一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用

摘要

本发明公开了一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用，涉及基因工程及肿瘤学技术领域，该试剂盒能够检测靶标区域的序列信息，靶标区域选自表1中的区域1～127，是位于ARID1A，SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5和RUNX1基因的特定区域，通过对靶标区域的序列信息进行检测，能够有效快速地预测肺鳞癌肿瘤患者的预后风险，这些靶标区域的突变相对于其他临床标志物而言，具备更高的特异性，且检测方便快捷。

权利要求

1.检测靶标区域的试剂在制备用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒中的应用，其特征在于，所述靶标区域包括：如下表所示的区域1 127；

~

区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置 区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置

1 ARID1A 1 27022893 27024031 65 CHD2 15 93521462 93521613

2 ARID1A 1 27056140 27056354 66 CHD2 15 93522363 93522513

3 ARID1A 1 27057641 27058095 67 CHD2 15 93524043 93524141

4 ARID1A 1 27059165 27059283 68 CHD2 15 93524593 93524687

5 ARID1A 1 27087345 27087587 69 CHD2 15 93527558 93527730

6 ARID1A 1 27087873 27087964 70 CHD2 15 93528726 93528903

7 ARID1A 1 27088641 27088810 71 CHD2 15 93534704 93534747

8 ARID1A 1 27089462 27089776 72 CHD2 15 93536087 93536228

9 ARID1A 1 27092710 27092857 73 CHD2 15 93540185 93540325

10 ARID1A 1 27092946 27093057 74 CHD2 15 93540481 93540633

11 ARID1A 1 27094279 27094490 75 CHD2 15 93541727 93541851

12 ARID1A 1 27097608 27097817 76 CHD2 15 93543740 93543870

13 ARID1A 1 27098989 27099123 77 CHD2 15 93545405 93545547

14 ARID1A 1 27099301 27099478 78 CHD2 15 93547845 93547981

15 ARID1A 1 27099835 27099987 79 CHD2 15 93552373 93552553

16 ARID1A 1 27100069 27100208 80 CHD2 15 93555573 93555674

17 ARID1A 1 27100291 27100389 81 CHD2 15 93557924 93558139

18 ARID1A 1 27100818 27101711 82 CHD2 15 93563240 93563488

19 ARID1A 1 27102066 27102198 83 CHD2 15 93567600 93567935

20 ARID1A 1 27105512 27107247 84 RPTOR 17 78519428 78519591

21 SLC43A2 17 1531131 1535130 85 RPTOR 17 78599489 78599593

22 ANKS1A 6 34857178 34857376 86 RPTOR 17 78617526 78617610

23 ANKS1A 6 34935014 34935096 87 RPTOR 17 78681639 78681799

24 ANKS1A 6 34937785 34937943 88 RPTOR 17 78704358 78704506

25 ANKS1A 6 34949465 34949763 89 RPTOR 17 78727808 78727985

26 ANKS1A 6 34950527 34950604 90 RPTOR 17 78765248 78765309

27 ANKS1A 6 34950888 34950991 91 RPTOR 17 78795999 78796101

28 ANKS1A 6 34951099 34951202 92 RPTOR 17 78796877 78797023

29 ANKS1A 6 34952857 34953055 93 RPTOR 17 78811720 78811797

30 ANKS1A 6 34956999 34957093 94 RPTOR 17 78820271 78820374

31 ANKS1A 6 34962077 34962199 95 RPTOR 17 78829262 78829347

32 ANKS1A 6 34985248 34985836 96 RPTOR 17 78831588 78831700

33 ANKS1A 6 35021874 35021942 97 RPTOR 17 78854213 78854289

34 ANKS1A 6 35027922 35028030 98 RPTOR 17 78857217 78857284

35 ANKS1A 6 35046333 35046433 99 RPTOR 17 78857579 78857772

36 ANKS1A 6 35047291 35047445 100 RPTOR 17 78858806 78858948

37 ANKS1A 6 35047596 35047705 101 RPTOR 17 78865518 78865637

38 ANKS1A 6 35048769 35048935 102 RPTOR 17 78866527 78866669

39 ANKS1A 6 35050466 35050593 103 RPTOR 17 78867505 78867665

40 ANKS1A 6 35050930 35051003 104 RPTOR 17 78882609 78882729

41 ANKS1A 6 35051192 35051280 105 RPTOR 17 78896522 78896627

42 ANKS1A 6 35051896 35052035 106 RPTOR 17 78897288 78897473

43 ANKS1A 6 35053541 35053713 107 RPTOR 17 78899168 78899280

44 ANKS1A 6 35054727 35054826 108 RPTOR 17 78914294 78914401

45 ANKS1A 6 35056381 35056386 109 RPTOR 17 78919465 78919581

46 CHD2 15 93444466 93444529 110 RPTOR 17 78921025 78921151

47 CHD2 15 93467549 93467782 111 RPTOR 17 78923241 78923347

48 CHD2 15 93470472 93470560 112 RPTOR 17 78931422 78931530

49 CHD2 15 93472258 93472321 113 RPTOR 17 78933876 78934005

50 CHD2 15 93480746 93480855 114 RPTOR 17 78935192 78935280

51 CHD2 15 93482806 93482948 115 RPTOR 17 78936259 78936377

52 CHD2 15 93485050 93485185 116 RPTOR 17 78936726 78936857

53 CHD2 15 93486071 93486298 117 RPTOR 17 78938060 78938130

54 CHD2 15 93487643 93487745 118 OR7A5 19 14938277 14942276

55 CHD2 15 93489049 93489095 119 RUNX1 21 36164430 36164907

56 CHD2 15 93489266 93489446 120 RUNX1 21 36171596 36171759

57 CHD2 15 93492180 93492310 121 RUNX1 21 36193963 36193993

58 CHD2 15 93496585 93496803 122 RUNX1 21 36206705 36206898

59 CHD2 15 93498651 93498742 123 RUNX1 21 36231769 36231875

60 CHD2 15 93499687 93499879 124 RUNX1 21 36252852 36253010

61 CHD2 15 93510553 93510743 125 RUNX1 21 36259138 36259409

62 CHD2 15 93514993 93515157 126 RUNX1 21 36265220 36265260

63 CHD2 15 93515493 93515647 127 RUNX1 21 36421137 36421196

64 CHD2 15 93518107 93518180 ‑ ‑ ‑ ‑ ‑。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂包括探针、引物和芯片中的任意一种。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述探针包括探针1 288中的至少1个探~

针；探针1 288的序列分别如SEQ ID No.1 288所示。

~ ~

4.一种用于预测肺鳞癌预后风险的装置，其特征在于，其包括：预测模块，用于根据待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息判断是否发生突变，以预测待测样本的预后风险；

其中，所述靶标区域包括如下表所示的区域1 127；

~

区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置 区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置

