一种制备DL2000DNA分子量标准的方法及其产品和应用转让专利

申请号 : CN201110216792.2

文献号 : CN102304508B

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法律信息:

相似专利:

发明人 : 赫英俊孙兰菊严引娣

申请人 : 上海捷瑞生物工程有限公司

摘要 :

本发明公开了一种制备DL2000DNA分子量标准的方法,其特征在于,采用质粒酶切法,包括以下步骤:(1)DL2000 DNA分子量标准包括6个DNA片段:100bp,250bp,500bp,750bp,1kb,2kb,将该6个片段分配到两个载体中进行扩增:载体1中包含片段100bp,拷贝数10;片段250bp,拷贝数4;片段500bp,拷贝数2;片段750bp,拷贝数1;和片段1kb,拷贝数1;载体2中包含2kb,拷贝数1;和片段750bp,拷贝数4;(2)将载体1和载体2用限制性内切酶进行酶切,然后混合,即得。本发明最终得到的产品中各条带亮度均一,生产方便,便于大规模生产,各批次质量稳定。

权利要求 :

1.一种制备DL2000DNA分子量标准的方法,其特征在于,采用质粒酶切法,包括以下步骤:

(1)DL2000DNA分子量标准包括6个DNA片段:100bp,250bp,500bp,750bp,1kb,2kb,将该6个片段分配到两个载体中进行扩增,并且使它们在载体中具有特定的拷贝数,其中该6个片段的分配和拷贝数具体如下:载体1是基因工程质粒pTZ19R-250,其核苷酸如序列表中SEQ ID NO:3所示,其中包含片段100bp,拷贝数10;片段250bp,拷贝数4;片段500bp,拷贝数2;片段750bp,拷贝数1;和片段1kb,拷贝数1;载体2是基因工程质粒pUCS1-2k-750,其核苷酸如序列表中SEQ ID NO:4所示,其中包含2kb,拷贝数1;和片段750bp,拷贝数4;

(2)将载体1和载体2用限制性内切酶Hind III进行酶切,然后混合,即得。

2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,pTZ19R-250和pUCS1-2k-750的酶切产物的混合比例为2.5:1~1.5:1,所述的比例是pTZ19R-250和pUCS1-2k-750两个质粒的质量比。

3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,pTZ19R-250和pUCS1-2k-750的酶切产物的混合比例为1.9:1,所述的比例是pTZ19R-250和pUCS1-2k-750两个质粒的质量比。

4.如权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)中酶切后,采用柱亲和层析法纯化,再混合。

5.一种基因工程质粒pTZ19R-250,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:3所示。

6.一种基因工程质粒pUCS1-2k-750,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:4所示。

说明书 :

