用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针及其应用转让专利
申请号 : CN202110257924.X
文献号 : CN112626176B
文献日 : 2021-08-10
发明人 : 江翱 , 卢瑶 , 曹振 , 宋东亮
申请人 : 翌圣生物科技(上海)有限公司
摘要 :
权利要求 :
1.一种用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针,其特征在于:所述靶RNA为
5.8S rRNA,探针为下表所示的NGS 5.8S rRNA probe的混合物: 序号 序列名称 5’‑3’
1 NGS 5.8S rRNA probe‑1 TCATCGACGCACGAGCCGAG 2 NGS 5.8S rRNA probe‑2 CGATGATCAATGTGTCCTGCAA 3 NGS 5.8S rRNA probe‑3 CAGGCGTAGCCCCGGGAGGAAC其中所述探针序列中斜体下划线部分的碱基为LNA修饰碱基,3’端‑NH2C6封闭。
2.一种用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针,其特征在于:所述靶RNA为
18S rRNA,探针为下表所示的NGS 18S rRNA probe的混合物: 序号 序列名称 5’‑3’
1 NGS 18S rRNA probe‑1 TGCATGGCTTAATCTTTGAGACA
2 NGS 18S rRNA probe‑2 ATAACTGATTTAATGAGCCATT
3 NGS 18S rRNA probe‑3 AGCTCTAGAATTACCACAGTT
4 NGS 18S rRNA probe‑4 GATCTGATAAATGCACGCATC
5 NGS 18S rRNA probe‑5 CAAAGCCGCCGGCGCCCGCC
6 NGS 18S rRNA probe‑6 TCGAATGGGTCGTCGCCGCCA
7 NGS 18S rRNA probe‑7 GTCACCCGTGGTCACCATGGT 8 NGS 18S rRNA probe‑8 CCTTGGATGTGGTAGCCGTTT 9 NGS 18S rRNA probe‑9 TTATTTTTCGTCACTACCTCC 10 NGS 18S rRNA probe‑10 GTTAAAGGATTTAAAGTGGACTC 11 NGS 18S rRNA probe‑11 TTAATATACGCTATTGGAGC 12 NGS 18S rRNA probe‑12 GACCGCCCGCCCGCTCCCAA 13 NGS 18S rRNA probe‑13 CAGCTAAGAGCATCGAGGGG 14 NGS 18S rRNA probe‑14 TTGAACACTCTAATTTTTTCA 15 NGS 18S rRNA probe‑15 AAATAGAACCGCGGTCCTATT 16 NGS 18S rRNA probe‑16 GCGGCGCAATACGAATGCCCCC 17 NGS 18S rRNA probe‑17 GGCAAATGCTTTCGCTCTGGT 18 NGS 18S rRNA probe‑18 GAACTACGACGGTATCTGATC 19 NGS 18S rRNA probe‑19 GCCCGGCGGGTCATGGGAATA 20 NGS 18S rRNA probe‑20 TTTAAGTTTCAGCTTTGCAA 21 NGS 18S rRNA probe‑21 GTTGAGTCAAATTAAGCCGC 22 NGS 18S rRNA probe‑22 AGAAAGAGCTATCAATCTGTCA 23 NGS 18S rRNA probe‑23 CGGAATTAACCAGACAAATC 24 NGS 18S rRNA probe‑24 ACGCCGACCGCTCGGGGGTC 25 NGS 18S rRNA probe‑25 ACAGACCTGTTATTGCTCAAT 26 NGS 18S rRNA probe‑26 ACACGCTGAGCCAGTCAGTGT 27 NGS 18S rRNA probe‑27 TCCCCGATCCCCATCACGAA 28 NGS 18S rRNA probe‑28 CGCAAGCTTATGACCCGCACTTA 29 NGS 18S rRNA probe‑29 CATCCAATCGGTAGTAGCGACGGG 30 NGS 18S rRNA probe‑30 GTCTTCTCAGCGCTCCGCCAGG 31 NGS 18S rRNA probe‑31 CCTACGGAAACCTTGTTACGAC所述探针序列中斜体下划线部分的碱基为LNA修饰碱基,3’端‑NH2C6封闭。
3.一种用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针,其特征在于:所述靶RNA为
28S rRNA,探针为下表所示的NGS 28S rRNA probe的混合物: 序号 序列名称 5’‑3’
