一种应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系的方法

摘要

本发明公开了一种应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系的方法。本发明提供的辅助鉴定待测猪是否为五指山小型猪近交系的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；如果满足(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的五指山小型猪近交系；如果不满足上述(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的非五指山小型猪近交系。本发明对于五指山小型猪近交系的种质资源鉴定具有重大价值。

权利要求

1.一种辅助鉴定待测猪是否为五指山小型猪近交系的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；

如果满足如下(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的五指山小型猪近交系：如果不满足上述(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的非五指山小型猪近交系。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述五指山小型猪近交系属于F20至F22中的任一世代。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述五指山小型猪近交系属于F20世代或F20世代以后的世代。

4.如权利要求1至3中任一所述的方法，其特征在于：所述方法中，采用特定芯片检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；所述特定芯片为分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子的核酸芯片。

5.一种核酸芯片，分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子。

6.权利要求5所述核酸芯片的应用，为如下(a)或(b)：(a)辅助鉴定待测猪是否为五指山小型猪近交系；

(b)辅助鉴定待测猪群体是否为五指山小型猪近交系群体。

7.一种辅助鉴定待测猪群体是否为五指山小型猪近交系群体的方法，包括如下步骤：从待测猪群体中随机抽样得到待测样本，然后检测各个待测样本基于145个SNP位点的基因型，如果所有待测样本均满足如下(1)至(145)的所有标准，待测猪群体为候选的五指山小型猪近交系群体：如果待测样本中存在一个以上不满足上述(1)至(145)的所有标准，待测猪群体为候选的非五指山小型猪近交系群体。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于：所述待测猪为五指山小型猪近交系或海南五指山猪。

9.如权利要求7或8所述的方法，其特征在于：所述方法中，采用特定芯片检测各个待测样本基于145个SNP位点的基因型；所述特定芯片为分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子的核酸芯片。

说明书

一种应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系的方法

技术领域

[0001] 本发明涉及一种应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系的方法。

背景技术

[0002] 1989年-2003年期间，“五指山近交系培育、种质特性及开发利用”在农业部“七五、八五、九五”行业攻关项目，以及科技部“863”、国家自然基金委重点、重大项目有关等7个课题的资助下，研究工作取得突破性进展，即：以1公1母五指山猪(又称五指山小型猪)为系祖，连续采用“仔配母”、“全同胞”交配等综合措施，逐步克服近交繁育导致繁殖成活率极低、不足20％不良影响，组建F17近交系群体和系谱，并进行了利用分子遗传手段DNA指纹图相似系数、微卫星等多种先进的技术手段监测了该近交系品种F7-F16近交系培育研究过程，初步揭示五指山小型猪近交系的遗传规律和特点,验证了该近交系培育过程的真实性、科学性。并进行了大量的开发利用研究，显示出作为人类理想动物模型研究的无比优越型，取得一定的经济效益和较大的社会效益。其研究内容分别于1995年和2005年《五指山小型猪种质特性及开发利用研究》(农科果鉴定【95】第075号)、《五指山小型猪实验用近交系培育与分子遗传基础研究》两项成果通过农业部技术成果鉴定，其中1999年获得农业部科技进步三等奖。

[0003] 小型猪近交培育初步研发成果，在国内外产生了较大的影响，如，美国、意大利、日本、西德、韩国等纷纷要求引种或合作研究，尤其美国1996年提出500万美元购买当时的50头种猪；韩国不同意引种后2000年提议出资500万元在中国合资办厂等等。其主要原因在于近交系动物是特殊动物遗传资源，它能向化学分析纯试剂和物理学上的精密仪器一样，能为生命科学研究迅速得出、灵敏、准确的科学数据，具有很高的使用价值和研究意义，所以目前国际上已培育出450多种近交系系小鼠、大鼠等。小型哺乳动物近交系做为动物模型，已广泛应用于解决人类疑难病症、攻克生命科学和医学、药学难题等研究领域。由于种间生理等多方差异，近交系猪培育十分困难，经查新证实(2013.11)至今国际上未见成功报道。但猪和鼠类相比与人类有更大的相似性，在解决人类疑难病症、攻克生命科学和医学、药学难题等研究中将发挥不可代替的、独特的作用。近交系猪是国际上珍稀的、宝贵的大型动物基因遗传资源。此前，远在上世纪六十年代美欧一些发达国家多单位、就出巨资开展了近交系猪培育研究，但未能成功、近交系数最高的仅能达到0.75。而我国通过15年培育研究，利用我国特殊的小型猪资源已获得F17、近交系数已达0.965，更可喜的是已克服、跨越近交繁殖所导致仔猪死亡的高发阶段。因此，近交系猪培育成功很有可能在我国首次实现。经过近年的进一步工作，现在已获得五指山小型猪近交系F17至F22。

