使用先前检验的残余材料反射检验样本转让专利
申请号 : CN201711004861.7
文献号 : CN107727874B
文献日 : 2021-03-05
发明人 : C·R·达伯特 , J·D·克莱尔 , A·B·斯蒂尔 , D·罗伊
申请人 : 贝克顿·迪金森公司
摘要 :
权利要求 :
1.对多个样品进行自动测定的方法,所述方法包括:
a)提供自动仪器,所述自动仪器被配置以根据一个或多个各自测定工作流接受和处理多个样本,所述多个样本来自一种或多种目标分析物的多个样品;
b)提供所要检验的多个样本;
c)自动将所要检验的多个样本的每一个的第一部分转移至包含用于第一目标分析物的第一检验的试剂的各自多个第一容器;
d)自动对所述多个样本的所述部分进行所述第一检验,以根据第一测定工作流确定第一目标分析物的存在;
e)从确定了所述第一目标分析物存在的多个样本中选择样本子集;
f)自动将来自e)的所选样本子集的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器,以根据第二测定工作流确定第二目标分析物的存在,其中所述第二目标分析物不同于所述第一目标分析物;和g)自动对所选样本子集的所述第二部分进行所述第二检验,其中,对于每一个样本,所述样本和包含用于第一检验的试剂的所述第一容器位于第一检验条板上,并且其中步骤f)进一步包括自动将所选样本子集的第二部分转移至位于第二检验条板上的包含用于第二检验的试剂的第二容器。
2.权利要求1所述的方法,其中所述多个样本的每一个包含来自各自多个样品的分离核酸的预处理溶液。
3.权利要求2所述的方法,其中所述自动仪器自动处理所述多个样品以获得包含分离核酸的所述各自多个样本。
4.权利要求1所述的方法,其中步骤e)进一步包括:
e1)确认用于所述第二检验的所述多个第一检验条板的子集;和e2)对于所述子集中的每一个第一检验条板,提供相应的第二检验条板,所述第二检验条板包括包含用于第二分析物的第二检验的试剂的容器。
5.权利要求4所述的方法,其中所述第二检验条板包括至少一个移液器头。
6.权利要求1所述的方法,其中所述方法包括,在步骤f)之前,将附加液体添加至所述样本。
7.权利要求1所述的方法,其中所述方法包括,在步骤f)之前,提供移液器头的步骤,所述移液器头被配置以将所述样本的所述第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的所述第二容器。
8.权利要求7所述的方法,其中所述移液器头为未用过的移液器头。
9.权利要求7所述的方法,其中所述移液器头为洗涤过的移液器头。
10.权利要求1-9中任一项所述的方法,其中所述第一检验或所述第二检验包括选自以下的反应:聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、寡核苷酸连接测定(OLA)、连接酶链式反应(LCR)、滚环扩增(RCA)、链置换扩增(SDA)和杂交反应。
11.权利要求1-9中任一项所述的方法,其中所述方法进一步包括将检验条板上的确认标记与存储在所述仪器上的一套测定特异性确认数据相比较的步骤。
12.权利要求1所述的方法,其中所述第一检验包括同步检测抗二甲氧基苯青霉素的金黄色葡萄球菌和金黄色葡萄球菌的检验,且其中所述第二检验包括检测莫匹罗星抗性的决定子的检验。
13.权利要求12所述的方法,其中所述莫匹罗星抗性的决定子包括mupA基因。
14.对来自各自多个样品的多个样本进行自动测定的系统,所述系统包括:自动仪器,所述自动仪器被配置以根据一个或多个测定工作流接受和处理多个样本;
所述仪器包括多个检验条板;
处理器;和
信息存储容量,其中所述自动仪器:
a)自动将每一个样本的第一部分转移至包含用于第一检验的试剂的各自多个第一容器;
b)根据第一测定工作流进行所述第一检验以确定第一目标分析物的存在;
c)自动将每一个样本或选择的样本子集中的每一个样本的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的各自第二容器;和d)对样本或选择的样本子集的所述第二部分进行第二检验,以根据第二测定工作流确定第二目标分析物的存在,其中所述第二目标分析物不同于所述第一目标分析物,其中,对于每一个样本,所述样本和包含用于第一检验的试剂的所述第一容器位于第一检验条板上,并且其中步骤c)包括自动将每一个样本或选择的样本子集中的每一个样本的第二部分转移至第二检验条板上的包含用于第二检验的试剂的第二容器。
15.权利要求14所述的系统,其中所述自动仪器被指令以自动从所述多个样品中分离核酸以获得包含分离核酸的各自多个样本。