1 NGS 28S rRNA probe‑1 CCGTTACTGAGGGAATCCTGGTT 2 NGS 28S rRNA probe‑2 CATGTCCCGCGCCCCGCCGCGG 3 NGS 28S rRNA probe‑3 AGAAGGACTTGGGCCCCCCA 4 NGS 28S rRNA probe‑4 CGGGCCCGGCGCGCCGGGGGCC 5 NGS 28S rRNA probe‑5 GGAGTTTACCACCCGCTTTGG 6 NGS 28S rRNA probe‑6 TCTTTTCAACTTTCCCTTACGGT 7 NGS 28S rRNA probe‑7 ACCCCACCCGTTTACCTCTTAACG 8 NGS 28S rRNA probe‑8 GGGCCGCCGACACGGCCGGA 9 NGS 28S rRNA probe‑9 GGGGGAAGGGAGGGCGGGTG 10 NGS 28S rRNA probe‑10 GGCCCCGCCCGCCCACCCCCGCA 11 NGS 28S rRNA probe‑11 ATGCGCCCGGCGGCGGCCGGTC 12 NGS 28S rRNA probe‑12 GGCCTTCCCAGCCGTCCCGGAG 13 NGS 28S rRNA probe‑13 CCGAGGGAGGACGCGGGGCC 14 NGS 28S rRNA probe‑14 CCGCCGCCGCCGCCCCGACCCGC 15 NGS 28S rRNA probe‑15 GGGGGGCTGTAACACTCGGG 16 NGS 28S rRNA probe‑16 GGGGAGAGCGCGGCGACGGG 17 NGS 28S rRNA probe‑17 GGGGGAGACCCCCCTCGCGGG 18 NGS 28S rRNA probe‑18 CGCCGTGGGAGGGGTGGCCCGG 19 NGS 28S rRNA probe‑19 CCGACCCGCGCGCGGCACCC 20 NGS 28S rRNA probe‑20 CCCCGGGCCCGACGGCGCGAC 21 NGS 28S rRNA probe‑21 CGACCCCGTGCGCTCGCTCCGC 22 NGS 28S rRNA probe‑22 TGTTAGACTCCTTGGTCCGTG 23 NGS 28S rRNA probe‑23 GGCGAGCGCGCCGGCCTTCAC 24 NGS 28S rRNA probe‑24 GCCGGTGGTGCGCCCTCGGCG 25 NGS 28S rRNA probe‑25 TTCACCATCTTTCGGGTCCTAA 26 NGS 28S rRNA probe‑26 CCAGAGTTTCCTCTGGCTTCGC 27 NGS 28S rRNA probe‑27 GCCAGCTATCCTGAGGGAAA 28 NGS 28S rRNA probe‑28 TGAGATCGTTTCGGCCCCAAG 29 NGS 28S rRNA probe‑29 AAGTGGCCCACTAGGCACTCGC 30 NGS 28S rRNA probe‑30 TCAACCAACACCTTTTCTGGGG 31 NGS 28S rRNA probe‑31 AGGGCTAGTTGATTCGGCAGGT 32 NGS 28S rRNA probe‑32 CCACACGCGCGCGCGCGCGCGC 33 NGS 28S rRNA probe‑33 GCGGGAGGAGGGGAGGAGGCGT 34 NGS 28S rRNA probe‑34 GCGCCCTAGGCTTCAAGGCTC 35 NGS 28S rRNA probe‑35 CTTCGGCCTTCAAAGTTCTCGTT 36 NGS 28S rRNA probe‑36 GGGCAACGGAGGCCATCGCCC 37 NGS 28S rRNA probe‑37 ACCGCACTGGACGCCTCGCGG 38 NGS 28S rRNA probe‑38 CTCTCTCGGGGCGAACCCATTCC 39 NGS 28S rRNA probe‑39 CTCTCCCCCGGATTTTCAAGGGCC 40 NGS 28S rRNA probe‑40 CTTGCCGACTTCCCTTACCTACATT 41 NGS 28S rRNA probe‑41 CGCCCAGCCCCGCTTCGCGCC 42 NGS 28S rRNA probe‑42 GGGAGGGAGCGAGCGGCGCGC 43 NGS 28S rRNA probe‑43 CCGCCCCCACGCGGCGCTCC 44 NGS 28S rRNA probe‑44 CGGGTGCCCGGGCCCCCCTC 45 NGS 28S rRNA probe‑45 CGGCCGCGACGCCCGCCGCAGC 46 NGS 28S rRNA probe‑46 GCCGCCCGACCGCTCCCCGCC 47 NGS 28S