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抗真菌多肽

申请号 CN202180040330.1 申请日 2021-03-31 公开(公告)号 CN115915939A 公开(公告)日 2023-04-04
申请人 生物催化公司; 发明人 纳塔利娅·别洛拉佐娃; 希尔德·阿迪·皮埃雷特·雷韦斯; 帕特里克·斯坦森; 英格·埃洛迭·范·达埃勒;
摘要 本发明涉及包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至111中任一项所示的氨基酸序列或与其具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够与真菌结合。本发明进一步涉及包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:52至67或112至122中任一项所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68至83或123至133中任一项所示氨基酸序列的CDR2区,以及具有SEQ ID NO:84至100或134至144中任一项所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。该组合物可以用作抗真菌组合物。
权利要求

1.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽能够与真菌结合,从而导致所述真菌的孢子的生长延迟和/或所述真菌的孢子的裂解。

2.根据权利要求1所述的组合物,其中,所述至少一种多肽特异性地结合所述真菌的至少一种质膜组分。

3.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述至少一种多肽能够结合贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,所述含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。

4.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至111中任一项所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且所述多肽能够与真菌结合。

5.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含具有选自SEQID NO:52至67和

112至122的氨基酸序列的CDR1区、具有选自SEQ ID NO:68至83和123至133的氨基酸序列的CDR2区、以及CDR3区,可选地其中所述CDR3区具有选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列,并且所述多肽能够与真菌结合。

6.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含具有SEQ IDNO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且所述多肽能够与真菌结合。

7.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含具有SEQ IDNO:53所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:85所示氨基酸序列的CDR3区,并且所述多肽能够与真菌结合。

8.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含具有SEQ IDNO:54所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:86所示氨基酸序列的CDR3区,并且所述多肽能够与真菌结合。

9.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,该多肽包含SEQ ID NO:1至51至101至111中任一项所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且所述多肽能够与真菌结合,其中所述多肽包含导致与SEQ ID NO:1至51至101至111中任一个相比正电荷增加的一个或多个取代。

10.根据前述权利要求中任一项所述的组合物,其中,所述至少一种多肽是抗体或其功能片段。

11.根据前述权利要求中任一项所述的组合物,其中,所述至少一种多肽是抗体的重链可变结构域(VH或VHH)或其功能片段。

12.根据权利要求4至11中任一项所述的组合物,其中,所述至少一种多肽与所述真菌的至少一种质膜组分特异性结合。

13.根据权利要求12所述的组合物,其中,所述至少一种多肽能够结合贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,所述含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。

14.根据前述权利要求中任一项所述的组合物,其中,所述组合物中所述至少一种多肽的浓度范围为0.0001重量%至50重量%。

15.根据前述权利要求中任一项所述的组合物,其为农化组合物。

16.根据权利要求15所述的组合物,其还包含农业化学上合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂。

17.根据前述权利要求中任一项所述的组合物,其中,所述真菌是植物病原性真菌。

18.根据权利要求17所述的组合物,其中,所述植物病原性真菌的属选自链格孢属、壳二孢属、葡萄孢属、尾孢属、刺盘孢属、色二孢属、白粉菌属、镰胞菌、小球腔霉属、顶囊壳属、长蠕孢属、壳球孢菌、丛赤壳属、青霉菌属、霜霉属、茎点霉属、瘤梗孢属、疫霉属、单轴霉属、叉丝单囊壳属、柄锈属、核腔菌属、梨孢属、腐霉属、丝核菌属、小菌核菌属、核盘菌属、壳针孢属、根串珠霉属、钩丝壳属、黑星菌属、轮枝菌属、稻温病菌、白粉病菌属、球腔菌属、黑粉菌属、栅锈菌属、层锈菌属、链核盘菌属、毛霉属、根霉菌属和曲霉属。

19.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至

111中任一项所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且所述多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。

20.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,所述多肽包含具有选自SEQID NO:52至67和112至122的氨基酸序列的CDR1区、具有选自SEQ ID NO:68至83和123至133的氨基酸序列的CDR2区、和CDR3区,可选地其中所述CDR3区具有选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列,并且所述多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。

21.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,该多肽包含具有SEQ ID NO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。

22.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,该多肽包含具有SEQ ID NO:53所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:85所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。

23.一种包含至少一种多肽的组合物,其中,该多肽包含具有SEQ ID NO:54所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:86所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。

24.根据前述权利要求中任一项所述的组合物作为抗真菌剂的用途。

25.根据权利要求24所述的用途,用作植物上的抗真菌剂。

26.一种保护或治疗植物或所述植物的一部分免受植物病原性真菌感染的方法,其至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述植物或所述植物的一部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据权利要求1至23任一项所述的组合物直接或间接施用于所述植物或所述植物的一部分。

27.一种用于保护或治疗收获植物或所述植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的收获后处理方法,其中,至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述收获植物或所述植物的收获部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据权利要求1至23中任一项所述的组合物直接或间接施用于所述收获植物或所述植物的收获部分。

28.一种抑制或杀死植物病原性真菌生长的方法,其中,至少包含将根据权利要求1至

23中任一项所述的组合物直接或间接施用于植物或所述植物的一部分的步骤。

29.一种如权利要求1至23中任一项所定义的多肽。

30.一种制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽的方法,其中,该方法包括:用真菌靶或用基于其或衍生自其的合适抗原决定簇,例如其抗原性部分、其片段、其区域、其结构域、其环或其其他表位免疫动物;

从免疫的动物获得表达多肽序列的细胞集合或样品;

筛选所述细胞集合或样品中表达与真菌靶结合和/或对真菌靶具有亲和力的氨基酸序列的细胞;

要么(i)分离所述氨基酸序列,要么(ii)从所述细胞集合或样品中分离编码所述氨基酸序列的核酸序列;和表达所述氨基酸序列,

从而制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽。

31.根据权利要求30所述的方法,其中,所述真菌靶是贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,所述含脂质的级分可以通过包括以下的方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。

32.一种抗真菌组合物的制备方法,其中,所述方法包括:

根据权利要求30或31所述的方法制备抗真菌多肽;和

将所述抗真菌多肽与一种或多种合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂组合。

33.一种转基因植物、植物部分、种子或植物细胞,其中,包含编码如权利要求1至23中任一项所定义的多肽的核酸序列。

说明书全文

抗真菌多肽

技术领域

[0001] 本发明涉及一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽能够与真菌结合,并且涉及所述至少一种多肽本身。本发明还涉及组合物作为抗真菌剂的用途。本发明进一步涉及一种保护或治疗植物或所述植物的一部分免受植物病原性真菌感染的方法,一种用于保护或治疗收获的植物或所述植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的收获后处理方法,和一种抑制植物病原性真菌生长或杀死植物病原性真菌的方法,至少包含将组合物或多肽直接或间接地施用于植物或所述植物的一部分的步骤。此外,本发明涉及一种制备抗真菌多肽的方法和一种制备抗真菌组合物的方法。此外,本发明涉及一种转基因植物、植物部分、种子或植物细胞。

背景技术

[0002] 病原性真菌感染在患者和动物以及植物作物中的存在和持续存在,主要归因于广谱抗真菌药物的选择压力和目前可用的抗真菌剂普遍缺乏疗效。
[0003] 在人类和动物中,诸如侵袭性念珠菌病和侵袭性曲霉病等全身性真菌感染可能是由多种真菌病原体引起的,例如剧毒的念珠菌属白色念珠菌(C.albicans)、热带念珠菌(C.tropicalis)和克柔念珠菌(C.krusei)以及不那么剧毒的物种近平滑念珠菌(C.parapsilosis)和光滑球拟酵母(Torulopsis glabrata)(后者有时称为光滑念珠菌
(Candida glabrata))。虽然白色念珠菌曾经是从重症监护室获得的最常见的真菌分离物,但后来的研究表明,热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和克柔念珠菌现在约占此类分离物的一半。非白色念珠菌属的增加意味着对常规抗真菌治疗有抗药性的念珠菌属的出现。
[0004] 传统上,白色念珠菌、热带念珠菌和近平滑念珠菌已用抗真菌剂两性霉素B进行治疗,其被视为全身抗真菌治疗的“金标准”。不幸的是,两性霉素B本身具有剧毒,并且它的使用受到副作用的影响,包括寒战、发烧、肌痛或血栓性静脉炎。其他抗真菌剂包括口服唑类药物(咪康唑、酮康唑、伊曲康唑、氟康唑)和5‑氟胞嘧啶。然而,诸如克柔念珠菌和光滑球拟酵母等真菌物种对氟康唑具有抗药性,这些物种通常发生在预防性施用该药物的患者身上。此外,还报道了白色念珠菌的氟康唑抗性菌株。因此,尽管在治疗性抗真菌药物方面取得了进展,但对治疗真菌感染的有效药物的需求仍然很迫切。
[0005] 在农业中,作物保护在很大程度上依赖于农药的使用,通过将农药喷洒到作物上、在作物浇水期间施用或将其掺入土壤中来施用到作物上。农药通常是有机化学分子,并且由于喷雾漂移、在土壤中的持久性或冲入地表水或地下水,它们重复施用于作物对在处理过程中的农业工人和环境均造成毒性威胁。能够使用对人类和环境毒性较小但同时提供对植物害虫的有效控制的替代化合物将是有利的。对特定植物害虫目标具有特异性的蛋白质类农药在这方面可能非常有利,因为预计它们在环境中短期存在并且具有较少毒性的脱靶效应。然而,已知的蛋白质类或肽类农药很少。一些例子是Bt毒素、凝集素、防御素、fabatins、鲎素肽、蛙皮素、过敏蛋白(参见WO2010019442)、豌豆白蛋白1亚基b(PA1b)。然而,这些蛋白质类农药要么是结构紧凑的小肽,由几个二硫桥稳定,要么是较大的蛋白质(>300个氨基酸),以结晶形式存在(Cry毒素(哭泣毒素,cry toxins))。在农业领域中确实已知的是,生物制品,特别是蛋白质,对于开发农药来说是具有挑战性的结构,因为它们通常具有太低的稳定性而无法在农业化学制剂中维持它们的杀虫功能,特别是对于田间应用。

