高粱细胞质雄性不育标记和基因座转让专利
申请号 : CN201980036966.1
文献号 : CN112218524B
文献日 : 2023-03-07
发明人 : S·R·基拉卡马里 , D·A·赫塞尔 , S·S·A·耶蒂 , M·L·梅厄
申请人 : 先锋国际良种公司
摘要 :
权利要求 :
1.一种选择具有细胞质雄性不育性(CMS)的高粱植物或高粱种质的方法,所述方法包括:(a)在来自高粱植物或高粱种质的组织中检测以下包含单倍型的标记,所述标记与和CMS相关联的定量性状基因座(QTL)连锁:(i)在位置32084处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:55;
(ii)在位置72950处具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59;
(iii)在位置315577处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61;
(iv)在位置347518处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:62;和(v)在位置373170处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:63;
其中所述位置是相对于从NCBI获得的登录号DQ984518的参考线粒体DNA的物理位置;
并且
(b)选择包含步骤(a)中检测的与和CMS相关联的QTL连锁的标记的高粱植物或高粱种质,由此选择具有CMS的植物或种质。
2.权利要求1的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置32084处具有C等位基因的SEQ ID NO:55。
3.权利要求1的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置72950处具有T等位基因的SEQ ID NO:59。
4.权利要求1的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置315577处具有C等位基因的SEQ ID NO:61。
5.权利要求1的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置347518处具有A等位基因的SEQ ID NO:62。
6.权利要求1的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置373170处具有A等位基因的SEQ ID NO:63。
7.一种用细胞质雄性不育性(CMS)渐渗高粱植物的方法,所述方法包括:(a)将具有CMS的高粱植物与不具有CMS的高粱植物杂交以产生后代高粱植物或高粱种质的群体;
(b)在来自步骤(a)的后代高粱植物或高粱种质的群体的组织中检测以下包含单倍型的标记,所述标记与和CMS相关联的定量性状基因座(QTL)连锁:i.在位置32084处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:55;
ii.在位置72950处具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59;
iii.在位置315577处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61;
iv.在位置347518处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:62;和v.在位置373170处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:63;
其中所述位置是相对于从NCBI获得的登录号DQ984518的参考线粒体DNA的物理位置;
(c)从所述后代高粱植物或高粱种质的群体选择一个或多个后代高粱植物或高粱种质,其包含步骤(b)中检测的与和CMS相关联的QTL连锁的标记,由此选择一个或多个具有CMS的植物或种质。
8.权利要求7的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置32084具有C等位基因的SEQ ID NO:55。
9.权利要求7的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置72950处具有T等位基因的SEQ ID NO:59。
10.权利要求7的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置315577处具有C等位基因的SEQ ID NO:61。
11.权利要求7的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置347518处具有A等位基因的SEQ ID NO:62。
12.权利要求7的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置373170处具有A等位基因的SEQ ID NO:63。
13.一种杂交高粱种子生产方法,所述方法包括:
(a)在来自高粱植物或高粱种质的组织中检测以下包含单倍型的标记,所述标记与和CMS相关联的定量性状基因座(QTL)连锁:i.在位置32084处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:55;
ii.在位置72950处具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59;
iii.在位置315577处具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61;
iv.在位置347518处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:62;和v.在位置373170处具有A等位基因的标记SEQ ID NO:63;
其中所述位置是相对于从NCBI获得的登录号DQ984518的参考线粒体DNA的物理位置,并且(b)选择包含步骤(a)中检测的与和CMS相关联的QTL连锁的标记的高粱植物或高粱种质,由此选择具有CMS的植物或种质;
(c)将步骤(b)中选择的高粱植物或高粱种质与不具有CMS的高粱植物或高粱种质以交替行种植;
(d)用来自步骤(c)中种植的不具有CMS的植物的花粉对步骤(c)中选择的高粱植物或高粱种质授粉;并且(e)从步骤(d)中授粉的高粱植物或高粱种质收获种子。
14.权利要求13的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置32084处具有C等位基因的SEQ ID NO:55。
15.权利要求13的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置72950处具有T等位基因的SEQ ID NO:59。
16.权利要求13的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置315577处具有C等位基因的SEQ ID NO:61。
17.权利要求13的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置347518处具有A等位基因的SEQ ID NO:62。
18.权利要求13的方法,其中与所述QTL连锁的所述标记是在位置373170处具有A等位基因的SEQ ID NO:63。
