一种鉴定大白菜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合转让专利

申请号 : CN201910080137.5

文献号 : CN109811075B

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发明人 : 于拴仓温常龙杨静静张建苏同兵李佩荣张凤兰

申请人 : 北京市农林科学院

摘要 :

本发明公开了一种鉴定大白菜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合。本发明所提供的SNP引物组合由32个引物组组成。每个引物组由3条引物序列组成,用于扩增一个SNP位点。32个引物组中各个引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至序列96所示。本发明提供的SNP引物组合可用于对大白菜品种在种子或幼苗期进行早期鉴定,保证品种的真实性,切实保护生产者和育种家的权益,并为大白菜种质资源和新品种保护提供技术支持。本发明提供的方法既可以对未知大白菜品种进行鉴定,也可以对已知品种的真实性进行鉴定。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点,具有十分广阔的应用前景。

权利要求 :

1.引物组合甲,包括引物组1—引物组32;

所述引物组1由序列1所示的正向引物01F1、序列2所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成;所述引物组2由序列4所示的正向引物02F1、序列5所示的正向引物02F2和序列6所示的反向引物02R组成;所述引物组3由序列7所示的正向引物03F1、序列8所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物03R组成;所述引物组4由序列10所示的正向引物

04F1、序列11所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成;所述引物组5由序列

13所示的正向引物05F1、序列14所示的正向引物05F2和序列15所示的反向引物05R组成;所述引物组6由序列16所示的正向引物06F1、序列17所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成;所述引物组7由序列19所示的正向引物07F1、序列20所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成;所述引物组8由序列22所示的正向引物08F1、序列23所示的正向引物08F2和序列24所示的反向引物08R组成;所述引物组9由序列25所示的正向引物09F1、序列26所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R组成;所述引物组10由序列28所示的正向引物10F1、序列29所示的正向引物10F2和序列30所示的反向引物10R组成;

所述引物组11由序列31所示的正向引物11F1、序列32所示的正向引物11F2和序列33所示的反向引物11R组成;所述引物组12由序列34所示的正向引物12F1、序列35所示的正向引物

12F2和序列36所示的反向引物12R组成;所述引物组13由序列37所示的正向引物13F1、序列

38所示的正向引物13F2和序列39所示的反向引物13R组成;所述引物组14由序列40所示的正向引物14F1、序列41所示的正向引物14F2和序列42所示的反向引物14R组成;所述引物组

15由序列43所示的正向引物15F1、序列44所示的正向引物15F2和序列45所示的反向引物

15R组成;所述引物组16由序列46所示的正向引物16F1、序列47所示的正向引物16F2和序列

48所示的反向引物16R组成;所述引物组17由序列49所示的正向引物17F1、序列50所示的正向引物17F2和序列51所示的反向引物17R组成;所述引物组18由序列52所示的正向引物

18F1、序列53所示的正向引物18F2和序列54所示的反向引物18R组成;所述引物组19由序列

55所示的正向引物19F1、序列56所示的正向引物19F2和序列57所示的反向引物19R组成;所述引物组20由序列58所示的正向引物20F1、序列59所示的正向引物20F2和序列60所示的反向引物20R组成;所述引物组21由序列61所示的正向引物21F1、序列62所示的正向引物21F2和序列63所示的反向引物21R组成;所述引物组22由序列64所示的正向引物22F1、序列65所示的正向引物22F2和序列66所示的反向引物22R组成;所述引物组23由序列67所示的正向引物23F1、序列68所示的正向引物23F2和序列69所示的反向引物23R组成;所述引物组24由序列70所示的正向引物24F1、序列71所示的正向引物24F2和序列72所示的反向引物24R组成;所述引物组25由序列73所示的正向引物25F1、序列74所示的正向引物25F2和序列75所示的反向引物25R组成;所述引物组26由序列76所示的正向引物26F1、序列77所示的正向引物26F2和序列78所示的反向引物26R组成;所述引物组27由序列79所示的正向引物27F1、序列80所示的正向引物27F2和序列81所示的反向引物27R组成;所述引物组28由序列82所示的正向引物28F1、序列83所示的正向引物28F2和序列84所示的反向引物28R组成;所述引物组29由序列85所示的正向引物29F1、序列86所示的正向引物29F2和序列87所示的反向引物

29R组成;所述引物组30由序列88所示的正向引物30F1、序列89所示的正向引物30F2和序列

90所示的反向引物30R组成;所述引物组31由序列91所示的正向引物31F1、序列92所示的正向引物31F2和序列93所示的反向引物31R组成;所述引物组32由序列94所示的正向引物

32F1、序列95所示的正向引物32F2和序列96所示的反向引物32R组成。

2.引物组合乙,包括引物组1—引物组32;

所述引物组1由序列1自5’末端起第22至48位所示的正向引物01F1、序列2自5’末端起第22至47位所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成;所述引物组2由序列4自

5’末端起第22至47位所示的正向引物02F1、序列5自5’末端起第22至48位所示的正向引物

02F2和序列6所示的反向引物02R组成;所述引物组3由序列7自5’末端起第22至50位所示的正向引物03F1、序列8自5’末端起第22至50位所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物

03R组成;所述引物组4由序列10自5’末端起第22至46位所示的正向引物04F1、序列11自5’末端起第22至43位所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成;所述引物组5由序列13自5’末端起第22至43位所示的正向引物05F1、序列14自5’末端起第22至46位所示的正向引物05F2和序列15所示的反向引物05R组成;所述引物组6由序列16自5’末端起第22至

51位所示的正向引物06F1、序列17自5’末端起第22至50位所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成;所述引物组7由序列19自5’末端起第22至53位所示的正向引物

07F1、序列20自5’末端起第22至51位所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成;所述引物组8由序列22自5’末端起第22至46位所示的正向引物08F1、序列23自5’末端起第22至46位所示的正向引物08F2和序列24所示的反向引物08R组成;所述引物组9由序列25自5’末端起第22至46位所示的正向引物09F1、序列26自5’末端起第22至46位所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R组成;所述引物组10由序列28自5’末端起第22至46位所示的正向引物10F1、序列29自5’末端起第22至46位所示的正向引物10F2和序列30所示的反向引物10R组成;所述引物组11由序列31自5’末端起第22至41位所示的正向引物11F1、序列32自5’末端起第22至40位所示的正向引物11F2和序列33所示的反向引物11R组成;所述引物组12由序列34自5’末端起第22至49位所示的正向引物12F1、序列35自5’末端起第22至

