RET融合基因检测的PCR引物、试剂盒和液相芯片

摘要

本发明公开了检测RET融合基因的PCR引物、试剂盒和液相芯片。所述液相芯片包括：PCR扩增引物；由tag序列和特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对K15;R12的SEQ ID NO.23、针对K16;R12的SEQ ID NO.24、针对K22;R12的SEQ ID NO.25、针对K23;R12的SEQ ID NO.26、针对K24;R8的SEQ ID NO.27、针对K24;R11的SEQ ID NO.28、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.29；微球。本发明所述的液相芯片具有非常好的信号-噪声比，可一步完成7种融合亚型的扩增，且特异性引物具有非常好的特异性。

权利要求

1.一种检测RET融合基因的PCR引物，其特征是，所述PCR引物为：针对K15；R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.4、针对K16；R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.5、针对K22；R12和K23；R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.6、针对K24；R8的SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.7、针对K24；R11的SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.7、和/或针对C1；R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.8。

2.一种检测RET融合基因的PCR试剂盒，其特征是，包括有权利要求1所述的PCR引物。

3.根据权利要求2所述的PCR试剂盒，其特征是，还包括有阳性对照品，所述阳性对照品为：针对K15；R12的SEQ ID NO.9、针对K16；R12的SEQ ID NO.10、针对K22；R12的SEQ ID NO.11、针对K23；R12的SEQ ID NO.12、针对K24；R8的SEQ ID NO.13、针对K24；R11的SEQ ID NO.14、和/或针对C1；R12的SEQ ID NO.15。

4.一种RET融合基因检测的液相芯片，其特征是，包括有：

(A)权利要求1所述的PCR引物；

(B).针对RET融合基因不同融合类型分别设计的ASPE引物：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的融合类型的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对K15；R12的SEQ ID NO.23、针对K16；R12的SEQ ID NO.24、针对K22；R12的SEQ ID NO.25、针对K23；R12的SEQ ID NO.26、针对K24；R8的SEQ ID NO.27、针对K24；R11的SEQ ID NO.28、和/或针对C1；R12的SEQ ID NO.29；所述tag序列选自SEQ ID NO.16～SEQ ID NO.22；

(C).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.30～SEQ ID NO.36，且所述anti-tag序列能相应地与(B)中所选的tag序列互补配对。

5.根据权利要求4所述的液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为：针对K15；R12的由SEQ ID NO.16和SEQ ID NO.23组成的序列、针对K16；R12的由SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.24组成的序列、针对K22；R12的由SEQ ID NO.18和SEQ ID NO.25组成的序列、针对K23；R12的由SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.26组成的序列、针对K24；R8的由SEQ ID NO.20和SEQ ID NO.27组成的序列、针对K24；R11的由SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.28组成的序列、和/或针对C1；R12的由SEQ ID NO.22和SEQ ID NO.29组成的序列。

6.根据权利要求4或5所述的液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5－10个T。

说明书

RET融合基因检测的PCR引物、试剂盒和液相芯片

技术领域

[0001] 本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及RET融合基因检测的PCR引物、试剂盒和液相芯片。技术背景