1 ARID1A 1 27022893 27024031 65 CHD2 15 93521462 93521613

2 ARID1A 1 27056140 27056354 66 CHD2 15 93522363 93522513

3 ARID1A 1 27057641 27058095 67 CHD2 15 93524043 93524141

4 ARID1A 1 27059165 27059283 68 CHD2 15 93524593 93524687

5 ARID1A 1 27087345 27087587 69 CHD2 15 93527558 93527730

6 ARID1A 1 27087873 27087964 70 CHD2 15 93528726 93528903

7 ARID1A 1 27088641 27088810 71 CHD2 15 93534704 93534747

8 ARID1A 1 27089462 27089776 72 CHD2 15 93536087 93536228

9 ARID1A 1 27092710 27092857 73 CHD2 15 93540185 93540325

10 ARID1A 1 27092946 27093057 74 CHD2 15 93540481 93540633

11 ARID1A 1 27094279 27094490 75 CHD2 15 93541727 93541851

12 ARID1A 1 27097608 27097817 76 CHD2 15 93543740 93543870

13 ARID1A 1 27098989 27099123 77 CHD2 15 93545405 93545547

14 ARID1A 1 27099301 27099478 78 CHD2 15 93547845 93547981

15 ARID1A 1 27099835 27099987 79 CHD2 15 93552373 93552553

16 ARID1A 1 27100069 27100208 80 CHD2 15 93555573 93555674

17 ARID1A 1 27100291 27100389 81 CHD2 15 93557924 93558139

18 ARID1A 1 27100818 27101711 82 CHD2 15 93563240 93563488

19 ARID1A 1 27102066 27102198 83 CHD2 15 93567600 93567935

20 ARID1A 1 27105512 27107247 84 RPTOR 17 78519428 78519591

21 SLC43A2 17 1531131 1535130 85 RPTOR 17 78599489 78599593

22 ANKS1A 6 34857178 34857376 86 RPTOR 17 78617526 78617610

23 ANKS1A 6 34935014 34935096 87 RPTOR 17 78681639 78681799

24 ANKS1A 6 34937785 34937943 88 RPTOR 17 78704358 78704506

25 ANKS1A 6 34949465 34949763 89 RPTOR 17 78727808 78727985

26 ANKS1A 6 34950527 34950604 90 RPTOR 17 78765248 78765309

27 ANKS1A 6 34950888 34950991 91 RPTOR 17 78795999 78796101

28 ANKS1A 6 34951099 34951202 92 RPTOR 17 78796877 78797023

29 ANKS1A 6 34952857 34953055 93 RPTOR 17 78811720 78811797

30 ANKS1A 6 34956999 34957093 94 RPTOR 17 78820271 78820374

31 ANKS1A 6 34962077 34962199 95 RPTOR 17 78829262 78829347

32 ANKS1A 6 34985248 34985836 96 RPTOR 17 78831588 78831700

33 ANKS1A 6 35021874 35021942 97 RPTOR 17 78854213 78854289

34 ANKS1A 6 35027922 35028030 98 RPTOR 17 78857217 78857284

35 ANKS1A 6 35046333 35046433 99 RPTOR 17 78857579 78857772

36 ANKS1A 6 35047291 35047445 100 RPTOR 17 78858806 78858948

37 ANKS1A 6 35047596 35047705 101 RPTOR 17 78865518 78865637

38 ANKS1A 6 35048769 35048935 102 RPTOR 17 78866527 78866669

39 ANKS1A 6 35050466 35050593 103 RPTOR 17 78867505 78867665

40 ANKS1A 6 35050930 35051003 104 RPTOR 17 78882609 78882729

41 ANKS1A 6 35051192 35051280 105 RPTOR 17 78896522 78896627

42 ANKS1A 6 35051896 35052035 106 RPTOR 17 78897288 78897473

43 ANKS1A 6 35053541 35053713 107 RPTOR 17 78899168 78899280

44 ANKS1A 6 35054727 35054826 108 RPTOR 17 78914294 78914401

45 ANKS1A 6 35056381 35056386 109 RPTOR 17 78919465 78919581

46 CHD2 15 93444466 93444529 110 RPTOR 17 78921025 78921151

47 CHD2 15 93467549 93467782 111 RPTOR 17 78923241 78923347

48 CHD2 15 93470472 93470560 112 RPTOR 17 78931422 78931530

49 CHD2 15 93472258 93472321 113 RPTOR 17 78933876 78934005

50 CHD2 15 93480746 93480855 114 RPTOR 17 78935192 78935280

51 CHD2 15 93482806 93482948 115 RPTOR 17 78936259 78936377

52 CHD2 15 93485050 93485185 116 RPTOR 17 78936726 78936857

53 CHD2 15 93486071 93486298 117 RPTOR 17 78938060 78938130

54 CHD2 15 93487643 93487745 118 OR7A5 19 14938277 14942276

55 CHD2 15 93489049 93489095 119 RUNX1 21 36164430 36164907

56 CHD2 15 93489266 93489446 120 RUNX1 21 36171596 36171759

57 CHD2 15 93492180 93492310 121 RUNX1 21 36193963 36193993

58 CHD2 15 93496585 93496803 122 RUNX1 21 36206705 36206898

59 CHD2 15 93498651 93498742 123 RUNX1 21 36231769 36231875

60 CHD2 15 93499687 93499879 124 RUNX1 21 36252852 36253010

61 CHD2 15 93510553 93510743 125 RUNX1 21 36259138 36259409

62 CHD2 15 93514993 93515157 126 RUNX1 21 36265220 36265260

63 CHD2 15 93515493 93515647 127 RUNX1 21 36421137 36421196

64 CHD2 15 93518107 93518180 ‑ ‑ ‑ ‑ ‑。

5.根据权利要求4所述的用于预测肺鳞癌预后风险的装置，其特征在于，所述预测模块还包括：基于所述序列信息，将所述靶标区域内发生突变的待测样本标记为高风险样本，反之标记为低风险样本。

6.根据权利要求5所述的用于预测肺鳞癌预后风险的装置，其特征在于，所述装置还包括：用于获取待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息的获取模块。

7.一种电子设备，其特征在于，其包括：存储器、处理器以及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时，实现用于预测肺鳞癌预后风险的方法，所述方法包括:基于获取的待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息，预测肺鳞癌预后风险；

所述靶标区域包括如下表所示的区域1 127；

~

区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置 区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置

