本发明公开了一种检测猪窝产活仔数性状的方法。该方法包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；确定所述待测猪的单倍体型，根据所述单倍体型确定所述待测猪的窝产活仔数性状。本发明方法可在发育早期检测猪的繁殖性状，了解猪的遗传分化程度，对于猪的不同基因型的分型、筛选及辅助育种提供了有用的分子标记，其选择、改变对于提高母猪窝产活仔数具有重要意义。因此，本发明方法利于加快育种速度，降低育种成本，具有操作简单，成本低廉，周期短的优点，适于推广应用。
1.一种辅助鉴别猪的窝产活仔数性状的方法，为如下1)或2)所示：
1)包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；确定所述待测猪的单倍体型，根据所述单倍体型确定所述待测猪的窝产活仔数性状；
2)包括如下步骤：检测待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G还是A，检测所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C还是A，确定所述待测猪的单倍体型，根据所述单倍体型确定所述待测猪的窝产活仔数性状；
所述1)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
所述2)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
所述单倍体型对应的窝产活仔数由高至低依次为AACC＞BBDD＞ABCC＞AADD＝ABCD＞BBCC＞ABDD＞BBCD＞AACD。
所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A的方法包括如下步骤：用引物对I对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；
所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A的方法包括如下步骤：用引物对II对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；
所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
3.用于辅助鉴别猪的窝产活仔数性状的引物对，由引物对I和引物对II组成；所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
1)包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；确定所述待测猪的单倍体型，选择AACC的单倍体型的猪进行育种；
2)包括如下步骤：检测待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G还是A，检测所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C还是A，确定所述待测猪的单倍体型，选择AACC的单倍体型的猪进行育种；
所述1)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
所述2)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A的方法包括如下步骤：用引物对I对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；
所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A的方法包括如下步骤：用引物对II对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；
所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
检测猪窝产活仔数性状的方法
技术领域
[0001] 本发明涉及一种检测猪窝产活仔数性状的方法。
背景技术
[0002] 促黄体生成激素(luteinizing hormone，LH)是由腺垂体嗜碱性细胞分泌的一种糖蛋白，分子量为28000D。LH和FSH、TSH、CG等都是由α和β两亚基经非共轭结合组成，利用不同的处理可以很容易地分开。其中α亚基在四种激素中是相同的，β亚基决定了各种激素的特异功能。LH在雄性动物中的作用主要是刺激睾丸间质细胞产生雄激素，并通过雄激素影响曲精细管的生精过程。在雌性动物中，LH是卵巢内睾酮和雌二醇合成所必需的，同时还可诱导孕酮和颗粒细胞内孕酮受体的合成。在成年动物的发情周期或人的月经周期中血液中，LH峰值的出现诱导成熟卵泡排出卵子，并启动卵泡的黄体化和黄体形成。
[0003] 哺乳动物的LH亚基由100-130个氨基酸组成。不同物种β亚基间具有很高的同源性，其编码的基因也都含有3个外显子和2个内含子。
[0004] 日本Orita等研究发现，单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。因此通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开，该方法为单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism，，SSCP)分析。将SSCP用于检查PCR扩增产物的基因突变，建立了PCR-SSCP技术，进一步提高了检测突变方法的简便性和灵敏性。其基本过程是：①PCR扩增靶DNA；②将特异的PCR扩增产物变性，而后快速复性，使之成为具有一定空间结构的单链DNA分子；③将适量的单链DNA进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳；④最后通过放射性自显影、银染或溴化乙锭显色分析结果。若发现单链DNA带迁移率与正常对照相比发生改变，就可以判定该链构象发生改变，进而推断该DNA片段中有碱基突变。该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器，适合临床实验的需要。但它也有不足之处。例如，只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序；电泳条件要求较严格；另外，由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。尽管如此该方法和其他方法相比仍有较高的检测率。首先，它可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变。Takao经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90％可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来。另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯。用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。