发明内容

[0006] 本发明人已成功开发出对害虫(特别是植物、动物或人类病原性害虫,例如但不限于植物、动物或人类病原性真菌)的靶具有令人惊讶的高特异性、亲和力和效力的多肽。多肽可以结合真菌孢子细胞膜的特定脂质级分。仅仅多肽的结合通过阻滞孢子生长和/或裂解和爆炸孢子而足以具有杀真菌活性,从而防止菌丝体形成。因此,多肽可具有杀真菌或抑真菌活性。
[0007] 此外,这些多肽在组合物中保留了它们的完整性、稳定性和活性,并且通过将包含如本申请中公开的多肽的组合物施用于作物、动物或人类可以令人惊讶地实现有效的害虫或病原体控制。
[0008] 如本文所公开的多肽的功效和效力表明在相同剂量下较低的治疗剂量和/或更有效治疗的潜力。这可能意味着,在农业化学和医疗应用中减少不需要的副作用并降低毒性。此外,这允许应用较低量或剂量的本文公开的多肽或组合物。
[0009] 更具体地,本发明人发现用本文设想的多肽靶向害虫或病原体的分子结构允许有效控制该病原体。
[0010] 特别地,本发明人已经开发出能够预防、保护、治疗或治愈植物、动物或人类免于(发展)病原体感染或免于与病原体(特别是真菌病原体)的任何其他生物相互作用的多肽。因此,本发明证明生物分子(例如多肽或氨基酸序列)可用于有效地保护或治疗植物、动物或人类免于因植物、动物或人类与病原体之间的生物相互作用(例如通过病原体感染)以任何方式带来的损害或遭受所述生物相互作用。
[0011] 本发明的多肽和组合物可以作为独立产品,例如独立组合物,例如抗真菌组合物。
[0012] 本发明的多肽和组合物可以以预防性或预防性方式使用,即第一次施用发生在疾病出现之前。
[0013] 本发明的多肽和组合物可以用作接触杀真菌剂。
[0014] 因此,根据本发明,提供了一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽能够与真菌结合。该多肽由此导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。也就是说,多肽与真菌的结合导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。
[0015] 还提供了一种多肽,该多肽能够与真菌结合。多肽由此导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。也就是说,多肽与真菌的结合导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。
[0016] 本发明的和本发明中使用的多肽可以(特异性地)结合真菌的膜或真菌膜的组分。在一些实施方式中,本发明的和本发明中使用的多肽不(特异性地)结合真菌的细胞壁或细胞壁的组分。例如,在一些实施方式中,本发明的和本发明中使用的多肽不(特异性地)结合真菌的葡糖神经酰胺。
[0017] 本发明还提供了一种包含至少一种多肽的组合物,其中所述至少一种多肽能够结合真菌(例如贵腐霉菌(Botrytis cinerea)或其他真菌)的质膜的含脂质的级分。含脂质的级分可以是通过色谱法能够获得的。例如,含脂质的级分可以是通过以下方法能够获得的,该方法包括:
[0018] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0019] 本发明还提供了一种多肽,其中所述至少一种多肽能够结合真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的质膜的含脂质的级分。含脂质的级分可以是通过色谱法能够获得的。例如,含脂质的级分可以是通过以下方法能够获得的,该方法包括:
[0020] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0021] 此外,本发明提供了一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1至51和101至111中任一项所述的氨基酸序列,或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且多肽能够结合真菌。
[0022] 根据本发明,进一步提供了一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含:
[0023] 具有SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:84中所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合;
[0024] 具有SEQ ID NO:53中所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:85中所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合;
[0025] 具有SEQ ID NO:54中所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:86中所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合;或
[0026] 具有选自SEQ ID NO:52至67和112至122的氨基酸序列的CDR1区、具有选自SEQ ID NO:68至83和123至133的氨基酸序列的CDR2区、和具有选自SEQ ID NO:84至100和134至144的氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。
[0027] 本发明还提供:
[0028] 一种多肽,其包含SEQ ID NO:1至51和101至111中任一项所示的氨基酸序列,或与其任一者具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,其中多肽能够与真菌结合;和
[0029] 一种多肽,其包含具有SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的CDRl区、具有SEQ ID NO:68中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:84中所示氨基酸序列的CDR3区,其中多肽能够与真菌结合;和
[0030] 一种多肽,其包含具有SEQ ID NO:53中所示氨基酸序列的CDRl区、具有SEQ ID NO:69中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:85中所示氨基酸序列的CDR3区,并且多肽能够与真菌结合;和
[0031] 一种多肽,其包含具有SEQ ID NO:54中所示氨基酸序列的CDRl区、具有SEQ ID NO:70中所示氨基酸序列的CDR2区、和具有SEQ ID NO:86中所示氨基酸序列的CDR3区,并且多肽能够与真菌结合;和
[0032] 一种多肽,其包含含有选自SEQ ID NO:52至67和112至122的氨基酸序列的CDR1区、含有选自SEQ ID NO:68至83和123至133的氨基酸序列的CDR2区、和具有选自SEQ ID NO:84至100和134至144的氨基酸序列的CDR3区,其中多肽能够与真菌结合。
[0033] 本发明还提供了一种多肽,其包含选自SEQ ID NO:1至51和101至111的氨基酸序列,或由所述氨基酸序列组成。
[0034] 本发明还提供了一种多肽,其包含选自SEQ ID NO:1至10、12至51和101至111的氨基酸序列,或由所述氨基酸序列组成。
[0035] 本发明还提供了一种多肽,其具有包含选自SEQ ID NO:52至67和112至122的序列或由该序列组成的CDR1区、包含选自SEQ ID NO:68至83和123至133的序列或由该序列组成的CDR2区、和包含选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列或由该序列组成的CDR3区。
[0036] 本发明还提供了一种多肽,其包含以下氨基酸序列或由以下氨基酸序列组成:选自SEQ ID NO:1至51的氨基酸序列,或其具有至多1、至多2、至多3、至多4或至多5个氨基酸取代的氨基酸序列。氨基酸取代可增加多肽的总电荷或可不改变多肽的总电荷。
[0037] 本发明还提供了一种多肽,其包含以下氨基酸序列或由以下氨基酸序列组成:选自SEQ ID NO:1至10和12至51的氨基酸序列,或其具有至多1、至多2、至多3、至多4或至多5个氨基酸取代的氨基酸序列。氨基酸取代可增加多肽的总电荷或可不改变多肽的总电荷。
[0038] 本发明的任何多肽可以在组合物中提供,例如农化组合物。
[0039] 如本文所公开的组合物可以包含至少一种抗体或其功能片段,例如但不限于重链抗体或其功能片段。
[0040] 如本文所公开的组合物可包含重链抗体的至少一个重链可变结构域(VHH)或其功能片段,该重链抗体天然缺乏轻链,例如但不限于骆驼科重链抗体的重链可变结构域(骆驼科VHH)或其功能片段。
[0041] 如本文所公开的组合物可包含常规四链抗体的至少一个骆驼化重链可变结构域(骆驼化的VH)或其功能片段。
[0042] 如本文所公开的组合物可包含抗体的至少一个重链可变结构域或其功能片段,其不具有与天然存在的VH结构域的氨基酸序列(例如来自哺乳动物且特别是来自人类的天然存在的VH结构域的氨基酸序列)完全相同的(即在序列同一性程度上为100%)的氨基酸序列。
[0043] 如本文所公开的组合物可以是一种农化组合物。
[0044] 如本文所公开的农化组合物可以至少包含一种多肽,其特异性结合真菌的至少一种质膜组分。
[0045] 包含在本文公开的组合物中的多肽所结合的真菌的所述至少一种质膜组分可以不是蛋白质。
[0046] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽,可以以有效保护或治疗人类或动物或植物或其任何部分免受真菌病原体的感染或与真菌病原体的其他生物相互作用的量存在,例如但不限于多肽在农化组合物中的浓度范围为0.0001重量%至50重量%。
[0047] 本文所公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以在水溶液中配制,可选地但不限于与合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂(例如农业化学上合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂)一起配制。
[0048] 本文所公开的农化组合物可以包含至少一种多肽,其特异性结合病原性真菌,即植物病原性真菌。
[0049] 如本文所公开的农化组合物可包含至少一种多肽,其特异性结合植物病原性真菌,例如但不限于从链格孢属、壳二孢属、葡萄孢属、尾孢属、刺盘孢属、色二孢属、白粉菌属、镰胞菌、小球腔霉属、顶囊壳属、长蠕孢属、壳球孢菌、丛赤壳属、青霉菌属、霜霉属、茎点霉属、瘤梗孢属、疫霉属、单轴霉属、叉丝单囊壳属、柄锈属、核腔菌属、梨孢属、腐霉属、丝核菌属、小菌核菌属、核盘菌属、壳针孢属、根串珠霉属、钩丝壳属、黑星菌属、轮枝菌属、稻温病菌、白粉病菌属、球腔菌属、黑粉菌属、栅锈菌属、层锈菌属、链核盘菌属、毛霉属、根霉菌属和曲霉属中选择的属的植物病原性真菌。
[0050] 如本文所公开的农化组合物可包含至少一种多肽,其特异性结合真菌,该真菌是对于选自谷物、高粱、稻米、甜菜、饲料甜菜、水果、坚果、车前草科或葡萄藤科、豆科作物、油料作物、葫芦科植物、纤维植物、燃料作物、蔬菜、观赏植物、灌木、阔叶树、常青树、草类、咖啡、茶、烟草、啤酒花、胡椒、橡胶植物和乳胶植物中的植物的真菌。
[0051] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以至少包含:
[0052] QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASRSIFSINAMDWYRQAPGKQREWVAGITRGGTTKYADSVKGRFTISRDNAKKKVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVLRGEQPWTRDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:1);
[0053] DVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASRSIFSINAMDWYRQAPGKQREWVAGITRGGTTKYADSVKGRFTISRDNAKKKVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVLRGEQPWTRDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:2);
[0054] QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGTIFRPTAMGWYRQAPGKERELVATITTGGSTKYADSVKGRFTISRGNAKNTVYLQMSSLKPEDTAVYYCNAQWGVRTRDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:3);
[0055] DVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGTIFRPTAMGWYRQAPGKERELVATITTGGSTKYADSVKGRFTISRGNAKNTVYLQMSSLKPEDTAVYYCNAQWGVRTRDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:4);
[0056] QVQLQESGGGLVQAGDSLRLSCAASISDRAFSRHVMGWFRQPPGKEREFVAAIGWTGRRTYYADSVKGRFTISRDNAMNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAASHFYSVSFEINDYDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:5);和/或[0057] DVQLQESGGGLVQAGDSLRLSCAASISDRAFSRHVMGWFRQPPGKEREFVAAIGWTGRRTYYADSVKGRFTISRDNAMNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAASHFYSVSFEINDYDYWGQGTQVTVSS(SEQ ID NO:6);
[0058] 或与其具有至少约80%序列同一性的序列,并且多肽能够与真菌结合。
[0059] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以至少包含具有序列RSIFSINAMD(SEQ ID NO:52)的CDR1区、具有序列 GITRGGTTK(SEQ ID NO:68)的CDR2区和具有序列LRGEQPWTRDY(SEQ ID NO:84)的CDR3区的氨基酸序列,并且多肽能够与真菌结合。
[0060] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以至少包含具有序列GTIFRPTAMG(SEQ ID NO:53)的CDR1区、具有序列TITTGGSTK(SEQ ID NO:69)的CDR2区和具有序列QWGVRTRDY(SEQ ID NO:85)的CDR3区的氨基酸序列,并且多肽能够与真菌结合。
[0061] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以至少包含具有序列ISDRAFSRHV(SEQ ID NO:54)的CDR1区、具有序列AIGWTGRRTY(SEQ ID NO:70)的CDR2区和具有序列SHFYSVSFEINDYD(SEQ ID NO:86)的CDR3区的氨基酸序列,并且多肽能够与真菌结合。
[0062] 本文公开的农化组合物中的所述至少一种多肽可以至少包含本文公开的任何其他多肽的CDR1、CDR2和CDR3区。
[0063] 本文公开的多肽通常能够结合真菌。
[0064] 在进一步方面,本发明提供了包含用作抗真菌剂的至少一种多肽的组合物,该多肽与真菌特异性结合。本发明还提供了用作抗真菌剂的多肽,其特异性结合真菌。
[0065] 因此,本发明提供了一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含:
[0066] 选自SEQ ID NO:1至51和101至111的氨基酸序列,或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且多肽能够用作抗真菌剂与真菌结合;或
[0067] 包含选自SEQ ID NO:52至67和112至122中的氨基酸序列的CDR1区、包含选自SEQ ID NO:68至83和123至133中的氨基酸序列的CDR2区、和包含选自SEQ ID NO:84至100和134至144中的氨基酸序列的 CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。本发明还提供了本文公开的组合物或多肽作为抗真菌剂的用途。这种用途可以作为植物上的抗真菌剂。因此,本发明提供了包含至少一种与真菌特异性结合的多肽的农化组合物作为植物上的抗真菌剂的用途。
[0068] 在本发明中,抗真菌剂可以是抑真菌剂和/或杀真菌剂。
[0069] 本发明还提供了编码本文公开的任何多肽序列的核酸序列。
[0070] 此外,本发明提供了用于保护或治疗植物或植物的一部分免受植物病原性真菌感染的方法,其中该方法至少包含直接或间接向所述植物或植物的一部分施用如本文所公开农化组合物或多肽的步骤。所述农化组合物或多肽可以在有效保护或治疗植物或植物的一部分免受所述植物病原性真菌感染的条件下施用。
[0071] 这些方法可以包含将本文公开的农化组合物或多肽直接或间接施用于植物或植物的一部分,例如以每公顷高于50g所述农化组合物或多肽的施用量,例如但不限于每公顷高于75g所述农化组合物或多肽的施用量,例如每公顷高于100g所述农化组合物或多肽的施用量,或特别是每公顷高于200g所述农化组合物或多肽的施用量。
[0072] 这些方法可以包含将本文公开的农化组合物或多肽直接或间接施用于植物或植物的一部分,例如以每公顷50g至100g所述农化组合物或多肽之间的施用量,例如但不限于每公顷50g至200g所述农化组合物或多肽的施用量,特别是每公顷75g至175g所述农化组合物或多肽的施用量,例如每公顷75g至150g所述农化组合物或多肽或者每公顷75g至125g。
[0073] 如本文所公开的农化组合物或多肽可以通过喷雾、雾化、起泡、成雾、水培培养、水栽培培养、涂覆、浸没和/或包壳直接或间接施用于植物或植物的一部分,可选的在收获后。
[0074] 本发明还提供了用于保护或处理收获的植物或植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的收获后处理方法,至少包含在有效保护或处理收获的植物或植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的条件下,向所述收获的植物或植物的收获部分直接或间接施用如本文公开的农化组合物或多肽的步骤。
[0075] 本发明还提供了抑制植物病原性真菌生长的方法或杀死植物病原性真菌的方法,所述方法至少包含向植物或植物的一部分直接或间接施用如本文公开的农化组合物或多肽的步骤。
[0076] 在这些方法中,本文公开的农化组合物或多肽可以通过喷雾、雾化、起泡、成雾、水培培养、水栽培培养、涂覆、浸没和/或包壳直接或间接地施用于植物或植物的一部分,可选地在收获后。
[0077] 在又一方面,本发明提供了一种制备特异性结合真菌和/或对真菌具有亲和力的多肽的方法,该方法包括:
[0078] 用真菌靶或用以其为基础或由其衍生的合适的抗原决定簇(例如其抗原性部分、其片段、其区域、其结构域、其环或其其他表位)来免疫动物;
[0079] 从免疫动物获得表达多肽序列的细胞集合或样品;
[0080] 从所述细胞集合或样品中筛选表达结合真菌靶和/或对真菌靶具有亲和力的氨基酸序列的细胞;
[0081] (i)分离所述氨基酸序列,或(ii)从所述细胞集合或样品中分离编码所述氨基酸序列的核酸序列;和
[0082] 表达所述氨基酸序列,
[0083] 从而制备特异性结合真菌和/或对真菌具有亲和力的多肽。
[0084] 可以使用粗脂质提取物或总脂质提取物进行免疫。例如,在一些实施方式中,真菌菌丝和/或分生孢子(例如尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)或贵腐霉菌的真菌菌丝和/或分生孢子)可以在室温下提取,例如使用2:1和1:2(v/v)比率的氯仿:甲醇。可以合并如此制备的提取物并干燥以提供粗脂质提取物或TLE用于免疫。
[0085] 真菌靶可以是真菌(例如贵腐霉菌)质膜的含脂质的级分。含脂质的级分可以是通过色谱法能够获得的。例如,含脂质的级分可以是通过以下方法能够获得的该方法包括:
[0086] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0087] 还提供了一种抗真菌组合物的制备方法,该方法包括:根据上述方法制备抗真菌多肽;和将所述抗真菌多肽与一种或多种合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂组合。
[0088] 本发明还提供了一种转基因植物、植物部分、种子或植物细胞,其包含编码如本文定义的多肽的核酸序列。