说明书 :
高粱细胞质雄性不育标记和基因座
技术领域
背景技术
育雌性维持系(B系)和能育性恢复雄性系(R系)。B和A系是遗传上几乎相同的近交系,唯一
的实质性差异在于能育性/不育性状。B系是雄性不育A系的种子产生亲本,其用于与R系杂
交以产生商业杂种。存在高粱CMS系统保持遗传纯度并改善生产率的需要。
发明内容
标记与和CMS相关联的定量性状基因座(QTL)连锁:
记SEQ ID NO:55。所述方法可包括使用在位置72950具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59。
所述方法可包括使用在位置315577具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61。所述方法可包括
使用在位置347518具有A等位基因的标记SEQ ID NO:62。所述方法可包括使用在位置
373170具有A等位基因的标记SEQ ID NO:63。
物或种质的群体;(b)在来自步骤(a)的后代高粱植物或种质的群体的组织中检测以下包含
单倍型的标记,所述标记与和CMS相关联的定量性状基因座(QTL)连锁:
或种质。所述方法可包括使用在位置32084具有C等位基因的标记SEQ ID NO:55。所述方法
可包括使用在位置72950具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59。所述方法可包括使用在位置
315577具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61。所述方法可包括使用在位置347518具有A等位
基因的标记SEQ ID NO:62。所述方法可包括使用在位置373170具有A等位基因的标记SEQ
ID NO:63。
状基因座(QTL)连锁:
CMS的高粱植物或种质以交替行种植;(d)用步骤(c)中种植的不具有CMS的植物的花粉对步
骤(c)中选择的高粱植物或种质授粉;并且 从步骤(d)中授粉的高粱植物或种质中收获种
子。所述方法可包括使用在位置32084具有C等位基因的标记SEQ ID NO:55。所述方法可包
括使用在位置72950具有T等位基因的标记SEQ ID NO:59。所述方法可包括使用在位置
315577具有C等位基因的标记SEQ ID NO:61。所述方法可包括使用在位置347518具有A等位
基因的标记SEQ ID NO:62。所述方法可包括使用在位置373170具有A等位基因的标记SEQ
ID NO:63。
书同时提交。包括在该ASCII格式的文件中的序列表是本说明书的一部分并且以其全文通
过引用并入本文。
和种质鉴定和改良中,并且其次是在商业杂交种子生产中。
因组,同时保持不育(线粒体)细胞质。回交的选择可以通过表型分析来完成‑目视检查以确
保不育(A)系不脱落花粉。有时,在回交过程中,由于污染(由于异型杂交)和环境因素(例如
温度),不育可能会变得部分或完全消失,这可能导致遗传杂质,并且最终导致品系的弃用。
但是由于不能通过表型分析鉴定这种污染直到开花期,因此在育种过程中也会产生效率低
下,例如由于部分不育或没有如期望的不育而最终将被丢弃的生长材料。另外,检查以确认
不育的视觉过程需要遍历地块,这需要人工和时间,并且容易出错,这可能导致部分可育雌
性在筛选过程中被遗漏。
子批次。在本发明之前,没有实验室工具或技术来支持对高粱CMS系统的这些潜在改善。
些多态性对线粒体进行基因分型以使用叶或种子样品以高通量方式鉴定B对A系污染的实
验室方法。该发现通过直接具有与不育细胞质紧密相关的标记而有助于解决上述问题。跨
大量种质,这些标记似乎很稳健,而且具有很高的信息价值。这样的发现消除了确定不育与
可育的很多主观任务,并提供了可以直接并入到育种过程中的独立答案。
能够轻松鉴定引入程序的新种质的材料类型,而无需进行实验和进行能育性反应。最后,具
有能够区分可育雌性(B系)和不育雌性(A系)的标记可以实现在没有遗传标记情况下很难
实现的生产纯净优质种子的目标,所述种子可以传递给种子供应商和客户。到目前为止,通
过目视检查在特定系的大型实验中生长的数千种植物的花穗,完成了纯度与不育性存在或
不存在的相关。现在,可以通过在大田种植不同种子批之前对其进行采样并在基因型水平
上对它们进行不育筛选来简化纯度评估,而不是在大田进行最昂贵的表型评估。
除非另有明确说明,否则以下定义适用。
或相同的探针分子。
由……组成”旨在包括由术语“由……组成”涵盖的实施例。
SNP标记,等位基因是指存在于单独的植物中的所述SNP基因座处的特定核苷酸碱基。如果
等位基因与某种表型性状正相关,则该等位基因对该表型性状是“有利的”。如果等位基因
与某种表型性状负相关,则该等位基因对该表型性状是“不利的”。
几乎相同的,其中大多数基因座处于纯合状态。
部分(如叶、茎、花粉或细胞)。种质资源提供植物育种者用于改良商业栽培种的遗传性状的
来源。
一个拷贝的二倍体个体),则该个体是“杂合的”。术语“同质性”指示群组的成员在一个或多个特定基因座具有相同的基因型。相反,术语“异质性”用于指示所述群组内的个体在一个
或多个特定基因座处的基因型不同。
检测范围内的荧光。术语“猝灭剂”是指能够遏制、减少、抑制等由报道基因产生的可检测信号的物质或其部分。如本文所用,术语“猝灭”和“荧光能量转移”是指当报告基因和猝灭剂紧密接近并且报告基因被能量源激发时的过程,其中激发态的相当部分能量非辐射地转移
到猝灭剂,在那里它以非辐射方式消散或以与报告基因不同的发射波长发射。
系:从F3到F5世代选择的单个高粱植物进行近交,直到在大多数或所有基因座上使残留的
分离基因座“固定”或纯合。
随机频率发生。通过测量性状对或标记对之间的重组频率来构建遗传图谱。染色体上的性
状或标记彼此越接近,则重组频率越低,且连锁程度越大。如果它们通常共分离,则本文认
为性状或标记是连锁的。将每代1/100重组概率定义为1.0厘摩(1.0cM)的遗传图谱距离。
之间高频率发生,例如使得连锁基因座有至少约90%的机会共分离,例如,91%、92%、
93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.75%或更多的机会。位于染色体区段内的遗传元件也是“遗传连锁的”,通常在小于或等于50cM的遗传重组距离内,例如约49、
48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、
23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5、0.25cM或更少。即,单个染色体区段内的两个遗传元件在减数分裂期间以小于或等于约50%的频率
重组,例如,约49%、48%、47%、46%、45%、44%、43%、42%、41%、40%、39%、38%、37%、
36%、35%、34%、33%、32%、31%、30%、29%、28%、27%、26%、25%、24%、23%、22%、
21%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、
5%、4%、3%、2%、1%、0.75%、0.5%、0.25%或更小。“紧密连锁的”标记显示与给定标记的交叉频率为约10%或更小,例如,9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.75%、
0.5%、0.25%或更小(给定的标记基因座在紧密连锁的标记基因座的约10cM之内,例如,在