一种制备DL2000DNA分子量标准的方法及其产品和应用

技术领域

[0001] 本发明属于生物工程领域,特别涉及一种制备DL2000DNA分子量标准的方法及其产品和应用。

背景技术

[0002] DNA分子量标准俗称DNA Marker,是由一系列已知长度的DNA片段混合而成,是分子生物学实验中最常用的一种试剂。通过将实验中所得的DNA片段与DNAMarker在同一块琼脂糖凝胶中进行电泳,通过将样品片段与DNA Marker比较,就可以大致估计出实验所得的DNA片段的大小。
[0003] DNA Marker的各条带通常有两种制备方案:PCR扩增和酶切质粒。
[0004] PCR扩增的方案就是设计多套PCR引物进行扩增,得到相应大小的DNA片段。然后再对各片段进行纯化,定量。最后按比例将各片段混合,就得到了所需的产品。PCR扩增法制备DNA Marker存在着较大的缺陷,一是扩增的体积会有一定的限制。现在的PCR仪每个孔最多扩增体积不会超过70微升,以一台PCR仪96孔为例,最多一次可以扩增7毫升。更大的量就需要增加PCR仪及进行多次扩增。二是PCR扩增受多种条件影响较大,如仪器,模板,扩增用酶,不同批次的引物,及其他试剂,因此不同扩增批次之间差异会较大。三是PCR扩增的成功率相对较低,有较多的时间所扩增的条带可能有杂带,或目标条带专一性不太强,所扩增的条带较宽,或扩增产率较低,以及其他的不成功情况。
[0005] 常规质粒酶切的方法,由于DNA的条带亮度与其大小有正比例关系,在一个质粒中各片段酶切后其亮度可能会有较大差异,大片段比小片段亮。因此会导致所制备的终产品各条带之间亮度不均匀。
[0006] DNA分子量标准是分子生物学实验室中最常用的一种试剂,而且属于消耗型的产品,市场用量很大。而DL2000类型的DNA分子量标准,由100bp,250bp,500bp,750bp(加亮作为指示带),1kb,2kb共6条DNA片段组成。它是实验室中用得最方便,也是使用最多的一种产品,消耗量很大。许多公司都有类似的产品出售。由于该DNA分子量标准中包含了小片段DNA,许多公司均采用PCR的方案进行产品制备。由于PCR生产中需要消耗大量人力资源及PCR仪,而且像100bp这种很小的DNA片段采用PCR扩增的方案效率特别低,扩增后的每个条带均需要进行纯化,并定量。然后再逐条带进行配制调整,得到最终产物。因而PCR扩增中不同批次之间会存在较大差别,并且很耗费人力及试剂,生产流程难于标准化。

发明内容

[0007] 本发明针对现有的DL2000DNA分子量标准的制备方法过程烦琐,批次之间质量不稳定,难以大规模生产的不足,提供一种新的制备DL2000类型的DNA分子量标准的方法及其产品和应用,其生产方便,可大规模生产,各批次之间质量稳定,DL2000DNA分子量标准的各条件亮度均一。
[0008] 本发明通过下述技术方案解决了上述问题:
[0009] 本发明的第一技术方案是:一种制备DL2000DNA分子量标准的方法,采用质粒酶切法,包括以下步骤:(1)DL2000DNA分子量标准包括6个DNA片段:100bp,250bp,500bp,750bp,1kb,2kb,将该6个片段分配到两个载体中进行扩增,并且使它们在载体中具有特定的拷贝数,其中该6个片段的分配和拷贝数具体如下:载体1中包含片段100bp,拷贝数10;
片段250bp,拷贝数4;片段500bp,拷贝数2;片段750bp,拷贝数1;和片段1kb,拷贝数1;
载体2中包含2kb,拷贝数1;和片段750bp,拷贝数4;(2)将载体1和载体2用限制性内切酶进行酶切,然后混合,即得。
[0010] 其中,步骤(1)中可以采取本领域常规的质粒酶切方法,使载体中包含各拷贝数的DNA片段,DNA片段之间是限制性内切酶酶切位点。当载体扩增后,用限制性内切酶酶切载体,即得到各拷贝数的DNA片段。将这些片段混合,即得本发明的DL2000DNA分子量标准。其中,使用的载体可以是本领域常规载体,如质粒等。所述的载体1较佳的是基因工程质粒pTZ19R-250,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:3所示;载体2较佳的是基因工程质粒pUCS1-2k-750,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:4所示。pTZ19R-250和pUCS1-2k-750中DNA片段之间的酶切位点是Hind III。也可以是其他本领域常用的酶切位点,优选Hind III。将pTZ19R-250和pUCS1-2k-750分别用内切酶Hind III进行酶切;然后,pTZ19R-250和pUCS1-2k-750的酶切产物经电泳检测合格后,采用亲和柱层析法进行纯化,再进行混合,混合比例较佳的是以pTZ19R-250和pUCS1-2k-750两质粒质量比为2.5:1~1.5:1,最佳的为
1.9:1。以1.9:1的量进行混合,可保证1kb的条带的浓度与2kb的条带的浓度相等。
[0011] 本发明的第二技术方案是:由上述本发明的方法制备的DL2000DNA分子量标准。
[0012] 本发明的第三技术方案是:如上所述的本发明的DL2000DNA分子量标准的应用,一般用于琼脂糖凝胶电泳。
[0013] 本发明的第四技术方案是:一种基因工程质粒pTZ19R-250,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:3所示。
[0014] 本发明的第五技术方案是:一种基因工程质粒pUCS1-2k-750,核苷酸如序列表中SEQ ID NO:4所示。
[0015] 本发明的要点及优势如下:
[0016] 1、构建特殊的质粒,将其中的各条带做相应的拷贝调整,使之相互之间浓度更合理。所提取的质粒经酶切后直接就得到了每条DNA片段所需要的比例,不必像PCR所得的各条带之间还需要仔细进行浓度调整。
[0017] 2、将PCR的工作转化成DNA质粒的提取和DNA的酶切操作。这样的转化,在实际生产中便于生产的标准化和规模的扩大化,PCR扩增限于每次扩增的体积及各扩增批次之间的较大差异,失败率较高,不容易规模化及扩大化。
[0018] 3、由于质粒提取及酶切操作是非常成熟的分子生物学操作,而且非常容易扩大规模,并进行标准的质量控制,因此本发明可以大批量进行DNA分子量标准的生产,并保证各批次之间具有几乎完全一致质量标准。

