人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒及使用方法转让专利

申请号 : CN202010501187.9

文献号 : CN111607667B

文献日 :

基本信息:

PDF:

法律信息:

相似专利:

发明人 : 马明星魏其林李国俊

申请人 : 昆明寰基生物芯片产业有限公司

摘要 :

本申请涉及一种人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒及使用方法;所述的核酸标记试剂盒包括33个人乳头瘤病毒亚型核酸标记的引物对和探针。所述的核酸标记试剂盒包括PCR扩展反应体系:临床样本DNA或阴性质控模板5.0μL、PCR扩增试剂混合物12.5μL、PCR扩增引物混合物7.5μL、PCR酶混合物1μL,总体积25.0μL。所述的核酸标记试剂盒的PCR扩展反应参数:95℃5min×1cycle;(94℃30s,42℃50s,65℃45s)×35cycles;72℃10min×1cycle;4℃保存;等等。本申请采用荧光标记的方式,对33个人乳头瘤病毒亚型核酸进行标记,所显示的荧光标记图谱可以为医学专家后期分析提供帮助。

权利要求 :

1.人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,其特征在于,所述的核酸标记试剂盒包括通用引物对①:GP5+(1)、Cy3-GP6+(1)或通用引物对②:GP5+(2)、Cy3-GP6+(2)与用于标记的探针;

所述的核酸标记试剂盒中用于标记的探针包括用于标记HPV6的探针:NH2-Oligo(15T)-CGTAACTACATCTTCCACATACACCAA;

用于标记HPV11的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGTCTAAATCTGCTACATACAC;

用于标记HPV16的探针:NH2-Oligo(15T)-TTATGTGCTGCCATATCTACTT;

用于标记HPV18的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACACAGTCTCCTGTACCTGGGCA;

用于标记HPV26的探针:NH2-Oligo(15T)-CATTATCTGCAGCATCTGCATCCACT;

用于标记HPV31的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGCTGCAATTGCAAACAGTGATAC;

用于标记HPV33的探针:NH2-Oligo(15T)-TTTATGCACACAAGTAACTAGTGAC;

用于标记HPV34的探针:NH2-Oligo(15T)-CAATCCACAAGTACAAATGCACCA;

用于标记HPV35的探针:NH2-Oligo(15T)-GTGTGTTCTGCTGTGTCTTCTAGT;

用于标记HPV39的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACCTCTATAGAGTCTTCCATA;

用于标记HPV40的探针:NH2-Oligo(15T)-CACACAGTCCCCCACACCAACCC;

用于标记HPV42的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAACATCTGGTGATACATA;

用于标记HPV43的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGACCCTACTGTGCCCAGTACATA;

用于标记HPV44的探针:NH2-Oligo(15T)-ACTACACAGTCCCCTCCGTCTAC;

用于标记HPV45的探针:NH2-Oligo(15T)-AAAATCCTGTGCCAAGTACAT;

用于标记HPV51的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCCACTGCTGCGGTTTCCCCA;

用于标记HPV52的探针:NH2-Oligo(15T)-GAGGTTAAAAAGGAAAGCACATA;

用于标记HPV53的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACATATAATTCAAAGCAAAT;

用于标记HPV54的探针:NH2-Oligo(15T)-GCATCCACGCAGGATAGCTTTAAT;

用于标记HPV55的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAACTCAGTCTCCATCTACA;

用于标记HPV56的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAGAACAGTTAAGTAAATATG;

用于标记HPV58的探针:NH2-Oligo(15T)-ATGCACTGAAGTAACTAAGGAAGGTAC;

用于标记HPV59的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTGCTTCTATTCCTAATGTATAC;

用于标记HPV61的探针:NH2-Oligo(15T)-GCTACATCCCCCCCTGTATCTGAATA;

用于标记HPV62的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAGCAGAATACACGGCTACCAACT;

用于标记HPV66的探针:NH2-Oligo(15T)-TAATGCAGCTAAAAGCACATTAACTAA;

用于标记HPV68的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTACTGAATCAGCTGTACCAAT;

用于标记HPV70的探针:NH2-Oligo(15T)-GCCTGCACCGAAACGGCCATACCTGCTG;

用于标记HPV72的探针:NH2-Oligo(15T)-CACAGCGTCCTCTGTATCAGAATATAC;

