一个与陆地棉早熟性状相关的SNP位点及其应用

摘要

本发明公开了一种鉴定或辅助鉴定陆地棉早熟性状的方法。本发明所提供的鉴定或辅助鉴定陆地棉早熟性状的方法包括如下步骤：检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型，如果为AA纯合型或AG杂合型、待测陆地棉为候选的具有早熟性状的陆地棉，如果为GG纯合型、待测陆地棉为候选的具有晚熟性状的陆地棉；所述G1001A SNP位点为序列表的序列1自5’末端第1001位核苷酸，位于陆地棉Dt3染色体上的第13562854位。实验证明，通过检测待测陆地棉基于G1001A SNP的基因型可以筛选陆地棉早熟性状，在普通陆地棉分子育种中发挥重要作用。

权利要求

1.一种鉴定或辅助鉴定陆地棉成熟性状的方法，包括如下步骤：检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型，如果为AA纯合型或AG杂合型、待测陆地棉为候选的具有早熟性状的陆地棉，如果为GG纯合型、待测陆地棉为候选的具有晚熟性状的陆地棉；

所述G1001A SNP位点为序列表的序列1自5’末端第1001位核苷酸。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述早熟性状为如下（a1）至（a6）中的一种或几种的组合：（a1）全生育期小于120天；

（a2）苗蕾期小于65天；

（a3）花铃期小于50天；

（a4）第一果枝位小于6个叶位数；

（a5）第一果枝位高度小于22厘米；

（a6）霜前花率为70%以上；

所述晚熟性状为如下（b1）至（b6）中的一种或几种的组合：（b1）全生育期120天以上；

（b2）苗蕾期65天以上；

（b3）花铃期50天以上；

（b4）第一果枝位6个叶位数以上；

（b5）第一果枝位高度为22厘米以上；

（b6）霜前花率为小于70%。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述方法中，检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型的方法为：提取待测陆地棉的基因组DNA，PCR扩增含有所述G1001A SNP位点的靶区域，获得基于G1001A SNP位点的基因型。

4.一种筛选具有早熟性状的陆地棉的方法，包括如下步骤：按照权利要求1至3中任一所述的方法鉴定待测陆地棉的成熟性状，筛选具有早熟性状的陆地棉。

5.一种筛选具有晚熟性状的陆地棉的方法，包括如下步骤：按照权利要求1至3中任一所述的方法鉴定待测陆地棉的成熟性状，筛选具有晚熟性状的陆地棉。

6.一种与陆地棉成熟性状相关的含有权利要求1中所述SNP位点的DNA片段，其特征在于：该DNA片段的核苷酸序列如序列表中序列1所示；

所述成熟性状为全生育期性状和/或苗蕾期性状和/或花铃期性状和/或第一果枝位性状和/或第一果枝位高度性状和/或霜前花率性状。

说明书

一个与陆地棉早熟性状相关的SNP位点及其应用

技术领域

[0001] 本发明涉及生物技术领域，具体涉及一个与陆地棉早熟性状相关的SNP位点及其应用。

背景技术

[0002] 棉花是一种重要的经济作物，在国民经济和社会发展中占有重要地位。但是我国的基本国情是人多地少，粮棉争地矛盾非常突出。由于传统植棉方式是一年一熟制，复种指数低，限制了棉花生产的发展，因此，在生产上迫切需要适合两熟或多熟种植的早熟、丰产、优质棉花新品种。棉花早熟性是一个复杂性状，主要包括全生育期、苗期、蕾期、花铃期、第一果枝位、第一果枝位高度和霜前花率等性状，这些性状都是数量性状，受多个数量性状基因位点(Quantitative traitlocus，QTL)控制，遗传机理复杂且易受环境因影响，因此，传统育种方法进展缓慢，效率低。挖掘控制陆地棉早熟性状的优良等位变异，并且开发相应等位变异的功能标记对育种过程中跟踪选择具有早熟性状的陆地棉品种具有重要的意义。