附图说明

[0019] 以下结合附图说明本发明的特征和有益效果。
[0020] 图1是pTZ19R-250载体构建流程图。
[0021] 图2是pUCS1-2k-750载体构建流程图。
[0022] 图3是pTZ19R-250载体结构图。
[0023] 图4是pUCS 1-2k-750载体结构图。
[0024] 图5是本发明DL2000DNA分子量标准产品的1.2%琼脂糖电泳图。

具体实施方式

[0025] 本发明人将DL2000DNA分子量标准中包含的6个长度不同的DNA片段分别构建于两个载体中,该两载体扩增后直接用限制性酶切,将酶切产物混合后,就得到了由该6个不同长度DNA片段组成的DL2000DNA分子量标准,并且仅仅只要调整两质粒的混合比例,就能使得到的DL2000DNA分子量标准的5条带亮度一致,指示带(750bp)亮度为其它带的两倍,在电泳中清楚的显示每条带。具体实施方式如下:
[0026] 1、两个载体DNA的构建
[0027] a)总述
[0028] 本发明中两个载体均以产量非常高的商品载体pTZ19R(购自Fermentas life sciences,目录编号:SD0141)为基础,采用常规的实验方法,进行适当的点突变操作,并从Lambda DNA上扩增适当的片段,作系列的点突变构建基本片段。然后将基本片段与突变改造的载体相连构建最终载体。
[0029] b)6个片段的分配
[0030] 载体1:pTZ19R-250,包含100bp*10,250bp*4,500bp*2,750bp*1,1kb*1。
[0031] 载体2:pUCS1-2k-750,包含2kb*1,750bp*4。
[0032] 其中星号*后表示该长度的片段在载体中的拷贝数。
[0033] c)突变骨架载体
[0034] i.实验方法:采用的突变方法按照分子生物学上通用的突变方案进行操作,这些方案已经是非常成熟的,并且有相应的试剂盒可供选用。本发明实验中采用最成熟的PCR法进行点突变,针对每个待突变的位点合成一对引物,进行常规的PCR法进行扩增,并进行常规的分子克隆方法筛选得到所需的质粒。最终的质粒通过测序进行验证结果符合实验设计的要求。
[0035] 突变过程中所需的四对突变引物序列如下:
[0036] 855F:tgcccgctttccaagcttgaaacctgtcgtgccagctgcattaatga;
[0037] 855R:gcacgacaggtttcaagcttggaaagcgggcagtgagcgcaacgca;
[0038] 1359F:aggtcgttcgctccaagcttggctgtgtgcacgaaccccccgt;
[0039] 1359R:ggggttcgtgcacacagccaagcttggagcgaacgacctacaccga;
[0040] 1858F:tctaaagtatatatgagtaagcttggtctgacagttaccaatgctt;
[0041] 1858R:tggtaactgtcagaccaagcttactcatatatactttagattgattt;
[0042] 2858F:cccgaaaagtgaagcttgacgcgccctgtagcggcg;
[0043] 2858R:cagggcgcgtcaagcttcacttttcggggaaatgtgcgcgga。
[0044] ii.突变pTZ19R载体的多克隆位点,将序列aagctt改成cagctt,除去多克隆位点的HindIII。
[0045] iii.依 次 突 变 pTZ19R载 体 上 的 其 他 位 点,1858:aaactt → aagctt,1359:aagctg→aagctt,855:agtcgg→aagctt,2858:ccacct→aagctt。
[0046] iv.经过上面四个位点的突变,获得的载体编号为250-3。其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:1所示。