16.权利要求15所述的系统,其中步骤e)包括自动将所述分离的核酸的一部分转移至位于第二检验条板上的第二主混合管。
17.权利要求14所述的系统,其中所述第一检验包括同步检测抗二甲氧基苯青霉素的金黄色葡萄球菌和金黄色葡萄球菌的检验,且其中所述第二检验包括检测莫匹罗星抗性的决定子的检验。
18.权利要求17所述的系统,其中所述莫匹罗星抗性的决定子包括mupA基因。
说明书 :
使用先前检验的残余材料反射检验样本
料反射检验样本”。
技术领域
背景技术
求。除了在诊断学领域中的益处,处理和检验样本的自动化已经推进了高通量检验。样品和
或样本处理的自动设备通常包括硬件和耗材。因此,期望最大化分子检验的自动化,同时最
小化所用耗材的量。
发明内容
提供进行多个样本自动测定的方法,其允许在自动仪器上测定多个样品的提高的可靠性和
易用性。所述方法可包括a)提供被配置以根据一个或多个各自测定工作流程接收和处理多
个样本的自动仪器,所述样本来自一种或多种目标分析物的多个样品;b)提供多个所要检
验的样本;c)自动将所要检验的多个样本的每一个的第一部分转移至包含用于第一目标分
析物的第一检验的试剂的各自多个第一容器;d)自动对多个样本的所述部分进行第一检
验,以根据第一测定工作流程确定第一目标分析物的存在;e)从多个样本中选择子集样本,
其中确定了第一目标分析物的存在;f)自动将来自e)的所选样本子集的第二部分转移至包
含用于第二检验的试剂的第二容器,以根据第二测定工作流程确定第二目标分析物的存
在;和g)自动对所选样本子集的第二部分进行第二检验。
样本。
二检验条板上的包含用于第二检验的试剂的第二容器。
述容器包含用于第二分析物的第二检验的试剂。
于第二分析物检验的多个第一检验条板的子集;和d2)对于子集中的每一个检验条板,在所
述插孔中提供包含用于第二检验的试剂的第二容器。
置换扩增(SDA)和杂交反应。
含多个检验条板;处理器;存储容量;和进行自动测定的程序,所述程序包括指令a)提供被
配置以根据一个或多个测定工作流程接收和处理多个样本的自动仪器,所述仪器包含多个
检验条板;b)自动将每一个样本的第一部分转移至包含用于第一检验的试剂的各自多个第
一容器;c)进行第一检验以确定第一目标分析物的存在;d)自动将样本或选择的样本子集
的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的各自第二容器;和e)进行样本或所选样本子
集的第二部分的第二检验,以确定第二目标分析物的存在。
移至位于第二检验条板上的第二主混合管。
检验的多个第一检验条板的子集;和d2)对于子集中的每一个检验条板,在插孔中提供包含
用于第二检验的试剂的相应第二容器。
一个的第一部分转移至各自多个第一容器,所述容器包含用于第一目标分析物的第一检验
的试剂;d)对多个样本的所述部分进行第一检验以确定第一目标分析物的存在;e)从多个
样本中选择子集样本,其中确定了用于反射检验的第一目标分析物的存在;f)将来自e)的
所选样本子集的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器,以确定第二目标分
析物的存在;和g)对所选样本子集的第二部分进行第二检验。
包括用于检测莫匹罗星抗性的决定子的检验。在一些实施方式中,莫匹罗星抗性的决定子
包括mupA基因。
标分析物的第一检验的试剂的第一容器;d)对样本的第一部分进行第一检验以确定第一目
标分析物的存在;f)如果在样本的第一部分中检测到第一目标分析物,则将样本的第二部
分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器以确定第二目标分析物的存在;和g)对样本
的第二部分进行第二检验。
的决定子的检验。在一些实施方式中,莫匹罗星抗性的决定子包括mupA基因。
附图说明
具体实施方式
议和互联网网页,不管此类文献和类似资料的形式如何,都以全文通过引用明确并入本文,
用于任何目的。在并入的文献和相似资料的一种或多种以其与本申请中对术语的定义相矛
盾这样的方式对该术语定义或使用的情况下,以本申请为准。虽然结合各种实施方式来描
述本教导,但并无意图将本教导限制于此类实施方式。相反,如本领域技术人员将理解的,
本教导涵盖了各种替代、修改和等同物。
以制备用于核酸扩增测定等诊断测定的样本,以及进行扩增和检测。
有用于检验原始样本的子集,且检验所有的样本将不节省成本。举例来说,在临床环境中,
可能期望检验一种或多种病原体的样品。如果检验揭示了特定病原体的存在,可期望进行