[0004] 由于近交系猪国际尚未有培育成功报道，更无近交系建系标准和鉴定方法。因此，必须借鉴、严格遵循近交系小鼠、大鼠的培育方法进行，即同一世祖2头猪近亲繁育20代以上并建立完整系谱，检测其遗传稳定性，建立鉴定方法，建立品系标准尤其是与现海南五指山猪种间区别，才能向世人提供科学、可信证据，才能完成前无古人后暂无来者的遗传资源创新工程、造福人类。

[0005] 一旦小型猪近交系培育成功，我国将拥有自主知识产权，具有国际领先水平的创新的猪遗传种质资源，将填补该研究领域内世界研究空白，丰富大型动物近交系培育理论与实践；作为人类理想的“替难者”，是生物技术研究取得进展的重要基石和创新基础，将会大大促进我国生命科学、人类医学、药学等方面的协同发展和创新，为解决人类疑难病症、延长生命而造福人类做出不可替代地位和作用。因此，具有重要的现实意义和理论意义。

发明内容

[0006] 本发明的目的是提供一种应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系的方法。

[0007] 本发明提供了一种辅助鉴定待测猪是否为五指山小型猪近交系的方法，包括如下步骤：

[0008] 检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；

[0009] 如果满足如下(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的五指山小型猪近交系：

[0010]

[0011]

[0012]

[0013] 如果不满足上述(1)至(145)的所有标准，待测猪为候选的非五指山小型猪近交系。

[0014] 所述待测猪可为五指山小型猪近交系或海南五指山猪。

[0015] 所述五指山小型猪近交系可属于F20至F22中的任一世代。

[0016] 所述五指山小型猪近交系可属于F20世代或F20世代以后的世代。

[0017] 所述方法中，可采用特定芯片检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；所述特定芯片为分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子的核酸芯片。

[0018] 本发明还保护一种核酸芯片，分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子。

[0019] 本发明还保护所述核酸芯片的应用，为如下(a)或(b)：(a)辅助鉴定待测猪是否为五指山小型猪近交系；(b)辅助鉴定待测猪群体是否为五指山小型猪近交系群体。

[0020] 所述待测猪可为五指山小型猪近交系或海南五指山猪。

[0021] 所述五指山小型猪近交系可属于F20至F22中的任一世代。

[0022] 所述五指山小型猪近交系可属于F20世代或F20世代以后的世代。

[0023] 本发明还提供了一种辅助鉴定待测猪群体是否为五指山小型猪近交系群体的方法，包括如下步骤：

[0024] 从待测猪群体中随机抽样得到待测样本，然后检测各个待测样本基于145个SNP位点的基因型，如果所有待测样本均满足如下(1)至(145)的所有标准，待测猪群体为候选的五指山小型猪近交系群体：

[0025]

[0026]

[0027]

[0028]

