等温扩增检测4种巴贝虫的试剂、试剂盒及其应用转让专利
申请号 : CN202010745565.8
文献号 : CN111893201B
文献日 : 2021-07-20
发明人 : 陈木新 , 张仁利 , 张岩 , 黄达娜 , 陈家旭 , 陈燕旌 , 艾琳 , 边素莹 , 唐屹君 , 郑惠文 , 张倩 , 苏川 , 周晓农
申请人 : 深圳市疾病预防控制中心(深圳市卫生检验中心、深圳市预防医学研究所)
摘要 :
权利要求 :
1.一种等温扩增检测4种巴贝虫的试剂,其特征在于,所述试剂同时包括如下用于检测田鼠巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组:第一外引物SEQ ID No.1、第二外引物SEQ ID No.2、第一内引物SEQ ID No.3、第二内引物SEQ ID No.4、第一环引物SEQ ID No.5、第二环引物SEQ ID No.6;
用于检测分歧巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组:第三外引物SEQ ID No.7、第四外引物SEQ ID No.8、第三内引物SEQ ID No.9、第四内引物SEQ ID No.10、第三环引物SEQ ID No.11、第四环引物SEQ ID No.12;
用于检测猎户巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组:第五外引物SEQ ID No.13、第六外引物SEQ ID No.14、第五内引物SEQ ID No.15、第六内引物SEQ ID No.16、第五环引物SEQ ID No.17、第六环引物SEQ ID No.18;
用于检测邓氏巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组:第七外引物SEQ ID No.19、第八外引物SEQ ID No.20、第七内引物SEQ ID No.21、第八内引物SEQ ID No.22、第七环引物SEQ ID No.23、第八环引物SEQ ID No.24。
2.根据权利要求1所述的试剂,其特征在于,还包括可视化恒温扩增试剂,所述可视化恒温扩增试剂包括如下组分:
聚合酶、pH染料、等温扩增缓冲液。
3.根据权利要求2所述的试剂,其特征在于:所述聚合酶为Bst聚合酶;所述pH染料为间甲酚紫;所述等温扩增缓冲液包括KCL、MgSO4、吐温20、dNTPs和无核酸酶水。
4.一种等温扩增检测4种巴贝虫的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1~3任一所述的试剂。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括核酸提取耗材、阳性质控品和阴性质控品。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述核酸提取耗材包括核酸提取液和用于核酸提取的器件;其中,
所述核酸提取液包括样品处理液、裂解液、清洗液和洗脱液;
所述器件包括取液器、核酸裂解容器和核酸富集器;
所述阳性质控品为田鼠巴贝虫、分歧巴贝虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫的核酸模板;
所述阴性质控品为无核酸酶水。
7.根据权利要求4‑6任一项所述的试剂盒,其特征在于:所述第一外引物SEQ ID No.1、第二外引物SEQ ID No.2、第三外引物SEQ ID No.7、第四外引物SEQ ID No.8、第五外引物SEQ ID No.13、第六外引物SEQ ID No.14、第七外引物SEQ ID No.19、第八外引物SEQ ID No.20的使用浓度均为1.8μM;
所述第一内引物SEQ ID No.3、第二内引物SEQ ID No.4、第三内引物SEQ ID No.9、第四内引物SEQ ID No.10、第五内引物SEQ ID No.15、第六内引物SEQ ID No.16、第七内引物SEQ ID No.21、第八内引物SEQ ID No.22的使用浓度均为57.6μM;
所述第一环引物SEQ ID No.5、第二环引物SEQ ID No.6、第三环引物SEQ ID No.11、第四环引物SEQ ID No.12、第五环引物SEQ ID No.17、第六环引物SEQ ID No.18、第七环引物SEQ ID No.23、第八环引物SEQ ID No.24的使用浓度均为20μM。
说明书 :
等温扩增检测4种巴贝虫的试剂、试剂盒及其应用
技术领域
背景技术
婴儿)感染巴贝虫寄生虫。继锥虫病之后,巴贝虫病被认为是哺乳动物的第二常见血液寄生
虫,并且巴贝虫病可能对家畜的健康产生更重大的影响。人们对疟疾流行地区的巴贝虫种
的了解甚少,在那里巴贝虫很容易被误诊为疟原虫。
这是主要的鉴别诊断。并且,有可能需要仔细检查多个涂片,因为巴贝虫病可能感染不到
1%的循环红细胞,因此很容易被忽视。
分巴贝虫病和疟疾。由于可检测到的抗体反应需要在感染后大约一周后开展,因此血清学
检测在疾病过程的早期可能会假阴性。
检测与血膜检查或者其他可能的血清学检测方法进行结合使用。但目前PCR是荧光染料,其
检测的通病就是需要专业人员操作和专业昂贵仪器。
和PCR检测不方便,且需要专业人员操作,且成本高。
发明内容
技术问题。
温核酸扩增引物组:
核酸扩增引物组之间不会产生非特异的扩增,特异性强,从而使得本发明试剂用于检测4种
巴贝虫灵敏度高,重复性好、假阴性及假阳性低,检测准确率高。同时,4种环介导等温核酸
扩增引物组具有等温核酸扩增特性,其可以直接向所述试剂中添加pH染料的可视化恒温扩
增试剂构成环介导等温核酸扩增体系,从而使得所述试剂能够通过裸眼观察颜色变化而直
接进行结果判断以简易快速检测4种巴贝虫,并使得该检测拥有更宽的发挥场景,更好的临
场检测能力。
好、假阴性及假阳性低,检测准确率高的基础上,可以实现通过裸眼观察颜色变化而直接进
行结果判断,使得检测4种巴贝虫不依赖专业人员、专业仪器,进一步使得检测4种巴贝虫的
方法拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能力。
检测准确率高。同时,4种环介导等温核酸扩增引物组具有等温核酸扩增特性,从而使得所
