本申请涉及近交系大鼠SNP标记应用的技术领域，具体公开了一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列。具体地，SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，所述SNP标记包括40个SNP位点；以及用于合成上述SNP位点的引物序列。本申请能够同时对BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种近交系大鼠进行品系鉴定。
SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和、或近交系大鼠品系鉴
定中的应用、引物序列
技术领域
[0001] 本申请涉及大鼠SNP标记应用的技术领域，具体地涉及一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列。
背景技术
[0002] 实验动物(laboratory animal)是指经人工饲育且对其携带的微生物实行控制、遗传背景明确或者来源清楚、用于科学研究、教学、生产、检定以及其他科学实验的动物。常见的实验动物有实验大鼠和实验小鼠。近年来，许多科研工作者已经对小鼠基因组进行基因操作并不断将技术加以改进，到目前为止，全球实验小鼠的品系有超过24000种，包括有数千种封闭群、近交系、重组同类系、重组近交系和突变系等品系。相比较而言，大规模转基因大鼠品系的开发一直落后于小鼠。
[0003] 在实验动物急剧增加的同时，也伴随着研究人员对实验动物遗传质量检测重视程度的提升。只有明确了背景鼠的遗传情况，才能保证后续科学研究的合理性和准确性。目前，实验动物遗传质量检测的方法主要包括毛色基因检测法、生化标记基因检测法、免疫标记基因检测法、下颌骨形态测量分析法以及分子标记检测法等。因上述方法各自的局限以及操作的繁琐等不足，这些遗传质量检测的方法以逐渐被分子方法所取代。
[0004] 分子方法包括简单序列长度多态性(SSLP)基因分型法和单核苷酸多态性(SNP)基因分型法。与上述遗传质量检测的传统方法相比，采用分子方法来进行遗传质量检测具有如下优势：(1)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均可使用来自尾部或耳朵组织样本的DNA进行检测，故无需对实验动物实施安乐死。(2)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均为基于PCR扩增的检测方式，故对检测实验室没有苛刻的要求，任何能够执行常规PCR工作的实验室均可轻松实现对实验动物的遗传质量检测。(3)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均具有较高的灵敏和较好的可重复性，且成本较低。然而，SNP基因分型法比SSLP基因分型法具有更丰富的遗传变异标记，且SNP基因分型法已被证明是一种更快、更有效且更便宜的基因分型法。
[0005] 基于上述，需要建立一组适合的SNP位点对大鼠遗传质量进行检测。
发明内容
[0006] 本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列，本申请能够利用上述SNP标记对近交系大鼠进行遗传质量检测，并能够同时鉴定出BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种常见的近交系大鼠品系。
[0007] 第一方面，本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，采用如下的技术方案：
[0008] 一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，所述SNP标记包括40个SNP位点，分别为：SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；
[0009] 进一步地，所述SNP1位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第242位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；
[0010] 所述SNP2位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0011] 所述SNP3位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第73位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；
[0012] 所述SNP4位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第315位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0013] 所述SNP5位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0014] 所述SNP6位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第127位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0015] 所述SNP7位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0016] 所述SNP8位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；
[0017] 所述SNP9位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第84位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0018] 所述SNP10位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第216位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；
[0019] 所述SNP11位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第400位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0020] 所述SNP12位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0021] 所述SNP13位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第264位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0022] 所述SNP14位于SEQ ID NO：14所示的核苷酸序列的第181位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0023] 所述SNP15位于SEQ ID NO：15所示的核苷酸序列的第424位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0024] 所述SNP16位于SEQ ID NO：16所示的核苷酸序列的第380位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0025] 所述SNP17位于SEQ ID NO：17所示的核苷酸序列的第301位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0026] 所述SNP18位于SEQ ID NO：18所示的核苷酸序列的第125位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0027] 所述SNP19位于SEQ ID NO：19所示的核苷酸序列的第161位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0028] 所述SNP20位于SEQ ID NO：20所示的核苷酸序列的第473位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0029] 所述SNP21位于SEQ ID NO：21所示的核苷酸序列的第476位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0030] 所述SNP22位于SEQ ID NO：22所示的核苷酸序列的第148位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0031] 所述SNP23位于SEQ ID NO：23所示的核苷酸序列的第113位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0032] 所述SNP24位于SEQ ID NO：24所示的核苷酸序列的第112位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0033] 所述SNP25位于SEQ ID NO：25所示的核苷酸序列的第124位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；
[0034] 所述SNP26位于SEQ ID NO：26所示的核苷酸序列的第92位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0035] 所述SNP27位于SEQ ID NO：27所示的核苷酸序列的第419位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0036] 所述SNP28位于SEQ ID NO：28所示的核苷酸序列的108位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0037] 所述SNP29位于SEQ ID NO：29所示的核苷酸序列的第246位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0038] 所述SNP30位于SEQ ID NO：30所示的核苷酸序列的第129位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0039] 所述SNP31位于SEQ ID NO：31所示的核苷酸序列的第138位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0040] 所述SNP32位于SEQ ID NO：32所示的核苷酸序列的第121位，此处核苷酸分子的碱基为T或A；