附图说明

[0089] 图1列出了在不断增加剂量的VHH 10G11Q存在下,基于IncuCyte的真菌生长监测。
[0090] 图2.在不断增加剂量的VHH 10G11Q和41D01存在下,基于IncuCyte的真菌生长监测。
[0091] 图3列出了10G11(SEQ ID NO:17至50的CDR区中单个氨基酸取代的抗真菌活性。结果是相对于10G11活性给出的。
[0092] 图4列出了10G11Q‑His(SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:17‑50)的his标记的变体的抗真菌活性。结果是相对于10G11Q活性给出的。
[0093] 图5显示了10G11分子的模型蛋白质结构,其中标明了3个CDR区。具有选定氨基酸残基的带状展示显示为棒状模型。
[0094] 图6列出了10G11电荷变体的抗真菌活性。结果是相对于10G11活性给出的。
[0095] 图7显示了10G11电荷变体突变体9(SEQ ID NO:14)的模型蛋白质结构,其中标明了3个CDR区。具有取代的氨基酸残基的带状展示显示为棒状模型。
[0096] 图8显示了10G11电荷变体突变体11(SEQ ID NO:16)的模型蛋白质结构,其中标明了3个CDR区。具有取代的氨基酸残基的带状展示显示为棒状模型。
[0097] 图9列出了延长抗真菌测定的结果,显示了突变体3、9和11以及10G11分子的效果。
[0098] 图10显示了总脂质提取物中存在的4种不同级分的薄层色谱分离。
[0099] 图11列出了10G11与含有荧光分子DPD的不同组合物的脂质体囊泡结合的结果。
[0100] 图12列出了通过生物层干涉法(BLI)获得的,与参考VHH比较,10G11与级分3的结合概况。
[0101] 图13显示了通过ELISA获得的,10E11Q‑His(SEQ ID NO:86)、12C03Q‑His(SEQ ID NO:87)和10G11Q‑His(SEQ ID NO:88)与级分3的结合。
[0102] 图14显示了未处理和10G11处理的贵腐霉菌的显微镜图像。在右侧,提供了处理过的贵腐霉菌的放大图。
[0103] 图15列出了施用不同化合物后,下部冠层中亚洲大豆锈病(Asian soybean rust)的%PESSEV的演变。
[0104] 图16列出了施用不同化合物后,中部冠层中亚洲大豆锈病的%PESSEV的演变。
[0105] 图17列出了施用不同化合物后,上部冠层中亚洲大豆锈病的%PESSEV的演变。
[0106] 图18列出了施用不同化合物后,南瓜上炭疽病严重程度的演变。
[0107] 图19列出了施用不同化合物后,葡萄串上贵腐霉菌严重程度的演变。
[0108] 图20列出了施用不同化合物后,葡萄叶上白粉病严重程度的演变。
[0109] 图21列出了施用不同化合物后,葡萄串上白粉病严重程度的演变。
[0110] 图22列出了施用不同化合物后,番茄上白粉病严重程度的演变。
[0111] 图23列出了施用不同化合物后,番茄上白粉病发病率的演变。
[0112] 图24列出了施用不同化合物后,草莓上白粉病严重程度的演变。
[0113] 图25列出了施用不同化合物后,草莓上白粉病发病率的演变。
[0114] 图26列出了施用不同化合物后,在收获时受贵腐霉菌感染的草莓果实的数量。
[0115] 图27列出了应用不同化合物后,收获后草莓果实上贵腐霉菌严重程度的演变。
[0116] 图28列出了施用不同化合物后,草莓上白粉病严重程度的演变。
[0117] 图29列出了用于确定Kd的ELISA吸收图。
[0118] 图30列出了本发明的一些多肽的序列,指示了全长序列的SEQ ID NO以及FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3和FR4区的位置。本图序列与序列表序列不一致时,以图序列为准。
[0119] 图31列出了将整个CDR2替换为其种系序列的10G11以及用参考VHH的CDR3替换整个CDR3区的10G11的抗真菌活性。结果是相对于10G11活性给出的。
[0120] 序列表描述
[0121] 序列表至少提供了表9的以下序列:
[0122]
[0123]
[0124] 表9:SEQ ID NO与多肽和CDR序列之间的相关性。