[0047] d)构建插入片段
[0048] 插入片段以Lambda DNA序列为基础,通过点突变的方法得到预期的序列,并将该序列克隆到常用的pGH载体上。其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:2所示。
[0049] e)终载体的制备
[0050] 采用分子克隆的常规操作,将改造好的载体和突变好的片段,用KpnI和XhoI两个位点进行连接,转化,筛选,最终得到所需要的终载体pTZ19R-250。其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:3所示。pTZ19R-250载体的构建流程示意图见图1,pTZ19R-250的结构图见图3。
[0051] f)载体2:pUCS1-2k-750的构建
[0052] pUCS1载体2023bp长,是以pUC18载体为基础去除不必要的序列改造而成。具体构建方法是采取常规突变的方法,以pUC18载体为基础,用下面一对引物pUCS1F:aggatccgtcgactctagaactagtagaggcggtttgcgtattgggcgctc,pUCS1R:tctcgagaggcgcgcctctgcaggaatggtttcttagacgtcagg,进行扩增,得到2kb的片段,扩增产物经磷酸化处理,自连,然后进行转化,筛选,得到需要的载体,并经测序方法进行确认。pUCS1载体的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:5所示。
[0053] pUCS1-2k-750以小载体pUCS1为基础,扩增合适的片段,连接插入到pUCS1载体中,最终得到pUCS1-2k-750载体。pUCS1-2k-750载体大小5.0kb,主要的特征是包含5个特定位点的HindIII限制性酶切位点。该载体的构建方案与pTZ19R-250类似,均采取常规的分子生物学技术进行构建,在此略去具体构建步骤。pUCS1-2k-750的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:4所示。pUCS1-2k-750载体构建流程示意图见图2,pUCS1-2k-750的结构图见图4。
[0054] 2、生产条件的优化
[0055] g)质粒制备
[0056] 构建好的载体pTZ19R-250和pUCS1-2k-750采用常规的实验方法进行质粒DNA的制备。采取常规实验室三角瓶摇菌的方案进行含所需质粒的工程菌培养。这两种质粒均为高产质粒,采用常规方案进行质粒制备,平均每升培养菌液可以制备5~10mg的质粒。采用扩大培养体积或采取发酵培养的方法,也可以进行更大规模的制备。本工作中,质粒提取采取离心柱型质粒大量制备试剂盒(捷瑞生物),制备流程简洁,所提取的质粒质量足够高,可以满足后续酶切工作的要求。
[0057] h)酶切
[0058] 本构建中采用了最常用的HindIII限制性内切酶,价格足够便宜,活性有所保证。pTZ19R-250平均每264bp包含一个HindIII位点,优选的平均酶切1μg质粒用4个单位的HindIII内切酶。pUCS1-2k-750平均每1000bp包含一个HindIII,经优化,平均酶切1μg质粒用1个单位的HindIII内切酶。经电泳检测合格。
[0059] i)纯化
[0060] 酶切产物经柱亲和层析法进行纯化,所得产物溶于适量TE中,经定量后用于成品DNA Marker的配制。
[0061] 3、终产品的制备方案
[0062] j)经理论计算,pTZ19R-250经HindIII酶切后,100bp,250bp,500bp,1kb片段的含量是相等的。pUCS1-2k-750中750bp片段与2kb片段的质量比为3:2。