[0005] 猪窝产活仔数是评价猪繁殖性能的主要指标之一，是一个遗传力很低的数量性状，难以用常规的育种技术来改良窝产活仔数性状。
发明内容
[0006] 本发明的一个目的是提供一种辅助检测猪窝产活仔数性状的方法。
[0007] 本发明所提供的辅助鉴别猪的窝产活仔数性状的方法，为如下1)或2)所示：
[0008] 1)包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；确定所述待测猪的单倍体型，根据所述单倍体型确定所述待测猪的窝产活仔数性状；
[0009] 2)包括如下步骤：检测待测猪的LH 亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G还是A，检测所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C还是A，确定所述待测猪的单倍体型，根据所述单倍体型确定所述待测猪的窝产活仔数性状；
[0010] 所述1)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
[0011] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
[0012] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
[0013] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
[0014] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
[0015] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
[0016] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
[0017] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
[0018] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
[0019] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
[0020] 所述2)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
[0021] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
[0022] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
[0023] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
[0024] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
[0025] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
[0026] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
[0027] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
[0028] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
[0029] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
[0030] 所述单倍体型对应的窝产活仔数由高至低依次为AACC＞BBDD＞ABCC＞AADD＝ABCD＞BBCC＞ABDD＞BBCD＞AACD。
[0031] 上述方法中，所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A的方法包括如下步骤：用引物对I对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；
[0032] 上述方法中，所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A的方法包括如下步骤：用引物对II对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；
[0033] 上述方法中，所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
[0034] 上述方法中，所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
[0035] 本发明的另一个目的是提供一种用于辅助鉴别猪的窝产活仔数性状的引物对。
[0036] 本发明所提供的用于辅助鉴别猪的窝产活仔数性状的引物对，由引物对I和引物对II组成；所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
[0037] 本发明的另一个目的是提供一种培育猪的方法。
[0038] 本发明所提供的培育猪的方法，为如下1)或2)所示：