[0003] 连锁分析与关联分析是现今解析研究植物数量性状基因型的主要方法。连锁分析是通过双亲杂交，建立作图群体，进行高密度分子连锁图谱的绘制，对作图群体进行各种性状高精确度的表型鉴定，再进行连锁分析，将相应性状的QTL定位在特定的遗传连锁区段
内。利用两个F2群体连锁分析已定位了生育期、苗期、蕾期、花铃期、第一果枝位、第一果枝位高度和霜前花率等与陆地棉早熟性状相关的QTL(Li,et al.QTL analysis for early-
maturing traits in cotton using two upland cotton(Gossypium hirsutum L.)
crosses.Breeding Science,2013,63:154-163)。

[0004] 关联分析是一种以连锁不平衡为基础，鉴定自然群体目标性状与遗传标记或候选基因关系的分析方法。此方法无需构建作图群体，应用品种资源群体即可使检测更多的等
位基因，同时还可以考察多个性状大多数QTL的关联位点及其等位变异，是一种剖析复杂数量性状很有前途的手段。全基因组扫描的关联分析技术是现代数量性状基因定位及作图的
一种有效方法，在作物重要性状的基因定位与克隆、优异基因资源的挖掘等研究中已得到
广泛应用。有关棉花早熟性状关联分析的研究相对较少，目前已报道了与陆地棉早熟相关
性状显著关联的3个SSR位点，其中CER0098-400与全生育期显著关联，DPL0375-250和
HAU2414-147与果枝始节位显著关联(梁冰等，陆地棉农艺性状与SSR标记的关联分析，棉花学报，26(5)：387-395)。目前没有利用高密度的单核甘酸多态性(Single nucleotide 
polymorphism，SNP)标记深入地对陆地棉早熟性状相关的主效QTL或相关联的位点进行研
究。

[0005] 单核甘酸多态性是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列的多态性。DNA分子单个核苷酸的变异有碱基替换、插入和缺失等形式,而SNP不包括碱基的插入和缺失。根据变异发生区域的不同，SNP在基因组内可以划分为2种形式：第一是位于基因组序列中的大量单核苷酸变异；第二是位于基因编码区的功能性单核苷酸变异。后者由于分布
在基因编码区，故又被称为cSNP(Coding SNP)。随着技术的发展，SNP检测方法越来越多，检测费用也越来越经济，使它成为继SSR之后的新一代分子标记。

发明内容

[0006] 本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定陆地棉早熟性状。

[0007] 为解决上述问题，本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定陆地棉成熟性状的方法。

[0008] 本发明提供的一种鉴定或辅助鉴定陆地棉成熟性状的方法可包括如下步骤：检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型，如果为AA纯合型或AG杂合型、待测陆地棉为候选的具有早熟性状的陆地棉，如果为GG纯合型、待测陆地棉为候选的具有晚
熟性状的陆地棉。

[0009] 上述方法中，所述“检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型”的方法可为：提取待测陆地棉的基因组DNA，PCR扩增含有所述G1001A SNP位点的靶区
域，获得基于G1001A SNP位点的基因型；所述PCR扩增采用的引物对可由引物F和引物R组
成，所述引物F的核苷酸序列可如序列表的序列2所示，所述引物R的核苷酸序列可如序列表的序列3所示。

[0010] 上述方法中，所述“检测待测陆地棉的基因组DNA中基于G1001A SNP位点的基因型”的方法具体可为：提取待测陆地棉的基因组DNA并作为模板，以所述引物F和所述引物R为引物进行PCR扩增，然后利用PCR-SSCP技术检测基于G1001A SNP位点的基因型。

[0011] 本发明还提供了一种筛选具有早熟性状的陆地棉的方法。

[0012] 本发明所提供的一种筛选具有早熟性状的陆地棉的方法可包括如下步骤：按照上述鉴定或辅助鉴定陆地棉成熟性状的方法鉴定待测陆地棉的成熟性状，筛选具有早熟性状
的陆地棉。

[0013] 本发明还提供了一种筛选具有晚熟性状的陆地棉的方法。

[0014] 本发明所提供的一种筛选具有晚熟性状的陆地棉的方法可包括如下步骤：按照上述鉴定或辅助鉴定陆地棉成熟性状的方法鉴定待测陆地棉的成熟性状，筛选具有晚熟性状
的陆地棉。