[0041] 所述SNP33位于SEQ ID NO：33所示的核苷酸序列的第271位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0042] 所述SNP34位于SEQ ID NO：34所示的核苷酸序列的第361位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0043] 所述SNP35位于SEQ ID NO：35所示的核苷酸序列的第159位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0044] 所述SNP36位于SEQ ID NO：36所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0045] 所述SNP37位于SEQ ID NO：37所示的核苷酸序列的第459位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0046] 所述SNP38位于SEQ ID NO：38所示的核苷酸序列的第122位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0047] 所述SNP39位于SEQ ID NO：39所示的核苷酸序列的第398位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；
[0048] 所述SNP40位于SEQ ID NO：40所示的核苷酸序列的第306位，此处核苷酸分子的碱基为T或C。
[0049] 利用本申请提供的40个SNP位点可以对近交系大鼠进行遗传质量检测。本申请选择40个SNP位点组成SNP标记，该40个SNP位点分别位于大鼠20条常染色体染色体和X染色体上，每条染色体上分别有至少一个SNP位点，使结果更可靠。SNP位点应满足品系内个体间呈单态、品系间呈多态。
[0050] 利用本申请提供的SNP位点进行近交系大鼠遗传质量检测时，当已知大鼠品系内所有遗传检测个体混合样本的SNP位点基因分型均为单态/纯合子时，该群体判为遗传质量合格；当1个及以上位点出现基因型不一致或为多态/杂合子时，该群体判为遗传质量不合格。
[0051] 第二方面，本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠品系鉴定中的应用，采用如下技术方案：
[0052] 一种SNP标记在近交系大鼠品系鉴定中的应用，所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY。
[0053] 当大鼠样本的品系类型已知时，
[0054] 所述大鼠品系为BN时，所述SNP位点选自SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；
[0055] 所述大鼠品系为F344时，所述SNP位点选自SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点；
[0056] 所述大鼠品系为GK时，所述SNP位点选自SNP4、SNP19中的至少一个位点；
[0057] 所述大鼠品系为LEW时，所述SNP位点选自SNP10、SNP28中的至少一个位点；
[0058] 所述大鼠品系为SHR时，所述SNP位点选自SNP13；
[0059] 所述大鼠品系为WKY时，所述SNP位点包括SNP2位点与SNP10、SNP28中的至少一个位点的组合；或SNP3位点与SNP13的组合；或SNP31位点与SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点的组合；或SNP33与SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点的组合；或SNP34与SNP4、SNP19中的至少一个位点的组合；
[0060] 当大鼠样本的品系类型未知时，所述SNP标记包括6个SNP位点，分别为：
[0061] SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；
[0062] 和SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点，
[0063] 和SNP4、SNP19的至少一个位点，
[0064] 和SNP10、SNP28中的至少一个位点，
[0065] 和SNP13位点，
[0066] 和SNP2、SNP3、SNP31、SNP33、SNP34中的至少一个位点。
[0067] 通过利用上述SNP位点，可以对多种近交系大鼠品系进行鉴定，尤其是可以鉴定BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种常见的近交系大鼠品系，检测结果准确。同时节省了鉴定花费的时间，提高了大鼠品系的检测效率，扩大了利用SNP位点进行近交系大鼠品系鉴定的应用范围。
[0068] 本申请提供的SNP位点还需要满足以下条件：
[0069] (1)可鉴定大鼠品系BN：至少有一个用于直接鉴定的单位点。
[0070] (2)可鉴定大鼠品系F344：至少有一个用于直接鉴定的单位点。
[0071] (3)可鉴定大鼠品系GK：至少有一个用于直接鉴定的单位点。
[0072] (4)可鉴定大鼠品系LEW：至少有一个用于直接鉴定的单位点。
[0073] (5)可鉴定大鼠品系SHR：至少有一个用于直接鉴定的单位点。
[0074] (6)可鉴定大鼠品系WKY：至少有一个用于鉴定的双位点组合。
[0075] 利用本申请提供的SNP位点对已知近交系大鼠品系进行鉴定。对BN、F344、GK、LEW、SHR 5种近交系大鼠品系的鉴定，仅需一个SNP位点即可完成。对WKY大鼠品系的鉴定，仅需要两个SNP位点即可完成。
[0076] 利用本申请提供的SNP位点对大鼠品系BN进行鉴定。
[0077] 在一个具体的实施方式中，鉴定BN大鼠时，SNP21、SNP36、SNP38、SNP39 4个SNP位点中，BN大鼠的碱基与其他品系大鼠的碱基均不相同。因此，在上述4个SNP位点中任意选择至少一个SNP位点即可对BN大鼠进行鉴定。
[0078] 在一个具体的实施方式中，鉴定BN大鼠时，选择SNP21位点即可对大鼠品系BN进行鉴定。
[0079] 在一个具体的实施方式中，鉴定BN大鼠时，选择SNP36位点即可对大鼠品系BN进行鉴定。
[0080] 在一个具体的实施方式中，鉴定BN大鼠时，选择SNP38位点即可对大鼠品系BN进行鉴定。
[0081] 在一个具体的实施方式中，鉴定BN大鼠时，选择SNP99位点即可对大鼠品系BN进行鉴定。
[0082] 利用本申请提供的SNP位点对F344大鼠进行鉴定。
[0083] 在一个具体的实施方式中，鉴定F344大鼠时，SNP1、SNP15、SNP18 3个SNP位点中，F344大鼠的碱基与其他品系大鼠的碱基均不相同。因此，在上述3个SNP位点中任意选择至少一个SNP位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0084] 在一个具体的实施方式中，鉴定F344大鼠时，选择SNP1位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0085] 在一个具体的实施方式中，鉴定F344大鼠时，选择SNP15位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0086] 在一个具体的实施方式中，鉴定F344大鼠时，选择SNP18位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0087] 利用本申请提供的SNP位点对GK大鼠进行鉴定。
[0088] 在一个具体的实施方式中，鉴定大鼠品系GK时，SNP4、SNP19 2个SNP位点中，GK大鼠的碱基与其他品系大鼠的碱基均不相同。因此，在上述3个SNP位点中任意选择至少一个SNP位点即可对GK大鼠进行鉴定。
[0089] 在一个具体的实施方式中，鉴定GK大鼠时，选择SNP4位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0090] 在一个具体的实施方式中，鉴定GK大鼠时，选择SNP19位点即可对F344大鼠进行鉴定。
[0091] 利用本申请提供的SNP位点对LEW大鼠进行鉴定。
[0092] 在一个具体的实施方式中，鉴定LEW大鼠时，SNP10、SNP28 2个SNP位点中，LEW大鼠的碱基与其他品系大鼠的碱基均不相同。因此，在上述2个SNP位点中任意选择至少一个SNP位点即可对LEW大鼠进行鉴定。
[0093] 在一个具体的实施方式中，鉴定LEW大鼠时，选择SNP10位点即可对LEW大鼠进行鉴定。
[0094] 在一个具体的实施方式中，鉴定LEW大鼠时，选择SNP28位点即可对LEW大鼠进行鉴定。
[0095] 利用本申请提供的SNP位点对SHR大鼠进行鉴定。
[0096] 在一个具体的实施方式中，鉴定SHR大鼠时，SNP13位点中，SHR大鼠的碱基与其他品系大鼠的碱基不相同。因此，在上述SNP位点即可对LEW大鼠进行鉴定。
[0097] 在一个具体的实施方式中，鉴定LEW大鼠时，选择SNP13位点即可对LEW大鼠进行鉴定。
[0098] 利用本申请提供的SNP位点对WKY大鼠进行鉴定。