[0039] 1)包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；确定所述待测猪的单倍体型，选择AACC的单倍体型的猪进行育种；
[0040] 2)包括如下步骤：检测待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G还是A，检测所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C还是A，确定所述待测猪的单倍体型，选择AACC的单倍体型的猪进行育种；
[0041] 所述1)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
[0042] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
[0043] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
[0044] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
[0045] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
[0046] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
[0047] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
[0048] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
[0049] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
[0050] 若所述待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸有的是G、有的是A，基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
[0051] 所述2)中，所述确定所述待测猪的单倍体型的方法为：
[0052] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作AACC；
[0053] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作AADD；
[0054] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是G，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作AACD；
[0055] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作BBCC；
[0056] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBDD；
[0057] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作BBCD；
[0058] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是C，则所述待测猪的单倍体型计作ABCC；
[0059] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABDD；
[0060] 若所述待测猪的LHβ亚基基因的内含子1自5′末端第67位核苷酸的碱基有的是G、有的是A，内含子2自5′末端第30位核苷酸的碱基有的是C、有的是A，则所述待测猪的单倍体型计作ABCD；
[0061] 上述培育猪的方法中，所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A的方法包括如下步骤：用引物对I对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：1所示DNA片段的自5′末端起第71位核苷酸是G还是A；
[0062] 上述培育猪的方法中，所述检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A的方法包括如下步骤：用引物对II对所述待测猪进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；根据所述PCR扩增产物的序列检测待测猪的基因组中SEQ ID NO：2所示DNA片段的自5′末端起第81位核苷酸是C还是A；
[0063] 上述培育猪的方法中，所述引物对I的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
[0064] 上述培育猪的方法中，所述引物对II的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
[0065] 本发明的研究结果表明LHβ基因可能是控制猪窝产活仔数的一个主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。因此可以利用LHβ基因内含子1的67位和内含子2的30位这两个突变位点，以其单倍体型对窝产活仔数性状进行选择。本发明方法可在发育早期检测猪的繁殖性状，了解猪的遗传分化程度，对于猪的不同基因型的分型、筛选及辅助育种提供了有用的分子标记，其选择、改变对于提高母猪窝产活仔数具有重要意义。因此，本发明将在猪的育种中发挥巨大作用，为猪高繁殖力的标记辅助选择和育种提供了理论和实践基础，能够缩短育种周期，提高育种效率，并且将给生产者带来可观的经济效益。
附图说明
[0066] 图1为猪LHβ基因的引物位置。
[0067] 图2为引物P1的SSCP电泳图。
[0068] 图3为引物P3的SSCP电泳图。
具体实施方式
[0069] 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
[0070] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从生物公司购买。
[0071] 实施例1、LHβ基因的单核苷酸多态性分析