[0063] k)将pTZ19R-250和pUCS1-2k-750两个质粒酶切,纯化。然后以pTZ19R-250和pUCS1-2k-750两质粒一定的质量比进行混合。该质量比可以是2.5:1~1.5:1。最佳的是1.9:1,可保证2kb的条带与1kb的条带的浓度相同,这样理论计算750bp的加量带是其他条带浓度的2.25倍。由于该DNAMarker只有6条带,这样的加亮浓度可以接受。更多条带的DNAMarker一般将加亮带的浓度做成其他条带的3倍或更多一些,以便更加突出加亮指示带。调整好浓度后,将酶切的片段溶于1xLoading Buffer,作为终产品,即可进行质量检测,分装包装发货。较佳的在最终的产物中,使100bp,250bp,500bp,1kb,2kb的各条带终浓度为10ng/μL,750bp的条带的浓度是22.5ng/μL,Loading buffer稀释成1x的浓度。
[0064] 本发明重点解决了常规DNA Marker制备中的产量和批次稳定性问题,用分子生物学技术构建的工程质粒分离制备并酶切替代较传统的PCR扩增每条单带配制DNA Marker,使得产品的质量和稳定性大幅度提高。本发明中以两个高拷贝数的质粒为基础,依托本实验室的基因合成技术,巧妙构建了两个工程质粒,经验证,这两个质粒均是高产质粒,并且设计的各HindIII位点均可以充分地进行酶切。经适当的优化后,平均1L菌液所提取的质粒可以处理得到200支以上的成品DL2000产品。所得的产品批次间差异极小,产品非常稳定。在1xLoading buffer中,本发明的产品只要在常温放置即可达到足够的稳定性,这将给日常实验工作带来极大方便性。
[0065] 下面用实施例来进一步说明本发明,但本发明并不受其限制。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。
[0066] 实施例1PCR法定点突变改造载体
[0067] 实验方法:采用的突变方法按照分子生物学上通用的突变方案进行操作,这些方案已经是非常成熟的,并且有相应的试剂盒可供选用。本发明实验中采用最成熟的PCR法进行点突变,针对每个待突变的位点合成一对引物,进行常规的PCR法进行扩增,并进行常规的分子克隆方法筛选得到所需的质粒。最终的质粒通过测序进行验证结果符合实验设计的要求。这里以pTZ19R载体的855位点的点突变进行具体叙述,其他位置的点突变方法完全一样,只是用对应位置的引物即可。
[0068] 所用的引物人工合成,其他相关试剂均来自实验室平常自用的试剂,这些试剂常规实验室也是具备的,除特别说明外,所用的试剂没有特定要求。
[0069] 855位置待突变的引物序列如下:
[0070] 855F:tgcccgctttccaagcttgaaacctgtcgtgccagctgcattaatga;
[0071] 855R:gcacgacaggtttcaagcttggaaagcgggcagtgagcgcaacgca。
[0072] PCR体系:(50μl)
[0073] 855F/855R引物各10pmole,dNTP 200μM,pfu:3单位,模板:50ng,整个体系在1x pfu缓冲液中进行。
[0074] PCR扩增条件:94℃20秒,60℃20秒,72℃3分钟,共15个循环。
[0075] 需要注意的是在选择延伸时间时,要根据所选用的pfu酶的性能和模板长度选择合适的时间。本实验中所用的pfu酶可以达到1kb/分钟的扩增速度,模板长度2.9kb,故这里用3分钟的延伸时间。
[0076] PCR法进行片段构建的操作基本相同,只要根据所需要的序列设计相应的引物做实验即可,这里不再进行详细说明。
[0077] 后续酶切处理:扩增所得的PCR产物冷却后,加入1μl DpnI内切酶,37℃30分钟。
[0078] 转化筛选操作:
[0079] 将处理好的PCR产物取5μl进行常规的转化操作,具体操作如下:
[0080] 1.100μl大肠杆菌DH5α感受态细胞置于冰上,完全解冻后轻轻将细胞均匀悬浮。
[0081] 2.加入5μl PCR产物,轻轻混匀,冰上放置20分钟。
[0082] 3.42度水浴热激60秒,冰上放置2分钟。