rRNA probe‑47 AACGGGGGGCGGACGGGGCC 48 NGS 28S rRNA probe‑48 CGCGGAACCGCGGCCCCGGG 49 NGS 28S rRNA probe‑49 TTAATTAAACAGTCGGATTCC 50 NGS 28S rRNA probe‑50 CGTTTACCCGCGCTTCATTGA 51 NGS 28S rRNA probe‑51 CGTTCATCCATTCATGCGCGT 52 NGS 28S rRNA probe‑52 ACTAGAGTCAAGCTCAACAGGGT 53 NGS 28S rRNA probe‑53 CCCCTCGCGGGGACACCGGG 54 NGS 28S rRNA probe‑54 GCGAGAGCCCCTCGGGGCTCGC 55 NGS 28S rRNA probe‑55 AACTCCCCACCTGGCACTGTC 56 NGS 28S rRNA probe‑56 AAGCGAGCTTTTGCCCTTCT 57 NGS 28S rRNA probe‑57 CCTCCTGCTTAAAACCCAAAA 58 NGS 28S rRNA probe‑58 CAATGATAGGAAGAGCCGACA 59 NGS 28S rRNA probe‑59 CCTGTCTCACGACGGTCTAA 60 NGS 28S rRNA probe‑60 CCTCAGCCAAGCACATACACCA 61 NGS 28S rRNA probe‑61 TGCCGTATCGTTCCGCCTGGGC 62 NGS 28S rRNA probe‑62 TCCCGCGCGCGCGGGGCGCGT 62 NGS 28S rRNA probe‑63 GCCGCGCCCCGTTTCCCAGGA 63 NGS 28S rRNA probe‑64 ACGTACGAAACCCCGACCCAG所述探针序列中斜体下划线部分的碱基为LNA修饰碱基,3’端‑NH2C6封闭。
4.一种用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针,其特征在于:所述探针包括权利要求1所述的NGS 5.8S rRNA probe的混合物,以及权利要求2所述的NGS 18S rRNA probe的混合物,以及权利要求3所述的NGS 28S rRNA probe的混合物。
5.权利要求1‑4所述的逆转录阻碍探针在RNA建库中快速去除靶RNA的应用。
6.根据权利要求5所述的应用,其步骤包括:
(1)提取样本中的总RNA,在总RNA中加入逆转录阻碍探针和buffer,进行梯度退火反应;
(2)在反应产物中加入链特异性合成buffer和一链cDNA合成酶混合物,进行逆转录反应合成cDNA;
(3)二链cDNA合成及末端修复、接头连接、文库扩增及测序。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于:步骤(1)中梯度退火条件为:95℃ 5 min,
75℃ 1 min,55℃ 1 min,4 ℃ 保存。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于:步骤(2)中合成反应条件为:25℃ 10 min,
42℃ 15 min,70℃ 15 min,4℃ 保存。
说明书 :
用于RNA建库中快速去除靶RNA的逆转录阻碍探针及其应用
技术领域
背景技术
生命进展和疾病诊断等领域的重要研究手段。但是,不同来源的样本中的RNA种类占比具有
极大的不均一性,如正常细胞中核糖体rRNA约占总RNA的90%‑95%,血液中球蛋白的mRNA约
占总mRNA的76%以上,这些RNA的存在占据了大部分的测序数据,严重影响到低丰度RNA的检
测,提高了测序的成本。
种方法只适用于完整性较好的RNA,能够捕获的RNA种类有限,大大降低了测序的多样性,而
且这种方法对polyA长度越长的RNA存在捕获效率越高,会造成RNA建库的偏好性;或者靶
RNA捕获去除法,利用带有biotin修饰的反义DNA探针与靶RNA杂交后,用链亲和霉素磁珠对
靶RNA进行去除。另一类种策略为核酸酶降解法。比如RNase H切割去除法,利用RNase H特
异性识别并降解DNA:RNA杂交链中RNA的活性对靶RNA进行降解;或者CRISPR/Cas9切割法,
利用sgRNA‑Cas9系统对构建好的双链DNA文库中靶RNA来源的双链DNA进行切割。这些方法
存在成本高、操作复杂(约20‑40步)、耗时长(约2h)、对样本来源和RNA丰度要求高、试剂难
以储存等缺陷,严重阻碍了RNA二代测序建库技术的工业自动化发展和其在疾病快速诊断
领域的应用。
发明内容
的Tm值不低于80℃,自身互补(Self complementarity)值小于5,探针的3’‑OH利用修饰的
脱氧核糖核苷酸进行封闭;所述探针有多个,探针覆盖靶RNA区域不低于全长RNA的1/6,探
针在靶RNA上分布均匀,探针之间的距离不超过100 nt。
(核酸小沟嵌合物)、2‑O‑甲基核糖、5‑羟基丁酸酰基‑脱氧尿苷、2‑氨基脱氧腺苷和5‑甲基