[0099] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，SNP33位点组合鉴定BN大鼠的4个SNP位点中的任意一个，或SNP31位点组合鉴定F344大鼠的3个SNP位点中的任意一个，或SNP34位点组合鉴定GK大鼠的2个SNP位点中的任意一个，或SNP2位点组合鉴定LEW大鼠的2个SNP位点中的任意一个，或SNP3位点组合鉴定SHR大鼠的1个SNP位点，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0100] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP33位点时，WKY大鼠和BN大鼠的碱基与其他品系大鼠均不相同。因此，利用SNP14与鉴定BN大鼠的4个SNP位点中的任意一个进行组合，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0101] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP33、SNP21位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0102] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP33、SNP36位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0103] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP33、SNP38位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0104] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP33、SNP39位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0105] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP31位点时，WKY大鼠和F344大鼠的碱基与其他品系大鼠均不相同。因此，利用SNP31与鉴定F344大鼠的4个SNP位点中的任意一个进行组合，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0106] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP31、SNP1位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0107] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP31、SNP15位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0108] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP31、SNP18位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0109] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP34位点时，WKY大鼠和GK大鼠的碱基与其他品系大鼠均不相同。因此，利用SNP34与鉴定F344大鼠的2个SNP位点中的任意一个进行组合，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0110] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP34、SNP4位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0111] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP34、SNP19位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0112] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP2位点时，WKY大鼠和LEW大鼠的碱基与其他品系大鼠均不相同。因此，利用SNP2与鉴定F344大鼠的2个SNP位点中的任意一个进行组合，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0113] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP2、SNP10位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0114] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP2、SNP28位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0115] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP3位点时，WKY大鼠和SHR大鼠的碱基与其他品系大鼠均不相同。因此，利用SNP3与鉴定SHR大鼠的1个SNP位点进行组合，即可对WKY大鼠进行鉴定。
[0116] 在一个具体的实施方式中，鉴定WKY大鼠时，选择SNP3、SNP13位点即可对大鼠品系WKY进行鉴定。
[0117] 利用本申请提供的SNP位点对未知品系大鼠进行鉴定。
[0118] 可用于鉴定BN大鼠的SNP位点包括：SNP21、SNP36、SNP38、SNP39 4个SNP位点。
[0119] 可用于鉴定F344大鼠的SNP位点包括：SNP1、SNP15、SNP18 3个SNP位点。
[0120] 可用于鉴定GK大鼠的SNP位点包括：SNP4、SNP19 2个SNP位点。
[0121] 可用于鉴定LEW大鼠的SNP位点包括：SNP10、SNP28 2个SNP位点。
[0122] 可用于鉴定SHR大鼠的SNP位点包括：SNP13 1个SNP位点。
[0123] 可用于鉴定WKY大鼠的SNP位点包括：SNP2、SNP3、SNP31、SNP33、SNP34 5个SNP位点。
[0124] 在一个具体的实施方式中，从可用于鉴定上述大鼠品系的SNP位点中至少选择一个位点来对未知大鼠品系样本进行鉴定。即对未知大鼠品系样品鉴定时，选择的SNP位点不少于6个。
[0125] 另外，可根据实际情况进行其他组合或增加位点数。
[0126] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，使用6个SNP位点，即可完成对BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种大鼠品系中任意一种品系的鉴定。
[0127] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0128] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP36、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0129] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP38、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0130] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP39、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0131] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP15、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0132] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP18、SNP4、SNP10、SNP13、SNP2。
[0133] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP19、SNP10、SNP13、SNP2。
[0134] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP28、SNP13、SNP2。
[0135] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP3。
[0136] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP31。
[0137] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP33。
[0138] 在一个具体的实施方式中，对未知大鼠品系的鉴定，选择的6个SNP位点为：SNP21、SNP1、SNP4、SNP10、SNP13、SNP34。
[0139] 除此之外，在特定情况下还可用于品系间的区分。
[0140] 第三方面，本申请提供一种SNP标记在制备试剂盒或检测方法中的应用，采用如下技术方案：
[0141] 一种SNP标记在制备试剂盒或检测方法中的应用，所述试剂盒或检测方法用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定；所述SNP标记包括40个SNP位点，分别为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR、WKY。
[0142] 通过采用上述方案，可利用上述SNP标记制备成用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定的试剂盒或利用上述SNP标记进行近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定。
[0143] 第四方面，本申请还提供一种引物序列，采用如下技术方案：
[0144] 一种引物序列，所述引物序列用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定；所述引物序列选自引物序列SNP1、引物序列SNP2、引物序列SNP3、引物序列SNP4、引物序列SNP5、引物序列SNP6、引物序列SNP7、引物序列SNP8、引物序列SNP9、引物序列SNP10、引物序列SNP11、引物序列SNP12、引物序列SNP13、引物序列SNP14、引物序列SNP15、引物序列SNP16、引物序列SNP17、引物序列SNP18、引物序列SNP19、引物序列SNP20、引物序列SNP21、引物序列SNP22、引物序列SNP23、引物序列SNP24、引物序列SNP25、引物序列SNP26、引物序列SNP27、引物序列SNP28、引物序列SNP29、引物序列SNP30、引物序列SNP31、引物序列SNP32、引物序列SNP33、引物序列SNP34、引物序列SNP35、引物序列SNP36、引物序列SNP37、引物序列SNP38、引物序列SNP39、引物序列SNP40；所述大鼠品系为选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY。
[0145] 优选的，所述引物序列SNP1中，引物序列SNP1‑F为5'‑CATGCCTGGAAAAAGGCTGT‑3'，引物序列SNP1‑R为5'‑CCCCAAGTGATCGAGAGGAC‑3'；