46位所示的正向引物12F2和序列36所示的反向引物12R组成;所述引物组13由序列37自5’末端起第22至48位所示的正向引物13F1、序列38自5’末端起第22至48位所示的正向引物

13F2和序列39所示的反向引物13R组成;所述引物组14由序列40自5’末端起第22至43位所示的正向引物14F1、序列41自5’末端起第22至43位所示的正向引物14F2和序列42所示的反向引物14R组成;所述引物组15由序列43自5’末端起第22至52位所示的正向引物15F1、序列

44自5’末端起第22至51位所示的正向引物15F2和序列45所示的反向引物15R组成;所述引物组16由序列46自5’末端起第22至48位所示的正向引物16F1、序列47自5’末端起第22至46位所示的正向引物16F2和序列48所示的反向引物16R组成;所述引物组17由序列49自5’末端起第22至48位所示的正向引物17F1、序列50自5’末端起第22至47位所示的正向引物17F2和序列51所示的反向引物17R组成;所述引物组18由序列52自5’末端起第22至48位所示的正向引物18F1、序列53自5’末端起第22至50位所示的正向引物18F2和序列54所示的反向引物18R组成;所述引物组19由序列55自5’末端起第22至49位所示的正向引物19F1、序列56自

5’末端起第22至48位所示的正向引物19F2和序列57所示的反向引物19R组成;所述引物组

20由序列58自5’末端起第22至47位所示的正向引物20F1、序列59自5’末端起第22至46位所示的正向引物20F2和序列60所示的反向引物20R组成;所述引物组21由序列61自5’末端起第22至48位所示的正向引物21F1、序列62自5’末端起第22至49位所示的正向引物21F2和序列63所示的反向引物21R组成;所述引物组22由序列64自5’末端起第22至51位所示的正向引物22F1、序列65自5’末端起第22至51位所示的正向引物22F2和序列66所示的反向引物

22R组成;所述引物组23由序列67自5’末端起第22至46位所示的正向引物23F1、序列68自5’末端起第22至45位所示的正向引物23F2和序列69所示的反向引物23R组成;所述引物组24由序列70自5’末端起第22至49位所示的正向引物24F1、序列71自5’末端起第22至48位所示的正向引物24F2和序列72所示的反向引物24R组成;所述引物组25由序列73自5’末端起第

22至48位所示的正向引物25F1、序列74自5’末端起第22至49位所示的正向引物25F2和序列

75所示的反向引物25R组成;所述引物组26由序列76自5’末端起第22至43位所示的正向引物26F1、序列77自5’末端起第22至43位所示的正向引物26F2和序列78所示的反向引物26R组成;所述引物组27由序列79自5’末端起第22至47位所示的正向引物27F1、序列80自5’末端起第22至46位所示的正向引物27F2和序列81所示的反向引物27R组成;所述引物组28由序列82自5’末端起第22至43位所示的正向引物28F1、序列83自5’末端起第22至46位所示的正向引物28F2和序列84所示的反向引物28R组成;所述引物组29由序列85自5’末端起第22至46位所示的正向引物29F1、序列86自5’末端起第22至45位所示的正向引物29F2和序列87所示的反向引物29R组成;所述引物组30由序列88自5’末端起第22至48位所示的正向引物

30F1、序列89自5’末端起第22至48位所示的正向引物30F2和序列90所示的反向引物30R组成;所述引物组31由序列91自5’末端起第22至46位所示的正向引物31F1、序列92自5’末端起第22至48位所示的正向引物31F2和序列93所示的反向引物31R组成;所述引物组32由序列94自5’末端起第22至43位所示的正向引物32F1、序列95自5’末端起第22至43位所示的正向引物32F2和序列96所示的反向引物32R组成。

3.权利要求1所述引物组合甲或权利要求2所述引物组合乙的应用,为x1)至x4)中的任一种:x1)制备用于鉴定236个大白菜品种的试剂盒;x2)制备用于鉴别236个大白菜品种真伪性的试剂盒;x3)鉴定236个大白菜品种;x4)鉴别236个大白菜品种真伪性;

所述236个大白菜品种为西白10号、87-114、CR117、CR天白15、J405、LI-1、SGK1008、SW701、YHBC1511、YHBC1516、北京75、北京80、北京大牛心、北京改良67、北京桔红2号、北京桔红心、北京小杂50、北京小杂51、北京小杂61、北京小杂67、北京新1号、北京新2号、北京新

3号、北京新4号、北京新三号、汴早9号、春宝、春宝黄、春大强、春丰007、春获、春秋54、春天、春旺、春晓、德丰1号、德高16、德高8号、东方皇冠、冬春娃娃菜、丰抗58、丰抗60、丰抗70、丰抗70号、丰南F115-93、福山核桃纹、冠春、贵龙五号、华耐B1102、华耐CC001、华耐CC002、华阳白一号、黄芽14号、惠春、吉红308、吉红65、吉红82、吉红娃娃、胶白7号、胶研夏星、金冠2号、金华元19号、金铃、金秋68、金秋70、金秋90、金早58、津白56、津绿75、津绿80、津秋606、津秋78、津娃娃1号、津秀1号、津研快菜1号、津研快菜30、津研快绿1号、津研快绿2号、锦秋1号、京春99、京春CR3、京春白、京春白2号、京春黄、京春黄2号、京春娃2号、京春娃3号、京春娃4号、京春娃娃菜、京翠60、京翠70、京翠75号、京农988、京秋1号、京秋4号、京秋65号、京秋

701、京秋70号、京秋75号、京秋76、京秋80、京秋黄心70、京秋新56号、京夏1号、京夏王、京研快菜、菊心一号、莱6014、莱白一号、丽春、利春、利春一号、辽白十号、玲珑黄、鲁白15、鲁白