1 ARID1A 1 27022893 27024031 65 CHD2 15 93521462 93521613

2 ARID1A 1 27056140 27056354 66 CHD2 15 93522363 93522513

3 ARID1A 1 27057641 27058095 67 CHD2 15 93524043 93524141

4 ARID1A 1 27059165 27059283 68 CHD2 15 93524593 93524687

5 ARID1A 1 27087345 27087587 69 CHD2 15 93527558 93527730

6 ARID1A 1 27087873 27087964 70 CHD2 15 93528726 93528903

7 ARID1A 1 27088641 27088810 71 CHD2 15 93534704 93534747

8 ARID1A 1 27089462 27089776 72 CHD2 15 93536087 93536228

9 ARID1A 1 27092710 27092857 73 CHD2 15 93540185 93540325

10 ARID1A 1 27092946 27093057 74 CHD2 15 93540481 93540633

11 ARID1A 1 27094279 27094490 75 CHD2 15 93541727 93541851

12 ARID1A 1 27097608 27097817 76 CHD2 15 93543740 93543870

13 ARID1A 1 27098989 27099123 77 CHD2 15 93545405 93545547

14 ARID1A 1 27099301 27099478 78 CHD2 15 93547845 93547981

15 ARID1A 1 27099835 27099987 79 CHD2 15 93552373 93552553

16 ARID1A 1 27100069 27100208 80 CHD2 15 93555573 93555674

17 ARID1A 1 27100291 27100389 81 CHD2 15 93557924 93558139

18 ARID1A 1 27100818 27101711 82 CHD2 15 93563240 93563488

19 ARID1A 1 27102066 27102198 83 CHD2 15 93567600 93567935

20 ARID1A 1 27105512 27107247 84 RPTOR 17 78519428 78519591

21 SLC43A2 17 1531131 1535130 85 RPTOR 17 78599489 78599593

22 ANKS1A 6 34857178 34857376 86 RPTOR 17 78617526 78617610

23 ANKS1A 6 34935014 34935096 87 RPTOR 17 78681639 78681799

24 ANKS1A 6 34937785 34937943 88 RPTOR 17 78704358 78704506

25 ANKS1A 6 34949465 34949763 89 RPTOR 17 78727808 78727985

26 ANKS1A 6 34950527 34950604 90 RPTOR 17 78765248 78765309

27 ANKS1A 6 34950888 34950991 91 RPTOR 17 78795999 78796101

28 ANKS1A 6 34951099 34951202 92 RPTOR 17 78796877 78797023

29 ANKS1A 6 34952857 34953055 93 RPTOR 17 78811720 78811797

30 ANKS1A 6 34956999 34957093 94 RPTOR 17 78820271 78820374

31 ANKS1A 6 34962077 34962199 95 RPTOR 17 78829262 78829347

32 ANKS1A 6 34985248 34985836 96 RPTOR 17 78831588 78831700

33 ANKS1A 6 35021874 35021942 97 RPTOR 17 78854213 78854289

34 ANKS1A 6 35027922 35028030 98 RPTOR 17 78857217 78857284

35 ANKS1A 6 35046333 35046433 99 RPTOR 17 78857579 78857772

36 ANKS1A 6 35047291 35047445 100 RPTOR 17 78858806 78858948

37 ANKS1A 6 35047596 35047705 101 RPTOR 17 78865518 78865637

38 ANKS1A 6 35048769 35048935 102 RPTOR 17 78866527 78866669

39 ANKS1A 6 35050466 35050593 103 RPTOR 17 78867505 78867665

40 ANKS1A 6 35050930 35051003 104 RPTOR 17 78882609 78882729

41 ANKS1A 6 35051192 35051280 105 RPTOR 17 78896522 78896627

42 ANKS1A 6 35051896 35052035 106 RPTOR 17 78897288 78897473

43 ANKS1A 6 35053541 35053713 107 RPTOR 17 78899168 78899280

44 ANKS1A 6 35054727 35054826 108 RPTOR 17 78914294 78914401

45 ANKS1A 6 35056381 35056386 109 RPTOR 17 78919465 78919581

46 CHD2 15 93444466 93444529 110 RPTOR 17 78921025 78921151

47 CHD2 15 93467549 93467782 111 RPTOR 17 78923241 78923347

48 CHD2 15 93470472 93470560 112 RPTOR 17 78931422 78931530

49 CHD2 15 93472258 93472321 113 RPTOR 17 78933876 78934005

50 CHD2 15 93480746 93480855 114 RPTOR 17 78935192 78935280

51 CHD2 15 93482806 93482948 115 RPTOR 17 78936259 78936377

52 CHD2 15 93485050 93485185 116 RPTOR 17 78936726 78936857

53 CHD2 15 93486071 93486298 117 RPTOR 17 78938060 78938130

54 CHD2 15 93487643 93487745 118 OR7A5 19 14938277 14942276

55 CHD2 15 93489049 93489095 119 RUNX1 21 36164430 36164907

56 CHD2 15 93489266 93489446 120 RUNX1 21 36171596 36171759

57 CHD2 15 93492180 93492310 121 RUNX1 21 36193963 36193993

58 CHD2 15 93496585 93496803 122 RUNX1 21 36206705 36206898

59 CHD2 15 93498651 93498742 123 RUNX1 21 36231769 36231875

60 CHD2 15 93499687 93499879 124 RUNX1 21 36252852 36253010

61 CHD2 15 93510553 93510743 125 RUNX1 21 36259138 36259409

62 CHD2 15 93514993 93515157 126 RUNX1 21 36265220 36265260

63 CHD2 15 93515493 93515647 127 RUNX1 21 36421137 36421196

64 CHD2 15 93518107 93518180 ‑ ‑ ‑ ‑ ‑。

8.根据权利要求7所述的电子设备，其特征在于，所述方法包括采用探针1 288中的至~

少1个探针进行检测，所述探针1 288的碱基序列依次如SEQ ID No.1 288所示。

~ ~

9.一种计算机可读介质，其特征在于，其存储有计算机程序，所述计算机程序能被处理器执行以实现用于预测肺鳞癌预后风险的方法，所述方法包括:基于获取的待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息，预测肺鳞癌预后风险；