[0002] 癌症中的染色体重排常常导致两个独立的基因融合在一起。在某些情况下，两个基因编码区连接在一起，导致融合蛋白的表达，称为基因融合（Gene fusions）。在哺乳动物中，基因融合是导致某些疾病（如癌症）发生的原因之一。基因融合现象最早发现于多种血液和软组织癌症，如白血病、淋巴瘤等。RET原癌基因位于常染色体11q11.2上,长约60000bp,至少含20个外显子,编码酪氨酸激酶受体。目前研究表明RET基因突变与fMT C、sMT C、多发内分泌肿瘤2A及2B型、先天性巨结肠等疾病的发生关系密切。研究进一步发现，RET融合基因与肺癌、甲状腺癌的发病密切相关。研究者从24例肺癌患者中发现1例有KIF5B-RET融合变异。研究者进一步在121例欧洲肺癌样本中发现1例（0.8%）、在405例日本及韩国肺癌样本中发现9例（2%）患者存在KIF5B-RET基因融合。在所有检测分析的
667例肺癌样本中，KIF5B-RET基因融合频率约为1.8%（12/667例），而在没有EGFR、KRAS、HER2、ALK、ROS1变异的肺癌中，RET基因的融合频率高达6.3%（10/159例）。值得注意的是，针对KIF5B-RET这一在NSCLC中发现的新融合基因，转染表达KIF5B-RET融合基因的Ba/F3细胞显示出了RET的高表达和磷酸化活化，而体外实验发现，多靶点药物如索拉非尼、舒尼替尼及凡德他尼（vandetanib）均能抑制该细胞的增殖。

[0003] CCDC6-RET是在非吸烟肺腺癌患者中新发现的融合基因，生物信息学以及实验验证结果表明，在大约10%(2/24)的肿瘤样本中存在着一个新的肺癌致病基因融合CCDC6-RET。RET是一个受体酪氨酸激酶，在正常的肺组织中表达较低；而该基因突变融合了CCDC6的胞外域以及RET的激酶活性区，在肺癌样本中往往表达较高，而这可能是导致肺癌发病的关键所在。

[0004] 目前，针对RET融合基因的研究大部分采用RT-PCR方法以及非放射性同位杂交FISH方法进行检测。RT-PCR方法是针对已知的RET融合基因的类型以及融合方式来设计引物，将RNA反转录获得cDNA后，通过PCR扩增目的片段的方式来进行检测，则存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点。而非放射性原位杂交技术FISH法尽管较为直观，但试验过程过于繁琐，需要的试剂种类繁多，费时费力，且其只能检出融合基因是否存在，不能准确得出具体的融合类型，灵敏性较低，因而一定程度上限制了该法的应用。

发明内容

[0005] 本发明的目的之一是提供一种检测RET融合基因的PCR引物，所述PCR引物可用于单独或并行检测RET融合基因的7种基因融合亚型：KIF5B-RET融合基因的K15;R12、K16;R12、K22;R12、K23;R12、K24;R8、K24;R11和CCDC6-RET融合基因的C1;R12。

[0006] 实现上述目的的技术方案如下：

[0007] 一种检测RET融合基因的PCR引物，所述PCR引物为：针对K15;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.4、针对K16;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.5、针对K22;R12和K23;R12的SEQID NO.1和SEQ ID NO.6、针对K24;R8的SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.7、针对K24;R11的SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.7、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.8。

[0008] 本发明的另一目的是提供一种检测RET融合基因的PCR试剂盒。

[0009] 实现上述目的的技术方案如下：

[0010] 一种检测RET融合基因的PCR试剂盒，包括有上述的所述PCR引物。

[0011] 在其中一个实施例中，所述试剂盒还包括有阳性对照品，所述阳性对照品为：所述阳性对照品为：针对K15;R12的含有SEQ ID NO.1和与SEQ ID NO.4反向互补配对的序列的核酸片段、针对K16;R12的含有SEQ ID NO.1和与SEQ ID NO.5反向互补配对的序列的核酸片段、针对K22;R12和K23;R12的含有SEQ ID NO.1和与SEQ ID NO.6反向互补配对的序列的核酸片段、针对K24;R8的含有SEQ ID NO.2和与SEQ ID NO.7反向互补配对的序列的核酸片段、针对K24;R11的含有SEQ ID NO.3和与SEQ ID NO.7反向互补配对的序列的核酸片段、和/或针对C1;R12的含有SEQ ID NO.1和与SEQ ID NO.8反向互补配对的序列的核酸片段。

[0012] 更优选地，所述阳性对照品为：针对K15;R12的SEQ ID NO.9、针对K16;R12的SEQ IDNO.10、针对K22;R12的SEQ ID NO.11、针对K23;R12的SEQ ID NO.12、针对K24;R8的SEQID NO.13、针对K24;R11的SEQ ID NO.14、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.15。