进一步的检验,例如,确定抗生素抗性决定子的存在。例如从样品的分析物检验为阳性、指
示特定病原体存在的患者中获得用于进一步检验的附加样品,可能是困难的且可能延迟期
望的进一步检验。除了获得用于检验的多个样品的潜在困难之外,如果正在检验多个样品,
将从用于检验(例如,核酸检验)的样品制备而来的患者样品或样本转移至新的反应容器的
手动途径可能容易出错,并且为效率低下和劳动密集型的。进一步,当样品需要在检验之前
处理时,期望最小化处理相关的成本(例如试剂等)。因此,对以自动方式进行反射检验的改
进方法存在很大的需求。
霉素的金黄色葡萄球菌MRSA和二甲氧基苯青霉素敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)的第一检
验。对于MRSA或MSSA检验为阳性的样本,也可能期望确定样本是否包含莫匹罗星(抗生素)
抗性的决定子。由于莫匹罗星抗性通常只与MRSA或MSSA阳性的样本有关,检验MRSA和MSSA
阴性样本的莫匹罗星抗性常常不节省成本。在本文公开的实施方式中有用的各种检验和反
射检验在下面进一步详细讨论。
材料可能是尤其有利的。
任何生物体的体液(包括,但不限于,血液、尿、血清、淋巴、唾液、肛门和阴道分泌物、汗、腹膜液、胸膜液、渗出液、腹水、脓性分泌物、灌洗液、引流液、刷片细胞学样品、活检组织、外植医疗设备、感染导管、脓、生物膜和精液),以及发现用在本发明中的哺乳动物样本,尤其是
人的样本,及环境样本(包括,但不限于,空气、农业、水和土壤样本)。此外,样本可以取自食
品处理,其可同时包括投入样本(例如,谷粒、奶或动物尸体)、处理中间步骤中的样本以及
准备供给消费者的完成的食品。
直接测定,且在检验之前没有被预处理。例如,“直接样本”为从对象中收集并使用本文中公
开的方法检验的样品,而不用分离或培养来自样品的细菌,或不用在检验之前处理样品来
分离核酸。因此,直接样本在筛选之前总体上只最低程度地进行处理。在一些实施方式中,
本文中公开的样品得到处理以便获得适合于检验的样本。例如,包含细胞的样品在检验之
前可得到处理以溶解细胞并释放细胞成分,如核酸、蛋白质等等。在一些实施方式中,样品
可得到处理以产生包含分离核酸的样本。如本文所使用的,短语“分离核酸”是指从一种或
多种细胞成分中纯化核酸。技术人员应理解,经处理以从其中“分离核酸”的样本可包含除
核酸之外的成分和杂质。包含分离核酸的样本可使用任何本领域已知的可接受的方法由样
品制备而来。例如,可以使用已知的溶解剂溶解细胞,并且可从其他细胞成分中纯化或部分
纯化核酸。提取DNA和RNA的合适的试剂和方案可分别在美国专利申请公开第US2010-
0009351号和第US2009-0131650号中找到,其中每一个都通过引用全部并入到本文中。在核
酸检验(例如,下面进一步详细讨论的扩增和杂交方法)中,所提取的核酸溶液可直接添加
至试剂(例如,以液体、与底物结合、以冻干形式或诸如此类,如下面进一步详细讨论的),并
且需要根据本文公开的实施方式来进行检验。
的分析物,包括,例如目标核酸、目标蛋白质或其他感兴趣的目标分子。在一些实施方式中,
本文所述的设备和方法用于进行反射检验,以确定目标核酸的存在,尽管技术人员应理解
本文中公开的实施方式可容易地适应其他类型的目标分析物的检验。
配置以根据一个或多个各自测定工作流程接收和处理多个样本的自动仪器,所述样本来自
一种或多种目标分析物的多个样品;b)提供多个所要检验的样本;c)自动将所要检验的多
个样本的每一个的第一部分转移至包含用于第一目标分析物的第一检验的试剂的各自多
个第一容器;d)自动对所述多个样本的所述部分进行第一检验,以根据第一测定工作流程
确定第一目标分析物的存在;e)从多个样本中选择子集样本,其中确定了第一目标分析物
的存在;f)自动将来自e)的所选样本子集的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的第
二容器,以根据第二测定工作流程确定第二目标分析物的存在;和g)自动对所选样本子集
的第二部分进行第二检验。
术人员应理解,本文公开的实施方式可以容易地适应任何合适的样品和/或样本处理和检
验自动系统。可期望的是,自动系统被配置以使得能够根据一个或多个工作流程处理或检
验多个样本。如本文所使用的,术语“工作流程”、“测定工作流程”、“测定”、“测定方案”、“检验”和类似术语是指处理样品和/或样本的程序。在典型实施方式中,工作流程可包括样本
制备步骤,如细胞溶解、核酸提取、核酸纯化、核酸消化、核酸修饰、蛋白质提取、蛋白质纯化