[0015] 由引物F和引物R组成的引物对也属于本发明的保护范围，所述引物F的核苷酸序列可如序列表的序列2所示，所述引物R的核苷酸序列可如序列表的序列3所示。

[0016] 含有上述任一所述引物对的试剂盒也属于本发明的保护范围。

[0017] 所述试剂盒还可包括用于PCR-SSCP检测的试剂。

[0018] 上述任一所述G1001A SNP位点为序列表的序列1自5’末端第1001位核苷酸，该第1001位核苷酸为A或G；该SNP位点在陆地棉Dt3染色体上的第13562854位。

[0019] 上述任一所述G1001A SNP位点也属于本发明的保护范围。

[0020] 所述G1001A SNP位点与陆地棉成熟性状相关，具体为序列表的序列1自5’末端第1001位核苷酸，该第1001位核苷酸为A或G；该SNP位点在陆地棉Dt3染色体上的第13562854
位。

[0021] 与陆地棉成熟性状相关的含有上述任一所述G1001A SNP位点的DNA片段也属于本发明的保护范围。

[0022] 所述“与陆地棉成熟性状相关的含有上述任一所述G1001A SNP位点的DNA片段”的核苷酸序列可如序列表中序列1所示，该DNA片段可位于陆地棉Dt3染色体上的第13561854
位—第13563854位。

[0023] 上述任一所述成熟性状为全生育期性状和/或苗蕾期性状和/或花铃期性状和/或第一果枝位性状和/或第一果枝位高度性状和/或霜前花率性状。

[0024] 上述任一所述早熟性状为如下(a1)-(a6)中的一种或几种的组合：

[0025] (a1)全生育期小于120天；

[0026] (a2)苗蕾期小于65天；

[0027] (a3)花铃期小于50天；

[0028] (a4)第一果枝位小于6个叶位数；

[0029] (a5)第一果枝位高度小于22厘米；

[0030] (a6)霜前花率为70％以上；

[0031] 上述任一所述晚熟性状为如下(b1)至(b6)中的一种或几种的组合：

[0032] (b1)全生育期120天以上；

[0033] (b2)苗蕾期65天以上；

[0034] (b3)花铃期50天以上；

[0035] (b4)第一果枝位6个叶位数以上；

[0036] (b5)第一果枝位高度为22厘米以上；

[0037] (b6)霜前花率为小于70％。

[0038] 本发明以185份陆地棉材料进行实验，调查全生育期(WGP)、苗蕾期(SSP)、花铃期(FBP)、第一果枝位(NFFB)、第一果枝位高度(HNFFB)和霜前花率(YPBF)6个性状，同时针对上述任一所述G1001A SNP位点的基因型对陆地棉材料进行分类，统计结果为：㈠66个基于
G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型
为AG杂合型的陆地棉品种中，89.77％的全生育期都小于120天，平均值为111.68天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，84.54％的全生育期都为120天以
上，平均值为124.18天。㈡66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和
22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，84.10％的苗蕾期都小于
65天，平均值为63.35天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，
91.75％的苗蕾期都为65天以上，平均值为69.53天。㈢66个基于G1001A SNP位点的基因型
为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种
中，76.14％的花铃期都小于50天，平均值为47.66天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，90.72％的花铃期都为50天以上，平均值为50.28天。㈣66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型
为AG杂合型的陆地棉品种中，82.95％的第一果枝位都小于6个叶位数，平均值为5.68个叶
位数；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，91.75％的第一果枝位都为6个叶位数以上，平均值是7.23个叶位数。㈤66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，
80.68％的第一果枝位高度小于22厘米，平均值为20.15厘米；97个基于G1001A SNP位点的
基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，92.78％的第一果枝位高度都为22厘米以上，平均值为
26.05厘米。㈥66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于
G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，90.91％的霜前花率都为70％以上，平均值为79.82％；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，
82.47％的霜前花率都小于70％，平均值为61.03％。统计结果表明，检测待测陆地棉基于
G1001A SNP位点的基因型，如果待测陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型或AG
杂合型、待测陆地棉为候选的具有早熟性状的陆地棉，如果待测陆地棉基于G1001A SNP位
点的基因型为GG纯合型、待测陆地棉为候选的具有晚熟性状的陆地棉。