用于标记HPV73的探针:NH2-Oligo(15T)-AGGTACACAGGCTAGTAGCTCTACTA;

用于标记HPV83的探针:NH2-Oligo(15T)-TGCTGCTACACAGGCTAATGAATACA;

用于标记HPV84的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACCAACACCGAATCAGAATATA;

用于标记HPV81的探针:NH2-Oligo(15T)-CTACATCTGCTGCTGCAGAATACA的组合。

2.根据权利要求1所述的人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,其特征在于,所述的核酸标记试剂盒的PCR扩展反应参数:95℃ 5min×1 cycle; (94℃ 30s,42℃ 50s,65℃ 

45s)×35 cycles;72℃ 10min×1 cycle;4℃保存。

3.根据权利要求1所述的人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,其特征在于,所述的核酸标记试剂盒包括基因芯片,该基因芯片设置为矩形,分上下N个部分,每个部分设置M个重复,在第1个部分的第1列设置为杂交对照位点,在第1个部分的最后1列设置为阴性质控位点;在最后1个部分的第1列设置为内参对照位点,在最后1个部分的最后1列设置为杂交对照位点;其余位点设置为预标记待测样本位点。

4.根据权利要求1所述的人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,其特征在于,所述的核酸标记试剂盒包括洗脱液I和洗脱液II;洗脱液I为在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =100:5:1的比例配制;洗脱液II为在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =400:1:4的比例配制;所述的洗脱液在基因芯片杂交后使用,具体为,先使用洗脱液I,震荡洗脱1min;再使用洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干。

5.根据权利要求1-4任一所述的核酸标记试剂盒的非诊断目的的使用方法,其特征在于,该方法包括如下以下步骤:(1)准备仪器和耗材:准备无菌操作台、生物安全柜、基因扩增仪、取样器、台式离心机、恒温热台、水浴恒温振荡器、载玻片架及玻片洗脱容器、芯片扫描仪;

(2)配制洗脱液I和洗脱液II;

(3)获取核酸样本或疑似核酸样本;

(4)PCR扩增及标记;

(5)杂交:

5.1) 恒温热台升温恒定到42℃,用42℃预热的杂交模块将芯片固定好;

5.2)将PCR产物置于PCR 仪中,加热至95℃变性5min,立即冰浴3min;

5.3)取75μL杂交缓冲液加入临床样本扩增反应管中充分混匀,将混合物由加样孔滴加入对应微阵列反应室内杂交60min;操作过程中禁止触碰到微阵列区,避免将混合液滴落到杂交模块表面;

(6)洗脱:洗脱前将洗脱液在37℃预热,小心将芯片从杂交模块中取出,立即放入洗脱容器中,完成洗脱流程;洗脱液I,震荡洗脱1min;洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干即可进行扫描;

(7)扫描:将干燥后的芯片置于激光扫描仪中使用532nm波长激光扫描,获得扫描数据及图谱;完成核酸标记。

说明书 :

人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒及使用方法

技术领域

[0001] 本申请属于核酸标记试剂盒内容技术领域,尤其是属于一种可以对人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒内容技术领域,荧光标记后的结果可以为后期专家分析提供帮助。

背景技术

[0002] 人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus, HPV),是一种小分子的、无被膜包被的环状双链 DNA 病毒,基因组长约 8000 碱基对,分为 3 个功能区,即早期转录区(E 区)、晚期转录区(L 区)和非转录区(长控制区,LCR)。HPV 通过直接或间接接触污染物品或性传播感染人类。该病毒不但具有宿主特异性,而且具有组织特异性,只能感染人的皮肤和粘膜上皮细胞,引起人类皮肤的多种乳头状瘤或疣及生殖道上皮增生性损伤。目前已确定的 HPV 型别大约有 100 余种,依据不同型别致病力大小或致癌危险性大小,可分为高危型和低危型两大类。目前的试剂盒产品具有标记亚型少,操作繁琐复杂,可辨识度较低,容易发生误判等缺陷,考虑到对该病毒亚型众多,因此有一种新型的基因芯片,可以一次性、快速、准确得对其核酸进行标记,成为需要解决的技术问题。