具体实施方式

[0125] 本说明书中对任何现有技术的引用不是也不应被视为承认或任何形式的暗示该现有技术在任何国家构成公知常识的一部分。
[0126] 本说明书中引用的所有文献均通过引用整体并入本文。除非另有定义,用于公开本发明的所有术语,包括技术和科学术语,具有本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义。
[0127] 将针对特定实施例描述本发明,但本发明不限于此,而仅由权利要求书限制。权利要求中的任何附图标记不应被解释为限制范围。
[0128] 定义
[0129] 在本说明书和权利要求书中使用术语“包含”时,它不排除其他要素或步骤。
[0130] 在指单数名词时使用不定冠词或定冠词例如“一(a)”或“一(an)”、“该/所述(the)”的情况下,这包括该名词的复数形式,除非另有明确说明。
[0131] 本文在提及可测量的值例如参数、量、持续时间等时所用的术语“约”,意在包括指定值+/‑10%或更小、优选地+/‑5%或更小、更优选地+/‑1%或更小并且还更优选地+/‑0.1%或更小的变化,只要这样的变化适合在所公开的发明中执行即可。应当理解的是,修饰语“约”所指的值本身也是具体且优选地公开的。
[0132] 提供以下术语或定义仅用于帮助理解本发明。除非本文特别定义,否则本文使用的所有术语都具有与本发明领域技术人员所理解的相同含义。对于本领域的定义和术语,nd从业者可特别引导至Sambrook et al.,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,2  
ed.,Cold Spring Harbor Press,Plainsview,New York(1989);and Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology(Supplement 47),John Wiley&Sons,New 
York(1999)。本文提供的定义不应被解释为具有小于本领域普通技术人员所理解的范围。
[0133] 除非另有说明,否则所有未具体详细描述的方法、步骤、技术和操作都可以按照本领域技术人员清楚的本身已知的方式执行和已被执行。例如,再次参考标准手册、上述一般背景技术和其中引用的进一步参考文献。
[0134] 如本文所用,术语“多肽”、“蛋白质”、“肽”和“氨基酸序列”可互换使用,并且是指任何长度的氨基酸的聚合形式,其可包括编码和非编码氨基酸、化学或生物化学修饰或衍生的氨基酸、以及具有修饰肽骨架的多肽。
[0135] 如本文所用,氨基酸残基将通过它们的全名或根据标准的三字母或一字母氨基酸代码来指示。
[0136] 如本文所用,术语“核酸分子”、“多核苷酸”、“多核酸”、“核酸”可互换使用,并且是指任何长度的核苷酸的聚合形式,为脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构,并且可以执行任何已知或未知的功能。多核苷酸的非限制性实例包括基因、基因片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、任何序列的分离DNA、控制区、任何序列的分离RNA、核酸探针和引物。核酸分子可以是线性的或环状的。
[0137] 如本文所用,术语“同源性”表示来自相同或不同分类单元的两个大分子之间,特别是两个多肽或多核苷酸之间的至少二级结构相似性,其中所述相似性归因于共同祖先。因此,术语“同源物”表示具有所述二级和可选三级结构相似性的如此相关的大分子。为了比较两个或更多个核苷酸序列,可以使用本领域技术人员已知的方法计算第一核苷酸序列和第二核苷酸序列之间的“(百分比)序列同一性”,例如将第一核苷酸序列中与第二核苷酸序列中相应位置的核苷酸相同的核苷酸数除以第一核苷酸序列中的核苷酸总数并乘以
100%,或通过使用用于序列比对的已知计算机算法,例如NCBI Blast。在确定两个氨基酸序列之间的序列同一性程度时,本领域技术人员可以考虑所谓的“保守”氨基酸取代,其通常可以描述为其中一个氨基酸残基被另一个氨基酸残基替代的氨基酸取代,所述另一个氨基酸残基具有相似化学结构并且对多肽的功能、活性或其他生物学特性几乎或基本没有影响。本领域技术人员将清楚可能的保守氨基酸取代。如果多个氨基酸序列和多个核酸序列在其整个长度上具有100%的序列同一性,则称它们“完全相同”。
[0138] 如本文所用,在抗体上下文中的术语“互补决定区”或“CDR”是指H(重)或L(轻)链的可变区(也分别缩写为VH和VL),并且含有能够与抗原靶特异性结合的氨基酸序列。这些CDR区导致抗体对特定抗原决定簇结构的基本特异性。这样的区域也被称为“高变区域”。CDR代表可变区内的非连续氨基酸伸展,但无论物种如何,已发现这些关键氨基酸序列在可变重链和轻链区内的位置定位在可变链氨基酸序列内具有相似的位置。所有经典抗体的可变重链和轻链均具有3个CDR区,对于各自的轻(L)和重(H)链,每个CDR区与其他(称为L1、L2、L3、H1、H2、H3)不连续。
[0139] 如本文所用,术语“亲和力”是指多肽(特别是免疫球蛋白,例如抗体,或免疫球蛋白片段,例如VHH)与抗原结合以使抗原和多肽的平衡朝向存在的由它们的结合形成复合物移动的程度。因此,例如,当抗原和抗体(片段)以相对相等的浓度组合时,高亲和力的抗体(片段)将与可用的抗原结合,从而使平衡向高浓度所得复合物移动。解离常数通常用于描‑5述蛋白质结合结构域和抗原靶之间的亲和力。通常,解离常数低于10 M。优选地,解离常数‑6 ‑7 ‑8
低于10 M,更优选地,低于10 M。最优选地,解离常数低于10 M。
[0140] 如本文所用,术语“特异性地结合”和“特异性结合”通常是指多肽(特别是免疫球蛋白,例如抗体,或免疫球蛋白片段,例如VHH)优先结合至不同抗原的均匀混合物中存在的特定抗原的能力。在某些实施方式中,特异性结合相互作用将区分样品中期望的和不期望的抗原,在一些实施方式中超过约10至100倍或更多(例如超过约1000或10,000倍)。
[0141] 因此,当如本文公开的氨基酸序列对特定靶(或其至少一部分或片段)具有亲和力、特异性和/或特异性针对该靶时,称该氨基酸序列“特异性结合”该特定靶)。
[0142] 如本文所公开的氨基酸序列的“特异性”可以基于亲和力和/或亲合力来确定。
[0143] 当本文公开的氨基酸序列结合第一靶目的抗原的亲和力比本文公开的该氨基酸序列结合第二靶目的抗原的亲和力高至少5倍(诸如至少10倍,诸如至少100倍且优选至少1000倍)时,该氨基酸序列被称为“与第二靶目的抗原相比,对第一靶目的抗原具有特异性”。因此,在某些实施方式中,当如本文所公开的氨基酸序列被称为“特异于”第一靶目的抗原而不是第二靶目的抗原时,它可以特异性地结合(如本文所定义的)第一靶目的抗原,而不特异性地结合第二靶目的抗原。
[0144] 如本文所用,术语“抑制”、“减少”和/或“防止”可以指如本文公开的氨基酸序列(的用途),该氨基酸序列特异性结合目的靶抗原并抑制、降低和/或防止目的靶抗原与其天然结合配偶体之间的相互作用。术语“抑制”、“减少”和/或“防止”还可以指如本文公开的氨基酸序列(的用途),该氨基酸序列特异性结合目的靶抗原并且如使用合适的体外、细胞或体内测定法所测量的那样,抑制、减少和/或防止目的靶抗原的生物活性。因此,“抑制”、“减少”和/或“防止”还可以指本文公开的氨基酸序列(的用途),该氨基酸序列特异性结合目的靶抗原并且抑制、减少和/或防止涉及目标靶抗原的一种或更多种生物学或生理机制、作用、反应、功能途径或活性。如本文所公开的氨基酸序列作为拮抗剂的这种作用可以以任何合适的方式和/或使用本领域已知的任何合适的(体外和通常细胞或体内)测定来确定,这取决于目的靶抗原。
[0145] 因此,更具体地,使用如本文所公开的氨基酸序列的“抑制”、“减少”和/或“防止”可以意指抑制、减少和/或防止目的靶抗原与其天然结合配偶体之间的相互作用,或抑制、降低和/或防止目的靶抗原的活性,或抑制、减少和/或防止其中涉及靶抗原的一种或多种生物学或生理机制、作用、反应、功能、途径或活性,例如与在相同条件下但不使用本文公开的氨基酸序列的相同测定法中所述目的靶抗原的活性相比,如使用合适的体外、细胞或体内测定法测量的,抑制、减少和/或防止至少10%,但优选至少20%,例如至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或更多。此外,“抑制”、“减少”和/或“防止”还可以意指与相同条件但不存在如本文公开的氨基酸序列相比,诱导目的靶抗原对其一种或多种天然结合配偶体的亲和力、亲合力、特异性和/或选择性降低,和/或诱导目的靶抗原对存在目的靶抗原的介质或环境中的一种或多种条件(例如pH、离子强度、辅因子的存在等)的敏感性降低。在本发明的上下文中,“抑制”、“减少”和/或“防止”还可以涉及变构抑制、减少和/或防止目的靶抗原的活性。
[0146] 如本文所公开的氨基酸序列的抑制或拮抗活性或者增强或激动活性可以是可逆的或不可逆的,但对于农化、药物和药理学应用,通常会可逆地发生。
[0147] 当本文所公开的氨基酸序列已经从产生它的宿主细胞和/或培养基中提取或纯化时,所述氨基酸序列被认为是本文所用的“(处于)基本分离的(形式)”。
[0148] 关于本文公开的氨基酸序列,存在于本文公开的氨基酸序列上的术语“结合区”、“结合位点”或“相互作用位点”在本文中应具有存在于靶分子上的特定位点、区域、基因座、部分或结构域的含义,所述特定位点、区域、基因座、部分或结构域负责与该靶分子结合。这样的结合区因此基本上由所述靶分子的特定位点、区域、基因座、部分或结构域组成,当结合到所述靶分子上时,其与氨基酸序列接触。
[0149] 如本文所用,“植物”是指整株植物或其一部分,包括新鲜水果、蔬菜和种子。植物或植物部分可以是活植物或其部分。此外,如本文所用的术语“植物”涵盖整株植物、植物的祖先和后代以及植物部分,包括种子、芽、茎、叶、根(包括块茎)、花以及组织和器官,其中前述的每一个包含目的基因/核酸。术语“植物”还包括植物细胞、悬浮培养物、愈伤组织、胚胎、分生组织区、配子体、孢子体、花粉和小孢子,再次其中上述的每一个都包含目的基因/核酸。
[0150] 选择合适的对照植物是实验设置的常规部分,并且可以包括相应的野生型植物或没有目的基因的相应植物。对照植物通常与待评估的植物是相同的植物物种或甚至是相同的品种。对照植物也可以是待评估植物的无效纯合子。无效纯合子是通过分离缺失转基因的个体。如本文所用,“对照植物”不仅指整株植物,还指植物部分,包括种子和种子部分。
[0151] 如本文所用,“作物”是指种植以作为食物、牲畜饲料、燃料原料或用于任何其他经济目的而收获的植物物种或品种。作为非限制性实例,所述作物可以是玉米、谷物(诸如小麦、黑麦、大麦和燕麦)、高粱、稻米、甜菜和饲料甜菜、水果、诸如梨果(例如苹果和梨)、柑桔类水果(例如橙子、柠檬、酸橙、葡萄柚或柑橘)、核果(例如桃子、油桃或李子)、坚果(例如杏仁或核桃)、无核小果(例如樱桃、草莓、黑莓或树莓)、车前草科或葡萄藤科、豆科作物(诸如豆类、扁豆、豌豆和大豆)、油料作物(诸如向日葵、红花、油菜籽、菜籽、蓖麻或橄榄、葫芦科植物(诸如黄瓜、甜瓜或南瓜)、纤维植物(诸如棉花、亚麻或大麻)、燃料作物(诸如甘蔗、芒属植物或柳枝稷)、蔬菜(诸如土豆、番茄、胡椒、生菜、菠菜、洋葱、胡萝卜、茄子、芦笋或卷心菜)、观赏植物(诸如花(例如矮牵牛花、天竺葵、玫瑰、郁金香、百合花或菊花))、灌木、阔叶树(例如白杨或杨柳)和常青树(例如松柏)、草类(诸如草坪、草皮或饲草)或其他有用的植物(诸如咖啡、茶、烟草、啤酒花、胡椒、橡胶植物或乳胶植物)。
