形取样器顺肌纤维方向切取肉样，打开G-LM3数显式肌肉嫩度仪电源开关，视肉样情况设置100N或150N档位；将肉样按肌纤维走向横放在嫩度计剪切片的三角孔底部，用手扶平，启动仪器升降按钮使处于下降位置，再按动工作按钮进行剪切操作，记录读数；计算10个重复样的平均值，作为该肉样的嫩度。

[0053] 试验猪群基因型与经济性状关联分析是应用SAS(视窗V8版)GLM程序肉质性状(肉的嫩度(tenderness)、pH值)在不同基因型之间的差异进行最小二乘方差分析来完成的。

[0054] 所采用的线性模型：Yijk＝μ+Bi+Gj+εijk

[0055] 其中，Yijk是性状观察值，μ为总体均值，Bi为组合效应Gj为基因型效应，εijk为随机误差，假定服从N(0，σ2)分布。

[0056] 应用模型根据最小二乘分析法直接分析基因型的效应，同时进行基因型间的两两比较。基因型间性状的简单均数和标准差分析结果总结于表3。结果发现，此多态位点的不同基因型个体在肉的嫩度(tenderness)、pH值上差异显著(P＜0.05)，AA基因型的猪个体的肉的嫩度(tenderness)、pH值均明显比AB基因型和BB基因型的猪个体的高，并且AA基因型个体与BB基因型的个体在肉嫩度上差异极显著(P＜0.01)，而在pH值上差异显著(P＜0.05)；AB基因型的猪个体的肉的嫩度(tenderness)、pH值明显高于BB基因型的猪个体，即BB基因型的猪的肉质比AA基因型和AB基因型的猪的肉质好，AB基因型的猪比AA基因型的猪的肉质好。

[0057] 表3.猪的基因型与猪群体肉质性状和免疫指标的关联分析

[0058]基因型 肉质性状
个体数aNo. 嫩度tenderness pH值 pH value
AA 61 46.525±1.512 6.537±0.028
AB 85 43.23±1.321 6.441±0.025
BB 26 38.671±2.272 6.429±0.042
P值/P Value 总体 0.013* 0.013*
AA/AB 0.085 0.007**
AA/BB 0.004** 0.034*
AB/BB 0.090 0.811

[0059] a用于肉质性状分析的个体数。

[0060] *表示差异显著P＜0.05，**表示差异极显著P＜0.01

[0061] 序列表

[0062] <160>6

[0063] <210>1

[0064] <211>559

[0065] <212>DNA

[0066] <213>野猪属猪(Sus scrofa domestica Brisson)

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