发明内容

[0003] 本申请正是为了解决上述问题缺陷,提供一种人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒及使用方法。
[0004] 本申请采用如下技术方案实现。
[0005] 人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,本申请所述的核酸标记试剂盒包括通用引物对①:GP5+(1)、Cy3-GP6+(1)或通用引物对②:GP5+(2)、Cy3-GP6+(2)与用于标记的探针。
[0006] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒中用于标记的探针包括用于标记HPV6的探针:NH2-Oligo(15T)-CGTAACTACATCTTCCACATACACCAA;
[0007] 或用于标记HPV11的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGTCTAAATCTGCTACATACAC;
[0008] 或用于标记HPV16的探针:NH2-Oligo(15T)-TTATGTGCTGCCATATCTACTT;
[0009] 或用于标记HPV18的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACACAGTCTCCTGTACCTGGGCA;
[0010] 或用于标记HPV26的探针:NH2-Oligo(15T)-CATTATCTGCAGCATCTGCATCCACT;
[0011] 或用于标记HPV31的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGCTGCAATTGCAAACAGTGATAC;
[0012] 或用于标记HPV33的探针:NH2-Oligo(15T)-TTTATGCACACAAGTAACTAGTGAC;
[0013] 或用于标记HPV34的探针:NH2-Oligo(15T)-CAATCCACAAGTACAAATGCACCA;
[0014] 或用于标记HPV35的探针:NH2-Oligo(15T)-GTGTGTTCTGCTGTGTCTTCTAGT;
[0015] 或用于标记HPV39的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACCTCTATAGAGTCTTCCATA;
[0016] 或用于标记HPV40的探针:NH2-Oligo(15T)-CACACAGTCCCCCACACCAACCC;
[0017] 或用于标记HPV42的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAACATCTGGTGATACATA;
[0018] 或用于标记HPV43的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGACCCTACTGTGCCCAGTACATA;
[0019] 或用于标记HPV44的探针:NH2-Oligo(15T)-ACTACACAGTCCCCTCCGTCTAC;
[0020] 或用于标记HPV45的探针:NH2-Oligo(15T)-AAAATCCTGTGCCAAGTACAT;
[0021] 或用于标记HPV51的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCCACTGCTGCGGTTTCCCCA;
[0022] 或用于标记HPV52的探针:NH2-Oligo(15T)-GAGGTTAAAAAGGAAAGCACATA;
[0023] 或用于标记HPV53的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACATATAATTCAAAGCAAAT;
[0024] 或用于标记HPV54的探针:NH2-Oligo(15T)-GCATCCACGCAGGATAGCTTTAAT;
[0025] 或用于标记HPV55的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAACTCAGTCTCCATCTACA;
[0026] 或用于标记HPV56的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAGAACAGTTAAGTAAATATG;
[0027] 或用于标记HPV58的探针:NH2-Oligo(15T)-ATGCACTGAAGTAACTAAGGAAGGTAC;
[0028] 或用于标记HPV59的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTGCTTCTATTCCTAATGTATAC;
[0029] 或用于标记HPV61的探针:NH2-Oligo(15T)-GCTACATCCCCCCCTGTATCTGAATA;
[0030] 或用于标记HPV62的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAGCAGAATACACGGCTACCAACT;
[0031] 或用于标记HPV66的探针:NH2-Oligo(15T)-TAATGCAGCTAAAAGCACATTAACTAA;
[0032] 或用于标记HPV68的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTACTGAATCAGCTGTACCAAT;
[0033] 或用于标记HPV70的探针:NH2-Oligo(15T)-GCCTGCACCGAAACGGCCATACCTGCTG;
[0034] 或用于标记HPV72的探针:NH2-Oligo(15T)-CACAGCGTCCTCTGTATCAGAATATAC;
[0035] 或用于标记HPV73的探针:NH2-Oligo(15T)-AGGTACACAGGCTAGTAGCTCTACTA;
[0036] 或用于标记HPV83的探针:NH2-Oligo(15T)-TGCTGCTACACAGGCTAATGAATACA;
[0037] 或用于标记HPV84的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACCAACACCGAATCAGAATATA;
[0038] 或用于标记HPV81的探针:NH2-Oligo(15T)-CTACATCTGCTGCTGCAGAATACA;
[0039] 其中的任意一个或多个的组合。
[0040] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括内参对照引物对:Cy3-IC-RP、IC-FP与探针:NH2-Oligo(15T)-CATTGTAGAAGGTGTGGTGCCAGA。
[0041] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括杂交对照探针HC:NH2-Oligo(15T)-TCAGGGTGAGGATGCC。
[0042] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括阴性质控探针NC:NH2-TTTTTTTTTTTTTTTT。
[0043] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒的PCR扩展反应参数:95℃ 5min×1 cycle; (94℃ 30s,42℃ 50s,65℃ 45s)×35 cycles; 72℃ 10min×1 cycle; 4℃保存。
[0044] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括基因芯片,该基因芯片设置为矩形,分上下N个部分,每个部分设置M个重复,在第1个部分的第1列设置为杂交对照位点,在第1个部分的最后1列设置为阴性质控位点;在最后1个部分的第1列设置为内参对照位点,在最后1个部分的最后1列设置为杂交对照位点;其余位点设置为预标记待测样本位点。
[0045] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括洗脱液I和洗脱液II;洗脱液I:在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =100:5:1的比例配制;洗脱液II:在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =400:1:4的比例配制;所述的洗脱液在基因芯片杂交后使用,具体为,先使用洗脱液I,震荡洗脱1min;再使用洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干。
[0046] 上述的核酸标记试剂盒的非诊断目的的使用方法,本申请该方法包括如下以下步骤:
[0047] (1)准备仪器和耗材:准备无菌操作台、生物安全柜、基因扩增仪、取样器、台式离心机、恒温热台、水浴恒温振荡器、载玻片架及玻片洗脱容器、芯片扫描仪;
[0048] (2)配制洗脱液I和洗脱液II;
[0049] (3)获取核酸样本或疑似核酸样本;
[0050] (4)PCR扩增及标记;
[0051] (5)杂交:5.1 恒温热台升温恒定到42℃,用42℃预热的杂交模块将芯片固定好;
[0052] 5.2 将PCR产物置于PCR 仪中,加热至95℃变性5min,立即冰浴3min;
[0053] 5.3 取75μL杂交缓冲液加入临床样本扩增反应管中充分混匀,将混合物由加样孔滴加入对应微阵列反应室内杂交60min;操作过程中禁止触碰到微阵列区,避免将混合液滴落到杂交模块表面;
[0054] (6)洗脱:洗脱前将洗脱液在37℃预热,小心将芯片从杂交模块中取出,立即放入洗脱容器中,完成洗脱流程;洗脱液I,震荡洗脱1min;洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干即可进行扫描;
[0055] (7)扫描:将干燥后的芯片置于激光扫描仪(晶芯LuxScan 10K)中使用532nm波长激光扫描,获得扫描数据及图谱;完成核酸标记。
[0056] 本申请的有益效果为,本申请的技术方法的引物对和探针具有极高的特异性,可以很好地标记病原体,从而节省了在数据分析方面所花费的时间,在更短的时间内得到多种病毒核酸标记的数据信息。本申请采用荧光标记的方式,可以同时对33种HPV病原体核酸进行标记,所显示的荧光标记图谱可以为医学专家后期分析提供帮助。
[0057] 下面结合附图和具体实施方式本申请做进一步解释。