[0013] 本发明的另一目的是提供一种检测RET融合基因检测的液相芯片。所述RET融合基因检测的液相芯片可用于单独或并行检测RET融合基因的7种基因融合亚型：KIF5B-RET融合基因的K15;R12、K16;R12、K22;R12、K23;R12、K24;R8、K24;R11和CCDC6-RET融合基因的C1;R12。

[0014] 实现上述目的的技术方案如下：

[0015] 一种检测RET融合基因的液相芯片，包括有：

[0016] （A）上述PCR引物；

[0017] （B）.针对RET融合基因不同融合类型分别设计的ASPE引物：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的融合类型的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对K15;R12的SEQ ID NO.23、针对K16;R12的SEQ ID NO.24、针对K22;R12的SEQ ID NO.25、针对K23;R12的SEQ ID NO.26、针对K24;R8的SEQ ID NO.27、针对K24;R11的SEQ ID NO.28、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.29；所述tag序列选自SEQ ID NO.16～SEQ ID NO.22；

[0018] （C）.有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.30～SEQ ID NO.36，且所述anti-tag序列能相应地与（B）中所选的tag序列互补配对。

[0019] 在其中一个实施例中，所述ASPE引物为：针对K15;R12的由SEQ ID NO.16和SEQ IDNO.23组成的序列、针对K16;R12的由SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.24组成的序列、针对K22;R12的由SEQ ID NO.18和SEQ ID NO.25组成的序列、针对K23;R12的由SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.26组成的序列、针对K24;R8的由SEQ ID NO.20和SEQ ID NO.27组成的序列、针对K24;R11的由SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.28组成的序列、和/或针对C1;R12的由SEQID NO.22和SEQ ID NO.29组成的序列。

[0020] 本发明的另一目的是提供一种用于检测RET融合基因的特异性引物。

[0021] 具体技术方案如下：

[0022] 一种用于检测RET融合基因的特异性引物，所述特异性引物为针对K15;R12的SEQ IDNO.23、针对K16;R12的SEQ ID NO.24、针对K22;R12的SEQ ID NO.25、针对K23;R12的SEQ ID NO.26、针对K24;R8的SEQ ID NO.27、针对K24;R11的SEQ ID NO.28、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.29。

[0023] 本发明的主要优点在于：

[0024] 1、本发明所提供的RET融合基因检测液相芯片试剂盒与测序法的检测结果吻合率高达100％。

[0025] 2、本发明的检测液相芯片试剂盒使用步骤简单，使用逆转录产物作为模板，通过严格筛选的PCR引物，通过一步PCR即可完成含有7种1RT融合基因亚型的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的定性分析特征。

[0026] 3、本发明的检测方法使用含有目标检测融合亚型序列的质粒载体作为阳性对照品，进一步保证了检测的准确性和可靠性。

[0027] 4、本发明所制备的RET融合基因的液相芯片具有非常好的信号-噪声比，所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应，同时，本发明设计的ASPE型特异性引物具有非常好的特异性，能准确区分各种型别的融合基因亚型。

[0028] 5、本发明所提供的检测方法所需要的时间远远低于常用的测序技术，特别符合实际应用的需要。

[0029] 6、本发明不仅克服了传统固相芯片敏感性不高，检测结果的可重复性差的缺陷，同时对现有的液相芯片技术进行改进，使得所制备微球能适用于不同的检测项目，具有很强的拓展性。检测的荧光信号值大大提高，从而使得检测的灵敏度进一步得到提高，信噪比增强，检测结果更加准确可靠。