[0146] 和/或，所述引物序列SNP2中，引物序列SNP2‑F为5’‑ACAAAAAGTCGCACCTCGGA‑3’，引物序列SNP2‑R为5’‑TGGAGCGACACTGACTAGGA‑3’；
[0147] 和/或，所述引物序列SNP3中，引物序列SNP3‑F为5'‑TAAGACTGACCTTGGCGTGC‑3'，引物序列SNP3‑R为5'‑GACCTCCTCTGGCTGACAAC‑3'；
[0148] 和/或，所述引物序列SNP4中，引物序列SNP4‑F为5’‑ACAGTCAGCATGTAAGCCCC‑3’，引物序列SNP4‑R为5’‑AGCTATCCAACAGAAACCCCT‑3’；
[0149] 和/或，所述引物序列SNP5中，引物序列SNP5‑F为5'‑AAGCGGGCATGCTATCACTT‑3'，引物序列SNP5‑R为5'‑AGTAAATCACCACAGCGGCA‑3'；
[0150] 和/或，所述引物序列SNP6中，引物序列SNP6‑F为5'‑TTAAGGCGACTCCTGTCTGC‑3'，引物序列SNP6‑R为5'‑CACCATTTGGCAAGGCACAG‑3'；
[0151] 和/或，所述引物序列SNP7中，引物序列SNP7‑F为5'‑TGCATTAGTCACCTCGTCCC‑3'，引物序列SNP7‑R为5'‑AAGACACGATGCACACCACT‑3'；
[0152] 和/或，所述引物序列SNP8中，引物序列SNP8‑F为5’‑GCTGCTAAAGTGAGAAGACGC‑3’，引物序列SNP8‑R为5’‑TTTGATGGGTGGCAGAGACC‑3’；
[0153] 和/或，所述引物序列SNP9中，引物序列SNP9‑F为5'‑AGTCATGGGGTGGCCCTAA‑3'，引物序列SNP9‑R为5'‑ACCACAGCAGCTTGCTTAGAA‑3'；
[0154] 和/或，所述引物序列SNP10中，引物序列SNP10‑F为5'‑CACCCAGAGAGAGTGCCAAT‑3'，引物序列SNP10‑R为5'‑GGTTAGGTTGCCAACACCCA‑3'；
[0155] 和/或，所述引物序列SNP11中，引物序列SNP11‑F为5'‑CACCTGACTGAGTTGCCAGA‑3'，引物序列SNP11‑R为5'‑CTAGAGACGTGCAAGCAGCA‑3'；
[0156] 和/或，所述引物序列SNP12中，引物序列SNP12‑F为5'‑CAGCTTGGTTGGAGGGAACC‑3'，引物序列SNP12‑R为5'‑GCCCACAGATAGCCCATGTC‑3'；
[0157] 和/或，所述引物序列SNP13中，引物序列SNP13‑F为5’‑ACAGGCAATGGGGTTGTTCT‑3’，引物序列SNP13‑R为5’‑TAGTGTGGGGGACGGATCTT‑3’；
[0158] 和/或，所述引物序列SNP14中，引物序列SNP14‑F为5’‑GACCAAGCAGGGCACTATGT‑3’，引物序列SNP14‑R为5’‑GAGTGCCTGTCCCCCTAAAG‑3’；
[0159] 和/或，所述引物序列SNP15中，引物序列SNP15‑F为5'‑TTGTAAGGCCAACGTCCGAA‑3'，引物序列SNP15‑R为5'‑CTTGCCAAAAGTGCGTGGAT‑3'；
[0160] 和/或，所述引物序列SNP16中，引物序列SNP16‑F为5’‑GCGGGTTGACCATAAACACA‑3’，引物序列SNP16‑R为5’‑GGGGGTTAATCTGGCTTCACA‑3’；
[0161] 和/或，所述引物序列SNP17中，引物序列SNP17‑F为5’‑GTGTAAGGACTGGCGAGCAT‑3’，引物序列SNP17‑R为5’‑AGGAAGGCTGGGGTAGGTAT‑3’；
[0162] 和/或，所述引物序列SNP18中，引物序列SNP18‑F为5'‑CATGGTGACTCTGGACGCTT‑3'，引物序列SNP18‑R为5'‑CCTGCTAGCTGTGGTGACAA‑3'；
[0163] 和/或，所述引物序列SNP19中，引物序列SNP19‑F为5'‑GGAGGCTGGTGCAGATAACA‑3'，引物序列SNP19‑R为5'‑GCCAGTGGCTCATCCTTTGA‑3'；
[0164] 和/或，所述引物序列SNP20中，引物序列SNP20‑F为5'‑CGTTGAGTGGAAGGCTCCAT‑3'，引物序列SNP20‑R为5'‑TTCCCACCACGAGGACAATG‑3'；
[0165] 和/或，所述引物序列SNP21中，引物序列SNP21‑F为5’‑ACTCAATGGTGTGTGGCTTCA‑3’，引物序列SNP21‑R为5’‑TGTGCCTGTTGTTTTGCACAT‑3’；
[0166] 和/或，所述引物序列SNP22中，引物序列SNP22‑F为5’‑ACGCTCTGCCTCAGAAGAAC‑3’，引物序列SNP22‑R为5’‑GGACTTACACTGAGTCGGGC‑3’；
[0167] 和/或，所述引物序列SNP23中，引物序列SNP23‑F为5'‑CGGCCTCTGGATTACAGACC‑3'，引物序列SNP23‑R为5'‑AACATCCACTCTCCCTCCGT‑3'；
[0168] 和/或，所述引物序列SNP24中，引物序列SNP24‑F为5'‑TTTGACCTCGCAGATCCTGG‑3'，引物序列SNP24‑R为5'‑TACCATGGAGGGTAGGAGCG‑3'；
[0169] 和/或，所述引物序列SNP25中，引物序列SNP25‑F为5'‑GGGCCTCAGTGGCTAGAAAG‑3'，引物序列SNP25‑R为5'‑GGCCGGATGTGTCTGTTCTT‑3'；
[0170] 和/或，所述引物序列SNP26中，引物序列SNP26‑F为5’‑CACATGCGCAGAGAACATGG‑3’，引物序列SNP26‑R为5’‑GAAGCTGGGCAATCCAAACG‑3’；
[0171] 和/或，所述引物序列SNP27中，引物序列SNP27‑F为5'‑GACGAAAGGGCTGGACCAAT‑3'，引物序列SNP27‑R为5'‑GCCTCGGATGCTGGTTACAT‑3'；
[0172] 和/或，所述引物序列SNP28中，引物序列SNP28‑F为5’‑GGCTTGGTTGATGGGACTCA‑3’，引物序列SNP28‑R为5’‑TGTGTGCACCTCGGTGATAG‑3’；
[0173] 和/或，所述引物序列SNP29中，引物序列SNP29‑F为5'‑GCAGATTGGGTTGTTAGCCC‑3'，引物序列SNP29‑R为5'‑TGCCAGTGGGACTCTTCTTG‑3'；
[0174] 和/或，所述引物序列SNP30中，引物序列SNP30‑F为5'‑CCCTTGGCAAATGTGATGCC‑3'，引物序列SNP30‑R为5'‑GTTCAGTTTGGGGCCTGGAT‑3'；
[0175] 和/或，所述引物序列SNP31中，引物序列SNP31‑F为5’‑AACGCCATTTCTCAGGAGGG‑3’，引物序列SNP31‑R为5’‑GACCCCAGCTGTGGATTGAA‑3’；
[0176] 和/或，所述引物序列SNP32中，引物序列SNP32‑F为5'‑CAGCCTTACCACTGGAGGTG‑3'，引物序列SNP32‑R为5'‑TTGAGGGCACTGTCATCCAC‑3'；
[0177] 和/或，所述引物序列SNP33中，引物序列SNP33‑F为5'‑TCCCCTTGAACTTTCTCCAGC‑3'，引物序列SNP33‑R为5'‑CAGTATGCGTCTGGCCTTGT‑3'；
[0178] 和/或，所述引物序列SNP34中，引物序列SNP34‑F为5’‑TGGGACATGATGCTTGGACA‑3’，引物序列SNP34‑R为5’‑TGTGAGCTGAGCCAACACTT‑3’；
[0179] 和/或，所述引物序列SNP35中，引物序列SNP35‑F为5’‑GCCTTAGCTGGATTGGCTGT‑3’，引物序列SNP35‑R为5’‑GGTGCGATGTCCTTGAATGT‑3’；
[0180] 和/或，所述引物序列SNP36中，引物序列SNP36‑F为5’‑CCACTGTCTCAGCTTGGGAG‑3’，引物序列SNP36‑R为5’‑AAGAGATGCGGCAACGGTAA‑3’；
[0181] 和/或，所述引物序列SNP37中，引物序列SNP37‑F为5'‑TCCACTAGATCCCATGCCCA‑3'，引物序列SNP37‑R为5'‑TGCATCTCTCCTCCACCGTA‑3'；
[0182] 和/或，所述引物序列SNP38中，引物序列SNP38‑F为5’‑AGACGCACACACTCTACTGC‑3’，引物序列SNP38‑R为5’‑GGTCTTACAACCTGCGGGAA‑3’；
[0183] 和/或，所述引物序列SNP39中，引物序列SNP39‑F为5’‑TTTACGGAAGCCGTGTCCTC‑3’，引物序列SNP39‑R为5’‑AGGGAGATGTGGTGATCGGA‑3’；
[0184] 和/或，所述引物序列SNP40中，引物序列SNP40‑F为5’‑CAGGAGGCAATGGGAAAAAGC‑3’，引物序列SNP40‑R为5’‑CTGCAAGTTTGGTGATCCGTG‑3’。
[0185] 本申请还提供了上述40对引物序列，分别用于扩增上述SNP位点对应的序列。
[0186] 第五方面，本申请提供上述引物序列在制备试剂盒或检测方法中的应用，该试剂盒或检测方法用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定。
[0187] 第六方面，本申请提供利用上述引物序列扩增获得的DNA序列，上述DNA序列选自SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：40。
[0188] 利用引物序列SNP1扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：1所示。
[0189] 利用引物序列SNP2扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：2所示。
[0190] 利用引物序列SNP3扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：3所示。
[0191] 利用引物序列SNP4扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：4所示。
[0192] 利用引物序列SNP5扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：5所示。
[0193] 利用引物序列SNP6扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：6所示。