[0152] 如本文所用,“害虫”是对植物、动物、人类或人类关切有害的生物,包括但不限于农作物害虫(如后面定义)、家庭害虫(如蟑螂、蚂蚁等)以及疾病媒介,如疟疾蚊子。
[0153] “植物害虫”、“植物病原体”或“作物害虫”在本申请中可互换使用,是指专门对植物、植物部分或植物产品,特别是用于农业的植物、植物部分或植物产品,造成损害的生物体。请注意,术语“植物害虫”或“作物害虫”是以以植物为目标并危害植物的害虫的含义使用。害虫特别属于无脊椎动物(例如昆虫(包括农业害虫、观赏植物害虫、森林害虫)。相关的作物害虫实例包括但不限于蚜虫、毛虫、苍蝇、黄蜂等,线虫(在土壤中自由生活或特别是寄生于植物根部的物种,例如根结线虫和胞囊线虫,例如大豆胞囊线虫和马铃薯胞囊线虫),螨类(如蜘蛛螨、线足螨和瘿螨)和腹足类动物(包括蛞蝓,如野缨蛞蝓、Milax spp.、Tandonia sp.、Limax spp.、Arion spp.和Veronicella spp.,和蜗牛,例如Helix spp.、Cernuella spp.、Theba spp.、Cochlicella spp.、Achatina spp.、Succinea spp.、Ovachlamys spp.、Amphibulima spp.、扎奇氏螺属、巴蜗牛属和福寿螺)、病原性真菌(包括子囊菌(如镰刀菌属、菠萝黑腐病菌属、轮枝菌属、稻瘟病菌属)、担子菌纲(如丝核菌属、野葡萄锈病菌属、柄锈菌属)和真菌样卵菌(如腐霉属和疫霉属)、细菌(如伯克霍尔德菌属和变形菌门如黄单胞菌属和假单胞菌属)、植原体、螺原体、病毒(如烟草花叶病毒和花椰菜花叶病毒)和原生动物。
[0154] 如本文所用,“微生物”是指细菌、病毒、真菌、酵母菌等并且“微生物的”是指源自微生物。
[0155] 如本文所用,“真菌”是指真核生物,属于真菌门组。本发明中的术语真菌还包括类真菌生物,例如卵菌门。卵菌门(或卵菌)形成了一个独特的类真菌真核微生物的系统发育谱系。该组最初被归类为真菌,但现代见解支持与长短鞭毛体组中的光合生物(例如褐藻和硅藻)相对较近的关系。
[0156] 如本文所用,“害虫感染”或“害虫疾病”是指由害虫引起的生物体(例如植物、动物或人类)中的任何炎症状况、疾病或病症。
[0157] 如本文所用,“真菌感染”或“真菌疾病”是指由真菌引起的活生物体(例如植物、动物或人类)中的任何炎症状况、疾病或病症。
[0158] 如本文可互换使用的“活性物质”、“活性成分”或“活性成分”是指任何生物、生化或化学要素及其衍生物、片段或基于其的化合物,包括微生物,其对受试者上且特别是植物、植物部分或基物产品上的有害生物体具有一般或特异性作用,所述有害生物体自然或通过制造产生,包括制造过程中不可避免地产生的任何杂质。
[0159] 如本文所用,“农用化学品”是指适用于农用化学品行业(包括农业、园艺、花卉栽培以及家庭和花园用途)的产品以及旨在用于非作物相关用途的产品,例如公共卫生/害虫防治操作员用于控制有害昆虫和啮齿动物,家庭用途,例如家庭杀真菌剂和农药和试剂,用于保护植物或植物的一部分、作物、鳞茎、块茎、水果(例如免受有害生物、疾病或害虫的侵害);用于控制、优选促进或增加,植物的生长;和/或用于促进植物、作物或收获的植物部分(例如其果实、花朵、种子等)的产量。此类物质的实例对本领域技术人员将是清楚的并且可以例如包括作为杀虫剂(例如接触杀虫剂或内吸杀虫剂,包括家庭用杀虫剂)、除草剂(例如接触除草剂或内吸除草剂,包括家庭用除草剂)、杀真菌剂(例如接触杀真菌剂或内吸杀真菌剂,包括家庭用杀真菌剂)、杀线虫剂(例如接触性杀线虫剂或内吸杀线虫剂,包括家庭用杀线虫剂)和其他农药或杀生物剂(例如杀死昆虫或蜗牛的药剂)具有活性的化合物;以及化肥;生长调节剂,如植物激素;微量营养素、安全剂、信息素;驱虫剂;昆虫诱饵;和/或用于调节(即增加、减少、抑制、增强和/或触发)目标植物(例如待保护的植物或待控制的植物)中或由所述目标植物的基因表达(和/或其他特征或生化过程)的活性成分,例如核酸(例如单链或双链RNA,例如在RNAi技术的背景下使用的)和本身已知用于此目的的其他因子、蛋白质、化学品等。这种农用化学品的例子对技术人员来说是清楚的;并且例如包括但不限于:草甘膦、百草枯、异丙甲草胺、乙草胺、硝磺草酮、2,4‑D、莠去津、草铵膦、草硫膦、恶唑禾草灵、二甲戊乐灵、毒莠定、氟乐灵、溴草腈、炔草酯、氟草定、烟嘧磺隆、苄嘧磺隆、咪草烟、麦草畏、吡虫啉、噻虫嗪、氟虫腈、毒死蜱、溴氰菊酯、高效氯氟氰菊酯、硫丹、甲胺磷、卡巴呋喃、噻虫胺、氯氰菊酯、阿维菌素、吡氟酰草胺、多杀菌素、茚虫威、联苯菊酯、七氟菊酯、嘧菌酯、噻虫嗪、戊唑醇、代森锰锌、氰霜唑、氟啶胺、唑菌胺酯、氟环唑、百菌清、铜杀真菌剂、肟菌酯、丙硫菌唑、苯醚甲环唑、多菌灵、丙环唑、托布津、硫、啶酰菌胺和其他已知的农业化学品或其任何合适的组合。
[0160] 如本文所用,“农化组合物”是指用于农用化学品用途的组合物,如进一步定义的,包含至少一种活性物质,可选地具有一种或多种有利于农用化学品的最佳分散、雾化、沉积、叶片润湿、分布、保留和/或吸收的添加剂。从本文的进一步描述中将变得清楚的是,如本文所用的农化组合物包括生物控制剂或生物农药(包括但不限于生物杀生物剂、生物抑制剂、真菌抑制剂和杀真菌剂)并且这些术语将在本申请中可互换使用。因此,如本文所用的农化组合物包括包含至少一种生物分子作为活性成分、物质或成分的组合物,用于控制植物或其他农业相关环境(例如土壤中)中的害虫。在本文公开的农化组合物中用作活性成分的生物分子的非限制性实例是蛋白质(包括抗体及其片段,例如但不限于抗体的重链可变结构域片段,包括VHH)、核酸序列、(多)糖类、脂类、维生素、激素糖脂、甾醇和甘油脂。
[0161] 作为非限制性实例,本文公开的农化组合物中的添加剂可包括但不限于稀释剂、溶剂、助剂、表面活性剂、润湿剂、铺展剂、油、胶粘剂、增稠剂、渗透剂、缓冲剂、酸化剂、抗沉降剂、防冻剂、光保护剂、消泡剂、杀生物剂和/或漂移控制剂。
[0162] 如本文所用的“生物抑制组合物”或“生物抑制剂”是指任何活性成分、物质或成分,或包含用于生物抑制用途的任何活性成分、物质或成分的组合物(如本文进一步定义),其包含至少一种活性生物抑制物质或成分,可选与一种或多种有利于所述活性物质或成分的最佳分散、雾化、沉积、叶片润湿、分布、保留和/或吸收的添加剂组合。作为非限制性实例,此类添加剂是稀释剂、溶剂、助剂、(离子)表面活性剂、润湿剂、铺展剂、油、胶粘剂、增稠剂、渗透剂、缓冲剂、酸化剂、抗沉降剂、防冻剂、光保护剂、消泡剂、杀生物剂、蛋白酶抑制剂和/或漂移控制剂。
[0163] 如本文所用的“杀生物组合物”或“杀生物剂”是指任何活性成分、物质或成分,或包含用于杀生物用途的任何活性成分、物质或成分的组合物(如本文进一步定义),其包含至少一种活性杀生物物质或成分,可选与一种或多种有利于所述活性物质或成分的最佳分散、雾化、沉积、叶片润湿、分布、保留和/或吸收的添加剂组合。作为非限制性实例,此类添加剂是稀释剂、溶剂、助剂、(离子)表面活性剂、润湿剂、铺展剂、油、胶粘剂、增稠剂、渗透剂、缓冲剂、酸化剂、抗沉降剂、防冻剂、光保护剂、消泡剂、杀生物剂、蛋白酶抑制剂和/或漂移控制剂。
[0164] 如本文所用的“抑真菌组合物”或“抑真菌剂”是指任何活性成分、物质或成分,或包含用于抑菌用途的任何活性成分、物质或成分的组合物(如本文进一步定义),其包含至少一种活性抑真菌物质或成分,可选与一种或多种有利于所述活性物质或成分的最佳分散、雾化、沉积、叶片润湿、分布、保留和/或吸收的添加剂组合。作为非限制性实例,此类添加剂是稀释剂、溶剂、助剂、(离子)表面活性剂、润湿剂、铺展剂、油、胶粘剂、增稠剂、渗透剂、缓冲剂、酸化剂、抗沉降剂、防冻剂、光保护剂、消泡剂、杀生物剂、蛋白酶抑制剂和/或漂移控制剂。
[0165] 如本文所用的“杀真菌组合物”或“杀真菌剂”是指任何活性成分、物质或成分,或包括用于杀真菌用途的任何活性成分、物质或成分的组合物(如本文进一步定义),其包含至少一种活性杀真菌物质或成分,可选与一种或多种有利于所述活性物质或成分的最佳分散、雾化、沉积、叶片润湿、分布、保留和/或吸收的添加剂组合。作为非限制性实例,此类添加剂是稀释剂、溶剂、助剂、(离子)表面活性剂、润湿剂、铺展剂、油、胶粘剂、增稠剂、渗透剂、缓冲剂、酸化剂、抗沉降剂、防冻剂、光保护剂、消泡剂、杀生物剂、蛋白酶抑制剂和/或漂移控制剂。
[0166] 如本文所用,“农化用途”不仅包括适用于和/或打算用于田间生长作物(例如农业)的上述农用化学品(例如农药、生长调节剂、营养素/肥料、驱虫剂、脱叶剂等)的用途,还包括打算用于温室种植作物(例如园艺/花卉栽培)或水耕栽培系统的上述农用化学品(例如农药、生长调节剂、营养素/肥料、驱虫剂、脱叶剂等)的用途,和甚至适用于和/或打算用于非作物用途的上述农业化学品的用途,例如用于私人花园、家庭用途(例如家庭使用的除草剂或农药)或由害虫控制操作员(例如杂草控制等)使用。
[0167] 如本文所用,“生物抑制(效果)”或“生物抑制用途”包括活性物质(可选地包含在如本文所定义的生物抑制、杀生物、杀真菌或抑真菌的组合物中)用于控制、调节或干扰害虫(例如植物害虫或植物病原体)的有害活性的任何效果或用途,包括但不限于抑制害虫的生长或活性,改变害虫的行为,以及驱除或吸引植物、植物部分或它农业相关环境中的害虫,例如用于家庭用途或土壤中。
[0168] 如本文所用,“杀生物(效果)”或“杀生物用途”包括活性物质(可选地包含在如本文所定义的杀生物或杀真菌组合物中)用于控制、调节或干扰生物害虫(例如植物害虫或植物病原体)的有害活性的任何效果或用途,包括但不限于杀死害虫、抑制害虫的生长或活性、改变害虫的行为、以及驱除或吸引植物、植物部分或其他农业相关环境中的害虫,例如用于家庭用途或土壤中。
[0169] 如本文所用,“抑真菌(效果)”或“抑真菌用途”包括活性物质(可选地包含在如本文所定义的杀真菌或抑真菌组合物中)用于控制、调节或干扰真菌的有害活性的任何效果或用途,包括但不限于抑制真菌的生长或活性、改变真菌的行为、以及驱除或吸引植物、植物部分或其他农业相关环境中的真菌,例如用于家庭用途或在土壤中。
[0170] 如本文所用,“杀真菌(效果)”或“杀真菌用途”包括活性物质(可选地包含在如本文所定义的杀真菌组合物中)用于控制、调节或干扰真菌的有害活性的任何效果或用途,包括但不限于杀死真菌、抑制真菌的生长或活性、改变真菌的行为、以及驱除或吸引植物、植物部分或其他农业相关环境中的真菌,例如用于家庭用途或在土壤中。
[0171] 如本文可互换使用的“杀虫活性”或“杀生物活性”是指干扰害虫的有害活性,包括但不限于杀死害虫、抑制害虫的生长或活性、改变害虫的行为、驱除或吸引害虫。
[0172] 如本文所用,“生物抑制活性”是指干扰害虫的有害活性,包括但不限于抑制害虫的生长或活性、改变害虫的行为、驱除或吸引害虫。
[0173] 活性成分、物质或成分或者包含杀虫、杀生物或生物抑制活性成分、物质或成分的组合物或药剂的杀虫、杀生物或生物抑制活性可以表示为药剂的最低抑制活性(MIC)(以浓度单位表示,例如mg/mL),但不限于此。
[0174] 如本文所用,“杀真菌活性”是指干扰真菌的有害活性,包括但不限于杀死真菌、抑制真菌的生长或活性、改变真菌的行为、以及排斥或吸引真菌。
[0175] 如本文所用,“抑真菌活性”是指干扰真菌的有害活性,包括但不限于抑制真菌的生长或活性、改变真菌的行为、以及排斥或吸引真菌。
[0176] 活性成分、物质或成分或包含杀虫、杀生物或生物抑制活性成分、物质或成分的组合物或药剂的杀真菌或抑真菌活性可以表示为药剂的最低抑制活性(MIC)(以浓度单位表示,例如mg/mL),但不限于此。