所述靶标区域包括如下表所示的区域1 127；

~

区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置 区域 基因名 染色体 起始位置 终止位置

1 ARID1A 1 27022893 27024031 65 CHD2 15 93521462 93521613

2 ARID1A 1 27056140 27056354 66 CHD2 15 93522363 93522513

3 ARID1A 1 27057641 27058095 67 CHD2 15 93524043 93524141

4 ARID1A 1 27059165 27059283 68 CHD2 15 93524593 93524687

5 ARID1A 1 27087345 27087587 69 CHD2 15 93527558 93527730

6 ARID1A 1 27087873 27087964 70 CHD2 15 93528726 93528903

7 ARID1A 1 27088641 27088810 71 CHD2 15 93534704 93534747

8 ARID1A 1 27089462 27089776 72 CHD2 15 93536087 93536228

9 ARID1A 1 27092710 27092857 73 CHD2 15 93540185 93540325

10 ARID1A 1 27092946 27093057 74 CHD2 15 93540481 93540633

11 ARID1A 1 27094279 27094490 75 CHD2 15 93541727 93541851

12 ARID1A 1 27097608 27097817 76 CHD2 15 93543740 93543870

13 ARID1A 1 27098989 27099123 77 CHD2 15 93545405 93545547

14 ARID1A 1 27099301 27099478 78 CHD2 15 93547845 93547981

15 ARID1A 1 27099835 27099987 79 CHD2 15 93552373 93552553

16 ARID1A 1 27100069 27100208 80 CHD2 15 93555573 93555674

17 ARID1A 1 27100291 27100389 81 CHD2 15 93557924 93558139

18 ARID1A 1 27100818 27101711 82 CHD2 15 93563240 93563488

19 ARID1A 1 27102066 27102198 83 CHD2 15 93567600 93567935

20 ARID1A 1 27105512 27107247 84 RPTOR 17 78519428 78519591

21 SLC43A2 17 1531131 1535130 85 RPTOR 17 78599489 78599593

22 ANKS1A 6 34857178 34857376 86 RPTOR 17 78617526 78617610

23 ANKS1A 6 34935014 34935096 87 RPTOR 17 78681639 78681799

24 ANKS1A 6 34937785 34937943 88 RPTOR 17 78704358 78704506

25 ANKS1A 6 34949465 34949763 89 RPTOR 17 78727808 78727985

26 ANKS1A 6 34950527 34950604 90 RPTOR 17 78765248 78765309

27 ANKS1A 6 34950888 34950991 91 RPTOR 17 78795999 78796101

28 ANKS1A 6 34951099 34951202 92 RPTOR 17 78796877 78797023

29 ANKS1A 6 34952857 34953055 93 RPTOR 17 78811720 78811797

30 ANKS1A 6 34956999 34957093 94 RPTOR 17 78820271 78820374

31 ANKS1A 6 34962077 34962199 95 RPTOR 17 78829262 78829347

32 ANKS1A 6 34985248 34985836 96 RPTOR 17 78831588 78831700

33 ANKS1A 6 35021874 35021942 97 RPTOR 17 78854213 78854289

34 ANKS1A 6 35027922 35028030 98 RPTOR 17 78857217 78857284

35 ANKS1A 6 35046333 35046433 99 RPTOR 17 78857579 78857772

36 ANKS1A 6 35047291 35047445 100 RPTOR 17 78858806 78858948

37 ANKS1A 6 35047596 35047705 101 RPTOR 17 78865518 78865637

38 ANKS1A 6 35048769 35048935 102 RPTOR 17 78866527 78866669