脱氧胞苷修饰,使得探针的Tm值在80℃‑95 ℃之间。
耗时极短(2 min)、对非靶RNA保留完整、特异性强、效率高、成本低和基因检出数高等优点,
非常适合用于工业自动化建库和疾病快速诊断领域。
附图说明
具体实施方式
用的探针和引物序列及修饰如表1所示,N为随机碱基,即A、T、C、G中任意一种碱基,Random
Hexamers为用于逆转录的通用引物。
阻止逆转录酶通过逆转录阻碍探针锁定的靶RNA位点,从而达到在逆转录过程中去除靶RNA
的目的。
293FT cell(GM‑070006H,购自吉满生物科技(上海)有限公司)细胞提取,以下同。具体实施
方式如下:
1 μM 5.8S修饰探针(表1序号1‑5中任一个) 1 μL
1 μM 5.8S rRNA RT primer 1 μL
10 mM dNTPs mix 1 μL
补DEPC H2O至 13 μL
Murine RNase Inhibitor (40 U/µL, Yeasen, 10603ES05) 2 μL
Hifair® V Reverse Transcriptase (200 U/μL, Yeasen, 11300ES92) 1 μL
总体积 20 μL
逆转录的效果最好(见表4)。
逆转录抑制效率(%) 98.416 97.610 96.904
逆转录抑制效率(%) 96.572 99.251 99.819 99.947 99.976
现对5.8S rRNA逆转录高效特异性的抑制。具体实施方式如下:
NGS 5.8S rRNA probe mix 1 μL
50 μM Random Hexamers 1 μL
10 mM dNTPs mix 1 μL
补DEPC H2O至 13 μL
Murine RNase Inhibitor (40 U/µL, Yeasen, 10603ES05) 2 μL
Hifair® V Reverse Transcriptase (200 U/μL, Yeasen, 11300ES92) 1 μL
总体积 20 μL
响很小。当探针投入量达到4 μM时,5.8S rRNA的逆转录抑制效率能达到99.75%(见表10)。
18S rRNA逆转录抑制效率(%) ‑1.182 3.673 ‑2.831 4.657 ‑4.439
28S rRNA逆转录抑制效率(%) 0.207 6.234 9.243 11.228 5.909
Actb RNA逆转录抑制效率(%) ‑9.445 ‑8.56 ‑29.672 ‑32.300 ‑40.789
Gapdh RNA逆转录抑制效率(%)0.296 2.337 17.242 3.489 0.224
证探针比随机引物优先结合到靶RNA上,实现对18S 或28S rRNA逆转录高效特异性的抑制。
探针序列和引物见表1,定量结果见图10和图11。
能达到99.99%,28S rRNA的逆转录抑制效率能达到99.97%。由于18S rRNA和28S rRNA在总
RNA占比太大,抑制其逆转录后,其他RNA的逆转录效率有轻微升高(见表11和表12)。
18S rRNA逆转录抑制效率(%) 97.794 99.875 99.998 99.999 100.000
28S rRNA逆转录抑制效率(%) 14.561 23.794 20.617 14.862 17.740
Actb RNA逆转录抑制效率(%) ‑44.758 ‑44.233 ‑49.645 ‑56.978 ‑65.675
Gapdh RNA逆转录抑制效率(%)‑59.252 ‑40.370 ‑58.555 ‑70.790 ‑64.341
18S rRNA逆转录抑制效率(%) 2.376 11.182 14.349 11.182 16.748
28S rRNA逆转录抑制效率(%) 96.578 99.763 99.974 99.763 99.998
Actb RNA逆转录抑制效率(%) ‑137.377 ‑153.060 ‑176.446 ‑153.060 ‑183.556
Gapdh RNA逆转录抑制效率(%)‑205.176 ‑211.855 ‑234.900 ‑211.855 ‑216.766
Total RNA 1 μg
4 μM NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix 1 μL
50 μM Random Hexamers 1 μL
10 mM dNTPs mix 1 μL
补DEPC H2O至 13 μL
Murine RNase Inhibitor (40 U/µL, Yeasen, 10603ES05) 2 μL
Hifair® V Reverse Transcriptase (200 U/μL, Yeasen, 11300ES92) 1 μL
总体积 20 μL
18S rRNA逆转录抑制效率(%) 99.712 99.804 99.683 99.843 95.241
28S rRNA逆转录抑制效率(%) 99.943 99.887 99.902 99.917 96.103
Actb RNA逆转录抑制效率(%) ‑189.717 ‑178.332 ‑195.067 ‑178.143 ‑143.205