[0194] 利用引物序列SNP7扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：7所示。
[0195] 利用引物序列SNP8扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：8所示。
[0196] 利用引物序列SNP9扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：9所示。
[0197] 利用引物序列SNP10扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：10所示。
[0198] 利用引物序列SNP11扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：11所示。
[0199] 利用引物序列SNP12扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：12所示。
[0200] 利用引物序列SNP13扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：13所示。
[0201] 利用引物序列SNP14扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：14所示。
[0202] 利用引物序列SNP15扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：15所示。
[0203] 利用引物序列SNP16扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：16所示。
[0204] 利用引物序列SNP17扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：17所示。
[0205] 利用引物序列SNP18扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：18所示。
[0206] 利用引物序列SNP19扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：19所示。
[0207] 利用引物序列SNP20扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：20所示。
[0208] 利用引物序列SNP21扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：21所示。
[0209] 利用引物序列SNP22扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：22所示。
[0210] 利用引物序列SNP23扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：23所示。
[0211] 利用引物序列SNP24扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：24所示。
[0212] 利用引物序列SNP25扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：25所示。
[0213] 利用引物序列SNP26扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：26所示。
[0214] 利用引物序列SNP27扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：27所示。
[0215] 利用引物序列SNP28扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：28所示。
[0216] 利用引物序列SNP29扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：29所示。
[0217] 利用引物序列SNP30扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：30所示。
[0218] 利用引物序列SNP31扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：31所示。
[0219] 利用引物序列SNP32扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：32所示。
[0220] 利用引物序列SNP33扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：33所示。
[0221] 利用引物序列SNP34扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：34所示。
[0222] 利用引物序列SNP35扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：35所示。
[0223] 利用引物序列SNP36扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：36所示。
[0224] 利用引物序列SNP37扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：37所示。
[0225] 利用引物序列SNP38扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：38所示。
[0226] 利用引物序列SNP39扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：39所示。
[0227] 利用引物序列SNP40扩增获得的DNA序列如SEQ ID NO：40所示。
[0228] 第七方面，本申请提供如上述DNA序列在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用。
[0229] 综上所述，本申请具有以下有益效果：
[0230] 1.本申请通过利用上述40个SNP位点，用于近交系大鼠遗传质量检测，检测结果准确，提高了近交系大鼠遗传质量的检测效率。
[0231] 2.本申请提供的SNP位点组合操作简单，技术难点低，更加简便和直接，对DNA模版质量、技术人员及仪器设备要求较低，普通实验室即可完成。
[0232] 3.利用本申请提供的SNP位点对6种已知大鼠品系的样本进行鉴定。对于BN大鼠、F344大鼠、GK大鼠、LEW大鼠、SHR大鼠的鉴定，仅需一个SNP位点即可完成。对于WKY大鼠的鉴定，需要两个SNP位点即可完成。
[0233] 同时，本申请也提供了多个单位点或多种组合来满足鉴定需求，工作人员可以根据实际情况来进行选择。
[0234] 4.利用本申请提供的SNP位点对未知大鼠品系的样本进行鉴定(为以上6种中的1种)。使用6个SNP位点即可实现对未知大鼠品系的样本的鉴定。
[0235] 同时，本申请也提供了多种组合来满足鉴定需求，工作人员可以根据实际情况来进行选择。
[0236] 5.本申请提供的SNP位点还能够检测近交系大鼠有无发生遗传漂变。
[0237] 7.本申请还提供了分别用于扩增上述SNP位点的40对引物序列，每对引物序列扩增出的序列都含有一个特定的SNP标记。
[0238] 8.本申请筛选出的40个SNP位点和提供的40对引物序列，不但可以用于近交系大鼠的遗传质量检测，还可以用于近交系大鼠的品系鉴定。
具体实施方式
[0239] 本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，该SNP标记包括40个SNP位点，分别为：SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40。
[0240] SNP1位于第1号染色体上。SNP1所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
[0241] SNP1位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第242位，此处核苷酸分子的碱基为A或T。其中，SEQ ID NO：1中第242位的核苷酸分子的碱基为A。
[0242] SNP2位于第1号染色体上。SNP2所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。
[0243] SNP2位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：2中第331位的核苷酸分子的碱基为C。
[0244] SNP3位于第1号染色体上。SNP3所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。
[0245] SNP3位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第73位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；其中，SEQ ID NO：3中第73位的核苷酸分子的碱基为G。
[0246] SNP4位于第2号染色体上。SNP4所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：4所示。
[0247] SNP4位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第315位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：4中第315位的核苷酸分子的碱基为C。
[0248] SNP5位于第2号染色体上。SNP5所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：5所示。
[0249] SNP5位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：5中第184位的核苷酸分子的碱基为T。
[0250] SNP6位于第2号染色体上。SNP6所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：6所示。
[0251] SNP6位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第127位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：6中第127位的核苷酸分子的碱基为A。