39 ANKS1A 6 35050466 35050593 103 RPTOR 17 78867505 78867665

40 ANKS1A 6 35050930 35051003 104 RPTOR 17 78882609 78882729

41 ANKS1A 6 35051192 35051280 105 RPTOR 17 78896522 78896627

42 ANKS1A 6 35051896 35052035 106 RPTOR 17 78897288 78897473

43 ANKS1A 6 35053541 35053713 107 RPTOR 17 78899168 78899280

44 ANKS1A 6 35054727 35054826 108 RPTOR 17 78914294 78914401

45 ANKS1A 6 35056381 35056386 109 RPTOR 17 78919465 78919581

46 CHD2 15 93444466 93444529 110 RPTOR 17 78921025 78921151

47 CHD2 15 93467549 93467782 111 RPTOR 17 78923241 78923347

48 CHD2 15 93470472 93470560 112 RPTOR 17 78931422 78931530

49 CHD2 15 93472258 93472321 113 RPTOR 17 78933876 78934005

50 CHD2 15 93480746 93480855 114 RPTOR 17 78935192 78935280

51 CHD2 15 93482806 93482948 115 RPTOR 17 78936259 78936377

52 CHD2 15 93485050 93485185 116 RPTOR 17 78936726 78936857

53 CHD2 15 93486071 93486298 117 RPTOR 17 78938060 78938130

54 CHD2 15 93487643 93487745 118 OR7A5 19 14938277 14942276

55 CHD2 15 93489049 93489095 119 RUNX1 21 36164430 36164907

56 CHD2 15 93489266 93489446 120 RUNX1 21 36171596 36171759

57 CHD2 15 93492180 93492310 121 RUNX1 21 36193963 36193993

58 CHD2 15 93496585 93496803 122 RUNX1 21 36206705 36206898

59 CHD2 15 93498651 93498742 123 RUNX1 21 36231769 36231875

60 CHD2 15 93499687 93499879 124 RUNX1 21 36252852 36253010

61 CHD2 15 93510553 93510743 125 RUNX1 21 36259138 36259409

62 CHD2 15 93514993 93515157 126 RUNX1 21 36265220 36265260

63 CHD2 15 93515493 93515647 127 RUNX1 21 36421137 36421196

64 CHD2 15 93518107 93518180 ‑ ‑ ‑ ‑ ‑。

10.根据权利要求9所述的计算机可读介质，其特征在于，所述方法包括采用探针1 288~

中的至少1个探针进行检测，所述探针1 288的碱基序列依次如SEQ ID No.1 288所示。

~ ~

说明书

一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用

技术领域

[0001] 本发明涉及基因工程及肿瘤学技术领域，具体而言，涉及一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用。

背景技术

[0002] 肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。目前，手术切除仍然是提高患者生存率癌症治疗的首选手段。尤其是针对肺鳞癌患者。肺鳞
癌，又称肺鳞状上皮细胞癌，包括梭形细胞癌，是最常见的类型，占原发性肺癌的40％～
51％。肺鳞癌多见于老年男性，与吸烟有密切关系。肺鳞癌以中央型肺癌多见，并有胸管腔
内生长的倾向，肺鳞癌早期常引发支气管狭窄，或阻塞性肺炎。肺鳞癌生长缓慢，转移晚，手
术切除机会较多，5年生存率较高，肺鳞癌对放疗、化疗不如小细胞未分化癌敏感。

[0003] 即使是局部晚期肺鳞癌患者，只要符合手术指征(例如可手术切除的Ⅲa期)，那么应当实施手术切除，并根据其病理特征选择辅助放疗或化疗。关键在于是否选择术后辅助
治疗以及如何选择术后辅助治疗。对于是否应该在术后接受辅助放化疗，根据现有的专家
共识(非小细胞肺癌术后辅助治疗中国胸外科专家共识2018版，以下简称共识)，主要的依
据是癌症分期。但是共识中对于某些情况的患者(例如，肿瘤直径>4cm，≤5cm的IIa期患者，
IIIa期患者)并未给出高可信度的建议。而临床中通常需要结合其他因素对术后预后的情
况进行评估，并以评估结果来决定手术后放化疗的方案。因此，找到一种准确，快速，简便的
手术后预后标志物是确定手术后放化疗方案的临床的迫切需求。

