一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒转让专利

申请号 : CN202310044340.3

文献号 : CN116555484B

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相似专利:

发明人 : 曹素梅林冬丰吴智聪谢尚杭叶鑫

申请人 : 中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所)

摘要 :

本发明涉及EBV检测技术领域。本发明提供了一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,所述试剂盒包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品。本发明的试剂盒可以稳定检出10copies的单基因型标本。杂合型样本中,LMP1突变型的低频基因型灵敏度为5%。其他4种EBV高危型的低频基因型灵敏度为1%。样本投入量少,仅需要10copies;低频基因型灵敏度高,最高可检测1%的杂合型高危型;成本低,检测过程简单快速。

权利要求 :

1.一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,其特征在于,包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品;

所述通用引物包括:

BALF2_162215C分型的引物、BALF2_162476C分型的引物、BALF2_163364T分型的引物、RPMS1_155391A分型的引物和LMP1_del分型的引物;

所述BALF2_162215C分型的引物如SEQ ID NO.1 SEQ ID NO.2所示;

~

所述BALF2_162476C分型的引物如SEQ ID NO.3 SEQ ID NO.4所示;

~

所述BALF2_163364T分型的引物如SEQ ID NO.5 SEQ ID NO.6所示;

~

所述RPMS1_155391A分型的引物如SEQ ID NO.7 SEQ ID NO.8所示;

~

所述LMP1_del分型的引物如SEQ ID NO.9 SEQ ID NO.10所示。

~

2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述热启动Taq酶系统的酶为高特异性、具有5’‑3’外切活性的热启动酶。

3.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述荧光探针包括:BALF2_162215C分型的探针、BALF2_162476C分型的探针、BALF2_163364T分型的探针、RPMS1_155391A分型的探针和LMP1_del分型的探针。

4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述BALF2_162215C分型的探针如SEQ ID NO.11所示;

所述BALF2_162476C分型的探针如SEQ ID NO.12所示;

所述BALF2_163364T分型的探针如SEQ ID NO.13所示;

所述RPMS1_155391A分型的探针如SEQ ID NO.14所示;

所述LMP1_del分型的探针如SEQ ID NO.15所示。

5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述NTC为无菌水。

6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述野生型质控品和突变型质控品为含有目标序列的pUC57‑Amp质粒。

7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述野生型质控品中的目标序列为SEQ ID NO.16,所述突变型质控品中的目标序列为SEQ ID NO.17。

8.根据权利要求1 7任意一项所述的试剂盒,其特征在于,所述EBV高危型分型为~BALF2_162215C、BALF2_162476C、BALF2_163364T、RPMS1_155391A和LMP1_del。

说明书 :

一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒

技术领域

[0001] 本发明涉及EBV检测技术领域,尤其涉及一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒。

背景技术

[0002] 鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是起源于鼻咽上皮细胞的恶性肿瘤。鼻咽癌与EBV感染密切相关,大约90%的人在年幼时感染过EBV,鼻咽癌高风险人群的EBV感染率在60%以上,几乎所有的鼻咽癌患者均与EBV感染相关。研究发现,EBV高危亚型与鼻咽癌有强相关性,通过检测EBV高危型分型,有助于鼻咽癌的早期筛查。
[0003] 传统的NGS测序至少需要100copies,低频基因型灵敏度至少15%以上;成本高,检测过程繁琐,并且周期长。因此,急需开发新型检测产品。