[0252] SNP7位于第2号染色体上。SNP7所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示。
[0253] SNP7位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：7中第184位的核苷酸分子的碱基为C。
[0254] SNP8位于第3号染色体上。SNP8所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
[0255] SNP8位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；其中，SEQ ID NO：8中第199位的核苷酸分子的碱基为A。
[0256] SNP9位于第3号染色体上。SNP9所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：9所示。
[0257] SNP9位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第84位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：9中第84位的核苷酸分子的碱基为C。
[0258] SNP10位于第4号染色体上。SNP10所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：10所示。
[0259] SNP10位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第216位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；其中，SEQ ID NO：10中第216位的核苷酸分子的碱基为T。
[0260] SNP11位于第4号染色体上。SNP11所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：11所示。
[0261] SNP11位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第400位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：11中第400位的核苷酸分子的碱基为G。
[0262] SNP12位于第5号染色体上。SNP12所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：12所示。
[0263] SNP12位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：12中第157位的核苷酸分子的碱基为T。
[0264] SNP13位于第5号染色体上。SNP13所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：13所示。
[0265] SNP13位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第264位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：13中第264位的核苷酸分子的碱基为C。
[0266] SNP14位于第6号染色体上。SNP14所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：14所示。
[0267] SNP14位于SEQ ID NO：14所示的核苷酸序列的第181位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：14中第181位的核苷酸分子的碱基为G。
[0268] SNP15位于第6号染色体上。SNP15所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：15所示。
[0269] SNP15位于SEQ ID NO：15所示的核苷酸序列的第424位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：15中第424位的核苷酸分子的碱基为G。
[0270] SNP16位于第7号染色体上。SNP16所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：16所示。
[0271] SNP16位于SEQ ID NO：16所示的核苷酸序列的第380位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：16中第380位的核苷酸分子的碱基为A。
[0272] SNP17位于第7号染色体上。SNP17所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：17所示。
[0273] SNP17位于SEQ ID NO：17所示的核苷酸序列的第301位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：17中第301位的核苷酸分子的碱基为G。
[0274] SNP18位于第8号染色体上。SNP18所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：18所示。
[0275] SNP18位于SEQ ID NO：18所示的核苷酸序列的第125位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：18中第125位的核苷酸分子的碱基为G。
[0276] SNP19位于第8号染色体上。SNP19所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：19所示。
[0277] SNP19位于SEQ ID NO：19所示的核苷酸序列的第161位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：19中第161位的核苷酸分子的碱基为C。
[0278] SNP20位于第8号染色体上。SNP20所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：20所示。
[0279] SNP20位于SEQ ID NO：20所示的核苷酸序列的第473位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：20中第743位的核苷酸分子的碱基为C。
[0280] SNP21位于第9号染色体上。SNP21所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：21所示。
[0281] SNP21位于SEQ ID NO：21所示的核苷酸序列的第476位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：21中第476位的核苷酸分子的碱基为G。
[0282] SNP22位于第9号染色体上。SNP22所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：22所示。
[0283] SNP22位于SEQ ID NO：22所示的核苷酸序列的第148位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：22中第148位的核苷酸分子的碱基为G。
[0284] SNP23位于第10号染色体上。SNP23所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：23所示。
[0285] SNP23位于SEQ ID NO：23所示的核苷酸序列的第113位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：23中第113位的核苷酸分子的碱基为T。
[0286] SNP24位于第10号染色体上。SNP24所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：24所示。
[0287] SNP24位于SEQ ID NO：24所示的核苷酸序列的第112位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：24中第112位的核苷酸分子的碱基为T。
[0288] SNP25位于第10号染色体上。SNP25所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：25所示。
[0289] SNP25位于SEQ ID NO：25所示的核苷酸序列的第124位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；其中，SEQ ID NO：25中第124位的核苷酸分子的碱基为G。
[0290] SNP26位于第11号染色体上。SNP26所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：26所示。
[0291] SNP26位于SEQ ID NO：26所示的核苷酸序列的第92位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：26中第92位的核苷酸分子的碱基为G。
[0292] SNP27位于第11号染色体上。SNP27所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：27所示。
[0293] SNP27位于SEQ ID NO：27所示的核苷酸序列的第419位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：27中第419位的核苷酸分子的碱基为T。
[0294] SNP28位于第12号染色体上。SNP28所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：28所示。
[0295] SNP28位于SEQ ID NO：28所示的核苷酸序列的108位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：28中第108位的核苷酸分子的碱基为A。
[0296] SNP29位于第12号染色体上。SNP29所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：29所示。