[0004] 鉴于此，特提出本发明。

发明内容

[0005] 本发明的目的在于提供一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用。

[0006] 本发明是这样实现的：

[0007] 第一方面，本发明实施例提供了检测靶标区域的试剂在制备用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒中的应用，所述靶标区域包括：如表1所示的区域1～127中的至少1个区域的
部分或全部区域；

[0008] 表1靶标区域

[0009]

[0010]

[0011]

[0012] 第二方面，实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒，其包括用于检测靶标区域的试剂，所述靶标区域包括如表1所示的区域1～127中的至少1个区域的部分或
全部区域。

[0013] 第三方面，实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的方法，所述方法包括:基于获取的待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息，预测肺鳞癌预后风险；所述靶标区
域包括如表1所示的区域1～127中的至少1个区域的部分或全部区域；所述方法不以疾病的
治疗或诊断为直接目的。

[0014] 第四方面，实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的装置，其包括：

[0015] 预测模块，用于通过待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息，预测待测样本的预后风险；

[0016] 其中，所述靶标区域包括如表1所示的区域1～127中的至少1个区域的部分或全部区域。

[0017] 第五方面，实施例提供了一种电子设备，其包括：存储器、处理器以及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时，实
现如前述实施例所述的用于预测肺鳞癌预后风险的方法。

[0018] 第六方面，实施例提供了一种计算机可读介质，其存储有计算机程序，所述计算机程序能被处理器执行以实现如前述实施例所述的用于预测肺鳞癌预后风险的方法。

[0019] 本发明具有以下有益效果：

[0020] 本发明提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒及其应用，该试剂盒通过检测靶标区域的突变情况，有效快速地预测肺鳞癌肿瘤患者的预后风险，靶标区域选自表1中
的区域1～127，是位于ARID1A，SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5和RUNX1基因的特定区
域，通过对靶标区域的序列信息进行检测，能够有效快速地预测肺鳞癌肿瘤患者的预后风
险，这些靶标区域的突变相对于其他临床标志物而言，具备更高的特异性，且检测方便快
捷。

附图说明

[0021] 为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对
范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这
些附图获得其他相关的附图。

[0022] 图1为本发明实施例3中的携带和不携带靶标区域突变的188例患者的生存曲线图；

[0023] 图2为本发明实施例3中KNN方法预测结果的ROC曲线图；

[0024] 图3为本发明实施例4中试验组1的ROC曲线图；

[0025] 图4为本发明实施例4中试验组2的ROC曲线图；

[0026] 图5为本发明实施例4中试验组3的ROC曲线图；

[0027] 图6为本发明实施例4中试验组4中的ROC曲线图。

具体实施方式

[0028] 为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建
议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产
品。

[0029] 以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。

[0030] 首先，本发明实施例提供了一种检测靶标区域的试剂在制备用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒中的应用，所述靶标区域包括如表1所示的区域1～127中的至少1个区域的部
分或全部区域；

[0031] 检测靶标区域是试剂是指检测靶标区域的序列信息。上述区域1～20均属于ARID1A基因的特定靶标区域，区域21属于SLC43A2基因的特定靶标区域，区域22～45属于
ANKS1A基因的特定靶标区域，区域46～83属于CHD2基因的特定靶标区域，区域84～117属于
RPTOR基因的特定靶标区域，区域118属于OR7A5基因的特定靶标区域，区域119～127属于
RUNX1基因的特定靶标区域。此外，靶标区域的信息是以人类基因组hg19为版本。

[0032] 上述“预后风险”可以指患者在术后的恢复情况，或生存期。生存期长的为低风险人群，生存期短的为低风险人群，且生存期的长短是相对而言的，高风险人群的生存期短于
低风险人群。可以设置预设期限，将生存期限＞预设期限的，判定为低风险人群，将生存期
限＜预设期限的，判定为高风险人群。预设期限可以设置为1～80个月中的任意数值，具体
可以为36、48或60个月。

[0033] 发明人通过付出了一系列创造性劳动，发现ARID1A，SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5，RUNX1基因的特定区域的突变情况与肺鳞癌患者的术后风险存在高度相关
性，这些特定区域的突变相对于其他临床标志物而言，具备更高的特异性(大于90％)，且检
测方便快捷，能够有效快速的对肺鳞癌患者术后的预后进行预测。

[0034] 优选地，优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少44个区域；优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少82个区域。优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的
至少117个区域。优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少118个区域。

[0035] 优选地，所述试剂包括探针、引物和芯片中的任意一种。对引物、探针以及芯片使用的核酸序列不作具体的限制，只要是能检测上述靶标区域的试剂用于制备预测肺鳞癌预
后风险的试剂盒，均属于本申请的保护范围。优选地，所述探针包括探针1～288中的至少1
个探针；探针1～288的序列分别如SEQ ID No.1～288所示。