发明内容

[0004] 本发明的目的在于提供一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,快速、准确、灵敏的检测EBV高危型分型。
[0005] 为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
[0006] 本发明提供了一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品。
[0007] 作为优选,所述热启动Taq酶系统的酶为高特异性、具有5’‑3’外切活性的热启动酶。
[0008] 作为优选,所述通用引物包括:
[0009] BALF2_162215C分型的引物、BALF2_162476C分型的引物、BALF2_163364T分型的引物、RPMS1_155391A分型的引物和LMP1_del分型的引物中的一种或多种。
[0010] 作为优选,
[0011] 所述BALF2_162215C分型的引物如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.2所示;
[0012] 所述BALF2_162476C分型的引物如SEQ ID NO.3~SEQ ID NO.4所示;
[0013] 所述BALF2_163364T分型的引物如SEQ ID NO.5~SEQ ID NO.6所示;
[0014] 所述RPMS1_155391A分型的引物如SEQ ID NO.7~SEQ ID NO.8所示;
[0015] 所述LMP1_del分型的引物如SEQ ID NO.9~SEQ ID NO.10所示。
[0016] 作为优选,所述荧光探针包括:
[0017] BALF2_162215C分型的探针、BALF2_162476C分型的探针、BALF2_163364T分型的探针、RPMS1_155391A分型的探针和LMP1_del分型的探针中的一种或多种。
[0018] 作为优选,
[0019] 所述BALF2_162215C分型的探针如SEQ ID NO.11所示;
[0020] 所述BALF2_162476C分型的探针如SEQ ID NO.12所示;
[0021] 所述BALF2_163364T分型的探针如SEQ ID NO.13所示;
[0022] 所述RPMS1_155391A分型的探针如SEQ ID NO.14所示;
[0023] 所述LMP1_del分型的探针如SEQ ID NO.15所示。
[0024] 作为优选,所述NTC为无菌水。
[0025] 作为优选,所述野生型质控品和突变型质控品为含有目标序列的pUC57‑Amp质粒。
[0026] 作为优选,所述野生型质控品中的目标序列为SEQ ID NO.16,所述突变型质控品中的目标序列为SEQ ID NO.17。
[0027] 作为优选,所述EBV高危型分型为BALF2_162215C、BALF2_162476C、BALF2_163364T、RPMS1_155391A和LMP1_del。
[0028] 本发明提供了一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,所述试剂盒包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品。本发明的试剂盒可以稳定检出10copies的单基因型标本。杂合型样本中,LMP1突变型的低频基因型灵敏度为5%。其他4种EBV高危型的低频基因型灵敏度为1%。样本投入量少,仅需要10copies;低频基因型灵敏度高,最高可检测1%的杂合型高危型;成本低,检测过程简单快速。

附图说明

[0029] 图1为标本人基因组定量检测结果;
[0030] 图2为EBV DNA定量检测结果;
[0031] 图3为管1的4个WT质控品的阈值线设置图;
[0032] 图4为管1的4个MT质控品的扩增曲线图;
[0033] 图5为管1检测3个突变基因型的阈值线设置图;
[0034] 图6为管1,4个MT质控品各有3条扩增曲线的扩增曲线图;
[0035] 图7为管1B95‑8的检测结果图;
[0036] 图8为管2BALF2_162215C的4个MT质控品的阈值线设置图;
[0037] 图9为管2BALF2_162215C的4个WT质控品的扩增曲线图;
[0038] 图10为管2BALF2_162215C B95‑8的检测结果图;
[0039] 图11为管2LMP1_del的4个WT质控品的阈值线设置图;
[0040] 图12为管2LMP1_del的4个MT质控品的扩增曲线图;
[0041] 图13为管2LMP1_del B95‑8的检测结果图。