[0297] SNP29位于SEQ ID NO：29所示的核苷酸序列的第246位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：29中第246位的核苷酸分子的碱基为A。
[0298] SNP30位于第13号染色体上。SNP30所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：30所示。
[0299] SNP30位于SEQ ID NO：30所示的核苷酸序列的第129位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：30中第413位的核苷酸分子的碱基为A。
[0300] SNP31位于第13号染色体上。SNP31所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：31所示。
[0301] SNP31位于SEQ ID NO：31所示的核苷酸序列的第138位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；其中，SEQ ID NO：31中第138位的核苷酸分子的碱基为G。
[0302] SNP32位于第14号染色体上。SNP32所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：32所示。
[0303] SNP32位于SEQ ID NO：32所示的核苷酸序列的第121位，此处核苷酸分子的碱基为T或A；其中，SEQ ID NO：32中第121位的核苷酸分子的碱基为T。
[0304] SNP33位于第14号染色体上。SNP33所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：33所示。
[0305] SNP33位于SEQ ID NO：33所示的核苷酸序列的第271位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：33中第271位的核苷酸分子的碱基为T。
[0306] SNP34位于第15号染色体上。SNP34所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：34所示。
[0307] SNP34位于SEQ ID NO：34所示的核苷酸序列的第361位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：34中第361位的核苷酸分子的碱基为T。
[0308] SNP35位于第16号染色体上。SNP35所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：35所示。
[0309] SNP35位于SEQ ID NO：35所示的核苷酸序列的第159位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：35中第159位的核苷酸分子的碱基为C。
[0310] SNP36位于第17号染色体上。SNP36所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：36所示。
[0311] SNP36位于SEQ ID NO：36所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；其中，SEQ ID NO：36中第199位的核苷酸分子的碱基为C。
[0312] SNP37位于第18号染色体上。SNP37所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：37所示。
[0313] SNP37位于SEQ ID NO：37所示的核苷酸序列的第459位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；其中，SEQ ID NO：37中第459位的核苷酸分子的碱基为T。
[0314] SNP38位于第19号染色体上。SNP38所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：38所示。
[0315] SNP38位于SEQ ID NO：38所示的核苷酸序列的第122位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；其中，SEQ ID NO：38中第199位的核苷酸分子的碱基为A。
[0316] SNP39位于第20号染色体上。SNP39所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：39所示。
[0317] SNP39位于SEQ ID NO：39所示的核苷酸序列的第398位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；其中，SEQ ID NO：39中第398位的核苷酸分子的碱基为T。
[0318] SNP40位于第X号染色体上。SNP40所在的核苷酸序列如SEQ ID NO：40所示。
[0319] SNP40位于SEQ ID NO：40所示的核苷酸序列的第306位，此处核苷酸分子的碱基为T或C。其中，SEQ ID NO：40中第306位的核苷酸分子的碱基为T。
[0320] 另外，本申请提供了SNP标记在近交系大鼠品系鉴定中的应用，所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR、WKY。
[0321] 当大鼠样本的品系类型已知时，
[0322] 所述大鼠品系为BN时，所述SNP位点选自SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；
[0323] 所述大鼠品系为F344时，所述SNP位点选自SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点；
[0324] 所述大鼠品系为GK时，所述SNP位点选自SNP4、SNP19中的至少一个位点；
[0325] 所述大鼠品系为LEW时，所述SNP位点选自SNP10、SNP28中的至少一个位点；
[0326] 所述大鼠品系为SHR时，所述SNP位点选自SNP13；
[0327] 所述大鼠品系为WKY时，所述SNP位点包括SNP2位点与SNP10、SNP28中的至少一个位点的组合；或SNP3位点与SNP13的组合；或SNP31位点与SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点的组合；或SNP33与SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点的组合；或SNP34与SNP4、SNP19中的至少一个位点的组合。
[0328] 当大鼠样本的品系类型未知时，所述SNP标记包括6个SNP位点，分别为：
[0329] SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；
[0330] 和SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点，
[0331] 和SNP4、SNP19的至少一个位点，
[0332] 和SNP10、SNP28中的至少一个位点，
[0333] 和SNP13位点，
[0334] 和SNP2、SNP3、SNP31、SNP33、SNP34中的至少一个位点。
[0335] 本申请还提供了一种SNP标记在制备试剂盒或检测方法中的应用，上述试剂盒或检测方法用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定。其中，SNP标记包括40个SNP位点，分别为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY。
[0336] 另外，本申请还提供了一种引物序列，该引物序列用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定。其中，引物序列选自引物序列SNP1、引物序列SNP2、引物序列SNP3、引物序列SNP4、引物序列SNP5、引物序列SNP6、引物序列SNP7、引物序列SNP8、引物序列SNP9、引物序列SNP10、引物序列SNP11、引物序列SNP12、引物序列SNP13、引物序列SNP14、引物序列SNP15、引物序列SNP16、引物序列SNP17、引物序列SNP18、引物序列SNP19、引物序列SNP20、引物序列SNP21、引物序列SNP22、引物序列SNP23、引物序列SNP24、引物序列SNP25、引物序列SNP26、引物序列SNP27、引物序列SNP28、引物序列SNP29、引物序列SNP30、引物序列SNP31、引物序列SNP32、引物序列SNP33、引物序列SNP34、引物序列SNP35、引物序列SNP36、引物序列SNP37、引物序列SNP38、引物序列SNP39、引物序列SNP40；所述大鼠品系为选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY。
[0337] 进一步地，本申请还提供了上述引物序列在制备试剂盒或检测方法中的应用，该试剂盒或检测方法用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定。再进一步地，本申请还提供了利用上述引物序列扩增获得的DNA序列以及上述DNA序列在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用。上述DNA序列选自SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：40。
[0338] 近交系大鼠遗传质量检测和/或品系鉴定的方法，具体包括以下步骤：
[0339] 1.基因组DNA的提取
[0340] 基因组DNA的提取方法可以采用酚‑氯仿萃取法或采用基因组DNA提取试剂盒。其中，大鼠样本可以是大鼠组织或鼠尾尖。其中，当大鼠样本是大鼠组织时，取样量可以是0.1g；当大鼠样本是鼠尾尖时，取样量可以是2mm。
[0341] 下面以一种DNA快速提取的方法为例，具体阐述基因组DNA的提取方法。具体包括以下步骤：
[0342] (1)取大鼠样本放入1.5mL无菌离心管中，加入180μL NaOH溶液(浓度为50mmol/L)于95℃水浴锅中恒温加热10min，裂解，释放基因组DNA；
[0343] (2)冷却后继续加入20μL Tris‑HCl(浓度为1mol/L，pH8.0)混匀；
[0344] (3)将离心管置于12000rmp离心1min，离心后取上清液，获得大鼠样本的基因组DNA。置于‑20℃保存，备用。
[0345] 2.聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction，PCR)扩增