等等。本文公开的实施方式中有用的核酸提取的几种方法是本领域已知的。核酸提取的示
例性讨论可在例如美国专利申请公开第2009-0131650号、美国专利申请公开第2010-
0009351号和美国专利申请公开第2006-016623311/281,247号中找到,其通过引用全部并
入本文中。同样,蛋白质提取的示例性讨论可在例如美国专利第8,053,239号和第6,864,
100号中找到,其通过引用全部并入本文中。
器”是指任何类型的能够容纳样本的物体,包括,但不限于,管、微量滴定板中的容器等等。
在一些实施方式中,容器位于检验条板中。如本文所使用的,术语“检验条板”或“试剂条板”
是指容纳一种或多种用于自动测定的消耗性成分的包装。因此,通过实施自动样品和/或样
本制备的装置,检验条板可以被配置而使用,这样的装置描述在例如国际专利申请公开第
WO 09/054870号中,其通过引用全部并入本文中。
检验的试剂(例如用于核酸扩增的试剂,如在本文的别处所进一步详细讨论的)的容器。在
一些实施方式中,检验条板可包括进行样本制备和容纳试剂以及其他耗材如移液器头的附
加容器。在一些实施方式中,检验条板或试剂条板包括一个或多个被配置以接受包含测定
试剂的反应容器的插孔或孔口。因此,在一些实施方式中,本文所述的包含用于测定的试剂
的容器是单件的或是与检验条板成整体,而在一些实施方式中,本文所述的包含用于测定
的试剂的容器不与检验条板成整体,但适于扣入检验条板中的插孔或孔口中。在美国专利
D618820、D637737中和2011年9月30日提交的名称为“UNITZED REAGENT STRIP(组合的试剂
条板)”的美国临时专利申请第61/541,991号中,图1和图2阐述了本文公开的实施方式中有
用的检验条板或试剂条板的非限制性实施例,其中的每一个均通过引用并入本文中。图1和
图2图示了本文公开的实施方式中有用的示例性检验条板/试剂条板。
式中,检验条板安置在自动仪器容纳的一个或多个条板载体或支架中。本文公开的实施方
式中有用的示例性条板载体或支架公开在例如美国专利申请公开第2009-0136386号中,尽
管技术人员应理解可使用如本文所述的适于与自动系统一起使用的各种其他配置的条板
容纳器或支架。在一些实施方式中,检验条板载体或支架被配置以容纳多个检验条板或试
剂条板,例如在各种道中。例如,检验条板载体可包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或更多条道,其被配置以容纳任意2-24个各自检验条板或试剂条板。
验程序之后剩余的样本的第二(或残余)部分自动转移至包含用于反射(随后)检验的试剂
的第二容器。样本第二部分的自动转移可以以许多方法学中的任何一种进行。例如,在一些
实施方式中,包含第一检验之后的样本剩余或残余部分的容器可转移至第二检验条板,在
这之后,样本的至少一部分接着自动转移至包含用于第二检验的试剂的容器。在一些实施
方式中,样本第二部分自动从第一检验条板直接转移至安置在第二检验条板中的第二主混
合管。在一些实施方式中,样本第二部分可自动从第一检验条板直接转移至安置于第一检
验条板的第二容器。应理解,尽管下面更加详细地描述了几种实施方式,但自动将所提取的
核酸溶液转移至第二主混合管的任何合适的方法学均可根据本文提供的方法进行。
本的第二部分转移至位于第二、独立的检验条板上的第二主混合管。
可安置于第二条板载体的第1-6道中。图3显示了安置于条板载体中的检验条板的实例。
一条板载体的第2、4、6、8、10和12道中。作为另一个非限制性实施例,第一检验条板可安置
于第1-6道中,且相应的第二检验条板可安置于同一条板载体的第7-12道中。将理解,可使
用第一和第二检验条板的任何合适的安置配置。在一些实施方式中,自动仪器可在每个检
验条板上使用确认标记如条形码、RFID码等,以确认第一和/或第二检验条板的位置。在一
些实施方式中,方法进一步包括将检验条板上的确认标记、检验条板中的容器或样品管与
存储在仪器上的一套测定特异性的确认数据相比较的步骤。
验条板具有包含用于第二反射检验的试剂的容器。在一些实施方式中,使用者可选择第一
检验条板中的一个或多个用于第二反射检验,且自动仪器或使用者可将样本的第二部分转
移至位于第二、独立的检验条板载体或支架中的第二检验条板。在一些实施方式中,第一检
验中使用的样品管或检验条板上的确认标记可进入自动仪器,这些信息可用以当样本在第
二或反射检验期间处理时追踪它们。因此,在上述方法的一些实施方式中,方法可包括,在