具体实施方式

[0042] 本发明提供了一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品。
[0043] 在本发明中,所述热启动Taq酶系统的酶优选为高特异性、具有5’‑3’外切活性的热启动酶。
[0044] 在本发明中,所述通用引物优选包括:
[0045] BALF2_162215C分型的引物、BALF2_162476C分型的引物、BALF2_163364T分型的引物、RPMS1_155391A分型的引物和LMP1_del分型的引物中的一种或多种。
[0046] 在本发明中,
[0047] 所述BALF2_162215C分型的引物为:
[0048] 162215_F:ACAGCATCAGCACCTTGG,
[0049] 162215_R:AGCCCACCTGCGACCTG;
[0050] 所述BALF2_162476C分型的引物为:
[0051] 162476_F:GGGTTGTCATTCTCATAGCACATAC
[0052] 162476_R:GCCAAGAACAACATCACCTACAAG;
[0053] 所述BALF2_163364T分型的引物为:
[0054] 163364_F:AGACTCTCCTTGCCCTGAC;
[0055] 163364_R:CCCTGTTTGCCGACTGTG;
[0056] 所述RPMS1_155391A分型的引物为:
[0057] 155391_F:ACCAGAGGACGCAGGATA;
[0058] 155391_R:CGAGTACGACTGTGAGGTG;
[0059] 所述LMP1_del分型的引物为:
[0060] LMP1_F:GTGGGGGTCGTCATCATCTC;
[0061] LMP1_R:GACGGAAGAGGTTGAAAACAAAGG。
[0062] 在本发明中,荧光通道选择FAM,VIC,ROX,CY5.5任意一种,荧光探针为Taqman普通探针和MGB探针,FAM、VIC、ROX的淬灭基团均为MGB,CY5.5的淬灭基团为BHQ3。
[0063] 在本发明中,所述荧光探针优选包括:
[0064] BALF2_162215C分型的探针、BALF2_162476C分型的探针、BALF2_163364T分型的探针、RPMS1_155391A分型的探针和LMP1_del分型的探针中的一种或多种。
[0065] 在本发明中,
[0066] 所述BALF2_162215C分型的探针为:162215C_WT_P:CCGTACACCCGGCCC;
[0067] 所述BALF2_162476C分型的探针为:162476C_MT‑P:TGAAGACGGGGCA,所述核苷酸序列第七位的C为锁核酸;
[0068] 所述BALF2_163364T分型的探针为:163364T_MT_P:CCCGTATGGCTGC,所述核苷酸序列第六位的A为锁核酸;
[0069] 所述RPMS1_155391A分型的探针为:155391A_MT_P:TCCCCCAAACACTCG;
[0070] 所述LMP1_del分型的探针为:LMP1‑MT‑P:ATGACAGACGGTGACAGTGATGATCCACACC。
[0071] 在本发明中,所述探针包括两种荧光基团,一种报告荧光,一种淬灭荧光。所述报告荧光选自FAM、HEX/VIC/HEX/、TAMRA、Cy3、Cy5、CY5.5、Texax、ROX,所述淬灭荧光,选自BHQ1、BHQ2与BHQ3。
[0072] 在本发明中,检测人基因组DNA作为标本质控,探针标记为CY5和BHQ3。引物探针如下:
[0073] Human‑F:CCTGTCTTGTAACCTTGATACCA(SEQ ID NO.18)
[0074] Human‑R:TGAGGAGAAGTCTGCCGTTA(SEQ ID NO.19)
[0075] Human‑P:ACCAACTTCATCCACGTTCACCTTGCC(SEQ ID NO.20)。
[0076] 在本发明中,检测EBV DNA作为标本质控,探针标记为ROX和BHQ2。引物探针如下:
[0077] EBV_F:GTCACGTAGAAAGGACTACCGA(SEQ ID NO.21)
[0078] EBV_R:GGTTGTAAAGGGAGGTCTTACTACC(SEQ ID NO.22)
[0079] EBV_P:CCATATACGAACACACCGGCGACCCA(SEQ ID NO.23)。
[0080] 在本发明中,所述NTC优选为无菌水。
[0081] 在本发明中,所述野生型质控品和突变型质控品优选为含有目标序列的pUC57‑Amp质粒。