[0030] 说明书附图

[0031] 图1是实施例2中PCR扩增的组1的聚丙烯酰胺凝胶电泳图片。

具体实施方式

[0032] 本发明实施例中未说明的常规条件和方法，按照本领域技术人员采用的常规方法来进行，如《分子克隆实验指南》第三版，或按照生产厂商所提供的操作方法来实施。

[0033] 实施例1一种检测RET融合基因的融合基因检测的PCR引物和阳性对照品[0034] 一、RT-PCR扩增

[0035] 1、逆转录

[0036] 针对各种目标检测的RET融合基因亚型，本发明先使用随机引物对目标检测样本进行逆转录，将样本中mRNA反转录成为cDNA，具体实验步骤参照《分子克隆实验指南》，使用随机引物进行mRNA的反转录为常规操作步骤。

[0037] 2、PCR扩增

[0038] 表1中的融合类型为本发明目标检测的7种RET融合基因亚型，根据该融合基因序列的核酸组成特征，利用Primer5.0设计正向引物和反向引物。使用步骤1所得的cDNA作为模板，对7种目标检测融合基因亚型进行并行扩增。

[0039] 所有引物由Invitrogen公司合成。合成后的每条引物分别用10mmol/LTris Buffer配制成300pmol/mL的贮存液。

[0040] 其中，K15;R12表示KIF5B基因的外显子15和RET基因的外显子12发生融合。

[0041] 表1RET融合基因亚型扩增引物

[0042]

[0043]

[0044] 二、阳性对照品

[0045] 本发明根据目标检测RET融合基因的7种亚型的融合序列特征，设计核酸片段作为检测的阳性对照品，该阳性对照品为含有表1中扩增引物的正向引物和与反向引物反向互补配对的序列的核酸片段，其正向引物和反向引物反向互补配对的序列之间的核酸片段可以是人类基因组序列，也可以是来源于植物、微生物等非人源的核酸序列，且所合成的阳性对照品的片段大小与表1中相应的目标检测融合类型的扩增产物大小一致，从而实现在扩增过程中阳性对照的作用，同时，实现其它的实验目的（例如：当使用来源于植物、微生物等非人源的核酸序列时，可以避免阳性对照品中人类基因组序列对其它检测样本的阳性污染等。）

[0046] 本发明检测方法中，针对各种目标检测融合基因亚型，采用插入相应人类基因组序列作为阳性对照品。具体见表2中的SEQ ID NO.9~SEQ ID NO.15，委托金唯智生物科技（北京）有限公司进行目标插入序列的合成，将经过纯化的合成序列插入到PMD18-T载体上，然后转化至大肠杆菌DH5ɑ感受态细胞中，通过蓝白斑筛选，构建目标检测的7种RET融合基因亚型重组质粒DNA作为阳性对照品。构建的7种重组质粒经双向DNA测序鉴定正确。10
提取质粒，紫外分光光度计定量，稀释至5.0×10 拷贝/毫升于-20°C保存。

[0047] 表2RET融合基因亚型阳性对照质粒的插入序列

[0048]

[0049]

[0050] 实施例2使用实施例1中PCR引物检测RET融合基因

[0051] 1、PCR扩增

[0052] 利用表1所述的PCR扩增引物，对目标检测样本的mRNA反转录产物和阳性对照品进行PCR扩增，实现7种融合基因亚型的目标序列的并行扩增，一步扩增出7条含有融合基因亚型的目标序列，产物大小如表1所示，扩增引物序列（SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8）见上述表1所示。

[0053] 首先配制PCR引物工作液：分别各取SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8的引物贮存液100ul于1.5ml微量离心管中，混合均匀即为多重PCR引物工作液。多重PCR反应体系如下：

[0054]