16号、鲁白二号、鲁春白1号、鲁春白一号、绿健60、绿健85、绿笋70、黔白4号、秦白二号、秦杂

60、青研春白3号、青研春白一号、青研秋白1号、青研四号、清江白、庆农45天、秋绿55、秋绿

60、秋绿75、秋绿78、秋玉78、秋早60、秋早9号、热抗7号、山地王2号、山东5号、山东五号、陕

5201、神青翠玉、神青冬宝、沈白GMS01、沈白GMS02、石绿85、世农春50、四季翠、四季快菜1号、四季快菜一号、泰京50、天白65、天白80、天正超白二号、天正春白二号、天正桔红62、天正桔红65、天正橘红62、天正橘红65、天正品优一号、田娃、娃娃黄、万农二号、万农六号、旺春、潍白4号、西白3号、西白4号、西白5号、西白6号、西白9号、西白四号、西春白3号、西由铁根、夏冠、夏阳303、小巧、小义和秋、小杂56、小杂60、新乡小包23、新早56、新早58、新早89-

8、新中78、阳春、义和0906、义和1号、优选小杂56、优选早熟5号F1、油绿3号、豫新1号、豫新2号、豫新3号、豫新9号、豫早0901、云春白2号、早皇白、早熟5号、早熟5号优选、早熟6号、早熟五号、浙白6号、浙冬1号、珍绿55、珍绿60、珍绿6号、珍绿80、郑白65、郑白75、郑白78、郑白四号、郑研小包23、郑杂2号、郑杂二号、郑早55、郑早60、中白50、中白58、中白58号、中白60、中白61、中白61号、中白62号、中白65、中白66、中白76号、中白78、中白78号、中白81、中白81号精选、中白83号、中白85号和中包68。

4.一种鉴定待测大白菜属于权利要求3中所述236个大白菜品种中哪个品种的方法,包括如下步骤:分别检测待测大白菜和236个大白菜品种基于32个SNP位点的基因型,然后进行如下判断:如果待测大白菜基于32个SNP位点的基因型和236个大白菜品种中某品种基于

32个SNP位点的基因型完全一致,则待测大白菜与该大白菜品种属于同一个品种;如果待测大白菜基于32个SNP位点的基因型和236个大白菜品种中各个品种基于32个SNP位点的基因型均不一致,则待测大白菜与236个大白菜品种的品种均不相同;

32个SNP位点如下:BrSNP01位点为1号染色体上的第1795429位核苷酸;BrSNP02位点为

1号染色体上的第4668251位核苷酸;BrSNP03位点为1号染色体上的第8659686位核苷酸;

BrSNP04位点为1号染色体上的第22523311位核苷酸;BrSNP05位点为2号染色体上的第

157034位核苷酸;BrSNP06位点为2号染色体上的第1758653位核苷酸;BrSNP07位点为2号染色体上的第2421548位核苷酸;BrSNP08位点为2号染色体上的第9141887位核苷酸;BrSNP09位点为2号染色体上的第11181828位核苷酸;BrSNP10位点为2号染色体上的第19966721位核苷酸;BrSNP11位点为2号染色体上的第26263824位核苷酸;BrSNP12位点为3号染色体上的第3067264位核苷酸;BrSNP13位点为3号染色体上的第15431305位核苷酸;BrSNP14位点为3号染色体上的第28161015位核苷酸;BrSNP15位点为3号染色体上的第28629888位核苷酸;BrSNP16位点为4号染色体上的第1833604位核苷酸;BrSNP17位点为4号染色体上的第

13764622位核苷酸;BrSNP18位点为5号染色体上的第1283352位核苷酸;BrSNP19位点为5号染色体上的第4556351位核苷酸;BrSNP20位点为5号染色体上的第24583581位核苷酸;

BrSNP21位点为6号染色体上的第9159584位核苷酸;BrSNP22位点为6号染色体上的第

16193195位核苷酸;BrSNP23位点为7号染色体上的第23521839位核苷酸;BrSNP24位点为8号染色体上的第2374634位核苷酸;BrSNP25位点为8号染色体上的第3289888位核苷酸;

BrSNP26位点为8号染色体上的第12382048位核苷酸;BrSNP27位点为8号染色体上的第

14112886位核苷酸;BrSNP28位点为9号染色体上的第1379762位核苷酸;BrSNP29位点为9号染色体上的第3019969位核苷酸;BrSNP30位点为10号染色体上的第277083位核苷酸;

BrSNP31位点为10号染色体上的第6477381位核苷酸;BrSNP32位点为10号染色体上的第

15835648位核苷酸。

5.如权利要求4所述的方法,其特征在于:所述“检测待测大白菜和236个大白菜品种基于32个SNP位点的基因型”的步骤如下:(1)分别以待测大白菜的基因组DNA和236个大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用

1所述引物组合甲中的引物组进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;

(2)完成步骤(1)后,采用仪器检测PCR扩增产物的荧光信号,根据荧光信号的颜色获得待测大白菜和236个大白菜品种基于32个SNP位点的基因型。

6.如权利要求4所述的方法,其特征在于:所述“检测检测待测大白菜和236个大白菜品种基于32个SNP位点的基因型”的步骤如下:(1)分别以待测大白菜的基因组DNA和236个大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用权利要求2所述引物组合乙中的引物组进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;

(2)取步骤(1)得到的PCR扩增产物,测序;

(3)根据步骤(2)得到的测序结果,获得待测大白菜和236个大白菜品种基于32个SNP位点的基因型。

7.一种鉴定待测大白菜属于权利要求3中所述236个大白菜品种中哪个品种的方法,包括如下步骤:

(1)以待测大白菜的基因组DNA为模板,分别采用权利要求1所述引物组合甲中的引物组进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;以标准大白菜品种群中的各个大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用权利要求1所述引物组合甲中的引物组进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;

所述标准大白菜品种群由236个大白菜品种组成;

(2)将待测大白菜得到的各个PCR扩增产物与每个标准大白菜品种对应的PCR扩增产物进行聚类分析,聚类分析中待测大白菜与哪个标准大白菜品种为同一类,该待测大白菜与该标准大白菜品种即属于同一个品种。