附图说明

[0058] 图1为本申请基因芯片其中一种结构布置图。
[0059] 图2为本申请HPV 6亚型标记图。
[0060] 图3为本申请HPV 11亚型标记图。
[0061] 图4为本申请HPV 16亚型标记图。
[0062] 图5为本申请HPV 18亚型标记图。
[0063] 图6为本申请HPV 26亚型标记图。
[0064] 图7为本申请HPV 31亚型标记图。
[0065] 图8为本申请HPV 33亚型标记图。
[0066] 图9为本申请HPV 34亚型标记图。
[0067] 图10为本申请HPV 35亚型标记图。
[0068] 图11为本申请HPV 39亚型标记图。
[0069] 图12为本申请HPV 40亚型标记图。
[0070] 图13为本申请HPV 42亚型标记图。
[0071] 图14为本申请HPV 43亚型标记图。
[0072] 图15为本申请HPV 44亚型标记图。
[0073] 图16为本申请HPV 45亚型标记图。
[0074] 图17为本申请HPV 51亚型标记图。
[0075] 图18为本申请HPV 52亚型标记图。
[0076] 图19为本申请HPV 53亚型标记图。
[0077] 图20为本申请HPV 54亚型标记图。
[0078] 图21为本申请HPV 55亚型标记图。
[0079] 图22为本申请HPV 56亚型标记图。
[0080] 图23为本申请HPV 58亚型标记图。
[0081] 图24为本申请HPV 59亚型标记图。
[0082] 图25为本申请HPV 61亚型标记图。
[0083] 图26为本申请HPV 62亚型标记图。
[0084] 图27为本申请HPV 66亚型标记图。
[0085] 图28为本申请HPV 68亚型标记图。
[0086] 图29为本申请HPV 70亚型标记图。
[0087] 图30为本申请HPV 72亚型标记图。
[0088] 图31为本申请HPV 73亚型标记图。
[0089] 图32为本申请HPV 81亚型标记图。
[0090] 图33为本申请HPV 83亚型标记图。
[0091] 图34为申请阴性对照的标记图。