将样本第二部分转移至第二容器之前,确认多个第一检验条板的子集用于进一步检验,例
如用于第二检验;和对于子集中的每个第一检验条板,提供相应的第二检验条板。第二检验
条板可包括含有用于第二检验的试剂的第二容器。在某些实施方式中,第二检验条板还可
包括至少一个移液器头。
酸溶液的一部分转移至包含用于第二检验的试剂的第二容器,所述第二容器也位于第一检
验条板上。
用于进一步检验的每个样本,在第一检验条板上提供包含用于第二或反射检验的试剂的相
应第二容器。在典型实施方式中,第一检验条板被配置有开放的位置,例如插孔或容器,其
适于将附加主混合管添加至条板。例如,如图2中所示,检验条板可以是4扣条板,其允许使
用者将反射主混合液添加至开放的位置。在一些实施方式中,在进行第二或反射检验之前,
检验条板由使用者安排于新的检验条板容纳器或支架中。
换和/或使用检验条板中残余的缓冲液清洁。因此,在某些实施方式中,方法包括将样本第
二部分转移至第二容器之前,提供移液器头的步骤。在一些实施方式中,移液器头是未用过
的移液器头。在一些实施方式中,移液器头是使用过的头,其已经得到洗涤以减少或防止来
自之前液体转移的污染。在某些实施方式中,方法包括,在将样本第二部分转移至第二容器
之前,洗涤在第一检验期间使用过的移液器头的步骤。
固定体积的缓冲液例如洗涤缓冲液或核酸洗脱缓冲液来添加至残余的样本以确保有足够
的体积来进一步处理例如在第二或反射检验中的残余样本。因此,在一些实施方式中,方法
包括,在进行第二或反射检验之前,将附加液体添加至残余样本的步骤。仅作为实例,在一
些实施方式中,样本的初始体积范围可从1μL至1ml,且优选地为介于10μL和200μL之间,例
如25-75μL。在一些实施方式中,样本的约5μL-25μL,例如10-20μL的第一部分被移除用于第
一检验。作为实例,在一些实施方式中,12.5μL的初始样本用在第一检验中。为了确保足够
的样本体积可用于第二检验,在一些实施方式中,在将样本第二部分转移至包含用于第二
或反射检验的试剂的容器之前,可添加附加体积为0.5μL、1μL、2μL、3μL、4μL、5μL、6μL、7μL、
8μL、9μL、10μL、12μL、14μL、16μL、18μL、20μL、25μL、30μL、35μL、40μL、45μL、50μL、55μL、60μL、65μL、70μL、75μL、80μL、85μL、90μL、95μL、100μL、120μL、140μL、160μL、180μL、200μL、300μL、400μL、500μL或超过500μL的附加液体以增加液体体积。因此,将溶液添加至剩余或残余
样本可补偿在溶液转移至第二主混合液之前可能发生的蒸发。在一些实施方式中,相对于
在第一整份试样转移至第一主混合液之后剩余的所提取核酸溶液的体积,等于0.1%、1%、
2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、
55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、120%、140%、160%、180%、
200%、250%、300%、350%、400%或更多的体积可被添加,以增加液体体积并补偿在溶液
转移至具有用于第二检验的试剂的容器之前可能发生的蒸发。
括,但不限于,涉及核酸扩增反应的检验。几种核酸扩增反应是已知的,并可用来根据本文
公开的实施方式确定目标核酸的存在。核酸扩增的方法可包括,但不限于:聚合酶链式反应
(PCR)、链置换扩增(SDA),例如多重置换扩增(MDA)、环介导的等温扩增(LAMP)、连接酶链式
反应(LCR)、免疫扩增和各种基于转录的扩增程序,包括转录介导的扩增(TMA)、基于核酸序
列的扩增(NASBA)、自我维持的序列复制(3SR)和滚环扩增。参见,例如Mullis,“Process
for Amplifying,Detecting,and/or Cloning Nucleic Acid Sequences(扩增、检测和/或
克隆核酸序列的方法)”,美国专利第4,683,195号;Walker,“Strand Displacement
Amplification(链置换扩增)”,美国专利第5,455,166号;Dean等,“Multiple
displacement amplification(多重置换扩增)”,美国专利第6,977,148号;Notomi等,
“Process for Synthesizing Nucleic Acid(合成核酸的方法)”,美国专利第6,410,278