述试剂能够简易快速检测4种巴贝虫,并使得该检测拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测
能力。当所述试剂盒含有本发明可视化恒温扩增试剂时,所述试剂盒还能够实现通过裸眼
观察颜色变化而直接进行结果判断,使得使用所述试剂盒检测4种巴贝虫时不用依赖专业
人员、专业仪器,进一步使得所述试剂盒的使用拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能
力。
试剂盒含有本发明可视化恒温扩增试剂时,所述检测4种巴贝虫的方法不需要依赖专业人
员、专业仪器,直接用裸眼观察PCR扩增反应体系的颜色变化而直接进行结果判断,使得本
发明检测4种巴贝虫的方法拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测性。
附图说明
实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附
图获得其他的附图。
田鼠巴贝虫阳性质控品扩增体系最终显色照片;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质控品扩增体
系最终显色照片;
酸酶水阴性质控品以田鼠巴贝虫检测引物组的LAMP扩增结果显色照片;其中,1‑2号孔为
1000拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终显
色照片;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质
控品扩增体系最终显色照片;
酸酶水阴性质控品以分歧巴贝虫检测引物组的LAMP扩增结果显色照片;其中,1‑2号孔为
1000拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终显
色照片;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质
控品扩增体系最终显色照片;
和无核酸酶水阴性质控品以猎户(维氏)巴贝虫检测引物组的LAMP扩增结果显色照片;其
中,1‑2号孔为1000拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩
增体系最终显色照片;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;7‑8号孔为无核
酸酶水阴性质控品扩增体系最终显色照片;
酸酶水阴性质控品以邓氏巴贝虫检测引物组的LAMP扩增结果显色照片;其中,1‑2号孔为
1000拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终显
色照片;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终显色照片;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质
控品扩增体系最终显色照片;
号田鼠巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物
LAMP扩增体系最终显色照片;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显
色照片;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;
照片;其中,1号田鼠巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;2号孔为分歧巴贝虫的
LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体
系最终显色照片;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;
照片;其中,1号田鼠巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;2号孔为分歧巴贝虫的
LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体
系最终显色照片;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;
果显色照片;其中,1号田鼠巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;2号孔为分歧巴
贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP
扩增体系最终显色照片;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;
照片;其中,1号田鼠巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;2号孔为分歧巴贝虫的
LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体
系最终显色照片;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终显色照片。
具体实施方式
本申请,并不用于限定本申请。
或者复数。字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的关系。
意组合。例如,“a,b,或c中的至少一项(个)”,或,“a,b,和c中的至少一项(个)”,均可以表
示:a,b,c,a‑b(即a和b),a‑c,b‑c,或a‑b‑c,其中a,b,c分别可以是单个,也可以是多个。
在逻辑确定,而不应对本申请实施例的实施过程构成任何限定。
括多数形式,除非上下文清楚地表示其他含义。
分的含量按比例放大或缩小均在本申请实施例说明书公开的范围之内。具体地,本申请实
施例说明书中的质量可以是μg、mg、g、kg等化工领域公知的质量单位。
实施例范围的情况下,第一XX也可以被称为第二XX,类似地,第二XX也可以被称为第一XX。
由此,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。
异性引物,特异地识别靶序列上的6个独立区域,在等温条件下完成核酸扩增反应。