Gapdh RNA逆转录抑制效率(%)‑212.615 ‑257.106 ‑229.108 ‑245.429 ‑188.01
min,4 °C hold)操作简单,并不降低抑制效率,三条靶RNA的抑制效率都能达到99.8%以上,
是最合适的处理条件(如图12)。
架中,室温静置5 min,小心移除上清。将样品从磁力架上取出,用200 μL Beads Wash
Buffer重悬磁珠,反复吹打混匀。将样品置于磁力架中,室温静置5 min,小心移除上清。重
复洗涤磁珠一次。加入50 μL Tris Buffer重悬磁珠,吹打混匀。80 °C 2 min;25 °C hold。
将样品从PCR仪中取出,加入50 μL Beads Binding Buffer,反复吹打混匀。室温放置5
min。将样品置于磁力架中,室温静置5 min,小心移除上清。用200 μL Beads Wash Buffer
重悬磁珠,吹打混匀,将样品重新放回至磁力架中,室温静置5 min,吸掉全部上清。将样品
从磁力架上取出,用18.5 μL Frag/Prime buffer重悬磁珠,吹打混匀。将样品置于PCR仪
中, 94 °C 5 min,立即放在磁力架上。吸取17 μL 片段化mRNA,加入6 μL Strand
Specificity Reagent和2 μL 1st Strand Enzyme Mix混匀后瞬离。25 °C 10 min, 42 °C
15 min,70 °C 15 min,4 °C hold。取0.5 μL产物稀释100倍后,用Hieff UNICON® qPCR
SYBR Green Master Mix (11200) 对5.8S、18S、28S和Actin cDNA进行定量。
Total RNA 1 μg
Hybridization Buffer 3 μL
Probe Mix(H/M/R) 1 μL
补DEPC H2O至 15 μL
RNase H buffer 3 μL
RNase H 2 μL
总体积 20 μL
上述反应体系 20 μL
DNase I Buffer 27.5 μL
DNase I 2.5 μL
总体积 50 μL
珠和液体,待溶液澄清后(约3 min),小心移除上清。保持PCR管始终置于磁力架中,加入
200 μL Nuclease free H2O新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠,室温孵育 30 sec 后,小心移除
上清。重复漂洗一次。用 10 μL移液器吸干净残留液体。保持 PCR 管始终置于磁力架中,室
温下开盖干燥磁珠(5 10 min)。用18.5 μL Frag/Prime buffer重悬磁珠,吹打混匀,室温
~
静置5 min。将PCR管置于磁力架中分离磁珠和液体,待溶液澄清后(约3 min),吸取17 μL
mRNA于新PCR管中。将样品置于PCR仪中, 94 °C 5 min,立即冰浴5 min。
Frag/Prime buffer和RNA 17 μL
Strand Specificity Reagent 6 μL
1st Strand Enzyme Mix 2 μL
总体积 25 μL
18S、28S和Actin cDNA进行定量。
Total RNA 1 μg
4 μM NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix 1 μL
补Frag/Prime buffer至 17 μL
上述反应体系 17 μL
Strand Specificity Reagent 6 μL
1st Strand Enzyme Mix 2 μL
总体积 25 μL
后,用Hieff UNICON® qPCR SYBR Green Master Mix (11200) 对5.8S、18S、28S和Actin
cDNA进行定量。
超过RNase H切割去除法的去除效率,与polyA富集法的去除效率相当(99.94%),且对其他
非靶RNA的一链合成效率有更大的促进作用(见表22)。
例3中剩下的1st strand cDNA 产物,通过Hieff NGS® MaxUp II Dual‑mode mRNA
Library Prep Kit for Illumina (Yeasen, 12300)进行建库,流程包括:
DEPC H2O 1 μL
2nd Strand Buffer 30 μL
2nd Strand Enzyme Master Mix 5 μL
总体积 60 μL
Ligation Enhancer 30 μL
Quick T4 DNA Ligase 5 μL
DNA Adapter 5 μL
总体积 100 μL
移除上清。保持PCR管始终置于磁力架中,加入 200 μL Nuclease free H2O新鲜配制的80%
乙醇漂洗磁珠,室温孵育 30 sec 后,小心移除上清。重复漂洗一次。用 10 μL移液器吸干
净残留液体。保持 PCR 管始终置于磁力架中,室温下开盖干燥磁珠(5 min)。加入53 μL