号;Landegren等,美国专利第4,988,617号,“Method of detecting a nucleotide change
in nucleic acids(检测核酸中核苷酸变化的方法)”;Birkenmeyer,“Amplification of
Target Nucleic Acids Using Gap Filling Ligase Chain Reaction(使用间隙填充连接
酶链式反应扩增目标核酸)”,美国专利第5,427,930号;Cashman,“Blocked-Polymerase
Polynucleotide Immunoassay Method and Kit(阻断聚合酶多核苷酸免疫测定方法和试
剂盒)”,美国专利第5,849,478号;Kacian等,“Nucleic Acid Sequence Amplification
Methods(核酸序列扩增方法)”,美国专利第5,399,491号;Malek等,“Enhanced Nucleic
Acid Amplification Process(增强的核酸扩增方法)”,美国专利第5,130,238号;Lizardi
等,BioTechnology,6:1197(1988);Lizardi等,美国专利第5,854,033号,“Rolling circle
replication reporter systems(滚环复制报告系统)”。在一些实施方式中,例如连续地进
行所列的核酸扩增方法的两种或更多种。
合液”的容器。“主混合液”可包括反应所必需的成分的一些或全部,包括,但不限于酶、寡核
苷酸、探针、盐、脱氧核苷三磷酸,其包括聚合酶和多个核苷酸。在一些实施方式中,主混合
液可进一步包括具有可检测部分的杂交探针,其中所述探针特异性地与目标核酸(和/或阳
性对照目标核酸序列)杂交。在一些实施方式中,可提供比将在反应中使用的浓度更高的主
混合液。在一些实施方式中,主混合液以冻干的形式提供,并以将在反应中使用的较高浓度
重构。在一些实施方式中,主混合液包含这样的试剂,所述试剂的浓度为反应浓度的至少大
约2x,例如2x、2.5x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、15x、20x、25x、40x、50x、100x、200x、250x或500x。
剂丸,以产生适于处理如检验的反应/试剂的混合溶液。
物的试剂的标记。
多个样本。程序可包括如下指令:根据一个或多个工作流程接受和处理多个样本,其中在多
个检验条板上提供所述样本;自动地将每一个样本的第一部分转移至各自多个包含用于第
一检验的试剂的第一容器;进行第一检验以确定第一目标分析物的存在;自动将样本或选
择的样本子集的第二部分转移至包含用于第二检验的试剂的各自第二容器;和对样本或所
选样本子集的第二部分进行第二检验,以确定第二目标分析物的存在。
Dickinson and Co.,Franklin Lakes,NJ)、VIPER (Becton Dickinson and Co.,
Franklin Lakes,NJ)、 (Cepheid,Sunnyvale,CA)、ABI PRISM
TM
(Applied Biosystems,Foster City,CA)、ROTOR-GENE (Corbett Research,Sydney,
Australia)、 (Roche Diagnostics Corp,Indianapolis,IN)、
(BioRad Laboratories,Hercules,CA)、 (Stratagene,La Jolla,
CA)、CFX96TM实时PCR系统(Bio-Rad Laboratories Inc)等等。与本文提供的方法一起使用
的典型自动仪器的示例性讨论可在例如美国专利第8,133,671号中找到,其通过引用全部
并入本文中。
仪器仍然可以受本文所述的2指数概念兼容控制。
或ROM芯片等存储器,以及任何其他用来记录或存储数据的媒体。在一些实施方式中,存储
容量连接至处理器,所述处理器发送在获得之后将要记录在存储容量上的信息。在特定的
实施方式中,数据通过系统获得并记录在存储容量上。在其他实施方式中,数据通过系统获
得,且信息得到第一处理,并且处理过的信息记录在存储容量上。
来提供使用仪器上可用的常见技术执行结果逻辑的机制。应理解,本文提供的方法和系统
中可利用任何合适的文件格式和程序设计语言。在某些实施方式中,文件可加密以防止使
用伪造试剂并控制测定运行的特定参数详情。
关联的触屏,在这种情况下使用者通过触摸屏幕回应显示器上的提示。使用者可通过键盘