[0055] PCR扩增程序为：95℃3min；94℃20s，56℃30s，72℃30s，30个循环；72℃10min；4℃保存备用。

[0056] 2、结果检测与数据分析

[0057] 使用上述PCR扩增对10个样本进行检测，该步骤的PCR扩增产物中，针对目标检测样本的mRNA反转录产物，若存在某种融合类型的亚型，则扩增出相应条带，若样本中不含有某种融合类型的亚型，则不能扩增出相应的条带，该扩增产物可通过琼脂糖凝胶、聚丙烯酰胺凝胶、Southern杂交、固相芯片、液相芯片等本领域技术的常规方法检测，从而确定是否存在某种融合基因亚型。请参见图1，图1为聚丙烯酰胺凝胶检测扩增产物的电泳图片。

[0058] 由上述聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物的结果可见，本发明检测方法的扩增引物特异性高，针对7种融合基因亚型，能够特异扩增出单一条带，并可以实现多种融合基因亚型的并行检测。

[0059] 实施例3一种检测RET融合基因的液相芯片试剂盒

[0060] 一、ASPE引物

[0061] 针对目标检测RET融合基因的K15;R12、K16;R12、K22;R12、K23;R12、K24;R8、K24;R11、C1;R12共7种融合亚型设计的特异性引物序列。ASPE引物由“Tag+特异性引物序列”组成。ASPE引物序列如下表所示：

[0062] 表3ASPE引物序列（Tag+特异性引物序列）

[0063]

[0064] 每条ASPE引物包括两个部分，5’端为针对相应微球上anti-tag序列的特异性tag序列，3’端为突变型或野生型特异性引物序列（如上述表3所示）。所有ASPE引物由Invitrogen公司合成。合成后的每条引物分别用10mmol/L Tris Buffer配制成100pmol/mL的贮存液。

[0065] 二、anti-tag序列包被的微球

[0066] 根据所设计的ASPE特异性引物序列，选择tag序列，最大限度地减少各微球的anti-tag序列之间以及tag与ASPE特异性引物序列可能形成的二级结构，选择的两种微球编号与微球上相应的anti-tag序列如表2所示：

[0067] 表4微球编号与微球上相应的anti-tag序列

[0068]

[0069] 选择的7种微球购自美国Luminex公司，将anti-tag序列包被与微球上。anti-tag序列与微球之间连接有5－10个T的间隔臂序，即在每个anti-tag序列前加上一段5－10个T的间隔臂序列，anti-tag序列由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。将合成的anti-tag序列用灭菌ddH2O配成100nmol/ml的贮存液。微球包被的过程如下：

[0070] 分别取5×106个上述编号的羧基化的微球（购自Luminex公司）悬浮于50ul0.1mol/L的MES溶液中（pH4.5），加入10ul合成的anti-tag分子（100nmol/ml）。配制
10ng/ml 的 EDC（N-（3-Dimethylaminopropyl）-N-ethylcarbodiimide）（购 自 Pierce Chemical公司）工作液。往微球悬液中加入2.5ul的EDC工作液，恒温孵育30分钟，再加入2.5ul的EDC工作液，再恒温孵育30分钟。反应结束后，用0.02％的Tween-20洗涤一次，再用0.1％的SDS液洗涤一次。将洗涤后的包被有anti-tag序列的微球重悬于100ul的Tris-EDTA溶液[10mmol/LTris（pH8.0），1mmol/LEDTA中，2-8℃避光保存。

[0071] 三、从样本中扩增出可能存在融合序列的引物

[0072] 本发明提供一种检测实施例1中RT-PCR扩增产物的检测方法，使用实施例2中的检测方法对目标检测的7种融合基因亚型和阳性对照品进行PCR扩增，具体的正向引物和反向引物，如表1所示，具体的操作步骤见实施例2。

[0073] 实施例4运用实施例3中融合基因检测液相芯片对样本的检测

[0074] 所述各种溶液的配方如下：

[0075] 50mM的MES缓冲液（pH5.0）配方（250ml）：

[0076]

[0077] 2×Tm杂交缓冲液

[0078]试剂 来源 终浓度 每250ml的用量
1MTris-HCl，pH8.0 SigmaT3038 0.2M 50ml
5MNaCl Sigma S5150 0.4M 20ml
Triton X-100 Sigma T8787 0.16％ 0.4ml