巴贝虫、分歧巴贝虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫。因此,所述试剂包括分别用于田鼠
巴贝虫、分歧巴贝虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组。
产生非特异的扩增,特异性强,从而使得本发明实施例所述试剂用于检测4种巴贝虫灵敏度
高,重复性好、假阴性及假阳性低,检测准确率高。同时,4种环介导等温核酸扩增引物组具
有等温核酸扩增特性,其可以直接向所述试剂中添加pH染料的可视化恒温扩增试剂构成环
介导等温核酸扩增体系,从而使得所述试剂能够通过裸眼观察颜色变化而直接进行结果判
断以简易快速检测两种利什曼原虫,并使得该检测拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测
能力。
贝虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组是分别根据分歧巴贝
虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫靶基因分别设计的,所述分歧巴贝虫、猎户(维氏)巴贝
虫和邓氏巴贝虫靶基因可以根据基因资源获得。如在一实施例中,所述田鼠巴贝虫、分歧巴
贝虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫的靶基因可以均为18s基因,18s基因全长在1800bp
左右,具体可以从GenBank上直接获取。其中,田鼠巴贝虫引物设计区域在该基因的1201‑
1784bp之间;分歧巴贝虫引物设计区域在该基因的322‑1164bp之间;猎户(维氏)巴贝虫引
物设计区域在该基因的1‑675bp之间;邓氏巴贝虫引物设计区域在该基因的1‑900bp之间。
No.25所示序列区域内进行设计的;
进行设计的;
序列区域内进行设计的;
进行设计的;
+
中会释放出大量的H ,致使LAMP扩增反应体系的pH值发生变化。本发明实施例所述试剂所
含的pH染料会根据LAMP扩增反应体系的pH值发生颜色变化。因此,所述可视化恒温扩增试
剂与所述环介导等温核酸扩增引物组构成扩增反应体系,在实现检测4种巴贝虫在具有灵
敏度高,重复性好、假阴性及假阳性低,检测准确率高的基础上,可以实现通过裸眼观察颜
色变化而直接进行结果判断,使得检测4种巴贝虫不依赖专业人员、专业仪器,进一步使得
检测4种巴贝虫的方法拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能力。从而避免传统的采用荧
光PCR检测需要专业的人员和专业仪器从而导致检测受条件限制而不便利和成本高的问
题。
高结果判断的便捷性和快速性。
料快速灵活发生显色反应,以便于可以用裸眼直接判断结果。
与聚合酶、pH染料等组分构成可视化恒温扩增试剂,有效提高了本发明实施例试剂所含环
介导等温核酸扩增引物组SEQ ID No.1至SEQ ID No.11的LAMP扩增的稳定性。
异的扩增,特异性强。当进一步含有可视化恒温扩增试剂时,实现检测4种巴贝虫在具有灵
敏度高,重复性好、假阴性及假阳性低,检测准确率高的基础上,可以实现通过裸眼观察颜
色变化而直接进行结果判断,使得检测4种巴贝虫不依赖专业人员、专业仪器,进一步使得
检测4种巴贝虫的方法拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能力。有效避免传统PCR检测
需要荧光探针与荧光染料,而且还需专业人员、专业仪器进行而导致检测临场检测性差,而
且成本高的不足。
所述的本发明实施例试剂。具体的如包括如上文所述的用于检测田鼠巴贝虫、分歧巴贝虫、
猎户巴贝虫和邓氏巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组。
高。优选当所述试剂盒含有本发明可视化恒温扩增试剂时,所述试剂盒还能够实现通过裸
眼观察颜色变化而直接进行结果判断,使得使用所述试剂盒检测4种巴贝虫时不用依赖专
业人员、专业仪器,进一步使得所述试剂盒的使用拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能
力。
便捷性。在一实施例中,所述核酸提取耗材包括核酸提取液和/或用于核酸提取的器件;其
中,所述核酸提取液包括处理液、裂解液、清洗液、洗脱液中的至少一种;所述器件包括取液
器、核酸裂解容器、核酸富集器中的至少一种。
于所述凹槽内。所述核酸富集器在使用时,将所述富集器壳体设有液体进入口连接所述取
液器的液体出口。
下,实现现场完成对样本的核酸提取。
的核酸清洗液。
低,检测准确率高。优选的当所述试剂盒含有可视化恒温扩增试剂时,所述试剂盒还能够实
现通过裸眼观察颜色变化而直接进行结果判断,有效避免传统PCR检测需要荧光探针与荧
光染料,使得使用所述试剂盒检测4种巴贝虫时不用依赖专业人员、专业仪器,进一步使得
所述试剂盒的使用拥有更宽的发挥场景,更好的临场检测能力。
下步骤:
是说,该步骤S01中待测样本还可以是为卫生安全为目的样品为来源,即非仅仅以疾病判断
为目标的来源。提取方式可以按照本领域核酸常规提取方式即可。
下步骤进行如下实施例中的核酸提取方法进行自行提取。这样可以实现在非专业人员和非
专业设备的条件下实现快速提取待测样本核酸。
制LAMP扩增体系。在一实施例中,所述LAMP处理的温度优选设定为60℃‑70℃,具体如65℃,
时间应该是充分的,如为50min。由于所述LAMP处理是等温扩增,因此所述LAMP处理的温度
可以采用保温杯或水浴锅等可在一定温度范围内维持一段时间的设备来提供,从而显著的
降低了检测4种巴贝虫的方法的非专业检测人员和非专业设备的要求。
酸最终LAMP扩增体系显示的颜色,与含质控品核酸最终LAMP扩增体系显示的颜色比较,从
而直接用裸眼判断待测样本中是否含有利什曼原虫。
虫的方法不需要依赖专业人员、专业仪器,直接用裸眼观察LAMP扩增反应体系的颜色变化
而直接进行结果判断,使得所述检测4种巴贝虫的方法拥有更宽的发挥场景,更好的临场检
测性。
物组和可视化恒温扩增试剂的规格如上文表2中所示。
酸富集器。
然后缓慢推弃(不反复推吸);注意:使用前不可将核酸富集器从5ml注射器前端取下;取2ml
清洗液至2ml离心管中,用一次性核酸提取装置缓慢吸取全部液体,再缓慢推弃(不反复推
吸);注意:操作前请确认清晰液已加入响应体己的95%乙醇;缓慢推戏注射器活塞5次,充