或触屏等输入设备输入文本信息。
于,微控制器、个人计算机、服务器计算机、手提式或膝上型设备、多处理器系统、基于微处
理器的系统、可编程的消费电子产品、网络PC、小型计算机、主计算机、包括任何以上系统或
设备的分布式计算环境。
处理器可以是任何常规特殊用途微处理器,如数字信号处理器或图形处理器。“处理器”还
可指,但不限于,微控制器、现场可编程门阵列(FPGAs)、专用集成电路(ASICs)、复杂可编程
逻辑器件(CPLDs)、可编程逻辑阵列(PLAs)、微处理器或其他类似处理设备。
单个可执行程序。因此,为了方便描述优选系统的功能性,使用每一个模块的以下描述。因
此,每一个模块所经历的过程可任意再分配至其他模块中的一个,在单个模块中结合在一
起,或可在例如可共享动态链接库中获得。
认标记。应理解,用于读入确认标记的任何合适的设备可在本文提供的系统中使用。同样,
可使用与仪器上的设备兼容的任何合适的确认标记。实例包括条形码、QR码、RFID标签、颜
色代码等等。在典型的实施方式中,设备可以是条形码阅读器,并且确认标记可包括条形
码。
分型(spa-typing)或检验葡萄球菌盒染色体mec(SCCmec)分型来分类MRSA的反射测定。万
古霉素抗性决定子、杀白细胞素(PVL)决定子或通过葡萄球菌蛋白A分型或检验SCCmec来分
类MRSA的合适检验是本领域已知的,如以下所例示的:Mak等,J.Clin.Microbiol.(2009)
12:4136;Reischl等.Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.(2007)26:131-135;Narukawa
等,Tohoku J.Exp.Med.(2009)218:207-213;Chongtrakool等,Antimicrob.Agents
Chemother.(2006)50:1001-1012;其每一个通过引用全部并入本文。
射测定以检验不同的病原体。反过来同样正确,其中检验肠道组的粪便样品可反射至艰难
梭状芽孢杆菌检验。艰难梭状芽孢杆菌和毒素亚型的合适检验是本领域已知的,如以下所
例示的:Kvach等.J.Clin.Microbiol.(2010)48:109-114;和Northey等,J.Med.Microbio.
(2005)54:543-547;其每一个通过引用全部并入本文。
适检验是本领域已知的,如以下所例示的:Mahoney等,J.Clin.Microbiol.(2007)45:2965-
2970,和Melendez等.Clin.Microbiol.Infect.(2010)16:1762-1769;其每一个通过引用全
部并入本文。
烟肼和氟喹诺酮(fluroquinolone)抗性的反射以便确定该菌株是否为MDR或XDR。Mtbc、利
福平、异烟肼和氟喹诺酮抗性的合适检验是本领域已知的,如以下所例示的:Somoskovi等
.J.Clin.Microbiol.(2003)41:2822-2826;Saribas等,J.Clin.Microbiol.(2003)41:816-
818;Rindi等.J.Microbiol.Methods(2003)55:797-800;Ip等,J.Clin.Microbiol.(2006)
4:970-975;其每一个通过引用全部并入本文。
选的合适检验是本领域已知的,如以下所例示的:Nordmann等.Clin.Microbiol.Infect.
(2002)8:321-331;和Monteiro等.J.Antimicrob.Chemother.(2012);其每一个通过引用全
部并入本文。
(如果革兰氏为阴性)测定。在此所述的反射策略是在另一个用于确认的系统或检验之后。
革兰氏阳性和革兰氏阴性筛选的合适检验是本领域已知的,如Carroll等
.J.Clin.Microbiol.(2000)5:1753-1757所列示的;其通过引用全部并入本文。
反射测定。检测李斯特菌属和单核细胞增生李斯特氏菌的合适检验是本领域已知的,如以
下所例示的:Bubert A.App.Environ.Microbiol.(1999)10:4688-4692;和Borucki等,
J.Clin.Microbiol.(2003)41:5537-5540;其每一个通过引用全部并入本文。
(enterococci)或芽孢杆菌(bacillus)的特定测定。TVC以及革兰氏阳性和革兰氏阴性筛选
的合适检验是本领域已知的,如以下所例示的:Ereveeval等,J.Clin.Microbiol.(2003)