[0177] 如本文所用,“载体”是指任何固体、半固体或液体载体,其中或其上可以适当地掺入、包括、固定、吸附、吸收、结合、包封、嵌入、附着或包含活性物质。此类载体的非限制性实例包括纳米胶囊、微胶囊、纳米球、微球、纳米颗粒、微粒、脂质体、囊泡、珠子、凝胶、弱离子树脂颗粒、脂质体、蜗形递送载体、小颗粒、颗粒、纳米管、巴基球、作为油包水乳液一部分的水滴、作为水包油乳液的一部分的油滴、有机材料(如软木、木材或其他植物衍生材料(例如形式为种子壳、木片、纸浆、球体、珠子、片材或任何其他合适的形式)、纸或硬纸板)、无机材料(如滑石、粘土、微晶纤维素、二氧化硅、氧化铝、硅酸盐和沸石)或甚至微生物细胞(如酵母细胞)或其合适的级分或片段。
[0178] 如本文所用,术语“抗体”是指多克隆抗体、单克隆抗体、人源化抗体、单链抗体及其片段,例如Fab F(ab)2、Fv以及保留亲本抗体抗原结合功能的其他片段。因此,抗体可以指免疫球蛋白或糖蛋白,或其片段或部分,或指包含包括在修饰的免疫球蛋白样框架内的抗原结合部分的构建体,或指包含在包含非免疫球蛋白样框架或支架的构建体中的抗原结合部分。
[0179] 如本文所用,术语“单克隆抗体”是指具有同质抗体群的抗体组合物。该术语不受抗体的种类或来源的限制,也不旨在受其制备方式的限制。该术语包括完整的免疫球蛋白以及片段,例如Fab、F(ab)2、Fv和保留抗体的抗原结合功能的其他片段。任何哺乳动物物种的单克隆抗体都可用于本发明。然而,在实践中,抗体通常是大鼠或鼠源的,因为大鼠或鼠细胞系可用于制备所需的杂交细胞系或杂交瘤以产生单克隆抗体。
[0180] 如本文所用,术语“多克隆抗体”是指具有异质抗体群的抗体组合物。多克隆抗体通常来源于免疫动物或选定人类的混合血清。
[0181] 如本文所用,“抗体的重链可变结构域或其功能片段”意指(i)天然没有轻链的重链抗体的重链的可变结构域(下文也称为VHH),包括但不限于骆驼科或鲨鱼的重链抗体的重链的可变结构域,或(ii)常规四链抗体的重链的可变结构域(以下也称为VH),包括但不限于常规四链抗体的重链的骆驼化(如本文进一步定义)可变结构域(下文也称为骆驼化VH)。
[0182] 如下文进一步描述的,抗体的重链可变结构域的氨基酸序列和结构可以被认为但不限于此由四个框架区或“FR”组成,所述框架区在本领域中和下文中分别称为“框架区1”或“FR1”;“框架区2”或“FR2”;“框架区域3”或“FR3”;和为“框架区4”或“FR4”,所述框架区被三个互补决定区或“CDR”中断,所述互补决定区在本领域中分别称为“互补决定区1”或“CDR1”;“互补决定区2”或“CDR2”;和“互补决定区3”或“CDR3”。
[0183] 还如下文进一步描述的,抗体的重链可变结构域(包括VHH或VH)中的氨基酸残基总数可以在110‑130的左右,优选为112‑115且最优选113。然而应当注意的是,抗体的重链可变结构域的部分、片段或类似物关于其长度和/或大小没有特别限制,只要这些部分、片段或类似物保留(至少部分)功能活性,例如杀虫、杀生物、生物抑制活性、杀真菌或抑真菌活性(如本文所定义),和/或保留(至少部分)这些部分、片段或类似物源性的抗体的原始重链可变结构域的结合特异性。保留(至少部分)功能活性(例如杀虫、杀生物、抑制生物活性、杀真菌或抑制真菌活性(如本文所定义))和/或保留(至少部分)这些部分、片段或类似物源性的抗体的原始重链可变结构域的结合特异性的部分、片段或类似物,在本文中也进一步称为重链可变结构域的“功能片段”。
[0184] 对重链可变结构域的氨基酸残基进行编号的方法是由Chothia et al.(Nature 342,877‑883(1989))描述的方法,所谓的“AbM定义”和所谓的“接触定义”。在本文中,这是采用的编号系统。
[0185] 或者,抗体的重链可变结构域(包括VHH或VH)的可变结构域的氨基酸残基可以根据Kabat et al.(“Sequence of proteins of immunological interest”,US Public Health Services,NIH Bethesda,Md.,Publication No.91)给出的重链可变结构域的通用编号来编号,如在上面提到的Riechmann and Muyldermans的文章中应用于骆驼科动物的VHH结构域(参见例如所述参考文献的图2)。
[0186] 对于重链抗体及其可变结构域的一般描述,尤其参考以下参考文献,提及这些参考文献作为一般背景技术:Vrije Universiteit Brussel的WO 94/04678、WO 95/04079和WO 96/34103;Unilever的WO 94/25591、WO 99/37681、WO 00/40968、WO 00/43507、WO 00/65057、WO 01/40310、WO 01/44301、EP 1134231和WO 02/48193;Vlaams Instituut voor Biotechnologie(VIB)的WO 97/49805、WO 01/21817、WO 03/035694、WO03/054016和WO 03/
055527;Algonomics N.V.和Ablynx NV的WO03/050531;National Research Council of Canada的WO 01/90190;Institute of Antibodies的WO 03/025020(=EP 1 433 793);以及Ablynx的WO04/041867、WO 04/041862、WO 04/041865、WO 04/041863、WO 04/062551;
Hamers‑Casterman et al.,Nature 1993Jun.3;363(6428):446‑8。
[0187] 通常,应注意的是,本文以最广义使用的术语“重链可变结构域”不限于特定的生物来源或特定的制备方法。例如,如下文将更详细讨论的,本发明的重链可变结构域可以通过以下方式获得:(1)通过分离天然存在的重链抗体的VHH结构域;(2)通过分离天然存在的四链抗体的VH结构域;(3)通过表达编码天然存在的VHH结构域的核苷酸序列;(4)通过表达编码天然存在的VH结构域的核苷酸序列;(5)通过“骆驼化”(如下所述)来自任何动物物种(特别是哺乳动物物种,例如来自人类)的天然存在的VH结构域,或通过表达编码此类骆驼化VH结构域的核酸;(6)通过Ward et al(同上)描述的“结构域抗体”或“Dab”的“骆驼化”,或通过表达编码此类骆驼化VH结构域的核酸;(7)使用用于制备蛋白质、多肽或其他氨基酸序列的合成或半合成技术;(8)通过使用核酸合成技术制备编码VHH或VH的核酸,然后表达由此获得的核酸;和/或(9)通过前述的任何组合。用于执行前述的合适方法和技术基于本文的公开内容对本领域技术人员来说将是清楚的,并且例如包括下文更详细描述的方法和技术。
[0188] 然而,根据一个具体实施方式,如本文所公开的重链可变结构域不具有与天然存在的VH结构域的氨基酸序列(例如来自哺乳动物,特别是来自人类的天然存在的VH结构域的氨基酸序列)完全相同(即与其具有100%的序列同一性程度)的氨基酸序列。
[0189] 如本文所用,术语“有效量”和“有效剂量”是指实现所需结果或多个结果所需的量。
[0190] 如本文所用,术语“确定”、“测量”、“评估”、“监测”和“测定”可互换使用,并且包括定量和定性确定。
[0191] 本说明书中引用的所有文献均通过引用整体并入本文。除非另有定义,用于公开本发明的所有术语,包括技术和科学术语,具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。通过进一步的指导,包括术语定义以更好地理解本发明的教导。
[0192] 多肽
[0193] 本文公开的多肽通常能够与真菌结合。该多肽由此导致所述真菌的孢子生长的延迟和/或所述真菌的孢子的裂解。也就是说,多肽与真菌的结合导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。
[0194] 本发明的和用于本发明的多肽可以(特异性地)结合真菌的膜或真菌膜的组分。在一些实施方式中,本发明的和用于本发明的多肽不(特异性地)结合真菌的细胞壁或细胞壁的组分。例如,在一些实施方式中,本发明的和用于本发明的多肽不(特异性地)结合真菌的葡糖神经酰胺。
[0195] 多肽可能能够(特异性地)结合真菌质膜的含脂质的级分,例如贵腐霉菌或其他真菌的含脂质的级分。含脂质的级分(贵腐霉菌或其他的)可以是通过色谱法能够获得的。可以对获自真菌菌丝和/或分生孢子的粗脂质提取物(本文也称为总脂质提取物或TLE)进行色谱。色谱法可以是例如薄层色谱法或正相快速色谱法。色谱法(例如薄层色谱法)可以在基材上进行,例如涂有硅胶的玻璃板。色谱可以使用氯仿/甲醇混合物(例如85/15%v/v)作为洗脱液进行。
[0196] 例如,含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:
[0197] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,并且选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0198] 在更具体的实施方式中,所述含脂质级分可以通过包括以下各项的方法获得:
[0199] 使用氯仿/甲醇混合物(例如85/15%v/v)作为洗脱液,在二氧化硅涂层载玻片上通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0200] 或者,可以使用正相快速色谱法获得级分。在这种方法中,该方法可以包含:
[0201] 通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0202] 在更具体的实施方式中,含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:
[0203] 通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包含将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中并使用CH2Cl2/MeOH(例如85/15%,v/v)作为洗脱液,然后通过过滤器过滤级分。
[0204] 在更具体的实施方式中,含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:
[0205] 通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包含将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中,将TLE加载到相闪蒸柱(例如具有15μm颗粒的闪蒸柱)中,以CH2Cl2/MeOH(85/15%,v/v)作为洗脱液运行色谱柱,以及通过过滤器(例如带有尼龙膜的0.45μm注射器过滤器)过滤级分并干燥级分。
[0206] 来自色谱的级分可以在测试多肽与级分的结合或与级分的相互作用之前进行处理。例如,可以制备包含级分的脂质体。这种方法可以包括使用薄膜水合。例如,在这样的方法中,脂质体可以通过添加1,6‑二苯基‑1,3,5‑己三烯(DPH)使用薄膜水合来制备。通过多肽结合之前和之后的荧光变化(或通过参考合适的对照)可以测量通过多肽结合对膜的结合和/或破坏。