说明书 :

一种鉴定大白菜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合

技术领域

[0001] 本发明属于生物技术领域,具体涉及一种鉴定大白菜品种真实性的方法及其专用引物组合。

背景技术

[0002] 大白菜属于十字花科,二年生草本植物,由于其营养均衡,种植地区不受限,已成为我国现种植蔬菜面积中最广的蔬菜作物,种植面积约为260万公顷,年产量约为11300万吨。大白菜原产于中国华北地区,栽培历史悠久,种类繁多。因此,如何进行快速有效的鉴定大白菜品种的真实性显得尤为重要。常规大白菜品种鉴定真实性最为有效的方法是田间小区种植,但是其易受外界的干扰,周期较长且耗时耗力。根据《非主要农作物品种登记指南》的要求,品种特性说明和品种DUS测试报告中涉及的有关性状如有明确关联基因,可以直接提交DNA检测结果。因此,急需建立一套快速便捷有效进行大白菜品种真实性鉴定的DNA技术体系。
[0003] 近年来,SNP作为第三代分子标记,以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着高通量测序技术的不断发展和测序成本的不断降低,获得大量大白菜重测序数据。基于分析大白菜的变异组信息,可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。采用等位基因竞争性特异PCR法,可以开发其特异性引物,最终获得样本在SNP位点的基因型。
[0004] 目前,我国大白菜品种真实性鉴定的DNA分子检测主要依据SSR分子标记法,但是大白菜SSR引物的研发没有参考基因组变异组信息,存在不真实变异情况;SSR引物筛选所用的品种数量较少,且不能代表我国当前市场的销售品种;另外受限于SSR检测方式极易导致不真实、假阳性、假阴性结果;不能适应自动化、高通量、大规模的检测需求。与SSR标记相比,SNP标记具有多个方面的优势:变异清晰稳定容易检测,真实性准确性高;每个作物均有数以百万计SNP可供选择;适宜于高通量、低成本、自动化快速检测;SNP分型无需对照品种,以准确的碱基呈现结果,可减少人为误差。

