鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物

摘要

本发明公开了一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物，鉴定每个转录本的特异序列，根据每个转录本的特异序列，设计特异性引物，对鸡mRNA进行扩增，扩增程序为：94℃预变性5min；35个循环：94℃变性30s，60.9℃退火30s，72℃延伸30s；72℃延伸5min；4℃保存；扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测，根据电泳结果和目的条带大小可以分辨出不同转录本，所述的特异性引物序列如SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：4所示。本发明针对每个转录本序列，设计了转录本特异引物，通过反转录PCR技术可以扩增出特定的转录本，对不同转录本功能的分析研究奠定基础。

权利要求

1.一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法，其特征在于，鉴定每个转录本的特异序列，根据每个转录本的特异序列，设计特异性引物，对鸡mRNA进行扩增，扩增程序为：94℃预变性5min；35个循环：94℃变性30s，60.9℃退火30s，72℃延伸30s；72℃延伸5min；4℃保存；扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测，根据电泳结果和目的条带大小可以分辨出不同转录本，所述的转录本特异序列长度分别为113bp和160bp，所对应的特异性引物序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。

2.根据权利要求1所述的扩增方法中的特异性引物，所述的特异性引物序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。

说明书

鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物

技术领域

[0001] 本发明涉及的是一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物。

背景技术

[0002] 一个基因在不同的发育阶段、分化细胞和生理状态下，可以通过不同的剪切方式得到不同的mRNA和翻译产物。每个转录本可能发挥着独特的功能。

[0003] 昼夜节律是生物节律的一种，它是在外源性因素和内源性因素的共同作用下所呈现出的节律。它的内源性因素是由一组生物节律基因和其基因产物相互作用构成的一个闭环震荡系统。其中生物节律基因是昼夜节律的重要内在固定物质基础，在维持机体的体温、呼吸、睡眠、进食、血压、血糖、内分泌等诸多稳态中发挥着关键作用。CLCOK基因在这个系统中起着核心作用。CLOCK基因与不孕不育、肥胖及脂肪代谢异常、糖尿病、肿瘤、高血压疾病、急性心肌梗塞(AMI)等病理过程高度相关(Filipski et al.，2002；Laurence et al.，2003)。研究表明鸡CLOCK基因与鸡对沙门氏菌感染抗性中发挥着重要作用(Li etal.，
2010)。

[0004] 鸡CLOCK基因存在2个不同的转录本，对每个转录本的功能了解较少，目前尚无扩增鸡CLOCK基因不同转录本的技术。

发明内容

[0005] 本发明所要解决的技术问题是针对现有技术的不足提供一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物。

[0006] 本发明的技术方案如下：

[0007] 一种鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法，鉴定每个转录本的特异序列，根据每个转录本的特异序列，设计特异性引物，对鸡mRNA进行扩增，扩增程序为：94℃预变性5min；35个循环：94℃变性30s，60.9℃退火30s，72℃延伸30s；72℃延伸5min；4℃保存；
扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测，根据电泳结果和目的条带大小可以分辨出不同转录本，所述的特异性引物序列如SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：4所示。

[0008] 所述的扩增方法中的特异性引物，所述的特异性引物序列如SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：4所示。

[0009] 本发明针对每个转录本序列，设计了转录本特异引物，通过反转录PCR技术可以扩增出特定的转录本，对不同转录本功能的分析研究奠定基础。

附图说明

[0010] 图1：鸡CLOCK基因2个转录本的扩增结果；A为转录本2(ENSGALT00000037539)，B为转录本1(ENSGALT00000037540)。

具体实施方式

[0011] 以下结合具体实施例，对本发明进行详细说明。

[0012] 比对鸡CLOCK基因2个转录本序列(Transcript ID：ENSGALT00000037540，ENSGALT00000037539)，鉴定每个转录本的特异序列，根据每个转录本的特异序列，设计特异性引物(表1)。在相应条件下(表2)对鸡mRNA进行扩增，扩增程序为：94℃预变性5min；35个循环：94℃变性30s，60.9℃退火30s，72℃延伸30s；72℃延伸5min；4℃保存；扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测(图1)，根据电泳结果和目的条带大小可以分辨出不同转录本。

[0013] 表1鸡CLOCK2个转录本的特异引物

[0014]

[0015]

[0016] 表2PCR反应体系

[0017]成分 体积(μl)
Buffer 2.5
dNTPs 2
模板 1
Forword Primer 0.5
Reverse primer 0.5
Taq酶 0.2
加水补至 25

[0018] 应当理解的是，对本领域普通技术人员来说，可以根据上述说明加以改进或变换，而所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。