[0346] 以步骤1获得的大鼠样本的基因组DNA为模板，利用上述提供的SNP标记中各SNP位点对应的引物序列进行PCR扩增。
[0347] PCR体系：总反应体积为20μL，其中含2×PCR Mix：10μL，上下游引物(100pmol/μL)各1μL，基因组DNA：1μL，纯水(ddH2O)：7μL。
[0348] PCR反应程序为：95℃预变性，5min；95℃变性，30s；退火温度60℃，30s；72℃延伸，30s；30个循环；72℃继续延伸7min；扩增产物4℃保存。
[0349] 3.PCR扩增产物的检测
[0350] 通过1％琼脂糖凝胶电泳以及凝胶成像系统拍照检测PCR扩增产物。加样量为每孔加5μL PCR产物，电泳条件为150V恒压，电泳15min。电泳完成后在紫外线透射下观察结果。
[0351] 4.PCR扩增产物的测序和结果判断
[0352] PCR扩增产物进行Sanger测序。后使用SnapGene软件读取和比对各SNP位点的测序峰图，并进行相应SNP位点碱基的读取。
[0353] 5.至少可在以下3种情况下，鉴定近交系大鼠品系或进行遗传质量检测：
[0354] (1)利用本申请提供的SNP位点对6种已知大鼠品系的大鼠样本进行鉴定。对于BN大鼠、F344大鼠、GK大鼠、LEW大鼠、SHR大鼠的鉴定，仅需一个SNP位点即可鉴定实现。对于WKY大鼠的鉴定，需要两个SNP位点即可鉴定。
[0355] 同时，本申请也提供了多个单位点或多种组合来满足鉴定需求，工作人员可以根据实际情况来进行选择。
[0356] (2)利用本申请提供的SNP位点对未知大鼠品系的样本进行鉴定(为以上6种中的1种)。使用6个SNP位点即可实现对未知大鼠品系的样本的鉴定。
[0357] 同时，本申请也提供了多种组合来满足鉴定需求，工作人员可以根据实际情况来进行选择。
[0358] (3)本申请提供的SNP位点还能够检测近交系大鼠遗传质量或者有无发生遗传漂变。
[0359] 以下结合制备例1‑40、实施例1‑3对本申请作进一步详细说明。
[0360] 制备例
[0361] 制备例1‑40
[0362] 制备例1‑40分别提供了一对引物序列。各制备例的不同之处在于：用于扩增的SNP位点不同。具体如表1所示。
[0363] 引物序列的设计方法，具体包括以下步骤：
[0364] (1)在Ensembl网站(http：//asia.ensembl.org/index.html)查找SNP位点上下游核苷酸序列，并用在线引物设计网站Primer blast(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer‑blast/index.cgi？LINK_LOC＝BlastHome)设计各SNP位点PCR扩增的引物序列，引物序列的设计结果如表1所示。其中，rs(reference snp)编号是基因的某位点上发生的某种突变，人类基因组计划里对这些特征的突变位点进行了编码，即为rs编号。
[0365] (2)引物设计完成后，委托第三方公司(北京天一辉远生物科技有限公司)完成引物的合成。
[0366] 表1制备例1‑40对应的SNP位点以及设计的引物序列
[0367]
[0368]
[0369] 实施例
[0370] 实施例1
[0371] 本实施例将SNP位点用于近交系大鼠遗传质量检测。
[0372] 该实施例的检测对象为4种近交系大鼠，分别为BN大鼠、F344大鼠、SHR大鼠、WKY大鼠，每种类型的大鼠品系选择的大鼠样本数量为20只，共80只大鼠样本。需要检测出80只大鼠样本中40个SNP位点的基因型，从而判断该近交系大鼠群体内的遗传质量。
[0373] 其中，BN大鼠、F344大鼠、SHR大鼠来源于自斯贝福(北京)生物技术有限公司；WKY大鼠来源于北京维通利华实验动物技术有限公司。
[0374] 已知6种大鼠品系(BN大鼠、F344大鼠、SHR大鼠、WKY大鼠、GK大鼠、LEW大鼠)的40个SNP位点的类型如表2所示。
[0375] 表2 6种大鼠品系的40个SNP位点的类型
[0376]
[0377]
[0378] 近交系大鼠遗传质量检测的方法，具体包括以下步骤：1.基因组DNA的快速提取，具体包括以下步骤：
[0379] (1)取2mm鼠尾尖放入1.5mL无菌离心管中，加入180μL NaOH溶液(浓度为50mmol/L)于95℃水浴锅中恒温加热10min，裂解，释放基因组DNA；
[0380] (2)冷却后继续加入20μL Tris‑HCl(浓度为1mol/L，pH8.0)混匀；
[0381] (3)将离心管置于12000rmp离心1min，离心后取上清液，获得大鼠样本的基因组DNA。置于‑20℃保存，备用。
[0382] 2.PCR扩增
[0383] 以步骤1获得的大鼠样本的基因组DNA为模板，利用制备例1‑40提供的40个SNP标记对应的引物序列进行PCR扩增。
[0384] PCR体系：总反应体积为20μL，其中含2×PCR Mix：10μL，上下游引物(100pmol/μL)各1μL，基因组DNA：1μL，纯水(ddH2O)：7μL。
[0385] PCR反应程序为：95℃预变性，5min；95℃变性，30s；退火温度60℃，30s；72℃延伸，30s；30个循环；72℃继续延伸7min；扩增产物4℃保存。
[0386] 3.PCR扩增产物的检测——1％琼脂糖凝胶电泳
[0387] 通过1％琼脂糖凝胶电泳以及凝胶成像系统拍照检测PCR扩增产物。加样量为每孔加5μL PCR产物，电泳条件为150V恒压，电泳15min。电泳完成后在紫外线透射下观察结果。电泳结果中目标条带全部单一明亮。说明获得SNP位点的扩增产物。
[0388] 4.PCR扩增产物的测序和结果判断
[0389] 将步骤3获得的PCR扩增产物进行Sanger测序。后使用SnapGene软件读取和比对SNP位点的测序峰图，并进行相应SNP位点碱基的读取。
[0390] 80只大鼠样本的40个SNP位点的检测结果如表3所示。与表2中已知4种大鼠品系的40个SNP位点的类型对比，获得的检测结果如表4所示。
[0391] 表3实施例1中80只大鼠样本的40个SNP位点的检测结果
[0392]
[0393]
[0394] 表4实施例1中4种大鼠的遗传质量检测结果
[0395]
[0396] 由表3和表4的结果可知，BN大鼠、F344大鼠、SHR大鼠、WKY大鼠4种大鼠品系的20只大鼠样本的40个SNP位点的基因性均为单态/纯合子。由此可以判断，BN大鼠品系、F344大鼠群体、SHR大鼠群体、WKY大鼠群体的遗传质量均合格。
[0397] 实施例2
[0398] 本实施例提供了一种已知大鼠品系的鉴定方法。
[0399] 本实施例与实施例1的不同之处在于：该实施例鉴定对象为3只大鼠样本，且已知大鼠样本1‑3号分别为BN、F344、SHR大鼠，需要鉴定品系信息是否正确。上述大鼠样本均来源于自斯贝福(北京)生物技术有限公司。
[0400] 根据表2中，BN、F344、SHR三种大鼠品系之间SNP位点的对比，可知分别鉴定出SNP1、SNP13和SNP21的基因型，即可判断出大鼠样本的大鼠品系。
[0401] 鉴定近交系大鼠品系的方法与实施例1的不同之处在于：仅针对SNP1、SNP13和SNP21 3个SNP位点的PCR扩增。其他操作均与实施例1提供的方法相同。
[0402] 本实施例中3只大鼠样本的3个SNP位点的检测结果和鉴定结果如表5所示。
[0403] 表5实施例2中3个大鼠样本的3个SNP位点的检测结果及鉴定结果
[0404]
[0405]
[0406] 将表5中3个大鼠样本的3个SNP位点的检测结果与表2中对应SNP位点的类型进行比对可知，SNP1位点只有F344大鼠品系的等位基因为T/T，其余大鼠品系的等位基因均为A/A，故可判断出大鼠样本编号2的大鼠品系为F344。
[0407] SNP13位点只有SHR大鼠品系的等位基因为T/T，其余大鼠品系的等位基因均为C/C，故可判断出大鼠样本编号3的大鼠品系为SHR。
[0408] SNP21位点有BN大鼠品系的等位基因为G/G，其余大鼠品系的等位基因均为A/A，故可判断出大鼠样本编号1的大鼠品系为BN。
[0409] 因此，本实施例中大鼠样本编号1为BN大鼠，大鼠样本编号2为F344大鼠，大鼠样本编号3为SHR大鼠。
[0410] 实施例3
[0411] 本实施例提供了一种鉴定未知大鼠品系的方法。
[0412] 本实施例与实施例2的不同之处在于：该实施例鉴定的大鼠样本有1只，且该大鼠样本的品系未知，但已知该大鼠品系为BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY中的一种，需要鉴定出该大鼠样本的品系。上述大鼠样本来源于北京维通利华实验动物技术有限公司。其他操作均与实施例2相同。
[0413] 根据表2中，BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY六种近交系大鼠品系之间SNP位点的对比，可知鉴定出SNP1、SNP2、SNP4、SNP10、SNP13和SNP21的基因型，即可判断出大鼠样本的品系。故仅进行上述6个SNP位点的PCR扩增。
[0414] 本实施例中1只大鼠样本的6个SNP位点的检测结果和鉴定结果如表6所示。
[0415] 表6实施例3中1只个大鼠样本的6个SNP位点的检测结果及鉴定结果
[0416]
[0417] 将表6中大鼠样本的6个SNP位点的检测结果与表2中对应SNP位点的类型进行比对可知，SNP1位点只有F344大鼠的等位基因为T/T，而上述结果显示该位点的等位基因不是T/T，故可判断该大鼠样本的大鼠品系不是F344。
[0418] SNP4位点只有GK大鼠品系的等位基因是T/T，而上述结果显示该位点的等位基因不是T/T，故可判断该大鼠样本的大鼠品系不是GK。
[0419] SNP10位点只有LEW大鼠品系的等位基因是G/G，而上述结果显示该位点的等位基因不是G/G，故可判断该大鼠样本的大鼠品系不是LEW。
[0420] SNP13位点只有SHR大鼠品系的等位基因是T/T，而上述结果显示该位点的等位基因不是T/T，故可判断该大鼠样本的大鼠品系不是SHR。
[0421] SNP21位点只有BN大鼠品系的等位基因是G/G，而上述结果显示该位点的等位基因不是G/G，故可判断该大鼠样本的大鼠品系不是BN。
[0422] SNP4位点有LEW大鼠和SHR大鼠WKY的等位基因是T/T，而上述结果显示该位点的等位基因是T/T，故在判断该大鼠样本的大鼠品系不是SHR的基础上，可进一步判断出该大鼠样本的大鼠品系是WKY。
[0423] 因此，本实施例中大鼠样本的大鼠品系为WKY。
[0424] 可以理解的是，以上实施方式仅仅是为了说明本发明的原理而采用的示例性实施方式，然而本发明并不局限于此。对于本领域内的普通技术人员而言，在不脱离本发明的精神和实质的情况下，可以做出各种变型和改进，这些变型和改进也视为本发明的保护范围。