发明内容

[0005] 本发明的目的是鉴定大白菜品种。
[0006] 本发明首先保护SNP位点组合,可包括大白菜基因组的32个SNP位点;所述32个SNP 位点如下:BrSNP01位点为1号染色体上的第1795429位核苷酸;BrSNP02位点为1号染色体上的第4668251位核苷酸;BrSNP03位点为1号染色体上的第8659686位核苷酸;BrSNP04 位点为1号染色体上的第22523311位核苷酸;BrSNP05位点为2号染色体上的第157034位核苷酸;BrSNP06位点为2号染色体上的第1758653位核苷酸;BrSNP07位点为2号染色体上的第
2421548位核苷酸;BrSNP08位点为2号染色体上的第9141887位核苷酸;BrSNP09 位点为2号染色体上的第11181828位核苷酸;BrSNP10位点为2号染色体上的第19966721 位核苷酸;
BrSNP11位点为2号染色体上的第26263824位核苷酸;BrSNP12位点为3号染色体上的第
3067264位核苷酸;BrSNP13位点为3号染色体上的第15431305位核苷酸;BrSNP14 位点为3号染色体上的第28161015位核苷酸;BrSNP15位点为3号染色体上的第28629888 位核苷酸;
BrSNP16位点为4号染色体上的第1833604位核苷酸;BrSNP17位点为4号染色体上的第
13764622位核苷酸;BrSNP18位点为5号染色体上的第1283352位核苷酸;BrSNP19 位点为5号染色体上的第4556351位核苷酸;BrSNP20位点为5号染色体上的第24583581位核苷酸;
BrSNP21位点为6号染色体上的第9159584位核苷酸;BrSNP22位点为6号染色体上的第
16193195位核苷酸;BrSNP23位点为7号染色体上的第23521839位核苷酸;BrSNP24 位点为8号染色体上的第2374634位核苷酸;BrSNP25位点为8号染色体上的第3289888位核苷酸;
BrSNP26位点为8号染色体上的第12382048位核苷酸;BrSNP27位点为8号染色体上的第
14112886位核苷酸;BrSNP28位点为9号染色体上的第1379762位核苷酸;BrSNP29 位点为9号染色体上的第3019969位核苷酸;BrSNP30位点为10号染色体上的第277083位核苷酸;
BrSNP31位点为10号染色体上的第6477381位核苷酸;BrSNP32位点为10号染色体上的第
15835648位核苷酸。
[0007] 所述SNP位点组合具体可由上述32个SNP位点组成。
[0008] 本发明还保护SNP引物组合,可包括用于扩增所述BrSNP01的引物组1、用于扩增所述BrSNP02 的引物组2、用于扩增所述BrSNP03的引物组3、用于扩增所述BrSNP04的引物组4、用于扩增所述BrSNP05的引物组5、用于扩增所述BrSNP06的引物组6、用于扩增所述BrSNP07的引物组7、用于扩增所述BrSNP08的引物组8、用于扩增所述BrSNP09的引物组9、用于扩增所述BrSNP010 的引物组10、用于扩增所述BrSNP11的引物组11、用于扩增所述BrSNP12的引物组12、用于扩增所述BrSNP13的引物组13、用于扩增所述BrSNP14的引物组
14、用于扩增所述BrSNP15的引物组15、用于扩增所述BrSNP16的引物组16、用于扩增所述BrSNP17的引物组17、用于扩增所述 BrSNP18的引物组18、用于扩增所述BrSNP19的引物组
19、用于扩增所述BrSNP20的引物组20、用于扩增所述BrSNP21的引物组21、用于扩增所述BrSNP22的引物组22、用于扩增所述BrSNP23 的引物组23、用于扩增所述BrSNP24的引物组
24、用于扩增所述BrSNP25的引物组25、用于扩增所述BrSNP26的引物组26、用于扩增所述BrSNP27的引物组27、用于扩增所述BrSNP28的引物组28、用于扩增所述BrSNP29的引物组
29、用于扩增所述BrSNP30的引物组30、用于扩增所述 BrSNP31的引物组31和用于扩增所述BrSNP32的引物组32。
[0009] 所述SNP引物组合中,所述引物组1可由序列1所示的正向引物01F1、序列2所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成。所述引物组2可由序列4所示的正向引物02F1、序列5所示的正向引物02F2和序列6所示的反向引物02R组成。所述引物组3可由序列7所示的正向引物03F1、序列8所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物03R组成。所述引物组4可由序列10所示的正向引物04F1、序列11所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成。所述引物组5可由序列13所示的正向引物05F1、序列14所示的正向引物 05F2和序列15所示的反向引物05R组成。所述引物组6可由序列16所示的正向引物06F1、序列17所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成。所述引物组7可由序列19 所示的正向引物07F1、序列20所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成。所述引物组
8可由序列22所示的正向引物08F1、序列23所示的正向引物08F2和序列24所示的反向引物
08R组成。所述引物组9可由序列25所示的正向引物09F1、序列26所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R组成。所述引物组10可由序列28所示的正向引物 10F1、序列29所示的正向引物10F2和序列30所示的反向引物10R组成。所述引物组11可由序列31所示的正向引物11F1、序列32所示的正向引物11F2和序列33所示的反向引物11R 组成。所述引物组
12可由序列34所示的正向引物12F1、序列35所示的正向引物12F2和序列36所示的反向引物
12R组成。所述引物组13可由序列37所示的正向引物13F1、序列38 所示的正向引物13F2和序列39所示的反向引物13R组成。所述引物组14可由序列40所示的正向引物14F1、序列41所示的正向引物14F2和序列42所示的反向引物14R组成。所述引物组15可由序列43所示的正向引物15F1、序列44所示的正向引物15F2和序列45所示的反向引物15R组成。所述引物组16可由序列46所示的正向引物16F1、序列47所示的正向引物16F2 和序列48所示的反向引物
16R组成。所述引物组17可由序列49所示的正向引物17F1、序列 50所示的正向引物17F2和序列51所示的反向引物17R组成。所述引物组18可由序列52所示的正向引物18F1、序列53所示的正向引物18F2和序列54所示的反向引物18R组成。所述引物组19可由序列55所示的正向引物19F1、序列56所示的正向引物19F2和序列57所示的反向引物19R组成。所述引物组20可由序列58所示的正向引物20F1、序列59所示的正向引物20F2和序列60所示的反向引物
20R组成。所述引物组21可由序列61所示的正向引物21F1、序列62所示的正向引物21F2和序列63所示的反向引物21R组成。所述引物组22可由序列 64所示的正向引物22F1、序列65所示的正向引物22F2和序列66所示的反向引物22R组成。所述引物组23可由序列67所示的正向引物23F1、序列68所示的正向引物23F2和序列69所示的反向引物23R组成。所述引物组24可由序列70所示的正向引物24F1、序列71所示的正向引物24F2和序列72所示的反向引物
24R组成。所述引物组25可由序列73所示的正向引物 25F1、序列74所示的正向引物25F2和序列75所示的反向引物25R组成。所述引物组26可由序列76所示的正向引物26F1、序列77所示的正向引物26F2和序列78所示的反向引物26R 组成。所述引物组27可由序列79所示的正向引物27F1、序列80所示的正向引物27F2和序列81所示的反向引物27R组成。所述引物组28可由序列82所示的正向引物28F1、序列83 所示的正向引物28F2和序列84所示的反向引物