分去除残留的液体;
推出洗脱的核酸到0.6ml离心管中保存,‑20℃保存,分别得到全血、血浆、血清核酸,用于后
续的检测。
20μL体系。其中,pH染料为间甲酚紫。
虫、猎户(维氏)巴贝虫和邓氏巴贝虫),确定序列状态,并进行比较和筛选确定最终如上文
表1中的SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:24。具体的根据上文表1中SEQ ID NO:25设计上文用于
检测田鼠巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:6;根据上文表1
中SEQ ID NO:26设计上文用于检测分歧巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组SEQ ID NO:7
至SEQ ID NO:12。根据上文表1中SEQ ID NO:27设计上文用于检测猎户(维氏)巴贝虫的环
介导等温核酸扩增引物组SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:18。根据上文表1中SEQ ID NO:28设
计上文用于检测邓氏巴贝虫的环介导等温核酸扩增引物组SEQ ID NO:19至SEQ ID NO:24。
(含染料与Bst酶);加灭菌纯化水至20μL体系。
体系构建方法分别构件可视化LAMP扩增体系并进行LAMP扩增。
为田鼠巴贝虫阳性质控品扩增体系最终颜色为黄绿色;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质控品
扩增体系最终颜色为洋紫色。
组)结果和无核酸酶水阴性质控品的LAMP扩增结果如图2所示。图2中的1‑2号孔为1000拷
贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为黄绿色;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色
为黄绿色;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为淡洋紫色;7‑8号孔为无核酸酶
水阴性质控品扩增体系最终颜色为洋紫色。
引物组)结果和无核酸酶水阴性质控品的LAMP扩增结果如图3所示。图3中的1‑2号孔为1000
拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为黄绿色;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜
色为黄绿色;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为黄绿色和淡洋紫色;7‑8号孔
为无核酸酶水阴性质控品扩增体系最终颜色为洋紫色。
(维氏)巴贝虫的检测引物组)结果和无核酸酶水阴性质控品的LAMP扩增结果如图4所示。图
4中的1‑2号孔为1000拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为黄绿色;3‑4号孔为100拷贝/μL浓
度的扩增体系最终颜色为黄绿色;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为淡洋紫
色;7‑8号孔为无核酸酶水阴性质控品扩增体系最终颜色为洋紫色。
引物组)结果和无核酸酶水阴性质控品的LAMP扩增结果如图5所示。图5中的1‑2号孔为1000
拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为黄绿色;3‑4号孔为100拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜
色为黄绿色;5‑6号孔为10拷贝/μL浓度的扩增体系最终颜色为淡洋紫色;7‑8号孔为无核酸
酶水阴性质控品扩增体系最终颜色为洋紫色;
终颜色为洋紫色;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色;3号孔
为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色;4号孔为邓氏巴贝虫的
LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色。
LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为黄绿色;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系
最终颜色为洋紫色;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫
色;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色。
LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系
最终颜色为黄绿色;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫
色;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色。
贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物LAMP扩
增体系最终颜色为洋紫色;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色
为黄绿色;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色。
的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋紫色;2号孔为分歧巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体
系最终颜色为洋紫色;3号孔为猎户(维氏)巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为洋
紫色;4号孔为邓氏巴贝虫的LAMP引物LAMP扩增体系最终颜色为黄绿色。