[0083] 4.加500μl SOC培养基,37度200-300rpm震荡培养1小时。
[0084] 5.细菌涂布在预先准备好的Amp平板上。
[0085] 6.平板在37度下倒置培养过夜。
[0086] 筛选:
[0087] 从经过夜培养的平板上挑取适当的菌斑,用LB培养基培养进行质粒提取。提取的质粒用适当的实验方法进行检测拿到阳性克隆,并最终经过测序验证得到预期的质粒。
[0088] 实施例2终载体构建
[0089] pTZ19R-250构建:
[0090] 酶切载体及片段:
[0091] DNA~1μg
[0092] 10xBamHI+buffer 5μl
[0093] KpnI:1μl(10u/μl)
[0094] XhoI:1μl(10u/μl)
[0095] ddH2O补足至50μl
[0096] 总体积:50μl
[0097] 酶切约2小时,待检测酶切完全后,用胶回收试剂盒进行回收对应的载体和片段,做连接。具体操作步骤参考试剂盒所提供的说明书即可。
[0098] 连接反应:
[0099] 载体:~100ng
[0100] 片段:100-200ng
[0101] 10x T4DNA buffer 1.5μl
[0102] T4DNA ligase 1μl(5u/μl)
[0103] ddH2O补足至15μl
[0104] 总体积:15μl
[0105] 连接1小时以上,取5μl连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,操作步骤同PCR法定点突变中的转化步骤完全相同。
[0106] 转化板挑菌提取质粒进行鉴定,得到所需要的工程菌载体。
[0107] pUCS1-2k-750的构建方法完全同pTZ19R-250,只是换成对应的载体和片段即可。
[0108] 转化后筛选鉴定得到的阳性转化子,即含有pTZ19R-250载体的工程菌和含有pUCS1-2k-750载体的工程菌。
[0109] 实施例3质粒的扩增和提取
[0110] 工程菌培养:
[0111] 250mL培养基接菌种200μL,高速摇菌12-14小时。培养基采用2xYT高产培养基(每升含16g蛋白胨,10g酵母粉,5g NaCl)。
[0112] 质粒提取:
[0113] 1.收菌:50ml圆底离心管中,倒入3/4管菌液,1500g离心5min,弃上清。收2次菌。倒扣吸水纸上半分钟。两次共收菌约60mL。
[0114] 2.加Sol I:加入6ml sol I,漩涡振荡使菌体分散均匀。
[0115] 3.加Sol II:加入10ml sol II,温柔颠倒5~10次。
[0116] 4.加Sol III:加入7ml sol III,先温柔颠倒3次,再用力摇荡,使充分混匀。静置5min。
[0117] 5.沉淀蛋白:10000rpm离心7min。
[0118] 6.过滤取上清:用一层擦镜纸折叠成漏斗状,将上清过滤至一干净的50ml圆底离心管中。
[0119] 7.加异丙醇:加入13ml异丙醇,摇匀,-20℃放置20min。
[0120] 8.沉淀质粒DNA:12000rpm离心10min,弃上清,吸水纸上倒扣半分钟。离心沉淀时,注意将管底做好标记,然后将标记处向上放置,后面将重点在该处洗涤沉淀。
[0121] 9.洗涤沉淀:加入10ml 75%乙醇,12000rpm离心5min,弃上清。倒扣于吸水纸上半分钟。37℃或50℃烘干。
[0122] 10.溶质粒:每管加入2ml TE缓冲液,用1mL枪充分充分吹沉淀处,然后放置在37℃5分钟充分溶解。
[0123] 11.初提质粒进行电泳检测,估计提取情况,然后用于后续的酶切工作。
[0124] 得到pTZ19R-250DNA和pUCS1-2k-750DNA。
[0125] 实施例4质粒的HindIII大规模酶切(50mL体系)
[0126] pTZ 19R-250DNA:5mg(终酶切浓度:100ng/μL)
[0127] 10xBuffer R 5mL