[0082] 在本发明中,所述野生型质控品中的目标序列优选为GTAGTTCTCCCTCCTGGTAGTGGACTTGATGAAGCTGTTCTGGAGGGCGGCGTTCTCCCCCGTGAAGACCACCCTGTTCTTGATCTTGATGTTCCTGGGGCACAGCATCAGCACCTTGGACATGCGCACCGGCAGCCGCCGGCCGTACACCCGGCCCTGCAGGGCCGCGTCGAGGTCTGGCAGGTCGCAGGTGGGCTCCCCATGCACCACCTTGGCCTCCTTGGCCGTGAGGACCCCCTTGTCGATGGCCAGGCTCCTAAAGTTGGTGCACAGCGTCTGGTAGTGACCCTTTAGCCACTAGTTGGTGCACAGCGTCTGGTAGTGACCCTTTAGCCACTCTGGGGGGCTCTGGCCAAGCCCGGGGTTGTCATTCTCATAGCACATACAGATGGGCAGGGAGATGTCCTGCAGGATGGTCAGCAGTGAGCGGTAAAACAACTGGGTGAAGATGGGGCAGGCGGGCTGCGCAAAGGGGTTGCACGAGTACTGCATCACGTGGTAGCAGCTCTTGACCAGGTCCTTGTAGGTGATGTTGTTCTTGGCCATGCTGTTCATAAACTGGACCACTTCGGCGTCCACCGCCGCATCCACGTCCTTGAGTGGGTCATGTAGAAACTGTTAAAGAGACTCTCCTTGCCCTGACCGGTTGACTTCGAGACCCCCGAGACGTAAAGGACGGAATTGGTGGCAAAGATCTGCGTGGACACGTGGGGGGCCAGGCTGGCATTATATCGGTGTAACGCAGCCACACGGGCCTCTGGGCCCTCACAGTCGGCAAACAGGGGCCAAGAGTCGTAGTTGAGGCTTGCCGGGGTCTCGTGCGAGGCCTCCAGCATGGCGGGCGCGTAACTCACCGCCAGCTCGCAGGCCGCGCTGTCCACAATCATTAAGGCTCCCGACCTCAACCCCCTCTATGTCTTCGCAGGTGCCCAGCGTCAGCAGGATGCGCCTATAGCGCCCGGCCTCCTCCCCTGTCGACCAGAGGACGCAGGATATCTGCAGGATCAGGTCAGCCTCGTTGGTGGCCGTGGGGAAGCCCTCCTCCCCCAGACACTCGATATCGAAGGCCAGGGCCTGGTAGGAGGGCCAGGAGCTGTCTTCACGCCGGACCGAGAGGTCGCCCACCTCACAGTCGTACTCGAGCTCGGCGTACGAGTCCCGGTGCTGGAGGCGGGGGATGGCGCGGCGGCAGCTGTACCGTCACGTAGAAAGGACTACCGACGAAGGAACTTGGGTCGCCGGTGTGTTCGTATATGGAGGTAGTAAGACCTCCCTTTACAACCCAAGCCTATGACATGGTAATGCCTAGAAGTAAAGAAAGGTTAGTCATAGTAGCTTAGCTGAACTGGGCCGTGGGGGTCGTCATCATCTCCACCGGAACCAGAAGTACCCAAAAGCAGCGTAGGAAGGTGTGGATCACCGCCGCCATGGCCGGAATCATGACTATGACCGCCGCCTCCGTCTGTCATCAAAGGCGGGCCCTGGTCACCTCCTTTGTTTTCAACCTCTTCCGTCAAATTTGGAGGGCCTCCATCATTTCCAGCAGAGTCGCTAGGGTTATGAGGCAGCGGGTCATGTGGGCC
[0083] 在本发明中,所述突变型质控品中的目标序列优选为TGTAGTTCTCCCTCCTGGTAGTGGACTTGATGAAGCTGTTCTGGAGGGCGGCGTTCTCCCCCGTGAAGACCACCCTGTTCTTGATCTTGATGTTCCTGGGGCACAGCATCAGCACCTTGGACATGCGCACCGGCAGCCGCCGGCCGTACAACCGGCCCTGCAGGGCCGCGTCGAGGTCTGGCAGGTCGCAGGTGGGCTCCCCATGCACCACCTTGGCCTCCTTGGCCGTGAGGACCCCCTTGTCGATGGCCAGGCTCCTAAAGTTGGTGCACAGCGTCTGGTAGTGACCCTTTAGCCACTAGTTGGTGCACAGCGTCTGGTAGTGACCCTTTAGCCACTCTGGGGGGCTCTGGCCAAGCCCGGGGTTGTCATTCTCATAGCACATACAGATGGGCAGGGAGATGTCCTGCAGGATGGTCAGCAGTGAGCGGTAAAACAACTGGGTGAAGACGGGGCAGGCGGGCTGCGCAAAGGGGTTGCACGAGTACTGCATCACGTGGTAGCAGCTCTTGACCAGGTCCTTGTAGGTGATGTTGTTCTTGGCCATGCTGTTCATAAACTGGACCACTTCGGCGTCCACCGCCGCATCCACGTCCTTGAGTGGGTCATGTAGAAACTGTTAAAGAGACTCTCCTTGCCCTGACCGGTTGACTTCGAGACCCCCGAGACGTAAAGGACGGAATTGGTGGCAAAGATCTGCGTGGACACGTGGGGGGCCAGGCTGGCATTATATCGGTGTAACGCAGCCATACGGGCCTCTGGGCCCTCACAGTCGGCAAACAGGGGCCAAGAGTCGTAGTTGAGGCTTGCCGGGGTCTCGTGCGAGGCCTCCAGCATGGCGGGCGCGTAACTCACCGCCAGCTCGCAGGCCGCGCTGTCCACAATCATTAAGGCTCCCGACCTCAACCCCCTCTATGTCTTCGCAGGTGCCCAGCGTCAGCAGGATGCGCCTATAGCGCCCGGCCTCCTCCCCTGTCGACCAGAGGACGCAGGATATCTGCAGGATCAGGTCAGCCTCGTTGGTGGCCGTGGGGAAGCCCTCCTCCCCCAAACACTCGATATCGAAGGCCAGGGCCTGGTAGGAGGGCCAGGAGCTGTCTTCACGCCGGACCGAGAGGTCGCCCACCTCACAGTCGTACTCGAGCTCGGCGTACGAGTCCCGGTGCTGGAGGCGGGGGATGGCGCGGCGGCAGCTGTACCGTCACGTAGAAAGGACTACCGACGAAGGAACTTGGGTCGCCGGTGTGTTCGTATATGGAGGTAGTAAGACCTCCCTTTACAACCGGAGAGTCAGTCAGGCAAGCCTATGACATGGTAATGCCTAGAAGTAAAGAAAGGTTAGTCATAGTAGCTTAGCTGAACTGGGCCGTGGGGGTCGTCATCATCTCCACCGGAACCAGAAGTACCCAAAAGCAGCGTAGGAAGGTGTGGATCACCGCCGCCACCGTCTGTCATCGAAGGCGGGTCCCGGTCACCTCCTTTGTTTTCAACCTCTTCCGTCAAATTTGGAGGGCCTCCATCATTTCCAGCAGAGTCGCTAGGGTTATGAGGCAGCGGGTCATGTGGGCCATTGTCATCAGTGTT。
[0084] 在本发明中,所述EBV高危型分型优选为BALF2_162215C、BALF2_162476C、BALF2_163364T、RPMS1_155391A和LMP1_del。
[0085] 下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
[0086] 实施例1
[0087] 标本:64例病例(活检确诊为鼻咽癌)的鼻咽刷子和56例对照(鼻咽癌高风险人群)的鼻咽刷子。参加本次研究的个体已获得本次研究的知情同意书。
[0088] 使用QIAGEN公司的QIAamp DNA Blood Mini kit(51106)从鼻咽刷子中提取DNA,实验流程完全按照试剂盒说明书进行,最终DNA溶解于100μL的AE溶液。
[0089] PCR酶、dNTPs购自生工生物工程(上海)股份有限公司,货号B110004。分别取2.5ul DNA溶液进行人基因组(标本质控)和EBV DNA检测,2个PCR程序均为95℃10min;95℃30s,61.5℃30s(收集荧光),循环45次。人基因组定量的qPCR的体系如表1所示;EBV DNA定量的qPCR的体系如表2所示。
[0090] 表1
[0091] 人基因组定量 体积(ul)HiTaq Buffer 4
Solution(10x) 2
dNTPs(25mmol/L) 0.16
Human‑F(10uM) 0.48
Human_R(10uM) 0.48
Human_P(10uM) 0.24
灭菌水 7.44
HiTaq Polymerase 0.2
DNA 5
total 20
[0092] 表2
[0093]
[0094]
[0095] 120例标本均能检测到人基因组,CT值在22左右,如图1所示。120例标本检测均为EBV DNA阳性,如图2所示。
[0096] 实施例2
[0097] 测试标本:4个WT质控品,4个MT质控品,2个NTC,B95‑8标本(作为已知野生型的EBV标本)