41:5466-5472;和Carroll等.J.Clin.Microbiol.(2000)5:1753-1757;其每一个通过引用
全部并入本文。
胞菌(Psuedomonas aeruginosa)和/或洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)相关的
目标核酸序列——的存在。在本文公开的实施方式中有用的、用于检测铜绿假单胞菌和/或
洋葱伯克霍尔德菌的测定的非限制性实施例包括,例如描述在Spilker等.(2004),
J.Clin.Microbiol.42(5):2074-2079,和Vonberg等,(2006),J.Med.Micriobiol.55
(Pt.6):721-727中的那些。对于任何一种病原体检验为阳性的样本,可进行抗生素抗性决
定子的反射检验,例如确定指示四环素、萘啶酮酸、诺氟沙星、氯霉素、环丙沙星等的目标核
酸的检验。
含有分离核酸的溶液样本。每个检验条板包含用于细胞溶解的管,其在图1中以“反应管”来
表示。检验条板还包含用于三个附加管的位置,在图1中以位置1、2和3来表示。在位置3处为
锥形管,其被配置用于容纳最终提取的核酸溶液或包含分离核酸的样本溶液。如图1所示,
检验条板还包括在检验条板中用来容纳提取溶液的附加贮器位置、用来容纳废液的废物室
和容纳一次性移液器的数个鞘。检验条板在条板的一端还配置有确认标记如条形码。
和金黄色葡萄球菌(包括二甲氧基苯青霉素敏感的金黄色葡萄球菌),例如BD GENEOHMTM
StaphSRTM测定试剂(Becton Dickinson,Franklin Lakes,NJ)。每个样品在反应管中用溶解
缓冲液自动处理,且部分所得的液体自动转移至提取管,其中使用提取溶液进行基于小珠
的核酸提取,并且最终提取的核酸溶液样本转移至位于位置3的锥形管。每个检验条板的锥
形管中所提取的核酸溶液样本的总体积为25μL。所提取的核酸溶液的12.5μL整份试样自动
经移液器移转至相邻的主混合管以重构StaphSRTM主混合液。主混合液转移至反应盒用于
PCR分析。在PCR之后,12个样本中的6个显示为MRSA或金黄色葡萄球菌阳性,并被确认为莫
匹罗星抗性的候选物,因此被选择用于以下实施例中所述的进一步分析。
置在新支架的第1-6道中。新的检验条板安置于单独的支架的第1-6道中。附加的15μL洗脱
缓冲液添加至每个检验条板中剩余的所提取核酸溶液,所述核酸溶液与来自以上实施例1
中进行的StaphSRTM检验中的阳性样本相关。包含得自样品的分离核酸的残余或剩余样本一
部分转移至新检验条板位置3。使用者将用于莫匹罗星抗性PCR分析的主混合液放置在6个
新检验条板的每一个的位置2中。使用位于新的检验条板上的新移液器,所提取的核酸溶液
的12.5μL整份试样自动经移液器移转至相邻的主混合管,以重构用于莫匹罗星抗性PCR分
析的主混合液。
道中。新的检验条板安置于单独的支架的第1-6道中。附加的15μL洗脱缓冲液添加至第1-6
道中每一个检验条板中剩余的所提取的核酸溶液。使用位于新的检验条板上的新移液器,
所提取的核酸溶液的12.5μL整份试样自动经移液器移转至相应的新检验条板上的主混合
管,以重构用于莫匹罗星抗性PCR分析的主混合液。
一个用于附加主混合管任选放置的附加位置(“位置4”)。对于确认用于莫匹罗星抗性反射
分析的6个样本的每一个,添加附加的15μL洗脱缓冲液至每一个检验条板中剩余的所提取
的核酸溶液。使用者将用于莫匹罗星抗性PCR分析的主混合液放置于确认用于反射分析的6
个检验条板的每一个的位置4中。使用位于新的检验条板上的新移液器,所提取的核酸溶液
的12.5μL整份试样自动经移液器移转至位置4的主混合管,以重构用于莫匹罗星抗性PCR分
析的主混合液。如上所述进行核酸扩增。
何方法和材料也可以用于实施或检验实施方式,但是现在公开的是优选方法和材料。
不排除额外的未述及的要素或方法步骤。
如,“方法(a method)”的引用包括多个这样的方法和本领域技术人员已知的其等同物,诸
如此类。
专利或专利申请与本说明书中包含的公开内容相矛盾而言,本说明书意图代替和/或优先
于任何这种矛盾的资料。
EPROM存储器、EEPROM存储器、寄存器、硬磁盘、可换磁盘、CD-ROM、或本领域已知的任何其他
形式的存储媒体中。示例性的存储媒体可连接到处理器,如此处理器可以从存储媒体读入
信息,并写信息至存储媒体。可供选择地,存储媒体可与处理器成整体。处理器和存储媒体
可位于ASIC中。ASIC可位于用户终端中。可供选择地,处理器和存储媒体可作为独立的元件
位于在用户终端中。