28R组成。所述引物组29可由序列85所示的正向引物29F1、序列86所示的正向引物29F2和序列87所示的反向引物29R组成。所述引物组30可由序列88所示的正向引物30F1、序列89所示的正向引物30F2和序列90所示的反向引物30R组成。所述引物组31可由序列91所示的正向引物31F1、序列92所示的正向引物31F2 和序列93所示的反向引物31R组成。所述引物组32可由序列94所示的正向引物32F1、序列 95所示的正向引物32F2和序列96所示的反向引物
32R组成。
[0010] 所述SNP引物组合中,所述引物组1可由序列1自5’末端起第22至48位所示的正向引物 01F1、序列2自5’末端起第22至47位所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成。所述引物组2可由序列4自5’末端起第22至47位所示的正向引物02F1、序列5自5’末端起第22至48位所示的正向引物02F2和序列6所示的反向引物02R组成。所述引物组3可由序列7 自5’末端起第22至50位所示的正向引物03F1、序列8自5’末端起第22至50位所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物03R组成。所述引物组4可由序列10自5’末端起第22至46 位所示的正向引物04F1、序列11自5’末端起第22至43位所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成。所述引物组5可由序列13自5’末端起第22至43位所示的正向引物
05F1、序列14自5’末端起第22至46位所示的正向引物05F2和序列15所示的反向引物05R组成。所述引物组6可由序列16自5’末端起第22至51位所示的正向引物06F1、序列17自5’末端起第22至50位所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成。所述引物组7可由序列19自5’末端起第22至53位所示的正向引物07F1、序列20自5’末端起第22至51位所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成。所述引物组8可由序列22自5’末端起第22 至46位所示的正向引物08F1、序列23自5’末端起第22至46位所示的正向引物08F2和序列 
24所示的反向引物08R组成。所述引物组9可由序列25自5’末端起第22至46位所示的正向引物09F1、序列26自5’末端起第22至46位所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R 组成。所述引物组10可由序列28自5’末端起第22至46位所示的正向引物10F1、序列29自5’末端起第22至46位所示的正向引物10F2和序列30所示的反向引物10R组成。所述引物组11 可由序列31自5’末端起第22至41位所示的正向引物11F1、序列32自5’末端起第22至40 位所示的正向引物11F2和序列33所示的反向引物11R组成。所述引物组12可由序列34自5’末端起第22至49位所示的正向引物12F1、序列35自5’末端起第22至46位所示的正向引物 
12F2和序列36所示的反向引物12R组成。所述引物组13可由序列37自5’末端起第22至48 位所示的正向引物13F1、序列38自5’末端起第22至48位所示的正向引物13F2和序列39所示的反向引物13R组成。所述引物组14可由序列40自5’末端起第22至43位所示的正向引物14F1、序列41自5’末端起第22至43位所示的正向引物14F2和序列42所示的反向引物14R组成。所述引物组15可由序列43自5’末端起第22至52位所示的正向引物15F1、序列44自5’末端起第
22至51位所示的正向引物15F2和序列45所示的反向引物15R组成。所述引物组16可由序列 
46自5’末端起第22至48位所示的正向引物16F1、序列47自5’末端起第22至46位所示的正向引物16F2和序列48所示的反向引物16R组成。所述引物组17可由序列49自5’末端起第22 至
48位所示的正向引物17F1、序列50自5’末端起第22至47位所示的正向引物17F2和序列 51所示的反向引物17R组成。所述引物组18可由序列52自5’末端起第22至48位所示的正向引物18F1、序列53自5’末端起第22至50位所示的正向引物18F2和序列54所示的反向引物 18R组成。所述引物组19可由序列55自5’末端起第22至49位所示的正向引物19F1、序列56 自5’末端起第22至48位所示的正向引物19F2和序列57所示的反向引物19R组成。所述引物组20可由序列58自5’末端起第22至47位所示的正向引物20F1、序列59自5’末端起第22 至46位所示的正向引物20F2和序列60所示的反向引物20R组成。所述引物组21可由序列61 自5’末端起第22至48位所示的正向引物21F1、序列62自5’末端起第22至49位所示的正向引物21F2和序列63所示的反向引物21R组成。所述引物组22可由序列64自5’末端起第22至 51位所示的正向引物22F1、序列65自5’末端起第22至51位所示的正向引物22F2和序列66 所示的反向引物22R组成。所述引物组23可由序列67自5’末端起第22至46位所示的正向引物23F1、序列68自5’末端起第22至45位所示的正向引物23F2和序列69所示的反向引物23R 组成。所述引物组24可由序列70自5’末端起第22至49位所示的正向引物24F1、序列71自5’末端起第22至48位所示的正向引物24F2和序列72所示的反向引物24R组成。所述引物组25 可由序列73自5’末端起第22至48位所示的正向引物25F1、序列74自5’末端起第22至49 位所示的正向引物25F2和序列75所示的反向引物25R组成。所述引物组26可由序列76自5’末端起第22至
43位所示的正向引物26F1、序列77自5’末端起第22至43位所示的正向引物 26F2和序列78所示的反向引物26R组成。所述引物组27可由序列79自5’末端起第22至47 位所示的正向引物27F1、序列80自5’末端起第22至46位所示的正向引物27F2和序列81所示的反向引物27R组成。所述引物组28可由序列82自5’末端起第22至43位所示的正向引物28F1、序列83自5’末端起第22至46位所示的正向引物28F2和序列84所示的反向引物28R组成。所述引物组29可由序列85自5’末端起第22至46位所示的正向引物29F1、序列86自5’末端起第22至45位所示的正向引物29F2和序列87所示的反向引物29R组成。所述引物组30可由序列 88自5’末端起第22至48位所示的正向引物30F1、序列89自5’末端起第22至48位所示的正向引物30F2和序列90所示的反向引物30R组成。所述引物组31可由序列91自5’末端起第22 至46位所示的正向引物31F1、序列92自5’末端起第22至48位所示的正向引物31F2和序列 93所示的反向引物31R组成。所述引物组32可由序列94自5’末端起第22至43位所示的正向引物32F1、序列
95自5’末端起第22至43位所示的正向引物32F2和序列96所示的反向引物 32R组成。
[0011] 上述任一所述引物组中,名称中含有“F1”的引物、名称中含有“F2”的引物和名称中含有“R”的引物的摩尔比具体可为2:2:5。
[0012] 上述任一所述SNP引物组合具体可由所述引物组1、所述引物组2、所述引物组3、所述引物组4、所述引物组5、所述引物组6、所述引物组7、所述引物组8、所述引物组9、所述引物组10、所述引物组11、所述引物组12、所述引物组13、所述引物组14、所述引物组 15、所述引物组16、所述引物组17、所述引物组18、所述引物组19、所述引物组20、所述引物组21、所述引物组22、所述引物组23、所述引物组24、所述引物组25、所述引物组 26、所述引物组27、所述引物组28、所述引物组29、所述引物组30、所述引物组31和所述引物组32组成。