[0039] 实验证明，通过检测待测陆地棉基于G1001A SNP的基因型可以筛选陆地棉早熟性状，本发明所提供的方法在普通陆地棉分子育种中发挥重要作用。

附图说明

[0040] 图1为全基因组关联分析结果。

[0041] 图2为PCR-SSCP技术检测基于G1001A SNP位点的基因型的基因分型。

具体实施方式

[0042] 下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。

[0043] 下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。

[0044] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

[0045] 以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。

[0046] 下述实施例中的成熟性状为全生育期性状和/或苗蕾期性状和/或花铃期性状和/或第一果枝位性状和/或第一果枝位高度性状和/或霜前花率性状。

[0047] 下述实施例中所用的185种陆地棉材料均为四倍体栽培棉花。185个陆地棉材料均记载在如下文献中：梁冰.2014.陆地棉早熟、产量及纤维品质性状与SSR分子标记的关联分析.[硕士学位论文].杨凌：西北农林科技大学。公众可从中国农业科学院棉花研究所获得，以重复本实验。

[0048] 实施例1、与陆地棉早熟性状相关的SNP位点的发现和关联分析

[0049] 1、陆地棉成熟性状的调查

[0050] 以185份陆地棉材料进行实验，在田间采用完全随机区组试验设计方案，重复三次，每次重复的步骤如下：每种陆地棉材料的种子50粒，分别于2013年4月下旬(SP-2013)、
2013年5月下旬(SU-2013)、2014年4月下旬(SP-2014)或2014年5月下旬(SU-2014)播种于中
国农业科学院棉花研究所安阳试验地，行长5m，行距0.8m，株距0.2m，进行正常田间管理。陆地棉生长期内，调查全生育期(WGP，从播种到棉花吐絮的天数)、苗蕾期(SSP，从播种到棉花开花的天数)、花铃期(FBP，从开花到棉花吐絮的天数)、第一果枝位(NFFB，从子叶节到第一果枝位的叶位数)、第一果枝位高度(HNFFB，从子叶节到第一果枝位的高度)和霜前花率
(YPBF，10月24日收获籽棉产量占总产量的比例)6个性状。调查结束后，将同一年份月份、同一陆地棉材料的数据取平均值，得到该陆地棉材料的成熟性状数据。利用这些数据开发SNP位点。

[0051] 2、SLAF-seq开发SNP标记

[0052] 由北京百迈客生物科技有限公司利用SLAF-seq技术的基因分型方法开发SNP标记，主要分为以下步骤：

[0053] (1)取幼嫩的陆地棉叶片按照CTAB法(PatersonAH,BrubakerCL,WendelJF.A rapid method for extraction of cotton(Gossypiums pp.)genomie DNA suitable for 
RFLP and PCR analysis.Plant MOl Rep,1993,11:122-127)。

[0054] (2)参考Sun等的方法(Sun,X.,Liu,D.,Zhang,X.,et al.2013,SLAF-seq:An Efficient Method of Large-Scale De Novo SNP Discovery and Genotyping Using 
High-Throughput Sequencing.PloS one,8,e58700)，对步骤(1)提取的基因组DNA进行简
化基因组测序：选择棉花AD基因组为参考基因组进行电子酶切预测，最终确定使用限制性
内切酶RsaI和HaeIII进行酶切，酶切片段长度在314-344bp的序列定义为SLAF标签，实验中限制性内切酶RsaI和HaeIII的酶切效率为95.91％，共得到428.93Mreads。

[0055] 通过生物信息学分析，获得678,397个SLAF标签，其中多态性的SLAF标签共有505,823个。根据MAF>0.05和完整度>0.80进行筛选，共得到81,675个SNP位点。

[0056] 3、全基因组关联分析(GWAS)

[0057] 利用一般线性模型(generalized linear model，GLM)和混合线性模型混合模型(mixed linear model，MLM)，采用GAPIT软件(Lipka,A.E.,Tian,F.,Wang,Q.,et al.2012,GAPIT:genome association and prediction integrated tool.Bioinformatics,28,
2397-2399)进行全基因组关联分析分析，从步骤2获得的81,675个SNP位点中，在GLM和MLM
两种分析模式下，共同找到了一个与全生育期(WGP)和苗蕾期(SSP)表型显著相关的SNP位
点，即序列表中序列1自5’末端的第1001位核苷酸由G突变为A，将其命名为G1001A SNP位
点。实验结果见图1.(其中A为全生育期，B为苗蕾期)。该SNP位点位于陆地棉的Dt3染色体
上。按照陆地棉参考基因组序列(Li,F.G.,Fan,G.Y.,Lu,C.R.,et al.2015,Genome 
sequence of cultivated Upland cotton(Gossypium hirsutum TM-1)provides 
insights into genome evolution.Nat Biotechnol,33,524-242)，G10101A SNP位点在
Dt3染色体上第13562854位。