紧密连锁的标记基因座的9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5、0.25cM或更少之内)。换句话说,紧密连锁的标记基因座在至少约90%的时间共分离,例如,91%、92%、93%、94%、95%、
96%、97%、98%、99%、99.5%、99.75%或更多的时间。
25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5、
0.25Mb或更少,则可以认为其是“连锁的”。如果遗传元件之间的间隔小于约10Mb(例如,9、
8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5、0.25Mb),则可以认为其是“紧密连锁的”。
基因在同一条染色体链上物理地相关联。在偶联阶段,两个有利的等位基因由继承该染色
体链的后代一起继承。在“相斥”相连锁(“repulsion”phase linkage)中,目的基因座(例如,与CMS相关联的QTL或单倍型)处的有利等位基因与邻近的标记基因座处的不利等位基
因物理上连锁,并且两个有利等位基因不被一起继承(即这两个基因座彼此“异相”)。
的标记之间发生。它基于群体内的等位基因频率并受到连锁影响但不取决于连锁。
有那些一种或多种核酸的植物或种质。
的不同科。
的特定来源的特定等位基因的组合。
更长或更短的序列。能以双链形式提供引物,但更典型地使用单链形式。引物可进一步包含
可检测的标记,例如5′末端标记。
寡核苷酸,但可以使用更长或更短的序列。探针可进一步包含可检测的标记。
者的影响。
白质编码序列)。例如,该分离的多核苷酸可以包含小于约5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或
0.1kb的核苷酸序列,在该多核苷酸从其衍生出的细胞的基因组DNA中,该核苷酸序列天然
地位于该多核苷酸的侧翼。基本上不含细胞物质的多肽包括具有小于约30%、20%、10%、
5%、或1%(以干重计)的污染蛋白质、培养基或其他化学组分的多肽的制剂。本文使用的标
准重组DNA和分子克隆技术在本领域是已知的,并且在以下文献中进行了更全面的描述:
Sambrook,J.,Fritsch,E.F.和Maniatis,T.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual[分子克隆:实验室手册];Cold Spring Harbor Laboratory Press:Cold Spring Harbor
[冷泉港实验室出版社:冷泉港],1989(以下称为“Sambrook”)。
这种深度的测序,我们预计细胞器DNA会污染核DNA,因此也能够获得线粒体的序列数据。对
于SNP调用,将读段与从NCBI获得的登录号DQ984518的参考线粒体DNA进行比对。针对低丢
失数据,过滤出已鉴定的SNP。设计了55个合适的KASPar标记,并用于对30个系进行基因分
型。其中有五十个通过了QC,并且能够完美区分A和B系。为了鉴定仅起源于线粒体的SNP,将SNP序列(在SNP的任一侧200bp)针对高粱参考基因组(JGI Sbi v1)进行blast分析以选择
不对齐的那些并设计 标记。这些在更广泛的A和B系(384个系)上进行了测试,
性能最佳的标记被用于常规的商业基因分型。下面给出了一种适合鉴定具有CMS的种质的
标记的引物和探针信息:
37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、
62、63和64。
方法。例如,结合存档的表型信息分析高粱栽培种的序列数据库(例如,通过按基因型逐序
列的方法产生的数据库)适合于鉴定包含在与CMS相关联的QTL内或与和CMS相关联的QTL连
锁的合适标记。
DNA测序方法可以用于本文提供的方法中。在本文提供的方法中有用的DNA测序方法的非限
制性实施例包括下一代测序(NGS)技术,例如在Egan,A.N等人,(2012)American Journal
of Botany[美国植物学期刊]99(2):175‑185中描述的;通过测序进行的基因分型(GBS)方
法,例如在Elshire,R.J.等人,(2011)PLoS ONE[公共科学图书馆]6(5):e19379中描述;分子倒置探针(MIP)基因分型,如例如在Hardenbol,P.等人,(2003)Nature Biotechnology
[自然生物技术]21(6):673‑678中描述;或者通过全基因组重测序进行高通量基因分型,如实例在Huang,X等人,(2009)Genome Research[基因组研究]19:1068‑1076中描述。以上参考文献的每个通过引用以其整体结合在此。
在这些方面,引物或探针任选地包含可检测标记。可以使用本领域任何合适的技术从植物
材料中提取基因组DNA,例如通过Stacey和Isaac(Methods in Molecular Biology[分子生
物学方法],第28卷:Protocols for Nucleic Acid Analysis by Nonradioactive Probes
[非放射性探针分析核酸的方案],编辑:Isaac,胡马娜出版社公司(Humana Press Inc),托托瓦市(Totowa),新泽西(NJ)1994,第2章,第9‑15页)描述的CTAB(十六烷基三乙基澳化铵,Sigma H5882)方法。检测可包含分离核酸、扩增涵盖标记基因座的基因组DNA或涵盖标记基
因座的基因组DNA的部分、并检测所得的扩增标记扩增子。在一些实施例中,扩增包含将扩
增引物或扩增引物对和任选的至少一种核酸探针与从高粱植物或高粱种质中分离的核酸
混合,其中引物或引物对和任选的探针与涵盖标记基因座的至少部分基因组DNA是互补的
或部分互补的,并且能够使用高粱核酸作为模板通过DNA聚合酶启动DNA聚合;以及在包含
DNA聚合酶和模板核酸的DNA聚合反应中延伸引物或引物对,以产生至少一个扩增子,例如
以下中任一个代表的扩增子SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、
43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、或64。在具体的实施例中,检测包含实时PCR分析。
所述多核苷酸能够与如本文表中所述的标记基因座的有利等位基因杂交。在另一个实施例
中,多核苷酸能够与标记基因座的有利等位基因杂交,所述标记基因座选自由以下组成的
组:SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、
25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、
50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64和其组合。在一个优选的实施例中,所述多核苷酸能够与标记基因座的有利等位基因杂交,所述标记基因座选自由以下组成的
组:SEQ ID NO:51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64和其组合。在某些实施例中,分离的多核苷酸是引物或探针。在一个特定的实施例中,所述方法进一步包括检测一个
或多个基因组样品中杂交的多核苷酸的存在,以作为具有用CMS的高粱植物或高粱种质的
指示。在其他实施例中,将检测到杂交多核苷酸的存在的高粱植物或高粱种质与另一种高
粱植物(例如轮回高粱亲本)杂交,以产生后代高粱种质的群体。在这样的实施例中,可以使
用本文所述的检测方法,针对与CMS相关联的标记等位基因的存在,对后代高粱种质进行基
因型分型。