[0098] 多重PCR酶购自北京擎科生物科技有限公司,货号TSE301。引物探针、浓度和程序经过反复设计优化调整,2个PCR体系如表3、表4所示,2个PCR体系的程序如下95℃3min;95℃15s,60℃30s(收集荧光),循环45次。
[0099] 表3
[0100]
[0101]
[0102] 表4
[0103]管2 体积(ul)
2×T5Fast qPCR Mix(TSE301) 10
LMP1_F(10uM) 0.2
LMP1_R(10uM) 0.2
LMP1‑MT‑P(10uM) 0.3
162215_F(10uM) 0.2
162215_R(10uM) 0.2
162215C_WT_P(10uM) 0.2
水 3.7
样本 5
Total 20
[0104] PCR完成后,调整部分基线异常的扩增曲线和调整阈值。比如管1检测RPMS1_155391A‑MT突变基因型,需要将阈值线设置在4个WT质控品之上,如图3;调整阈值线后,RPMS1_155391A‑MT基因型的4个MT质控品和4个WT质控品的扩增曲线如图4。
[0105] 管1的荧光PCR结果:管1检测3个突变基因型(BALF2 162476C,BALF2_163364T,RPMS1_155391A),将阈值线分别设置在4个WT质控品之上,如图5;NTC和4个WT质控品无CT值(阴性),4个MT质控品各有3条扩增曲线,如图6。B95‑8(野生型)在管1检测3个突变基因型中,扩增曲线均低于阈值线,表现为无CT值(阴性),如图7。
[0106] 管2的荧光PCR结果:管2检测1个野生基因型(BALF2_162215C),1个突变基因型(LMP1‑del)。将BALF2_162215C阈值线设置在4个MT质控品之上,如图8;NTC和4个MT质控品无CT值(阴性),4个WT质控品各有1条扩增曲线,如图9。将LMP1‑MT阈值线设置在4个WT质控品之上,如图10;NTC和4个WT质控品无CT值(阴性),4个MT质控品各有1条扩增曲线,如图11。B95‑8(野生型)在管2检测1个野生基因型和1个突变基因型中,BALF2_162215C有扩增曲线,如图12;LMP1‑del无扩增曲线,如图13。
[0107] 实施例3
[0108] 为了测试5个EBV高危型分型多重PCR检测的检测灵敏度(检测下限)和低频基因型灵敏度,野生型(WT)质控品和突变型(MT)质控品分别稀释成6个梯度,PCR分别投入1,10,10^2,10^3,10^4,10^5,10^6copies的WT质控品和MT质控品,重复3个。WT质控品和MT质控品按照1%,5%,10%,90%,95%,99%的比例混合,PCR分别检测混合的样本,重复3个。
[0109] 5个EBV高危型分型多重PCR检测技术(灵敏度)可以稳定检出10copies的单基因型标本。杂合型样本中,LMP1突变型的低频基因灵敏度为5%。其他4种EBV高危型的低频基因型灵敏度为1%。
[0110] 实施例4
[0111] 实施例1的120例EBV DNA阳性标本按照实施例2的实验流程进行检测。PCR截断值设置为40,ct值<40为阳性,ct值≥40为阴性。PCR结果示意图如表5。
[0112] 表5
[0113]
[0114]
[0115] 实施例5
[0116] 为了对新开发的5个EBV高危型分型多重PCR检测技术进行验证,将实施例1的120例的鼻咽刷子标本取20ul DNA进行NGS测序。测序公司为上海茂槿生物技术有限公司,检测方法为多重PCR扩增高通量测序技术。位点覆盖的平均深度为985X,覆盖大于20X的位点比例为0.94。设置测序的突变截断值:突变深度/总深度<15%为野生型,15%≤突变深度/总深度≤85%为杂合型,突变深度/总深度≥85%为纯合突变型。5个EBV高危型分型多重PCR检测结果与测序结果,按照是否检出高危型进行比较。比如PCR检出某个高危野生型,测序结果检出野生型或者杂合型,2种方法的结果算一致;如果PCR未检出某个高危野生型,表示为/,测序结果为纯合突变型,2种方法的结果算一致,结果如表6所示。120例5个EBV高危型分型多重PCR与测序平均一致率为95.3%,高危型分型多重PCR检测技术准确可靠。
[0117] 表6测序与PCR一致率
[0118]
[0119] 由以上实施例可知,本发明提供了一种EBV高危型分型荧光PCR检测试剂盒,所述试剂盒包括如下组分:热启动Taq酶系统、通用引物、荧光探针、NTC、野生型质控品和突变型质控品。本发明的试剂盒可以稳定检出10copies的单基因型标本。杂合型样本中,LMP1突变型的低频基因型灵敏度为5%。其他4种EBV高危型的低频基因型灵敏度为1%。样本投入量少,仅需要10copies;低频基因型灵敏度高,最高可检测1%的杂合型高危型;成本低,检测过程简单快速。
[0120] 以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。