[0058] 4、优异位点

[0059] 参考zhang等(Zhang,T.,Qian,N.,Zhu,X.,et al.2013,Variations and Transmission of QTL Alleles for Yield and Fiber Qualities in Upland Cotton 
Cultivars Developed in China.PloS one,8,e57220)提出的计算等位变异表型效应方
法,估算标记位点等位变异的表型效应。SNP位点等位变异表型效应计算方法为：

[0060] ai＝∑xij/ni-∑Nk/nk

[0061] 其中ai代表第i个等位变异的表型效应值，xij为携带第i等位变异的第j材料性状表型测定值，ni为具有第i等位变异的材料数目，Nk为全部材料表型测定值，nk为全部材料的数目。本研究中，若ai值为负,则认为该等位变异为增效等位变异,反之为减效等位变异。结果表明，G1001A SNP位点中优异等位变异A对WGP和SSP的表型效应值ai分别是-7.53天和-
3.88天，表明G1001A SNP位点中，优异等位变异碱基A对WGP和SSP有显著效应贡献。

[0062] 实施例2、G1001A SNP位点的应用

[0063] 选用实施例1的185份陆地棉材料作为测试材料。

[0064] 一、检测185份陆地棉材料基于G1001A SNP位点的基因型，具体方法如下：

[0065] 1、引物对的合成

[0066] 根据G1001A SNP位点所在Dt3染色体上13562854bp处的位置的基因的核苷酸序列，设计并合成(苏州金唯智生物科技有限公司)用于扩增包括G1001A SNP位点的靶序列的
引物对如下：

[0067] 引物F：5’-ACAGGTTATCTCGCATTGTTCA-3’(序列表的序列2)；

[0068] 引物R：5’-CCTTCTTTGCCAGAGGGATATG-3’(序列表的序列3)。

[0069] 特异引物对扩增的靶序列如序列表的序列1所示。序列1位于陆地棉Dt3染色体上的第13561854位至第13563854位。

[0070] 2、提取测试材料的基因组DNA。

[0071] 3、以测试材料的基因组DNA为模板，用步骤1合成的引物对进行PCR扩增，获得PCR扩增产物。PCR扩增的反应体系(10μL)：ddH2O 4.7μL、DNA模板(30ng·μL-1)3μL、引物F(10μmol·L-1)0.5μL、引物R(10μmol·L-1)0.5μL、10×Buffer(含15mM的Mg2+)1μL、10mM dNTP 
0.2μL和5U/μL的Taq酶0.1μL(北京全式金生物技术有限公司产品)。PCR扩增的反应条件为：
95℃5min；95℃30s、62℃45s、72℃1min，30个循环；72℃5min。

[0072] 4、利用PCR-SSCP技术检测基于G1001A SNP位点的基因型：向6μL上样缓冲液中加入10μL PCR扩增产物，混匀后在PCR仪上98℃变性10min，取出立即放入冰浴中，5～10min后上样，然后用12％聚丙烯酰胺凝胶电泳，待溴酚蓝移至凝胶底部，停止电泳，将胶浸入固定液(10％乙醇，0.5％乙酸)中固定10min，去离子水漂洗3min，然后用0.1％AgNO3染色10～
15min，用去离子水漂洗1次(不得超过5s)，最后用显色液(2％NaOH，0.04％Na2CO3，0.4％甲醛)显色，条带清晰即可停止。上样缓冲液为98％去离子甲酰胺、10mmol·L-1 EDTA
(pH8.0)、0.25％的二甲苯氰和0.25％的溴酚蓝。电泳缓冲液为1×TBE。电泳条件为4℃低温箱，电压180V，电泳5～8h。

[0073] 部分实验结果见图1(图1中，泳道1、2、3、4、5、15、19、20、21、22、25和28为AA纯合型；泳道6、8、10、11、12、13、14、16、17、18、23、24、26、27、29、30、31、32、33、35、36、37、38、39、41、42、43、44、45为GG纯合型；泳道7、9、28、40、46为AG杂合型)。结果表明，测试材料基于G1001A SNP位点基因型为AA纯合型、GG纯合型或AG杂合型。