混合,其中所述多核苷酸包含与选自由SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、
40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、和64组成的组的核酸序列具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、
90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%序列同一性的核酸序列,其前提是所述核酸序列包含与如本文表中所述的有利等位基因互补并与其杂交的核酸。在一个优
选的实施例中,分离的多核苷酸能够与标记基因座SEQ ID NO:51、52、53、54、55、56、57、58、
59、60、61、62、63或64杂交,并包含与由SEQ ID NO:51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、
62、63、或64表示的核酸序列具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、
89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%序列同一性的核酸序列。
接酶链式反应(LCR))和基于RNA聚合酶的扩增(如,通过转录)方法。在这些类型的方法中,
核酸引物通常与多态性标记区侧翼的保守区杂交。在某些方法中,还使用与扩增区域结合
的核酸探针。通常,用于制备寡核苷酸(包括引物和探针)的合成方法是本领域熟知的。例
如,寡核苷酸可以例如使用可商购的自动合成仪(如描述在Needham‑VanDevanter等人
(1984)Nucl Acids Res[核酸研究]12:6159‑6168中的)根据Beaucage和Caruthers(1981)
Tetrahedron Letts[四面体通讯]22:1859‑1862描述的固相亚磷酰胺三酯方法化学合成。
寡核苷酸(包括修饰的寡核苷酸)也可以从本领域技术人员已知的各种商业来源订购。
或引物3来设计引物。
为至少20个核苷酸、或者可替代地长度为至少50个核苷酸、或者可替代长度为至少100个核
苷酸、或者可替代地长度为至少200个核苷酸、或者可替代地长度为至少300个核苷酸、或者
可替代地长度为至少400个核苷酸、或者可替代地长度为至少500个核苷酸、或者可替代地
长度为至少1000个核苷酸、或者可替代地长度至少2000个核苷酸或更多的扩增子。
本领域熟知的,并且可以在各种标准文本中找到。这些技术的细节也可以在许多参考文献
中找到,如Mullis等人(1987)美国专利4,683,202;Arnheim和Levinson(1990)C&EN 36‑47;
Kwoh等人(1989)Proc Natl Acad Sci USA[美国国家科学院院刊]86:1173;Guatelli等人
(1990)Proc Natl Acad Sci USA[美国国家科学院院刊]87:1874;Lomell等人(1989)J
Clin Chem[临床化学杂志]35:1826;Landegren等人(1988)Science[科学]241:1077‑1080;
Van Brunt(1990)Biotechnology[生物技术]8:291‑294;Wu和Wallace(1989)Gene[基因]4:
560;Barringer等人(1990)Gene[基因]89:117;以及Sooknanan和Malek(1995)
Biotechnology[生物技术]13:563‑564。
进行基因分型(如SNP等位基因)的合适探针。实时扩增测定(包括MB或基于 的
测定)尤其适用于检测SNP等位基因。在此类情况下,通常将探针设计成与包括SNP基因座的
扩增子区域结合,其中针对每个可能的SNP等位基因设计一个等位基因特异性探针。例如,
如果对于特定SNP基因座有两个已知的SNP等位基因“A”或“C”,则一个探针在SNP位置设计为具有“A”,而分开的探针设计为在SNP位置具有“C”。虽然探针通常除了在SNP位置之外彼此相同,但它们不必是。例如,两个等位基因特异性探针可以相对于彼此向上游或下游移动
一个或多个碱基。然而,如果探针在其他方面不相同,则应将它们设计成使它们以大致相同
的效率结合,这可以通过在限制探针化学性质的严格参数集下设计来实现。此外,典型地在
每个不同的等位基因‑特异性探针上应用不同的可检测的标记(例如不同的报告基因‑猝灭
剂对)以允许每个探针的差异检测。在某些实施例中,针对某个SNP基因座的每个等位基因‑
特异性探针的长度是13‑18个核苷酸,在3′末端具有荧光猝灭剂双重标记,并且在5′末端具有6‑FAM(6‑羧基荧光素)或VIC(4,7,2′‑三氯‑7′‑苯基‑6‑羧基荧光素)荧光团。
13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、
38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、
63、和64组成的组的核酸序列具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、
88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%的序列同一性的一个或多个基因组区域的至少一部分。在一个优选的实施例中,本文公开的方法中的检测步骤
包括使用扩增引物的PCR检测,所述扩增引物用于使用包含选自由SEQ ID NO:215、216、
219、220、223、224、227、228、231、232、235、236、239、240、243、244、247、248、251、252、255、
256、259、260、263、264、267、268组成的组的核酸序列的核酸引物扩增高粱基因组的与选自由SEQ ID NO:51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、和64组成的组的核酸序列具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、
94%、95%、96%、97%、98%、99%的序列同一性的一个或多个基因组区域的至少一部分。
在一些方面,扩增步骤还包括使用能够与标记基因座的特异性等位基因杂交的等位基因特
异性探针。例如,一种或多种探针(其包含选自由SEQ ID NO:217、218、221、222、225、226、
229、230、233、234、237、238、241、242、245、246、249、250、253、254、257、258、261、262、265、
266、269、270组成的组的核酸序列)可用于本方法中,用于检测与CMS或非CMS性状相关联的
标记基因座的等位基因。在其他方面,提供了用于检测与本文所述的CMS相关联的任何标记
基因座的多态性的引物或探针。在某些实施例中,引物或探针包含一个或多个选自由以下
组成的组的核酸序列:SEQ ID NO:65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、
81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、
105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、
124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、
143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、