[0013] 上文中,序列表中序列1自5′末端起第1至21位所示的核苷酸序列为荧光标签序列(即 FAM荧光标签序列),荧光信号具体为蓝色。序列表中序列2自5′末端起第1至21位所示的核苷酸序列也为荧光标签序列(即HEX荧光标签序列),荧光信号具体为红色。
[0014] 含有上述任一所述SNP引物组合的试剂盒也属于本发明的保护范围。
[0015] 所述试剂盒的制备方法也属于本发明的保护范围。所述试剂盒的制备方法包括将上述任一所述引物组中的各条引物分别单独包装的步骤。
[0016] 所述试剂盒的应用也属于本发明的保护范围。所述试剂盒的应用可为x3)或x4):x3) 鉴定大白菜品种;x4)鉴别大白菜品种真伪性。
[0017] 上述任一所述SNP位点组合或上述任一所述SNP引物组合的应用,可为x1)至x4)中的任一种:x1)制备用于鉴定大白菜品种的试剂盒;x2)制备用于鉴别大白菜品种真伪性的试剂盒;x3)鉴定大白菜品种;x4)鉴别大白菜品种真伪性。
[0018] 本发明还保护一种鉴定待测大白菜属于236个大白菜品种中哪个品种的方法,可包括如下步骤:分别检测待测大白菜和236个大白菜品种基于所述32个SNP位点的基因型,然后进行如下判断:如果待测大白菜基于所述32个SNP位点的基因型和236个大白菜品种中某品种基于所述32个SNP位点的基因型完全一致,则待测大白菜与该大白菜品种属于同一个品种;如果待测大白菜基于所述32个SNP位点的基因型和236个大白菜品种中各个品种基于所述32个SNP位点的基因型均不一致,则待测大白菜与236个大白菜品种的品种均不相同。
[0019] 上述方法中,所述“检测待测大白菜和236个大白菜品种基于所述32个SNP位点的基因型”的步骤可如下:
[0020] (1)分别以待测大白菜的基因组DNA和236个大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用上述任一所述SNP引物组合中引物组的进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;
[0021] (2)完成步骤(1)后,采用仪器检测PCR扩增产物的荧光信号,根据荧光信号的颜色获得待测大白菜和236个大白菜品种基于所述32个SNP位点的基因型。
[0022] 上述方法中,所述“检测检测待测大白菜和236个大白菜品种基于所述32个SNP位点的基因型”的步骤可如下:
[0023] (1)分别以待测大白菜的基因组DNA和236个大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用上述任一所述SNP引物组合中引物组的进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;
[0024] (2)取步骤(1)得到的PCR扩增产物,测序;
[0025] (3)根据步骤(2)得到的测序结果,获得待测大白菜和236个大白菜品种基于所述32 个SNP位点的基因型。
[0026] 本发明还保护一种鉴定待测大白菜属于236个大白菜品种中哪个品种的方法,可包括如下步骤:
[0027] (1)以待测大白菜的基因组DNA为模板,分别采用上述任一所述SNP引物组合中引物组的进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;以标准大白菜品种群中的各个大白菜品种的基因组 DNA为模板,分别采用上述任一所述SNP引物组合中引物组的进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;所述标准大白菜品种群由236个大白菜品种组成;
[0028] (2)将待测大白菜得到的各个PCR扩增产物与每个标准大白菜品种对应的PCR扩增产物进行聚类分析,聚类分析中待测大白菜与哪个标准大白菜品种为同一类,该待测大白菜与该标准大白菜品种即属于同一个品种。
[0029] 上述任一所述的方法中,236个大白菜品种可为西白10号、87-114、CR117、CR天白 15、J405、LI-1、SGK1008、SW701、YHBC1511、YHBC1516、北京75、北京80、北京大牛心、北京改良67、北京桔红2号、北京桔红心、北京小杂50、北京小杂51、北京小杂61、北京小杂67、北京新1号、北京新2号、北京新3号、北京新4号、北京新三号、汴早9号、春宝、春宝黄、春大强、春丰007、春获、春秋54、春天、春旺、春晓、德丰1号、德高16、德高8号、东方皇冠、冬春娃娃菜、丰抗58、丰抗60、丰抗70、丰抗70号、丰南F115-93、福山核桃纹、冠春、贵龙五号、华耐B1102、华耐CC001、华耐CC002、华阳白一号、黄芽 14号、惠春、吉红308、吉红65、吉红82、吉红娃娃、胶白7号、胶研夏星、金冠2号、金华元19号、金铃、金秋68、金秋70、金秋90、金早58、津白56、津绿75、津绿80、津秋606、津秋78、津娃娃1号、津秀1号、津研快菜1号、津研快菜30、津研快绿1号、津研快绿2号、锦秋1号、京春99、京春CR3、京春白、京春白2号、京春黄、京春黄2号、京春娃2号、京春娃3号、京春娃4号、京春娃娃菜、京翠60、京翠70、京翠75号、京农 988、京秋1号、京秋4号、京秋65号、京秋701、京秋70号、京秋75号、京秋76、京秋 80、京秋黄心70、京秋新56号、京夏1号、京夏王、京研快菜、菊心一号、莱6014、莱白一号、丽春、利春、利春一号、辽白十号、玲珑黄、鲁白15、鲁白16号、鲁白二号、鲁春白1号、鲁春白一号、绿健60、绿健85、绿笋70、黔白4号、秦白二号、秦杂60、青研春白3号、青研春白一号、青研秋白1号、青研四号、清江白、庆农45天、秋绿55、秋绿60、秋绿75、秋绿78、秋玉78、秋早60、秋早9号、热抗7号、山地王2号、山东5号、山东五号、陕5201、神青翠玉、神青冬宝、沈白GMS01、沈白GMS02、石绿85、世农春50、四季翠、四季快菜1号、四季快菜一号、泰京50、天白65、天白80、天正超白二号、天正春白二号、天正桔红62、天正桔红65、天正橘红62、天正橘红65、天正品优一号、田娃、娃娃黄、万农二号、万农六号、旺春、潍白4号、西白3号、西白4号、西白5号、西白6号、西白9号、西白四号、西春白3号、西由铁根、夏冠、夏阳303、小巧、小义和秋、小杂56、小杂60、新乡小包
23、新早56、新早58、新早89-8、新中78、阳春、义和0906、义和1 号、优选小杂56、优选早熟5号F1、油绿3号、豫新1号、豫新2号、豫新3号、豫新9 号、豫早0901、云春白2号、早皇白、早熟5号、早熟5号优选、早熟6号、早熟五号、浙白6号、浙冬1号、珍绿55、珍绿60、珍绿6号、珍绿80、郑白65、郑白75、郑白78、郑白四号、郑研小包23、郑杂2号、郑杂二号、郑早55、郑早60、中白
50、中白58、中白 58号、中白60、中白61、中白61号、中白62号、中白65、中白66、中白76号、中白78、中白78号、中白81、中白81号精选、中白83号、中白85号和中包68。
[0030] 上述任一所述的方法中,“分别采用上述任一所述SNP引物组合中引物组的进行PCR扩增”的反应程序具体可为:94℃预变性,15min;94℃变性20s,61℃-55℃(选用touch down 程序,每循环降低0.6℃),1min,扩增10个循环;94℃变性20s,55℃复性&延伸1min,继续扩增26个循环。若PCR扩增结束后荧光信号弱,影响数据分析,可以加循环(94℃变性20s,55℃复性及延伸1min,5个循环),直至结果满意为止。
[0031] 本发明建立了基于高通量测序鉴定大白菜品种真实性的DNA指纹数据库,可用于对大白菜品种在种子或幼苗期进行早期鉴定,保证品种的真实性,切实保护生产者和育种家的权益,并为大白菜种质资源和新品种保护提供技术支持。本发明提供的方法既可以对未知大白菜品种进行鉴定,也可以对已知品种的真实性进行鉴定。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点,具有十分广阔的应用前景。