[0207] 因此,在一些实施方式中,本发明的多肽和用于本发明的多肽可以(特异性地)结合真菌质膜的含脂质的色谱级分,可选地其中在测试多肽与其结合之前将所述含脂质的色谱级分制备到脂质体中。
[0208] 多肽与真菌的含脂质的级分的结合可以通过任何合适的方法来确认,例如生物层干涉法。可以测试与含脂质级分的特异性相互作用。例如,当将级分制备到脂质体中时,例如使用薄膜水合,可以确定多肽是否能够破坏脂质级分。
[0209] 在涉及色谱的方法中,可以在色谱法步骤之前进行提取步骤。例如,可以对真菌菌丝和/或分生孢子进行提取步骤,以提供对进行色谱的粗脂质提取物或总脂质提取物。例如,在一些实施方式中,可以在室温下提取真菌菌丝和/或分生孢子(例如尖孢镰刀菌或贵腐霉菌的真菌菌丝和/或分生孢子),例如使用2:1和1:2(v/v)比例的氯仿:甲醇。可以合并如此制备的提取物并干燥以提供粗脂质提取物或TLE。
[0210] 因此,在一些实施方式中,多肽可能能够(特异性地)结合真菌(例如尖孢镰刀菌或贵腐霉菌)质膜的含脂质的级分,其中真菌质膜的含脂质的级分通过色谱法获得或可获得。色谱可以是正相快速色谱或薄层色谱。多肽与脂质与含脂质级分的结合可根据生物层干涉法确定。在一些实施方式中,色谱步骤可以对通过包含从来自真菌样品的真菌菌丝和/或分生孢子中提取脂质的方法获得或可获得的粗脂质级分进行。提取步骤可以使用2:1和1:2(v/v)比例的氯仿:甲醇以提供两种提取物,然后合并提取物。
[0211] 在与薄层色谱相关的方法中,色谱可以包括步骤:
[0212] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌菌丝,并且选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0213] 在涉及薄层色谱的一些方法中,色谱可以包括步骤:
[0214] 在二氧化硅涂覆的载玻片上,使用氯仿/甲醇混合物(例如85/15%v/v)作为洗脱液,通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0215] 在与正相快速色谱相关的方法中,色谱可以包括步骤:
[0216] 通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0217] 在与正相快速色谱相关的一些方法中,色谱可以包括步骤:
[0218] 通过总脂质提取物正相快速色谱法分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包含将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中并使用CH2Cl2/MeOH(例如85/15%,v/v)作为洗脱液,然后通过过滤器过滤级分。
[0219] 在与正相快速色谱相关的一些方法中,色谱可以包括步骤:
[0220] 通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包括将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中,将TLE加载到相闪蒸柱(例如具有15μm颗粒的闪蒸柱)中,以CH2Cl2/MeOH(85/15%,v/v)作为洗脱液运行色谱柱,以及通过过滤器(例如带有尼龙膜的0.45μm注射器过滤器)过滤级分并干燥级分。
[0221] 在一些方面,本发明提供了一种多肽,包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至51和101至111,或与SEQ ID NO:1至51和101至111具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0222] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至10、12至51和101至111,或与SEQ ID NO:1至10、12至51和101至111具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0223] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至6,或与SEQ ID NO:1至6具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%的同一性的序列。
[0224] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:1或与SEQ ID NO:1具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0225] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:2,或与SEQ ID NO:2具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0226] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:3,或与SEQ ID NO:3具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0227] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:4,或与SEQ ID NO:4具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0228] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:5,或与SEQ ID NO:5具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0229] 在一个方面,本发明提供了一种多肽,包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:6,或与SEQ ID NO:6具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0230] 在另一方面,本发明提供了一种多肽,包含:
[0231] CDR1区,其包含选自SEQ ID NO:52至67和112至122的序列或由该序列组成;
[0232] CDR2区,其包含选自SEQ ID NO:68至83和123至133的序列或由该序列组成;
[0233] CDR3区,其包含选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列或由该序列组成。
[0234] 在另一方面,本发明提供了一种多肽,包含:
[0235] CDR1区,其包含选自SEQ ID NO:52、53和54的序列或由该序列组成;
[0236] CDR2区,其包含选自SEQ ID NO:68、69和70的序列或由该序列组成;和
[0237] CDR3区,其包含选自SEQ ID NO:84、85和86的序列或由该序列组成。
[0238] 在另一方面,本发明提供了一种多肽,包含:
[0239] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区,包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0240] 包含SEQ ID NO:53或由SEQ ID NO:53组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:69或由SEQ ID NO:69组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:85或由SEQ ID NO:85组成的CDR3区;
[0241] 包含SEQ ID NO:54或由SEQ ID NO:54组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:70或由SEQ ID NO:70组成的CDR2区、和包含SEQ ID NO:86或由SEQ ID NO:86组成的CDR3区;
[0242] 包含SEQ ID NO:55或由SEQ ID NO:55组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0243] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:71或由SEQ ID NO:71组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0244] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:87或由SEQ ID NO:87组成的CDR3区;
[0245] 包含SEQ ID NO:55或由SEQ ID NO:55组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:71或由SEQ ID NO:71组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:87或由SEQ ID NO:87组成的CDR3区;
[0246] 包含SEQ ID NO:56或由SEQ ID NO:56组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0247] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:88或由SEQ ID NO:88组成的CDR3区;
[0248] 包含SEQ ID NO:56或由SEQ ID NO:56组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:88或由SEQ ID NO:88组成的CDR3区;
[0249] 包含SEQ ID NO:57或由SEQ ID NO:57组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0250] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:89或由SEQ ID NO:89组成的CDR3区;
[0251] 包含SEQ ID NO:57或由SEQ ID NO:57组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:89或由SEQ ID NO:89组成的CDR3区;