具体实施方式

[0092] PCR引物的设计
[0093] PCR引物的性能在PCR反应中起决定性作用。在多重PCR扩增体系中,为提高扩增同效性,在遵守引物设计的基本原则同时,需为每对引物设计相近的退火温度,GC含量,并尽量减少引物的二级结构形成和引物间的二聚体,设计总指导原则如下:
[0094] A.引物Tm应在50-60℃,上、下游引物间Tm相差不超过2℃。
[0095] B.引物GC含量在50%左右。
[0096] C.引物的长度最好介于18-24nt,过长或过短的引物均会影响扩增的特异性和效率。
[0097] D.引物序列避免3’末端以A结尾。
[0098] E.引物错配:应尽量避免3’末端的多义性,即3’末端不要出现连续三个碱基相连的情况,因为此位置即使是一个碱基的错配都能阻止引物延伸,从而使目的产物减少。
[0099] F.GC钳:在引物的3’端包含一个G或者C可以增加引物扩增效率,它可以促进引物的3’端正确的结合到模版上,因为GC夹可以形成更稳定的氢键。
[0100] G.引物发夹结构中,不能有3个连续碱基配对,否则会限制引物与目的位点的结合能力。
[0101] H.引物二聚体中,应避免配对区域在3’末端。
[0102] 查阅文献和序列比对确定不同待检病原体的种属特异性序列,并在相应区域内按照上述原则进行引物设计。产品中的阳性对照位点主要用于标记人体细胞的采集情况,其设计可采用人看家基因β-actin进行设计。使用基因芯片引物相关设计软件进行引物的设计及筛选。设计流程如下:
[0103] A.查阅相关文献,参考并确定β-actin引物所在基因或区域;
[0104] B.搜索并下载相应核酸序列,使用引物设计辅助工具进行引物设计筛选,引物设计参数为引物长度为17-24nt;Tm=57±3℃,指定产物长度为80-300bp;
[0105] C.通过多种引物设计、芯片设计辅助软件共同验证,筛选出最优条件引物。
[0106] 表1引物序列表
[0107]
[0108] 通过参考国内外分子生物学相关文献,用于标记的探针设计需满足以下条件:
[0109] A.病原物标记探针长度应在27-35nt,过长或过短均会影响特异性和杂交效率。
[0110] B.探针GC含量为30%-60%,否则会增加非特异性杂交发生概率。
[0111] C.探针与靶分子的杂交受到探针空间位阻的影响,可在探针5’端连接15nt的Oligo dT Liker来改变空间构像。此外,可通过在探针末端引入化学基团(如-NH2),实现探针与基片的高自由度共价结合,从而进一步提高杂交动力学,使探针杂交效率显著提高。
[0112] D.探针碱基内部不应有超过4nt的碱基形成反向互补碱基对,否则易形成“发夹”结构。
[0113] E.探针序列中应避免同一碱基重复出现,一般≤4nt。由于探针在同一杂交条件下,所以不同探针应具有近似的退火温度。
[0114] F.由于芯片探针是在同一杂交条件下反应,因此不同的探针尽量具备近似的退火温度。
[0115] 使用基因芯片探针相关设计软件,在相应的引物扩增片段区域内,按照设计要求进行探针的设计及筛选。
[0116] 产品中NC 为阴性对照探针,其序列为15个连续的胸腺嘧啶(OligoT15),用于标记可能与探针Liker序列发生非特异性杂交反应,监控试剂盒的标记特异性。
[0117] HC为杂交对照探针,用于标记芯片杂交系统是否正常。
[0118] IC 为标本提取对照兼阳性对照探针,其序列为人基因组中看家基因β-actin片段,用于监测标本质量和监控PCR扩增体系的有效性。
[0119] 探针的筛选
[0120] 根据上述原则设计的探针委托合成后,采用已经确定的临床标本作为模板,对探针点样的芯片进行验证,通过分析杂交芯片各探针的杂交信号强度和特异性,分析筛选各标记位点的最适探针。
[0121] 通过上述研究,产品最终确定的病原体标记探针和对照探针如下表2所示。
[0122] 表2探针信息表
[0123]
[0124] 人乳头瘤病毒基因分型核酸标记试剂盒,本申请所述的核酸标记试剂盒包括通用引物对①:GP5+(1)、Cy3-GP6+(1)或通用引物对②:GP5+(2)、Cy3-GP6+(2)与用于标记的探针。
[0125] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒中用于标记的探针包括用于标记HPV6的探针:NH2-Oligo(15T)-CGTAACTACATCTTCCACATACACCAA;
[0126] 或用于标记HPV11的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGTCTAAATCTGCTACATACAC;
[0127] 或用于标记HPV16的探针:NH2-Oligo(15T)-TTATGTGCTGCCATATCTACTT;
[0128] 或用于标记HPV18的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACACAGTCTCCTGTACCTGGGCA;
[0129] 或用于标记HPV26的探针:NH2-Oligo(15T)-CATTATCTGCAGCATCTGCATCCACT;
[0130] 或用于标记HPV31的探针:NH2-Oligo(15T)-TGTGCTGCAATTGCAAACAGTGATAC;
[0131] 或用于标记HPV33的探针:NH2-Oligo(15T)-TTTATGCACACAAGTAACTAGTGAC;
[0132] 或用于标记HPV34的探针:NH2-Oligo(15T)-CAATCCACAAGTACAAATGCACCA;
[0133] 或用于标记HPV35的探针:NH2-Oligo(15T)-GTGTGTTCTGCTGTGTCTTCTAGT;
[0134] 或用于标记HPV39的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACCTCTATAGAGTCTTCCATA;
[0135] 或用于标记HPV40的探针:NH2-Oligo(15T)-CACACAGTCCCCCACACCAACCC;
[0136] 或用于标记HPV42的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAACATCTGGTGATACATA;
[0137] 或用于标记HPV43的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGACCCTACTGTGCCCAGTACATA;
[0138] 或用于标记HPV44的探针:NH2-Oligo(15T)-ACTACACAGTCCCCTCCGTCTAC;
[0139] 或用于标记HPV45的探针:NH2-Oligo(15T)-AAAATCCTGTGCCAAGTACAT;
[0140] 或用于标记HPV51的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCCACTGCTGCGGTTTCCCCA;
[0141] 或用于标记HPV52的探针:NH2-Oligo(15T)-GAGGTTAAAAAGGAAAGCACATA;
[0142] 或用于标记HPV53的探针:NH2-Oligo(15T)-TCTACATATAATTCAAAGCAAAT;
[0143] 或用于标记HPV54的探针:NH2-Oligo(15T)-GCATCCACGCAGGATAGCTTTAAT;
[0144] 或用于标记HPV55的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAACTCAGTCTCCATCTACA;
[0145] 或用于标记HPV56的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACAGAACAGTTAAGTAAATATG;
[0146] 或用于标记HPV58的探针:NH2-Oligo(15T)-ATGCACTGAAGTAACTAAGGAAGGTAC;
[0147] 或用于标记HPV59的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTGCTTCTATTCCTAATGTATAC;
[0148] 或用于标记HPV61的探针:NH2-Oligo(15T)-GCTACATCCCCCCCTGTATCTGAATA;
[0149] 或用于标记HPV62的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCAGCAGAATACACGGCTACCAACT;
[0150] 或用于标记HPV66的探针:NH2-Oligo(15T)-TAATGCAGCTAAAAGCACATTAACTAA;
[0151] 或用于标记HPV68的探针:NH2-Oligo(15T)-TACTACTGAATCAGCTGTACCAAT;
[0152] 或用于标记HPV70的探针:NH2-Oligo(15T)-GCCTGCACCGAAACGGCCATACCTGCTG;
[0153] 或用于标记HPV72的探针:NH2-Oligo(15T)-CACAGCGTCCTCTGTATCAGAATATAC;