[0079] 过滤后贮存于4℃。

[0080] ExoSAP-IT试剂盒购自美国USB公司。

[0081] 生物素标记的dCTP购自上海生工生物工程技术服务有限公司。

[0082] 一、样本的RNA的准备

[0083] 样本RNA的抽提操作，具体见《分子克隆实验指南》第三版，并使用随机引物对样本mRNA进行逆转录，参见实施例1。

[0084] 二、待测样品的PCR扩增

[0085] 使用实施例2中的检测方法，利用表1所述的PCR扩增引物，对目标检测样本的mRNA反转录产物和阳性对照品进行PCR扩增，实现7种融合基因亚型的目标序列的并行扩增，一步扩增出7条含有融合基因亚型的目标序列，产物大小如表1所示。引物序列（SEQ ID NO.1~SEQ IDNO.8）见上述表1所示。

[0086] 首先配制PCR引物工作液：分别各取SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8的引物贮存液100ul于1.5ml微量离心管中，混合均匀即为多重PCR引物工作液。多重PCR反应体系如下：

[0087]

[0088]

[0089] PCR扩增程序为：95℃3min；94℃20s，56℃30s，72℃30s，30个循环；72℃10min；4℃保存备用。

[0090] 三、PCR产物的酶切处理

[0091] 参照ExoSAP-IT试剂盒说明，详细步骤如下：

[0092] 1.取7.5ul PCR反应后的产物，加入3ul ExoSAP-IT酶；

[0093] 2.37℃孵育15min。80℃孵育15min，使多余的酶灭活。酶切处理后的产物直接用于后续的ASPE引物延伸反应。

[0094] 四、位点特异的引物延伸反应（ASPE）

[0095] 利用表3设计的位点特异性引物进行引物延伸反应，在反应过程中掺入生物素标记的dCTP，从而使反应后的产物带上多个的生物素标记。

[0096] 首先配制混合的ASPE引物工作液：取相应的ASPE引物贮存液各10ul于1.5ml微量离心管中，加入10mmol/L Tris Buffer补至200ul，混合均匀即为ASPE混合引物工作液。ASPE反应的体系如下：

[0097]

[0098] PCR程序为：96℃2min；94℃30s，58℃1min，72℃2min，30个循环；4℃保存备用。

[0099] 五、杂交反应

[0100] 1.根据设计的ASPE引物，选择如实施例3所述的7种包被有anti-tag序列的微5
球（微球浓度均为2.5×10个/ml）；

[0101] 2.分别取1ul每种编号的微球于1.5ml的微量离心管中；

[0102] 3.微球于≥10000g离心1-2min；

[0103] 4.弃去上清，微球重悬于100ul的2×Tm杂交缓冲液中，涡旋混匀；

[0104] 5.取25ul上述微球悬液于96孔滤板相应的孔中，对照孔加25ul的ddH2O；

[0105] 6.取5-25ul的ASPE反应液于相应的孔中，用ddH2O补足至50ul；

[0106] 7.用锡箔纸包住96孔板以避光，95℃60s，37℃15min孵育杂交；

[0107] 8.杂交后的微球于≥3000g离心2－5min；

[0108] 9.去上清，将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中；

[0109] 10.微球于≥3000g离心2－5min；

[0110] 11将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中，加入15ul浓度为10ug/ml的链霉亲和素-藻红蛋白（SA-PE）；

[0111] 12.37℃孵育15min，于Luminex仪器上检测。

[0112] 六、结果检测与数据分析

[0113] 反应后产物通过Luminex系列分析仪器检测。以突变型荧光值（MFI）大于100为cut-off值，当突变型检测的MFI值大于100时，判定该样本存在该突变类型，否则判定该样本为相应的野生型。