[0128] HindIII:10000~20000单位,需根据每批HindIII的活性加适当的量[0129] 双蒸水:补足至50mL
[0130] 总体积:50mL
[0131] 酶切时间3到6小时,中间取样检测,确认酶切完全后,-20℃保存待纯化。
[0132] pUCS1-2k-750酶切方案与pTZ19R-250相同,只是将HindIII的量减至1/4即可切全。
[0133] 实施例5柱亲和层析法纯化质粒酶切产物
[0134] 本实验中将两个质粒的酶切产物进行整体纯化,即将pTZ19R-250所切的5个片段一起纯化,将pUCS1-2k-750所切的两个片段一起纯化。每个质粒酶切所得的各片段不必先单独纯化出来,这样既麻烦又没有必要。而且一起纯化还有一个好处就是每个片段的比例保持不变,这样计算总的DNA量就可以推算出每个片段的量。
[0135] 纯化的目的是将非DNA的成份均去除掉,保证得到最纯的DNA。
[0136] 柱亲和层析采用Qiagen tip 100000的柱子进行纯化,Qiagen订货目录号:12191。柱子容量为10mg。
[0137] 具体操作流程如下(更详细步骤及各溶液情况可参考Qiagen相关试剂盒手册):
[0138] 1、用QBT溶液75ml平衡待用的柱子。
[0139] 2、样品吸附:将检测确认的酶切产物按照酶切产物与QBT溶液1:5的比例进行混合,加入到平衡好的柱子进行过柱吸附,柱子最大的体积为140ml,体积大时可进行多次吸附。
[0140] 3、漂洗:用总共600mL的QC溶液进行漂洗,将其他杂质洗掉。
[0141] 4、洗脱:将漂洗好的柱子用100mL的QF溶液进行洗脱,将DNA从柱子上洗下来。
[0142] 5、沉淀:
[0143] a)将洗脱液加70mL异丙醇(0.7倍上清液体积)混合,室温沉淀20分钟,[0144] b)用12000g的离心力离心20分钟,小心倒掉上清液,
[0145] c)用20ml 70%乙醇洗涤一次,12000g离心10分钟,小心倒掉上清液,[0146] d)吸去残余的液体,根据DNA的量用适当体积的TE溶液溶解DNA,用于后续工作。
[0147] 6、检测定量:
[0148] a)所得的DNA适当稀释后进行260nm的OD值测量,并换算成DNA浓度。为便于后续操作方便,将样品浓度统一调整至500ng/μl保存。
[0149] b)根据所测的DNA浓度,再进行电泳检测,进一步核实一下所得DNA的浓度及条带质量。
[0150] c)得到的DNA做好记录,于-20℃保存待用。
[0151] 实施例6终产品配制
[0152] 以实施例5中所得的浓度为500ng/μl的样品为原料配制终产品。以配制100ml成品为例,其配制方案如下:
[0153]
[0154] 5xLoading buffer组成:
[0155] 10mM Tris.HCl(pH7.6),10mM EDTA,0.03%二甲苯菁,0.03%溴酚蓝,30%甘油。
[0156] 每批配制好的DL2000成品做好记录,取出小部分进行电泳检测和室温的稳定性检测。
[0157] 电泳检测:取配制好的样品4μl,5μl,6μl与标准样品5μl同时进行1.2%琼脂糖电泳,电泳用1xTAE缓冲液,胶面上直接观察以及拍照记录。电泳图见图5。可见各条带亮度要与标准样品一致。并且电泳条带清晰,条带间无杂带,无背景。这样的样品可以发货。
[0158] 室温稳定性检测:将每批配制好的成品,取小部分放置在室温及37℃,在3天,1周,两周的时间点上分别进行检测。检测结果表明,所得的产品批次间差异极小,产品非常稳定。在1xLoading buffer中,只要在常温放置产品即可达到足够的稳定性。
[0159] 然后进行成品的分装,分装成0.5ml每支成品DL2000。平均1L菌液所提取的质粒分装后得到200支以上的成品DL2000产品。
[0160] 应理解,在阅读了本发明的上述内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。