[0029] 如果待测样本中存在一个以上不满足上述(1)至(145)的所有标准，待测猪群体为候选的非五指山小型猪近交系群体。

[0030] 所述方法中，从待测猪群体中随机抽样得到有统计学意义的待测样本。

[0031] 所述方法中，从待测猪群体中随机抽样得到16头以上待测样本。

[0032] 所述待测猪可为五指山小型猪近交系或海南五指山猪。

[0033] 所述五指山小型猪近交系可属于F20至F22中的任一世代。

[0034] 所述五指山小型猪近交系可属于F20世代或F20世代以后的世代。

[0035] 所述方法中，可采用特定芯片检测待测猪基于145个SNP位点的基因型；所述特定芯片为分别在不同点固定有序列表的序列1至序列145所示的单链DNA分子的核酸芯片。

[0036] 本发明对于五指山小型猪近交系的种质资源鉴定具有重大价值。

具体实施方式

[0037] 以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。

[0038] 五指山小型猪近交系：

[0039] 李凯、冯书堂、牟玉莲，杨述林，韩建林，刘岚，员新旭，郭勇，五指山小型猪3个近交家系微卫星等位基因遗传变化，中国农业科学，2012,42(5)：1751-1760。

[0040] 海南五指山猪：

[0041] 侯冠彧,王东劲,管松,荣光,黄显洲，五指山猪小群体遗传学检测，家畜生态学，2007，第28卷第6期：44-47。

[0042] 五指山小型猪近交系的实验动物为48头，其中F20代16头、F21代16头、F22代16头。海南五指山猪的实验动物为16头。

[0043] 实施例1、方法的建立

[0044] 本发明的发明人在对五指山小型猪近交系和非五指山小型猪近交系进行基因组研究时发现，存在145个SNP位点，根据其基因型，可以鉴别五指山小型猪近交系和非五指山小型猪近交系。五指山小型猪近交系的145个SNP位点的基因型均为纯合型(表1中描述的基因型)。非五指山小型猪近交系的145个SNP位点均为杂合型。

[0045] 145个SNP位点中，12个位于1号染色体的第1段，16个位于1号染色体的第15段、14个位于1号染色体的第50段，16个位于1号染色体的第78段，15个位于2号染色体的第2段，14个位于2号染色体的第12段，13个位于2号染色体的第19段，20个位于18号染色体的第5段，13个位于18号染色体的第14段，12个位于18号染色体的第20段。

[0046] 基于145个SNP位点本发明的发明人设计了145条探针(探针与基因组DNA的结合区域与SNP位点相邻，位于SNP位点的上游或下游，因此通过末端延伸，可以获知SNP位点的基因型)。

[0047] 145个SNP的名称、所处的染色体、在染色体上的位置、五指山小型猪近交系的基因型、SNP的源类型、145个探针的核苷酸序列和SNP在基因组DNA上所处的源序列见表1。

[0048] 表1

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[0060] 表1中，N代表A、T、C或G。表1中，源序列中的下划线标注探针对应的区域(含有两种形式，探针与下划线区域的核苷酸序列相同，探针与下划线区域的核苷酸序列反向互补)。表1中，当SNP的源类型为[T/G]时杂合型为TG，当SNP的源类型为[A/G]时杂合型为AG，当SNP的源类型为[T/C]时杂合型为TC，当SNP的源类型为[A/C]时杂合型为AC。

[0061] 实施例2、应用145个SNP鉴定五指山小型猪近交系与非五指山小型猪近交系[0062] 1、取实验动物，耳静脉取血，从血样中提取基因组DNA。

[0063] 2、取步骤1得到的基因组DNA，与固定有145个探针(145个探针分别为序列表的序列1至序列表的序列145所示的单链DNA分子)的核酸芯片进行杂交。

[0064] 3、完成步骤2后，将核酸芯片中的各个点进行末端延伸，从而获知基因组DNA中145个SNP位点的基因型。

[0065] 4、取步骤1得到的基因组DNA，进行全基因组测序，获知基因组DNA中145个SNP位点的基因型。

[0066] 结果表明，步骤3的结果和步骤4的结果完全一致。

[0067] 五指山小型猪近交系的48头实验动物的145个SNP位点的基因型均为纯合型(实施例1的表1中描述的基因型)。海南五指山猪的16头实验动物的145个SNP位点均为杂合型。