附图说明

[0032] 图1为建立在32个SNP引物组上的236个供试大白菜品种的聚类图。
[0033] 图2为SNP标记个数(即SNP位点个数)与区分236个供试大白菜品种的关系图。
[0034] 图3为32个引物组在部分供试大白菜品种中的SNP分型效果。

具体实施方式

[0035] 以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。
[0036] 下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
[0037] 下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。
[0038] 以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
[0039] 实施例1、用于鉴定大白菜品种真实性的引物组合的获得
[0040] 一、32个SNP位点的发现
[0041] 本发明基于194份大白菜自交系的重测序数据,获得32个SNP位点。这194份大白菜资源类型丰富,涵盖秋白菜(117份)、夏白菜(37份)、春白菜(40份),基本包括了白菜主要的生态类型与农艺性状,具备白菜种质的代表性,具有较高的遗传多样性。具体的,SNP 位点的筛选标准如下:在全基因组范围内选择位置均匀、多态性好、杂合度小、MAF>0.3、种群区分效果好、PCA聚类明显且两翼50bp序列保守(无InDel,无SSR,无其它SNP)的SNP 位点。32个SNP位点的基本信息详见表1中第1至4列。其中SNP位点在染色体上的位置是基于 Chiifu-401-42参考基因组序列比对确定的,所述Chiifu-401-42参考基因组序列的版本号为 V1.5(下载地址为:https://www.plantcyc.org/databases/brapafpsccyc/1.5)。
[0042] 表1.32个SNP位点的基本信息
[0043]
[0044] 二、用于鉴定大白菜品种真实性的引物组合的获得
[0045] 根据步骤一发现的32个SNP位点,开发出具有较高的多态性信息量(PIC值)(见表1中第5列)且适合用等位基因竞争性特异PCR法鉴定大白菜品种真实性的引物组合。
[0046] SNP引物组合由32个引物组组成,每个引物组的名称见表2中第2列。每个引物组由3条引物序列组成,用于扩增一个SNP位点。32个引物组中各个引物的核苷酸序列如表2中第
4列所示。
[0047] 表2
[0048]
[0049]
[0050]
[0051]
[0052]
[0053] 注:单下划线为FAM荧光标签序列,双下划线为HEX荧光标签序列。
[0054] 实施例2、实施例1开发的引物组合的有效性检验
[0055] 本实施例中的236个供试大白菜品种的基本信息见表3。236个供试大白菜品种均为常见的优良品种或部分国外引进品种。
[0056] 表3.236个供试大白菜品种的基本信息
[0057]
[0058]
[0059]
[0060] 1、供试大白菜品种的基因组DNA的获得
[0061] 采用CTAB法分别提取236个供试大白菜品种的叶片(混取30粒种子的真叶)的基因组DNA,得到供试大白菜品种的基因组DNA。
[0062] 供试大白菜品种的基因组DNA的质量和浓度均须满足PCR要求,达标标准为:琼脂糖电泳显示DNA条带单一,没有明显弥散;紫外分光光度计Nanodrop2000(Thermo)检测A260/A280比值在1.8左右,A260/A230比值大于1.8;供试大白菜品种的基因组DNA的浓度在10-30ng/μL。
[0063] 2、分别以236个供试大白菜品种的基因组DNA为模板,分别采用32个引物组进行PCR 扩增,得到PCR扩增产物。各个PCR反应体系中,名称中含有“F1”的引物、名称中含有“F2”的引物和名称中含有“R”的引物的浓度比为2:2:5。
[0064] 反应程序为:94℃预变性,15min;94℃变性20s,61℃-55℃(选用touch down程序,每循环降低0.6℃),1min,扩增10个循环;94℃变性20s,55℃复性&延伸1min,继续扩增26个循环。
[0065] 3、完成步骤2后,待PCR扩增产物温度降至40℃以下时通过酶标仪的FAM、HEX光束扫描读取荧光值(FAM荧光标签序列在激发光485nm,发射光520nm波长下观察读值,HEX荧光标签序列在激发光528nm,发射光560nm波长下观察读值),根据荧光信号颜色判断236个供试大白菜品种基于每个SNP位点的基因型。具体的判断原则如下:如果某供试大白菜品种基于某SNP 位点显示蓝色荧光信号,则该供试大白菜品种基于该SNP位点的基因型为“扩增该SNP位点且名称中含有“F1”的引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”纯合型;如果某供试大白菜品种基于某SNP位点显示红色荧光信号,则该供试大白菜品种基于该SNP位点的基因型为“扩增该SNP 位点且名称中含有“F2”的引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”纯合型;如果某供试大白菜品种基于某SNP位点显示绿色荧光信号,则该供试大白菜品种基于该SNP位点的基因型为杂合型,一个碱基为“扩增该SNP位点且名称中含有“F1”的引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”,另一个碱基“扩增该SNP位点且名称中含有“F2”的引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”。
[0066] 需要说明的是,若PCR扩增结束后荧光信号弱,影响数据分析,可以加循环(94℃变性 20s,55℃复性及延伸1min,5个循环),直至结果满意为止。
[0067] 部分结果见图3。结果表明,各个引物组在供试大白菜品种中可以得到很好的分型效果。
[0068] 4、聚类分析
[0069] 根据236个供试大白菜品种基于32个SNP位点的基因型,利用MiniMarker和MEGA7软件对236个供试大白菜品种进行聚类分析。
[0070] 建立在32个引物组上的236个供试大白菜品种的聚类图如图1所示。结果表明,32个引物组可以完全区分表3中的236个供试大白菜品种。由此可见,实施例1开发的SNP引物组合可以应用于大白菜品种DNA指纹数据库构建和品种真实性鉴定。
[0071] 5、效率评价
[0072] 品种真实性鉴定可以采用序贯分析方式减少工作量。本发明的发明人比较了SNP标记个数(即引物组数)与区分236个供试大白菜品种区分率的关系。
[0073] 实验结果表明(图2),32个引物组(即32个SNP标记个数)在236个供试大白菜品种中的区分率达到100%。