[0114] 使用本方法检测大量样本的RET融合基因亚型，以测序法检测与液相芯片结果作对照，同时对实施例1中的RT-PCR产物进行检测，计算本发明所提供的方法检测结果的吻合率。本方法检测20份样本的RET融合基因亚型检测结果与测序结果吻合率达到100％。可见本发明所提供的RET融合基因亚型检测液相芯片能够准确地检测出7种RET融合基因亚型，且结果稳定可靠。

[0115] 表5样本检测结果（MFI）

[0116]

[0117]

[0118] 表6样本RET融合基因分析结果

[0119]样本号 液相芯片检测结 测序检测结果
11 野生型 野生型
12 野生型 野生型
13 野生型 野生型
14 野生型 野生型
15 野生型 野生型
16 野生型 野生型
17 K16;R12融合 K16;R12融合
18 野生型 野生型
19 野生型 野生型
20 野生型 野生型
21 野生型 野生型
22 K23;R12融合 K23;R12融合
23 野生型 野生型
24 野生型 野生型
25 野生型 野生型
26 K24;R8融合 K24;R8融合
27 野生型 野生型
28 野生型 野生型

[0120]29 野生型 野生型
30 野生型 野生型

[0121] 实施例5Tag序列及Anti-Tag序列的选择

[0122] 一、液相芯片制备的设计（Tag序列及Anti-Tag序列的选择）

[0123] 以RET融合基因的K15;R12、K22;R12、K24;R8类型的检测液相芯片为例，针对该3种融合基因亚型设计ASPE引物3’端的特异性引物序列（如表3所示），而ASPE引物5’端的Tag序列则选自SEQ ID NO.16-SEQ ID NO.22，相应的，包被于微球上的与对应tag序列互补配对的anti-tag序列选自SEQ ID NO.30-SEQ ID NO.36。具体设计如下表（表7）所示。ASPE引物的合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施例1、实施例2和实施例3所述。

[0124] 表7液相芯片制备的设计

[0125]

[0126] 二、样品检测

[0127] 采用上述设计制备的液相芯片，按实施例2所述检测过程和方法对样品61-80进行检测，检测结果如下：

[0128] 表8样本检测结果（MFI）

[0129]

[0130]

[0131] 表9样本RET融合基因亚型检测结果分析

[0132]样本号 液相芯片检测结 测序检测结果
31 野生型 野生型
32 野生型 野生型
33 野生型 野生型
34 野生型 野生型
35 野生型 野生型
36 野生型 野生型
37 野生型 野生型
38 野生型 野生型
39 野生型 野生型
40 野生型 野生型

[0133]41 野生型 野生型
42 野生型 野生型
43 野生型 野生型
44 K23;R12融合 K23;R12融合
45 野生型 野生型
46 野生型 野生型
47 野生型 野生型
48 野生型 野生型
49 野生型 野生型
50 野生型 野生型

[0134] 从上述实施例可见，其它针对不同融合亚型的液相芯片，ASPE引物运用不同的tag序列，其结果依然稳定可靠，具体数据省略。而ASPE引物选用实施例3中tag序列与特异性引物序列搭配时，效果更佳（信噪比更好），参见本实施例试验组1。其它不同tag序列与特异性引物序列搭配，与实施例4和本实施例的结果相同，具体数据省略。

[0135] 实施例6液相芯片的交叉反应率检测

[0136] 一、实验目的

[0137] 针对本发明融合基因并行检测液相芯片，进行交叉反应率的检测。取阳性对照质粒，检测K15;R12、K16;R12、K22;R12、K23;R12、K24;R8、K24;R11、C1;R12共7种融合亚型的交叉反应率。

[0138] 二、操作步骤

[0139] 1、配制阳性对照质粒的混合液（简称：样本质粒），该混合液含有每种质粒的浓度为106拷贝/uL，上样10uL，重复3次。

[0140] 2、对阳性对照质粒的混合液进行PCR扩增，一步扩增出7条含有融合基因亚型的目标序列，产物大小如表1所示。

[0141] 配制PCR引物工作液：分别各取SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8的引物贮存液100ul于1.5ml微量离心管中，混合均匀即为多重PCR引物工作液。多重PCR反应体系如下：