ddH2O,吹打至充分混匀,室温静置5 min。将PCR管短暂离心并置于磁力架中静置,待溶液澄
清后(约5 min),小心移取50 μL上清至新PCR管中。
架中静置,待溶液澄清后(约5 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中。
i5 Primer 2.5 μL
i7 Primer 2.5 μL
Adapter Ligated DNA 20 μL
总体积 50 μL
架中静置,待溶液澄清后(约5 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中。用dsDNA HS Assay
Kit for Qubit (Yeasen, 12640)对文库进行定量,并利用Illumina的NovaSeq 6000平台
进行文库测序。rRNA去除效果见图15。
碍探针法能够高效的去除建库过程中的靶RNA。此外,相关性分析(见图16)结果显示逆转录
阻碍探针法与RNA直接建库具有更好的相关性,这说明逆转录阻碍探针法具有更小的建库
偏好性,更能反映原始RNA的真实信息。同时,在同等测序深度下,逆转录探针法的基因检出
数显著高于其他三种建库方式(见图17),这表明结合逆转录探针法的RNA测序技术获得的
信息更加完整、全面。
不同比例 NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix 1 μL
补Frag/Prime buffer至 17 μL
条件2 4 μM 4 μM 4 μM
条件3 1 μM 2 μM 4 μM
条件4 0.5 μM 1 μM 2 μM
条件5 0.2 μM 1 μM 2 μM
条件6 0.2 μM 1 μM 1 μM
条件7 0.1 μM 0.5 μM 1 μM
条件8 0.05 μM 0.5 μM 1 μM
条件9 0.05 μM 0.25 μM 0.5 μM
上述反应体系 17 μL
Strand Specificity Reagent 6 μL
1st Strand Enzyme Mix 2 μL
总体积 25 μL
施例9进行。
18S reads残留率(%) 0.079 0.189 0.173 0.211 0.209 0.223 1.148 1.329 5.89
28S reads残留率(%) 0.057 0.312 0.331 0.403 0.384 1.412 1.826 1.899 9.23
uM,每条18S NGS rRNA探针掺入浓度应为1‑8 uM,每条28S NGS rRNA探针掺入浓度应为2‑8
uM,在这个探针投入浓度范围可以使得RNA NGS测序数据中每条rRNA的残留测序数据均不
超过总数据的1%,符合常规RNA测序中对rRNA的去除效率要求。出于节省的原则,我们下游
实施例中使用的NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix每条5.8S NGS rRNA探针掺入浓度为
0.1 uM,每条18S NGS rRNA探针掺入浓度为1 uM,每条28S NGS rRNA探针掺入浓度为2 uM。
NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix 见表35
补Frag/Prime buffer至 17 μL
2 1000 0.1 10
3 100 0.2 13
4 100 0.1 13
5 100 0.01 13
6 10 0.1 16
7 10 0.01 16
8 1 0.01 20
9 0.1 0.01 24
10 0.01 0.01 28
上述反应体系 17 μL
Strand Specificity Reagent 6 μL
1st Strand Enzyme Mix 2 μL
总体积 25 μL
施例9进行,PCR扩增循环数见表35。
18S reads残留率(%) 0.135 3.269 0.109 0.163 11.837 0.083 0.259 0.201 0.327 1.636
28S reads残留率(%) 0.241 8.893 0.114 0.419 8.569 0.102 0.726 0.540 0.861 2.457
基因检出数 31647 27895 24867 25309 21095 18921 18714 14193 11087 6265
使用量为1 μl;当RNA投入量为10‑100 ng时,NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe mix的的最佳
使用量为0.1 μl;当RNA投入量为10 pg(单细胞)‑10 ng时,NGS 5.8S/18S/28S rRNA probe
mix的的最佳使用量为0.01 μl。总rRNA的残留率低于1%。从基因检出数上看,逆转录阻碍探
针法比其他传统的rRNA去除法具有更大的优势。
效率高、成本低和基因检出数高等优点,非常适合用于工业自动化建库和疾病快速诊断领
域。任何在逆转录过程中利用逆转录阻碍探针混合物去除靶RNA的方法都应属于本专利的
保护范围。