[0072] 离体的实验动物血液或组织样本来自江西省种猪场、天津长河种猪场、烟台益生种猪场和江苏常熟良种繁育场。
[0073] 1、基因组DNA的提取：
[0074] 取500μl裂解血样加入350μl血液提取液，混匀；加入蛋白酶K(20mg/ml)4μl，至终浓度200μg/ml；50-55℃消化过夜后，加入预热的5MNacl 173ml，至终浓度1.5M，混匀；用等体积氯仿抽提；取上清，用饱和苯酚∶氯仿(1∶1)抽提；水相加入2倍体积的无水乙醇。然后离心，倒去上清，沉淀以70％的乙醇洗涤，离心后真空或空气中干燥，沉淀溶于无菌双蒸水中。
[0075] 2、PCR-SSCP过程：
[0076] (1)设计引物：根据猪LHβ基因全序列设计引物，扩增该基因3335bp全序列中的1296-3335片段，引物位置如图1所示。引物序列如表1所示。
[0077] 表1、扩增猪LHβ亚基基因的引物序列
[0078]
[0079] (2)PCR扩增
[0080] PCR反应体系：10×扩增缓冲液 1.5ul
[0081] 4dNTP混合物(4×2.5mmol/L) 1.2ul
[0082] 引物(10pmol/ul) 1.5ul×2
[0083] 模板DNA(100ng/ul) 1ul
[0084] Taq DNA聚合酶(3u/ul) 1ul
[0085] ddH2O 7.3ul
[0086] 总体积 15ul
[0087] 反应条件：94℃预变性5分钟；循环条件(94℃变性，30秒；51-63℃退火(P1：54℃、P2：55℃、P3：51℃、P4：52℃、P5：57℃、P6：56℃、P7：58℃、P8：60℃、P9：63℃)，30秒；72℃延伸，1分)；30个循环；72℃延伸7分钟；4℃保存。
[0088] (3)14％非变性聚丙烯酰胺凝胶(30ml体积0.1cm胶条)电泳：
[0089] 取1.5μlPCR产物置于PCR管中，加5μl变性Buffer，98℃变性10分钟；迅速冰浴10分钟，用微量注射器点样；打开电源140伏，电泳14-16小时；银染显色。
[0090] 引物P1扩增得到的产物的电泳图如图2所示，引物P3扩增得到的产物的电泳图如图3所示，利用引物P1和P3扩增得到的产物条带存在差异。图2中，对于纯合体来说，其DNA双链所含碱基不同，变性之后其空间构象也不相同，因此得到两条带；只有在偶尔的情况下，其双链的空间构象可能差别不大，所以电泳分不开，如图3的纯合子。一般情况下，纯合子为1-2条带，杂合子为2-4条带。
[0091] 将引物P1(SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4)和P3(SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6)扩增得到的产物分别进行测序，引物P1扩增得到的产物的核苷酸序列如序列表中序列1所示；引物P3扩增得到的产物的核苷酸序列如序列表中序列2所示；测序显示引物P1和P3扩增得到的产物分别存在1个单碱基变异。引物P1扩增产物片段存在单核苷酸突变，突变位点位于序列表中序列1自5′末端第71位核苷酸(即猪LH β亚基基因的内含子1的序列自5′末端起第67位核苷酸)，为G→A突变；引物P3扩增产物片段存在单核苷酸突变，突变位点位于序列表中序列2自5′末端第81位核苷酸(即猪LHβ亚基基因的内含子2的序列自5′末端起第30位核苷酸)，为C→A突变。
[0092] 当内含子1的第67位碱基是G时，其纯合体猪的基因型记作AA；当内含子1的第67位碱基是A时，其纯合体猪的基因型记作BB；当内含子1的第67位碱基有的是A有的是G时，其杂合体猪的基因型记作AB；当内含子2的第30位碱基是C时，其纯合体猪的基因型记作CC；当内含子2的第30位碱基是A时，其纯合体猪的基因型记作DD；当内含子2的第
30位碱基有的是C有的是A时，其杂合体猪的基因型记作CD；
[0093] 共对来自江西省种猪场的78头猪、天津长河种猪场的101头猪、烟台益生种猪场的329头猪和江苏常熟良种繁育场的120头猪进行了单核苷酸多态性分析。将猪个体LHβ亚基基因内含子1和2的基因型合并为单倍体型，共得到如下单倍体型：AACC、AADD、AACD、BBCC、BBDD、BBCD、ABCC、ABDD、ABCD。
[0094] 实施例2、猪LHβ亚基基因的单核苷酸多态性与繁殖性状的关联性分析
[0095] 猪窝产活仔数是评价猪繁殖性能的主要指标之一，它是指母猪每窝所产仔猪中，能够存活下来的活仔数。其记录方法为记录断奶后仔猪能够存活下来的数目。
[0096] 按照实施例1中的方法确定猪个体的单倍体型。
[0097] 记录烟台益生种猪场和江苏常熟良种繁育场的经产猪的猪窝产活仔数，检测每个猪的单倍体型，利用最小二乘分析方法对猪的单倍体型与经产猪窝产活仔数性状的关系进行了统计分析。统计分析模型：
[0098] yijkl＝μ+Bi+HYSj+Gk+eijkl
[0099] 其中yijkl为第i个品种，在第j个场-年-季的第k种单倍体型个体的生产性能观察值；μ为生产性能的最小二乘均值；Bi为品种的第i个水平对生产性能的效应值；HYSj为场-年-季的第j个水平对生产性能的效应值；Gk为单倍体型的第k个水平对生产性能的效应值；eijkl为对应于观察值的随机残差效应。
[0100] 利用SAS统计软件包的PROC-ANOVA过程进行统计分析，结果如表2。
[0101] 表2、窝产活仔数的最小二乘分析
[0102]
[0103] 由表中可以看出各单倍体型在窝产活仔数性状方面，最小二乘均值最大的是AACC单倍体型个体，最小的是AACD单倍体型个体，二者相差4.71头。另外AACD和ABCD、AACD和AADD以及AACD和AACC单倍体型的差异性检验的P值分别为0.0634、0.0661和0.0594均接近0.05的显著性水平。各单倍体型对应的窝产活仔数由高至低依次为AACC＞BBDD＞ABCC＞AADD＝ABCD＞BBCC＞ABDD＞BBCD＞AACD。
[0104] 选择单倍体型为AACC的猪进行育种。
[0105] 在有繁殖性状记录的群体中可检测到所有的9种单倍体型，最小二乘分析的结果显示：AACD和ABCD、AACD和AADD、AACD和AACC单倍体型的差异性检验的P值均接近0.05的显著性水平。这表明单倍体型的效应不是各自基因型效应的简单相加，但却要稍高于单个最好的基因型效应，这个结论对于利用DNA标记进行辅助选择有特别的意义，表明评估群体的遗传改良必须以单倍体型的影响为准。