162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、
181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、
200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、
219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、
238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、
257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270。示例性引物和探针在本文的表中提供。
括待检测等位基因的区域,针对其他标记基因座的探针和引物也可以。此外,将理解的是,
用于检测的精确探针可以变化,例如,任何可以鉴定待检测的标记扩增子区域的探针都可
以代替本文实施例提供的那些。此外,扩增引物和检测探针的构型当然可以变化。因此,组
合物和方法不限于本文具体叙述的引物和探针。在其他实施例中,可以设计引物和探针以
检测表中提供的基因组DNA序列中的SNP等位基因。
标记的PCR引物,其用于产生放射性标记的扩增子。用于标记核酸的标记策略及其相应的检
测策略可以例如在Haugland(1996)Handbook of Fluorescent Probes and Research
Chemicals[荧光探针和研究化学品手册]第六版,由分子探针公司(Molecular Probes,
Inc.)(Eugene,OR);或Haugland(2001)Handbook of Fluorescent Probes and Research
Chemicals[荧光探针和研究化学品手册]第八版,由分子探针公司(Molecular Probes,
Inc.)(Eugene,OR)。
末端3′碳或末端5′碳。猝灭剂也可以是有机染料,其可以是或可以不是荧光的。通常,无论猝灭剂是荧光的还是仅通过非辐射衰变从报告基因释放转移的能量,猝灭剂的吸收带应该
至少基本上与报告基因的荧光发射带重叠以优化猝灭。非荧光猝灭剂或暗猝灭剂通常通过
从激发的报告基因吸收能量起作用,但不会辐射释放能量。
光光谱手册],第2版,美国学术出版社(Academic Press),纽约,1971(其内容通过引用结合在此)中列出并描述了荧光和暗猝灭剂及其相关的光学性质,其中可以选择例性报告基因‑
猝灭剂对。可以例如在Haugland(2001)Handbook of Fluorescent Probes and Research
Chemicals[荧光探针和研究化学品手册]第八版,由分子探针公司(Molecular Probes,
Inc.)(Eugene,OR)(其内容通过引用结合在此)中发现经由可以添加到本发明的寡核苷酸
中的常见反应基团来修饰用于共价连接的报告基因和猝灭剂的实例。
用作附接寡核苷酸的键合官能团。用作报告基因的另一组有用的荧光化合物是萘基胺,其
在α或β位具有氨基。这些萘基氨基化合物中包括1‑二甲基氨基萘基‑5磺酸酯、1‑苯胺基‑8‑萘磺酸酯和2‑对甲苯基‑6‑萘磺酸酯。其他染料包括3‑苯基‑7‑异氰酸基香豆素;吖啶,例如
9‑异硫氰酸基吖啶;N‑(p‑(2‑苯并噁唑基)苯基)马来酰亚胺;苯并噁二唑基;芪;芘等。在某些其他实施例中,报告基因和猝灭剂选自荧光素和罗丹明染料。这些染料和用于附接寡核
苷酸的合适连接方法是本领域熟知的。
基荧光素(HEX)、6‑羧基‑2′,4,7,7′‑四氯荧光素(6‑TET ,从应用生物系统公司(Applied Biosystems)可得)、羧基‑X‑若丹明(ROX)、6‑羧基‑4′,5′‑二氯‑2′,7′‑二甲氧基荧光素(6‑TM TM
JOE ,从应用生物系统公司(Applied Biosystems)可得)、VIC 染料产物(从分子探针公司
TM
(Molecular Probes,Inc.)可得)、NED 染料产物(从应用生物系统公司(Applied
Biosystems)可得)等。猝灭剂的合适的实例可以选自6‑羧基‑四甲基‑若丹明、4‑(4‑二甲基TM M TM
氨基苯基偶氮)苯甲酸(DABYL)、四甲基若丹明(TAMRA)、BHQ‑0 、BHQ‑1T 、BHQ‑2 、和BHQ‑TM
3 (其每个从加利福尼亚州的诺瓦托市的生物搜索技术公司(Biosearch Technologies,
TM TM M TM
Inc.)可得)、QSY‑7 、QSY‑9 、QSY‑21T 和QSY‑35 (其每个分子探针公司(Molecular
Probes,Inc.)可得)等。
的寡核苷酸。MB在寡核苷酸的末端具有标签和猝灭剂;因此,在允许分子内杂交的条件下,
标签通常被猝灭剂猝灭(或至少改变其荧光)。在其中MB不显示分子内杂交的条件下(例如,
当结合至靶核酸时,如至扩增期间扩增子的区域),MB标签未被猝灭。关于制备和使用MB的
标准方法的细节在文献中已经很好地建立,且MB可以从许多商业试剂来源获得。还参见例
如Leone等人(1995)Nucl Acids Res[核酸研究]26:2150‑2155;Tyagi和Kramer(1996)Nat
Biotechnol[自然生物技术]14:303‑308;Blok和Kramer(1997)Mol Cell Probes[分子细胞
探针]11:187‑194;Hsuih等人(1997)J Clin Microbiol[临床化学杂志]34:501‑507;
Kostrikis等人(1998)Science[科学]279:1228‑1229;Sokol等人(1998)Proc Natl Acad
Sci USA[美国国家科学院院刊]95:11538‑11543;Tyagi等人(1998)Nat Biotechnol[自然
生物技术]16:49‑53;Bonnet等人(1999)Proc Natl Acad Sci USA[美国国家科学院院刊]
96:6171‑6176;Fang等人(1999)J Am Chem Soc[美国化学学会杂志]121:2921‑2922;
Marras等人(1999)Genet Anal Biomol Eng[遗传分析生物分子工程]14:151‑156;和Vet等
人(1999)Proc Natl Acad Sci USA[美国国家科学院院刊]96:6394‑6399。关于MB构建和用
途的另外的细节也可在以下专利文献中找到:例如美国专利号5,925,517;6,150,097;和6,
037,130。
内容并入本文。在 测定中,在PCR期间使用修饰的探针(长度通常为10‑30个核
苷酸),其将中间体结合到扩增引物对的两个成员上或之间。修饰的探针具有报告基因和猝
灭剂,并被设计为产生可检测的信号以在PCR期间指示其与靶核酸序列杂交。只要报告基因
和猝灭剂都在探针上,猝灭剂就会阻止报告基因发出可检测的信号。然而,当聚合酶在扩增
过程中延伸引物时,聚合酶的固有5′至3′核酸酶活性降解探针,将报告基因与猝灭剂分离,并使可检测信号能发射。通常,在扩增循环期间产生的可检测信号的量与每个循环中产生
的产物的量成比例。
通常在彼此的几个核苷酸内(通常在彼此的30个核苷酸内、或在6到16个核苷酸内)附接到
探针上。典型地,通过将报告基因‑猝灭剂对的一个成员附接到探针的5′末端并将另一个成员附接到约6到16个核苷酸远处的核苷酸上(在一些情况下在探针的3′末端)实现这种分
离。
物形成,或通过监测(例如,通过荧光偏振)与未扩增的前体相比的扩增子的分子旋转性质
的变化。