[0036] 其次，本发明实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒，其包括用于检测靶标区域的试剂，所述靶标区域包括区域1～127中的至少1个区域，区域1～127的信息
参照表1。优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少44个区域；优选地，所述靶标区域
包括区域1～127中的至少82个区域；优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少117个
区域。优选地，所述靶标区域包括区域1～127。

[0037] 发明人经一系列研究发现，采用上述试剂盒对ARID1A，SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5和RUNX1基因的特定区域的序列进行检测，基于检测情况(是否发生突变)，能
够对患者术后预后风险进行有效评估。

[0038] 优选地，所述试剂包括探针、引物和芯片中的任意一种；优选地，所述探针包括探针1～288中的至少1个探针；探针1～288的序列分别如SEQ ID No.1～288所示。

[0039] 本发明实施例还提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的方法，所述方法包括:基于获取的待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息，预测肺鳞癌预后风险；所述方法不
以疾病的治疗或诊断为直接目的。

[0040] 其中，所述靶标区域包括区域1～127中的至少1个区域，区域1～127的信息参照表1。

[0041] 该方法并未以有生命的人体或动物体为对象，且不以获得疾病诊断结果或健康状况为直接目的。而只是对已经脱离人体或动物体的组织、体液或排泄物样本进行检测，以获
取作为预后风险的信息的方法。需要说明的是，该检测方法可以仅由第三方检测公司进行
操作，该检测结果可用于辅助诊断或辅助治疗，但是根据预后风险的结果内容并不能直接
得出疾病的诊断结果或患者的健康状况。对靶标区域的检测可以为任何通用的高通量测序
方法，例如扩增子测序(PCR‑based amplicon sequencing)，或探针并进行区域杂交测序
(Hybrid capture‑based target enrichment sequencing)。靶标区域中覆盖度大于30X的
区域长度必须占总检测区域长度的100％，并且测序结果必须通过测序服务供应商的质量
控制标准。

[0042] 优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少44个区域；优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少82个区域优选地，所述靶标区域包括区域1～127。优选地，所述方
法包括采用探针1～288中的至少1个探针进行检测；所述探针1～288的碱基序列依次如SEQ 
ID No.1～288所示。

[0043] 优选地，上述预测肺鳞癌预后风险包括：基于所述序列信息，将所述靶标区域内具有突变的待测样本判断为高风险样本，反之判断为低风险样本。

[0044] 本发明实施例还提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的装置，其包括：

[0045] 预测模块，用于根据待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息是否发生突变，以预测待测样本的预后风险；其中，所述靶标区域包括区域1～127中的至少1个区域，区域1
～127的信息参照表1。优选地，所述靶标区域包括区域1～127中的至少44个区域；优选地，
所述靶标区域包括区域1～127中的至少82个区域；优选地，所述靶标区域包括区域1～127
中的至少117个区域；优选地，所述靶标区域包括区域1～127。

[0046] 优选地，所述预测模块还包括：基于所述序列信息，将所述靶标区域内发生突变的待测样本标记为高风险样本，反之标记为低风险样本。优选地，所述装置还包括：用于获取
待测样本基因组中对应靶标区域的序列信息的获取模块。

[0047] 本发明实施例还提供了一种电子设备，其包括：存储器、处理器以及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时，实现
如前述任一实施方式所述的用于预测肺鳞癌预后风险的方法。

[0048] 需要说明的是，该电子设备可包括存储器、处理器、总线和通信接口，该存储器、处理器和通信接口相互之间直接或间接地电性连接，以实现数据的传输或交互。例如，这些元
件相互之间可通过一条或多条总线或信号线实现电性连接。处理器可以处理与目标识别有
关的信息和/或数据，以执行本申请中描述的一个或多个功能。

[0049] 存储器可以是但不限于，只读存储器(Read Only Memory，ROM)，可擦除只读存储器(Erasable  Programmable Read‑Only Memory，EPROM)，可编程只读存储器
(Programmable Read‑Only Memory，PROM)，随机存取存储器(Random Access Memory，
RAM)，电可擦除只读存储器(Electric Erasable Programmable Read‑Only Memory，
EEPROM)等。处理器可以是一种集成电路芯片，具有信号处理能力。该处理器可以是通用处
理器，包括网络处理器(Network Processor，NP)和中央处理器(Central Processing 
Unit，CPU)等；还可以是数字信号处理器(Digital Signal Processing，DSP)、现场可编程
门阵列(Field－Programmable Gate Array，FPGA)、专用集成电路(Application Specific 
Integrated Circuit，ASIC)或者其他可编程逻辑器件、分立门或者晶体管逻辑器件、分立
硬件组件。该电子设备中的各组件可以采用硬件、软件或其组合实现。在实际应用中，该电
子设备可以是服务器、平板电脑、笔记本电脑、云平台、手机、超级移动个人计算机(ultra‑
mobile personal computer，UMPC)、个人数字助理(personal digital assistant，PDA)、
上网本、手持计算机、可穿戴电子设备和虚拟现实设备等设备，因此，本申请实施例对电子
设备的种类不做限制。

[0050] 本发明实施例还提供了一种计算机可读介质，其存储有计算机程序，所述计算机程序能被处理器执行以实现如前述任一实施方式所述的用于预测肺鳞癌预后风险的方法。

[0051] 计算机可读存储介质可以与前述实施方式中的存储器相互等同。

[0052] 实施例1

[0053] 本实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的试剂盒，其包括用于检测靶标区域的试剂。其中，靶标区域包括区域1～127，靶标区域的具体信息请参照表1记载。试剂包括
探针1～288，探针1～288的序列依次如SEQ ID No.1～288所示，具体请参照表2。