[0154] 或用于标记HPV73的探针:NH2-Oligo(15T)-AGGTACACAGGCTAGTAGCTCTACTA;
[0155] 或用于标记HPV83的探针:NH2-Oligo(15T)-TGCTGCTACACAGGCTAATGAATACA;
[0156] 或用于标记HPV84的探针:NH2-Oligo(15T)-CTGCTACCAACACCGAATCAGAATATA;
[0157] 或用于标记HPV81的探针:NH2-Oligo(15T)-CTACATCTGCTGCTGCAGAATACA;
[0158] 其中的任意一个或多个的组合。
[0159] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括内参对照引物对:Cy3-IC-RP、IC-FP与探针:NH2-Oligo(15T)-CATTGTAGAAGGTGTGGTGCCAGA。
[0160] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括杂交对照探针HC:NH2-Oligo(15T)-TCAGGGTGAGGATGCC。
[0161] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括阴性质控探针NC:NH2-TTTTTTTTTTTTTTTT。
[0162] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒的PCR扩展反应参数:95℃ 5min×1 cycle; (94℃ 30s,42℃ 50s,65℃ 45s)×35 cycles; 72℃ 10min×1 cycle; 4℃保存。
[0163] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括基因芯片,该基因芯片设置为矩形,分上下N个部分,每个部分设置M个重复,在第1个部分的第1列设置为杂交对照位点,在第1个部分的最后1列设置为阴性质控位点;在最后1个部分的第1列设置为内参对照位点,在最后1个部分的最后1列设置为杂交对照位点;其余位点设置为预标记待测样本位点。NC为阴性质控探针;IC为提取对照兼内对照探针;HC为杂交对照探针;BC为空白位点。本申请部分成功试验附图如图1-图34所示。
[0164] 进一步为,本申请所述的核酸标记试剂盒包括洗脱液I和洗脱液II;洗脱液I:在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =100:5:1的比例配制;洗脱液II:在芯片洗脱容器中按照蒸馏水或纯化水: 20×SSC : 10%SDS =400:1:4的比例配制;所述的洗脱液在基因芯片杂交后使用,具体为,先使用洗脱液I,震荡洗脱1min;再使用洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干。
[0165] 上述的核酸标记试剂盒的非诊断目的的使用方法,本申请该方法包括如下以下步骤:
[0166] (1)准备仪器和耗材:准备无菌操作台、生物安全柜、基因扩增仪、取样器、台式离心机、恒温热台、水浴恒温振荡器、载玻片架及玻片洗脱容器、芯片扫描仪;
[0167] (2)配制洗脱液I和洗脱液II;
[0168] (3)获取核酸样本或疑似核酸样本;
[0169] (4)PCR扩增及标记;
[0170] (5)杂交:5.1 恒温热台升温恒定到42℃,用42℃预热的杂交模块将芯片固定好;
[0171] 5.2 将PCR产物置于PCR 仪中,加热至95℃变性5min,立即冰浴3min;
[0172] 5.3 取75μL杂交缓冲液加入临床样本扩增反应管中充分混匀,将混合物由加样孔滴加入对应微阵列反应室内杂交60min;操作过程中禁止触碰到微阵列区,避免将混合液滴落到杂交模块表面;
[0173] (6)洗脱:洗脱前将洗脱液在37℃预热,小心将芯片从杂交模块中取出,立即放入洗脱容器中,完成洗脱流程;洗脱液I,震荡洗脱1min;洗脱液II,震荡洗脱1min;洗脱完毕后,将芯片自然晾干或低速甩干即可进行扫描;
[0174] (7)扫描:将干燥后的芯片置于激光扫描仪(晶芯LuxScan 10K)中使用532nm波长激光扫描,获得扫描数据及图谱;完成核酸标记。
[0175] 以上所述的仅是本申请的具体实施例,方案中公知的具体结构及特性等常识在此未作过多描述。应当指出,上述实施例不以任何方式限制本申请,对于本领域的技术人员来说,凡是采用等同替换或等效变换的方式获得的技术方案均落在本申请的保护范围内。本申请要求的保护范围应当以其权利要求的内容为准,说明书中的具体实施方式等记载可以用于解释权利要求的内容。