引物中的任一个一起扩增。两个5’氟标记的报告基因寡核苷酸也包括在反应混合物中,一
个设计用于与等位基因特异性引物的每个独特尾部序列相互作用。最后,对于两个报告基
因寡核苷酸中的每一个包括一个猝灭剂寡核苷酸,猝灭剂寡核苷酸与报告基因寡核苷酸互
补并且当与报告基因寡核苷酸结合时能够猝灭荧光信号。在PCR期间,等位基因特异性引物
和反向引物与互补DNA结合,这允许发生扩增子的扩增。在随后的循环期间,产生含有与等
位基因特异性引物的独特尾部序列互补的序列的互补核酸链。在另外的循环中,报告基因
寡核苷酸与此互补尾部序列相互作用,充当标记的引物。因此,由PCR的此循环产生的产物
是荧光标记的核酸链。因为并入此扩增产物中的标记对导致扩增的等位基因特异性引物是
特异性的,所以检测呈递信号的特异性荧光可用于确定样品中存在的SNP等位基因。
等)、和许多其他核酸检测方法的程序已经良好建立并且例如在以下中教导:Sambrook;
Current Protocols in Molecular Biology[分子生物学实验指南],F.M.Ausubel等人编
辑,实验指南公司(Current Protocols)是格林出版公司(Greene Publishing
Associates,Inc.)与约翰威立父子公司(John Wiley&Sons,Inc.)的合资企业(由2002年补
充)(“Ausubel”);和PCR Protocols A Guide to Methods and Applications[PCR方案方
法和应用指南](Innis等人编辑)学术出版社有限公司(Academic Press Inc.)圣地亚哥,
CA(1990)(“Innis”)。关于植物中核酸的检测的另外的细节可以在以下中找到:例如在
Plant Molecular Biology[植物分子生物学](1993)Croy(编辑)BIOS科学出版社(BIOS
Scientific Publishers,Inc.)。
针的同位素或非同位素标记进行检测。对于每种多态性,设计两种或更多种不同的ASH探针
以除了在多态性核苷酸处以外具有相同的DNA序列。每个探针与一个等位基因序列具有精
确的同源性,因此探针的范围可以区分所有已知的可替代的等位基因序列。每个探针与靶
DNA杂交。在适当的探针设计和杂交条件下,探针与靶DNA之间的单碱基错配将阻止杂交。
以使用任何合适的方法设计合适的引物和探针。这不旨在限于任何特定的引物、引物对或
探针。例如,可以使用任何合适的软件程序,如 或引物3来设计引物或探
针。在一个实施例中,核酸分子包含任何以下中的任一个:SEQ ID NO:65、66、67、68、69、70、
71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、
96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、
116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、
135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、
154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、
173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、
192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、
211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、
230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、
249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、
268、269、270、其互补序列及其片段。在另一方面,本发明的核酸分子包括例如在高或低严格下杂交、基本上同源的序列或与这些分子同时具有两者的核酸分子。传统的严格条件由
Sambrook以及由Haymes等人在以下中描述:Nucleic Acid Hybridization,A Practical
Approach[核酸杂交,一种实用方法],IRL出版社(IRL Press),华盛顿特区(Washington,
D.C.)(1985)。因此,允许完全互补的偏离,只要此类偏离不完全排除分子形成双链结构的
能力。为了使核酸分子用作引物或探针,其仅需要在序列上充分互补以能够在所用的特定
溶剂和盐浓度下形成稳定的双链结构。促进DNA杂交的适当的严格条件是本领域技术人员
已知的或可以在以下发现:Current Protocols in Molecular Biology[分子生物学实验
指南],约翰威立父子公司(John Wiley&Sons),纽约,1989,6.3.1‑6.3.6。
50个核苷酸)的温度为至少约30℃,而对于长探针(例如,超过50个核苷酸)的温度为至少约
60℃。添加去稳定剂如甲酰胺也可以实现严格条件。示例性低严格条件包括在37℃使用
30%至35%甲酰胺、1M NaC1、1%SDS(十二烷基硫酸钠)的缓冲溶液进行杂交,并且在50℃
至55℃在1x至2xSSC(20xSSC=3.0M NaCI/0.3M柠檬酸三钠)中洗涤。示例性中严格条件包
括在37℃在40%至45%甲酰胺、1M NaC1、1%SDS中进行杂交,并且在55℃至60℃在0.5x至
1xSSC中洗涤。示例性高严格条件包括在37℃在50%甲酰胺、1M NaC1、1%SDS中杂交,并且
在60℃至65℃在0.1xSSC中洗涤。特异性典型地取决于杂交后洗涤的功能,关键因素是最终
洗涤溶液的离子强度以及温度。对于DNA‑DNA杂交物,热熔点(Tm)可以从Meinkoth等人
Anal.Biochem.[分析生物化学]138:267‑284(1984)的等式中进行估计:Tm=81.5℃+16.6
(log M)4‑0.41(%GC)‑0.61(%形式)‑500/L;其中M为单价阳离子的摩尔浓度,%GC为DNA中乌苷和胞嘧啶核苷酸的百分比,%form为杂交溶液中甲酰胺的百分比,并且L为杂合体的
碱基对长度。Tm是温度(在定义的离子强度以及pH下),在该温度下50%的互补靶序列杂交
到完全配对的探针上。对于每1%的错配,Tm降低约1℃;因此,可调整Tm、杂交和/或洗涤条件以与所期需同一性的序列杂交。例如,如果查找具有≥90%同一性的序列,该Tm可以降低
10℃。通常,将严格条件选择为比特定序列及其互补序列在所限定的离子强度和pH下的Tm
低约5℃。然而,极严格条件可以利用比Tm低1℃、2℃、3℃或4℃的杂交和/或洗涤;中等严格条件可以利用比Tm低6℃、7℃、8℃、9℃或10℃的杂交和/或洗涤;低严格条件可以利用比Tm低11℃、12℃、13℃、14℃、15℃或20℃的杂交和/或洗涤。使用方程、杂交和洗涤组合物以及所需的Tm,本领域普通技术人员将理解,本质上描述了杂交和/或洗涤溶液的严格性的变
化。如果所希望的错配程度导致Tm小于45℃(水溶液)或32℃(甲酰胺溶液),则优选增加SSC
浓度以使得可使用较高温度。对核酸杂交的全面指导见于以下文献:Tijssen,Laboratory
Techniques in Biochemistry and Molecular Biology‑Hybridization with Nucleic
Acid Probes[生物化学与分子生物学技术‑与核酸探针的杂交],第I部分,第2章“Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays
[杂交原理概述和核酸探针测定策略]”,爱思唯尔公司(Elsevier),纽约(1993);和Current Protocols in Molecular Biology[分子生物学实验指南],第2章,Ausubel等人编辑,
Greene Publishing and Wiley‑Inter‑science[格林出版与威利交叉科学出版社],纽约
(New York)(1995)。杂交和/或洗涤条件可以应用至少10、30、60、90、120、或240分钟。
81、82、84、85、87、88、90、91、93、94、96、97、99、100、102、103、105、106、108、109、111、112、
114、115、117、118、120、121、123、124、126、127、129、130、132、133、135、136、138、139、141、
142、144、145、147、148、150、151、153、154、156、157、159、160、162、163、165、166、168、169、
171、172、174、175、177、178、180、181、183、184、186、187、189、190、192、193、195、196、198、
199、201、202、204、205、207、208、210、211、213、214、217、218、221、222、225、226、229、230、
233、234、237、238、241、242、245、246、249、250、253、254、257、258、261、262、265、266、269、
270或其互补序列,或其片段。一方面,本发明的核酸将在高严格条件下与以下中的一个或
多个特异性杂交:SEQ ID NO:66、67、69、70、72、73、75、76、78、79、81、82、84、85、87、88、90、
91、93、94、96、97、99、100、102、103、105、106、108、109、111、112、114、115、117、118、120、
121、123、124、126、127、129、130、132、133、135、136、138、139、141、142、144、145、147、148、
150、151、153、154、156、157、159、160、162、163、165、166、168、169、171、172、174、175、177、
178、180、181、183、184、186、187、189、190、192、193、195、196、198、199、201、202、204、205、
207、208、210、211、213、214、217、218、221、222、225、226、229、230、233、234、237、238、241、
242、245、246、249、250、253、254、257、258、261、262、265、266、269、270或任一个的互补序列或片段。
78、79、81、82、84、85、87、88、90、91、93、94、96、97、99、100、102、103、105、106、108、109、111、
112、114、115、117、118、120、121、123、124、126、127、129、130、132、133、135、136、138、139、
141、142、144、145、147、148、150、151、153、154、156、157、159、160、162、163、165、166、168、
169、171、172、174、175、177、178、180、181、183、184、186、187、189、190、192、193、195、196、
198、199、201、202、204、205、207、208、210、211、213、214、217、218、221、222、225、226、229、
230、233、234、237、238、241、242、245、246、249、250、253、254、257、258、261、262、265、266、
269、270。在其他实施例中,标记基因座于与SEQ ID NO:66、67、69、70、72、73、75、76、78、79、
81、82、84、85、87、88、90、91、93、94、96、97、99、100、102、103、105、106、108、109、111、112、
114、115、117、118、120、121、123、124、126、127、129、130、132、133、135、136、138、139、141、
142、144、145、147、148、150、151、153、154、156、157、159、160、162、163、165、166、168、169、
171、172、174、175、177、178、180、181、183、184、186、187、189、190、192、193、195、196、198、
199、201、202、204、205、207、208、210、211、213、214、217、218、221、222、225、226、229、230、
233、234、237、238、241、242、245、246、249、250、253、254、257、258、261、262、265、266、269、
270或其互补序列或片段中任一个具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、
88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%序列同一性的基因组区域内。除非另有说明,否则序列同一性百分比是使用用于核酸比对的GAP程序默
认参数(Accelrys,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)确定。
物,其被配置为检测与CMS相关联的一个或多个标记基因座的至少一个有利等位基因或多
态性。可以将这些探针或引物配置为,例如,使用任何可用的等位基因检测格式,例如基于
固相或液相阵列的检测,基于微流体的样品检测等来检测本文表和实施例中所述的标记等
位基因或多态性。试剂盒可进一步包括用于包装探针、引物或说明书的包装材料;对照,例
如包含用于扩增的探针、引物和/或模板核酸的对照扩增反应;分子大小标记;等。
找表包括与CMS相关联的一个或多个等位基因存在与否之间的相关性。说明书的精确形式
可以根据系统的组分而变化,例如,它们可以作为系统软件存在于系统的一个或多个集成
单元(例如,微处理器、计算机或计算机可读介质)中,或可以存在于可操作地偶联到检测器
的一个或多个单元(例如,计算机或计算机可读介质)中。
位基因或单倍型的高粱植物或种质。使用MAS,可以针对与CMS正相关或负相关的标记或标
记等位基因来选择高粱植物或种质,而实际上不培养高粱或针对CMS或其缺乏进行表型分
型。MAS是选择所需表型和向高粱中渐渗所需性状(例如,向优良品系中渐渗所需性状)的强
大工具。MAS易于适应高通量分子分析方法,所述方法可以针对目标标记快速筛选大量植物
或种质遗传材料,并且比培养和观察植物的可见性状更具成本效益。
有或不具有CMS的高粱植物、高粱种质和高粱后代。换句话说,即使在单个标记基因座(例如
本文表中描述的任何标记基因座)处对高粱植物进行基因分型足以检测具有或不具有CMS
的高粱植物或高粱种质,以便将具有CMS分离高粱植物和高粱种质与不具有CMS的高粱植物
和高粱种质分开。在一个实施例中,用于选择高粱植物和高粱种质的方法和试剂盒包括检
测与CMS正相关或与其相关联的标记等位基因,其中所述标记基因座选自由以下组成的组:
SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、