[0054] 表2探针

[0055]

[0056]

[0057]

[0058]

[0059]

[0060]

[0061]

[0062]

[0063]

[0064]

[0065]

[0066]

[0067]

[0068]

[0069]

[0070]

[0071]

[0072]

[0073]

[0074]

[0075]

[0076]

[0077]

[0078]

[0079] 实施例2

[0080] 本实施例提供了一种用于预测肺鳞癌预后风险的方法，其包括采用如实施例1提供的试剂对肺鳞癌患者的核酸样本进行肺鳞癌预后风险的检测。

[0081] 本实施例中采用探针1～288对区域1～127进行检测。需要说明的是，在其他实施例中，对靶标区域的检测可以采用现有的高通量测序方法。测序后进行以下步骤：(a)使用
Fastqc检测测序数据质量；(b)使用TRIMMATIC去除平均测序质量小于28的reads，去掉长度
小于74bp的reads(读长)；(c)使用bwa，或者与之相当的软件将测序结果map至人类基因组
参考序列；(d)使用GATK Best Practices Workflows其中的Data pre‑processing流程得
到处理完毕的BAM文件；(e)使用GATK mutect2检测肿瘤样本的体细胞变异(包括点突变和
短插入缺失)；(f)使用GATK FilterMutectCalls过滤掉突变reads支持数小于3的变异，得
到用于变异检测的VCF文件。

[0082] 基于测序得到的靶标区域的序列信息，将所述靶标区域内发生突变的待测样本判断为高风险样本，反之判断为低风险样本。具体包括如下步骤：上述步骤f的VCF文件经过
oncotator软件注释，得到maf结果文件。在此文件中选择Hugo_Symbol列值为ARID1A，
SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5，RUNX1中任意一个的条目。去除掉Variant_
Classification列为“Nonsense_Mutation”的条目。如果剩余条目有存在于表1列出的靶标
区域范围内的，那么此样本判断为高风险样本，否则样本为低风险样本。

[0083] 实施例3

[0084] 本实施例收集了188名年龄在41‑86周岁的肺鳞癌患者，其中，I期71人，II期65人，III期50人，IV期2人，并依照实施例2提供的方法测定了患者肿瘤组织中是否携带ARID1A，
SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR，OR7A5，RUNX1基因特定区域(区域1～127)的序列信息，对测
定靶标区域的序列信息后的患者和患者手术后生存期之间的关系进行分析，分析结果请参
照表3。

[0085] 表3基因在不同生存分析方法中的P值和HR值

[0086] 基因 单因素Log rank分析 多因素Cox分析ARID1A 6.08x10‑5 1.40x10‑5(4.03)
SLC43A2 6.05x10‑4 1.93x10‑5(4.12)
ANKS1A 3.34x10‑2 7.64x10‑3(3.89)
CHD2 1.08x10‑3 1.30x10‑3(2.89)
RPTOR 2.98x10‑3 1.66x10‑3(2.99)
OR7A5 4.41x10‑5 6.92x10‑6(160.00)
RUNX1 1.79x10‑3 3.67x10‑3(5.06)

[0087] 备注：括号内为该基因在多因素Cox分析中的HR值。

[0088] 表3中显示了七种基因在单因素和多因素生存分析中的P值和HR值(Hazard ratio，下同)，每种基因均与患者生存高度相关(P值小于0.01)，且都是预后不良因素(HR值
大于1)。HR的平均值为26.14，即高风险人群的死亡风险是低风险人群的26.14倍。

[0089] 更进一步，将患者的术后生存期≥57个月定义为预后好；反之，＜57个月为预后差。患者携带区域1～127中的至少一个区域突变为突变型，反之不携带突变称之为野生型，
那么使用Fisher exact test假设检验。检验结果请参照图1和表4。

[0090] 表4 Fisher exact test假设检验结果

[0091]  突变型 野生型 总计
预后好 74(63.8％) 68(94.4％) 142
预后差 42(36.2％) 4(5.6％) 46
总计 116(100％) 72(100％) 188

[0092] 由结果可知，七种基因特定区域(靶标区域)突变与预后情况呈显著负相关性(表4)。进一步，将57个月定义为预后好(低风险)和预后差(高风险)的阈值，使用KNN(K‑
Nearest Neighbors)方法预测结果的学习曲线，学习曲线参照附图2。图2中，横轴为假阳性
率，纵轴为真阳性率，此结果中可以看出，实施例2提供的用于预测肺鳞癌预后风险的方法，
ROC曲线下面积为0.712，特异性为0.909时，灵敏度为0.520。

[0093] 实施例4

[0094] 本实施例设置4组试验组，分别依照实施例2的方法对188名年龄在41‑86周岁的肺鳞癌患者(同实施例3)进行检测。4组试验组的检测区别在于检测区域的差别，具体参照表
5。

[0095] 表5检测结果

[0096]

[0097] 备注：试验组1的检测区域为表1中对应ARID1A，SLC43A2，ANKS1A，CHD2，RPTOR和OR7A5基因的所有区域(区域1～118)；依此类推，试验组2检测的区域为区域1～117，试验组
3的检测区域为区域46～127，试验组4的检测区域为区域84～127。

[0098] 结果如表5以及图3～6所示。

[0099] 以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修
改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。