[0074] 按照上述方法对185份陆地棉材料基于G1001A SNP位点的基因型进行分型。实验结果见表2、表3、表4和表5。66个品种的陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型，
22个品种的陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型，97个品种的陆地棉基于
G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型。

[0075] 二、六个陆地棉早熟相关性状的统计

[0076] 1、按照实施例1中步骤1的方法，分别于2013年4月下旬(SP-2013)、2013年5月下旬(SU-2013)、2014年4月下旬(SP-2014)或2014年5月下旬(SU-2014)，种植各个测试材料，正常水肥管理，陆地棉生长期内，调查WGP、SSP、FBP、NFFB、HNFFB和YPBF 6个性状。按照步骤一中的基因分型结果进行分类，然后对陆地棉材料进行统计，结果见表1、表2、表3、表4和表5。为了降低环境变化对陆地棉性状的影响，环境表型性状测定值均用SAS软件计算最佳线性
无偏预测值(BLUPs，the best linear unbiased predictions)。

[0077] 统计结果如下：

[0078] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，89.77％的全生育期都小于120天，平均值为
111.68天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，84.54％的全生育期都为120天以上，平均值为124.18天。

[0079] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，84.10％的苗蕾期都小于65天，平均值为
63.35天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，91.75％的苗蕾
期都为65天以上，平均值为69.53天。

[0080] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，76.14％的花铃期都小于50天，平均值为
47.66天；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，90.72％的花铃
期都为50天以上，平均值为50.28天。

[0081] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，82.95％的第一果枝位都小于6个叶位数，平均值为5.68个叶位数；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，
91.75％的第一果枝位都为6个叶位数以上，平均值是7.23个叶位数。

[0082] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，80.68％的第一果枝位高度小于22厘米，平
均值为20.15厘米；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，
92.78％的第一果枝位高度都为22厘米以上，平均值为26.05厘米。

[0083] 66个基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型的陆地棉品种和22个基于G1001A SNP位点的基因型为AG杂合型的陆地棉品种中，90.91％的霜前花率都为70％以上，平均值
为79.82％；97个基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型的陆地棉品种中，82.47％的霜
前花率都小于70％，平均值为61.03％。

[0084] 结果表明，检测待测陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型，如果待测陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型为AA纯合型或AG杂合型、待测陆地棉为候选的具有早熟性状的陆
地棉，如果待测陆地棉基于G1001A SNP位点的基因型为GG纯合型、待测陆地棉为候选的具
有晚熟性状的陆地棉；

[0085] 早熟性状为如下(a1)至(a6)中的一种或几种的组合：(a1)全生育期小于120天；(a2)苗蕾期小于65天；(a3)花铃期小于50天；(a4)第一果枝位小于6个叶位数；(a5)第一果枝位高度小于22厘米；(a6)霜前花率为70％以上；

[0086] 所述晚熟性状为如下(b1)至(b6)中的一种或几种的组合：(b1)全生育期120天以上；(b2)苗蕾期65天以上；(b3)花铃期50天以上；(b4)第一果枝位6个叶位数以上；(b5)第一果枝位高度为22厘米以上；(b6)霜前花率为小于70％。

[0087] 实验证明，通过检测待测陆地棉基于G1001A SNP的基因型可以筛选陆地棉早熟性状，在普通陆地棉分子育种中发挥重要作用。

[0088] 表1.六个陆地棉早熟相关性状的表型数据统计

[0089]

[0090]

[0091] 注：SP-2013(2013年4月春播)，SU-2013(2013年5月下旬夏播)，SP-2014(2014年4月春播)和SU-2014(2014年5月下旬夏播)

[0092] 表2. 2013年4月播种的部分陆地棉材料的统计结果

[0093]

[0094]

[0095]

[0096]

[0097] 表3. 2013年5月播种的部分陆地棉材料的统计结果

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[0103] 表4. 2014年4月播种的部分陆地棉材料的统计结果

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[0106]

[0107]

[0108]

[0109] 表5. 2014年5月播种的部分陆地棉材料的统计结果

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