26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、
51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61,62、63、和64和其组合。因此,与以前的基因分型技术(其需要使用多个标记基因座来鉴定和/或选择具有或不具有CMS的高粱植物和高粱种质)
相比,本发明的方法改善了通过MAS甚至从异质群体和/或来自不同高粱栽培种的高粱植物
和高粱种质选择的效率和准确性。
中的每个高粱植物提取基因组DNA样品,并将第一分离的多核苷酸与每个基因组DNA样品混
合,其中所述第一多核苷酸能够与选自由以下组成的组的标记基因座杂交:SEQ ID NO:1、
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、
30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、
55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、及其组合。在这样的实施例中,在一个或多个基因组DNA样品中杂交的第一多核苷酸的检测指示具有或不具有CMS的高粱植物,然后选择所述高粱
植物用于育种程序。在一个优选的实施例中,所述第一多核苷酸是探针;更优选地,它是等
位基因特异性探针。另外,本公开的方法可用于选择具有CMS的后代植物,所述后代植物是
从具有CMS的高粱植物与另一高粱植物(例如外来高粱植物品种、优良高粱植物品种等)之
间的杂交产生。
倍型、QTL或标记谱的CMS性状的第一高粱种质和缺少衍生自所述标记基因座、单倍型、QTL
或标记谱的此类CMS的第二高粱种质。第一高粱种可以与第二高粱种杂交以提供后代高粱
种质。筛选后代种质以确定衍生自所述标记基因座、单倍型、QTL或标记谱的CMS的存在并且
选择针对衍生自所述标记基因座、单倍型、QTL或标记谱的CMS经测试阳性的后代作为高粱
种质,其中已渐渗所述标记基因座、单倍型、QTL或标记谱。进行这种筛选的方法是本领域众所周知的,并且可以使用任何合适的方法。
中,例如,与优良遗传背景进行回交,选择回交后代中的供体性状,然后重复回交至优良系,以重构尽可能多的优良背景基因组。因此,这些标记和方法可用于指导MAS或高粱栽培种的
育种,所述高粱栽培种具有与优异农艺性能(抗性、以及针对产量的任何可用标记、抗病性
等)相关联的染色体区段的等位基因形式的所需互补序列(组)。可以经由渐渗,通过传统育
种(或通过转化引入,或通过两者),将任何公开的标记基因座、标记等位基因、单倍型、QTL或标记谱引入到高粱系中,以产生具有优异农艺性能的高粱植物。可以引入或存在于高粱
植物中的与抗性相关联的等位基因的数量在1至本文公开的等位基因的数量的范围内,其
每个整数都如同明确地叙述地并入本文。
产生高粱植物后代。杂交和使高粱植物生长的方法完全在本领域普通技术人员的能力范围
内。可以测定此类高粱植物后代中与CMS相关联的等位基因,从而选择所需的后代。这样的
后代植物或种子可以商业出售用于高粱生产,用于食品,被加工以获得所需的高粱成分,或
进一步用于随后轮次的育种。第一或第二高粱植物中的至少一个是高粱植物,因为其包含
标记基因座或标记谱中的至少一个,使得后代能够遗传所述标记基因座或标记谱。
不损失已经获得的遗传增益的情况下,以尽可能少的投资将多样性并入优良池。MAS提供的
指示说明随着时间的推移,已选择并保留了来自原始祖先的哪些基因组区域和哪些有利的
等位基因,从而有助于努力并入来自外来种质资源(与优良基因池无关的亲本)的有利变
异,以希望发现目前在优良基因池中不存在的有利等位基因。
例如优良高粱植物或轮回高粱亲本杂交,以产生后代高粱种质群体,其中与CMS相关联的
QTL渐渗到后代高粱种质亚群中。高粱后代种质的亚群可显示CMS。
个系上完成的,其中包括144个B系,91个杂种和133个R系。进行此初步验证主要是为了评估
标记性能以及轻松分辨不同标记类别的能力。以3次重复对全集368个个体进行基因分型,
并针对5种标记中的每一个和验证集中的每个材料类型评估重复之间的一致性(表2)。
期,在B系中,对于每个标记均具有相同的调用。除2个B系(1.4%)外,所有其他均是如此。这两个例外可能是基因分型错误,或者它们确实与纯度有关。鉴于重复之间具有如此高的一
致性,这两个例外更可能与纯度有关,而不是与基因分型错误有关‑在所有5个标记和全部3
次重复中,相同的两个系与其他B系分离。由于信号低或无法区分基因型类别,所有5个标记
在3次重复中的缺失数据也非常低(平均:%0.46)。SEQ ID NO:61的缺失百分比最高,为
1.36%,SEQ ID NO:62的缺失百分比最低,为0.09%。总之,这个初步验证实例提供了很好的证据,证明标记性能很强。
系)与可育(B系)材料类型的能力涵盖了先锋雌性育种池内的广泛多样性。总共播种了368
个自交系(184个A‑B对),收集叶片样品,提取DNA,并使用通过初始标记验证的上述5个SNP
进行测定。表3总结了这些标记的基因型调用、不同重复之间的一致性以及信息性。
型。在B系中,平均错误率为2.2%,因此184个系中只有8个系的基因型实际上与A系分组(推
断为不育细胞型)。这8个例外在所有标记和所有重复之间都是一致的。在仔细检查这8个B
系后,它们中的50%具有以下基因型数据,所述基因型数据表明它们对于可育等位基因是
纯合的,这说明提交该项目的B系纯度或库存发生问题。其余的4个例外尚未进行基因分型,
但也可能与纯度有关,因为那里谱系与具有确认的可育细胞型指定的其他B系紧密重叠。对
于所有标记而言,缺失数据再次非常低,在所有三次重复中平均为0.07%。综上所述,该数
据提供了有力的证据,表明CMS标记集在区分雄性可育和雄性不育的细胞型方面既高度准
确又具有很高的信息价值。
基因组中的核苷酸差异被认为是支持1种细胞型相比于另一种。因此,有可能在Al细胞型方
面区分A系和B系的SNP在其他方面也是如此,但是给定的SNP也可能是特定细胞型所独有
的。因此,测试了这些标记区分B系和由多种不同细胞型转化的其不育A系对应物的能力。该
测试的结果示于表4。
SEQ ID NO:55在区分A系和B系方面提供了信息,但是缺失数据很高(33%)。最终标记SEQ
ID NO:62仅将A2、A4和A5型细胞型,而不将A3和A9与B系区分。该数据提供了另外的证据,即标记SEQ ID NO:59和SEQ ID NO:63能够区分不育和可育细胞质,此外,它们可跨独特细胞
型起作用,使得从应用的育种角度看,它们甚至更具吸引力。
常组成部分。在将种子从研究转移到生产之前,必须认为种子是遗传纯的。表5显示了使用
CMS标记对169个系进行的纯度测试的结果。
用。有12个A系例外和10个B系例外。经进一步检查后,两种材料类型分类中这些中的10个都
对应于单一基线,表明可能的种子混入。对于此特定基线,A系的所有10个样品都具有T/T调
用,而B系的所有10个样品都具有A/A调用,并且这是所有被筛选的系中唯一发生的情况。对
进行采样的大田实验的调查鉴定了上传源信息中的错误。在雄性可育和雄性不育版本之间
的条目列表中存在所切换,其直到后来才更新。因此,标记正确鉴定了此切换。这提供了该
标记主要预期用途之一的出色实例,即遗传纯度测试。除了这20个例外,在所有4,292个A系样品中只有2个另外的例外样品,而在2,670个B系样品中有零个例外样品。此外,在这些基
因分型项目中,标记的性能非常出色,其中由于无法分离等位基因调用而丢失的数据少于
0.5%。
A系 86 4,280 12 9 0.21%
B系 83 10 2,660 13 0.49%