[0142]

[0143]

[0144] PCR扩增程序为：95℃3min；94℃20s，56℃30s，72℃30s，30个循环；72℃10min；4℃保存备用。

[0145] 三、PCR产物的酶切处理（如实施例4所示）

[0146] 四、位点特异的引物延伸反应（如实施例4所示）

[0147] 利用表3设计的位点特异性引物进行引物延伸反应，在反应过程中掺入生物素标记的dCTP，从而使反应后的产物带上多个的生物素标记。

[0148] 针对7种基因融合亚型，分别取相应的ASPE引物，配制成ASPE工作液：取相应的ASPE引物贮存液各10ul于1.5ml微量离心管中，加入10mmol/L Tris Buffer补至200ul，混合均匀即为ASPE引物工作液。分别配制7种针对不同融合类型的ASPE工作液，并使用以下体系，分别进行ASPE延伸。ASPE反应的体系如下：

[0149]

[0150] PCR程序为：96℃2min；94℃30s，58℃1min，72℃2min，30个循环；4℃保存备用。

[0151] 五、杂交反应（如实施例4所示）

[0152] 六、结果检测与数据分析

[0153] 反应后产物通过Luminex系列分析仪器检测。

[0154] 表10样本质粒检测结果

[0155]

[0156]

[0157] 实施例7RET融合基因突变检测特异性引物序列的选择

[0158] 一、液相芯片制备的设计（野生型和突变型特异性引物序列的选择）[0159] 以RET融合基因K16;R12；K24;R8；C1;R12亚型的检测液相芯片为例，以该突变位点所在目标序列的正向或反向互补序列为模板，分别针对K16;R12；K24;R8；C1;R12亚型设计ASPE引物3’端的特异性引物序列，包括本发明实施例1中优选的特异性引物序列和2条备选的特异性引物序列，如表11所示。

[0160] 表11特异性引物序列

[0161] 以RET融合基因K16;R12；K24;R8；C1;R12亚型的检测液相芯片为例，针对K16;R12；K24;R8；C1;R12亚型选用不同的特异性引物序列，而ASPE引物5’端的tag序列则固定为实施例1中的最佳效果序列，并选用与之相对应的anti-tag序列，具体设计如下表（表12）所示。ASPE引物的合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施例1和实施例2所述。

[0162] 表12液相芯片制备的设计

[0163]

[0164] 二、样品检测

[0165] 采用上述设计制备的液相芯片，按实施例2所述检测过程和方法对样品51-70进行检测，检测结果如下：

[0166] 表13样本检测结果（MFI）

[0167]

[0168]

[0169] 表14样本RET融合基因亚型检测结果分析

[0170]样本号 液相芯片检测结 测序检测结果
51 野生型 野生型
52 野生型 野生型
53 野生型 野生型
54 野生型 野生型
55 野生型 野生型
56 野生型 野生型
57 C1;R12融合 C1;R12融合
58 野生型 野生型
59 野生型 野生型
60 野生型 野生型
61 野生型 野生型
62 野生型 野生型
63 K16;R12融合 K16;R12融合
64 野生型 野生型
65 野生型 野生型
66 野生型 野生型
67 野生型 野生型
68 野生型 野生型

[0171]69 野生型 野生型
70 野生型 野生型

[0172] 由本实施例可见，ASPE引物选用实施例3中特异性引物序列与tag序列搭配时，效果更佳（信噪比更好），参见本实施例试验组4。其它来源于目标检测位点所在序列的正向或反向互补序列的不同特异性引物序列与tag序列搭配，与实施例4和本实施例的检测结果相同，即依然是实施例3中所述的特异性引物序列与不同的tag序列搭配效果更佳，具体数据省略。

[0173] 以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。