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[0253] 包含SEQ ID NO:59或由SEQ ID NO:59组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0254] 包含SEQ ID NO:60或由SEQ ID NO:60组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0255] 包含SEQ ID NO:61或由SEQ ID NO:61组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0256] 包含SEQ ID NO:62或由SEQ ID NO:62组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0257] 包含SEQ ID NO:63或由SEQ ID NO:63组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0258] 包含SEQ ID NO:64或由SEQ ID NO:64组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0259] 包含SEQ ID NO:65或由SEQ ID NO:65组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0260] 包含SEQ ID NO:66或由SEQ ID NO:66组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0261] 包含SEQ ID NO:67或由SEQ ID NO:67组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0262] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:72或由SEQ ID NO:72组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0263] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:73或由SEQ ID NO:73组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0264] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:74或由SEQ ID NO:74组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0265] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:75或由SEQ ID NO:75组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0266] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:76或由SEQ ID NO:76组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0267] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:77或由SEQ ID NO:77组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0268] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:78或由SEQ ID NO:78组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0269] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:79或由SEQ ID NO:79组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0270] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:80或由SEQ ID NO:80组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0271] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:81或由SEQ ID NO:81组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0272] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:82或由SEQ ID NO:82组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0273] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:83或由SEQ ID NO:83组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0274] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:84或由SEQ ID NO:84组成的CDR3区;
[0275] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:90或由SEQ ID NO:90组成的CDR3区;
[0276] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:91或由SEQ ID NO:91组成的CDR3区;
[0277] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:92或由SEQ ID NO:92组成的CDR3区;
[0278] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:93或由SEQ ID NO:93组成的CDR3区;
[0279] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:94或由SEQ ID NO:94组成的CDR3区;
[0280] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:95或由SEQ ID NO:95组成的CDR3区;
[0281] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:96或由SEQ ID NO:96组成的CDR3区;
[0282] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:97或由SEQ ID NO:97组成的CDR3区;
[0283] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:98或由SEQ ID NO:98组成的CDR3区;
[0284] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:99或由SEQ ID NO:99组成的CDR3区;
[0285] 包含SEQ ID NO:52或由SEQ ID NO:52组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由SEQ ID NO:68组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:100或由SEQ ID NO:100组成的CDR3区;
[0286] 包含SEQ ID NO:112或由SEQ ID NO:112组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:123或由SEQ ID NO:123组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:134或由SEQ ID NO:134组成的CDR3区;
[0287] 包含SEQ ID NO:113和由SEQ ID NO:113组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:124和由SEQ ID NO:124组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:135和由SEQ ID NO:135组成的CDR3区;
[0288] 包含SEQ ID NO:114和由SEQ ID NO:114组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:125和由SEQ ID NO:125组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:136和由SEQ ID NO:136组成的CDR3区;
[0289] 包含SEQ ID NO:115和由SEQ ID NO:115组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:126和由SEQ ID NO:126组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:137和由SEQ ID NO:137组成的CDR3区;
[0290] 包含SEQ ID NO:116和由SEQ ID NO:116组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:127和由SEQ ID NO:127组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:138和由SEQ ID NO:138组成的CDR3区;
[0291] 包含SEQ ID NO:117和由SEQ ID NO:117组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:128和由SEQ ID NO:128组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:139和由SEQ ID NO:139组成的CDR3区;
[0292] 包含SEQ ID NO:118和由SEQ ID NO:118组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:129和由SEQ ID NO:129组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:140和由SEQ ID NO:140组成的CDR3区;
[0293] 包含SEQ ID NO:119和由SEQ ID NO:119组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:130和由SEQ ID NO:130组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:141和由SEQ ID NO:141组成的CDR3区;
[0294] 包含SEQ ID NO:120和由SEQ ID NO:120组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:131和由SEQ ID NO:131组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:142和由SEQ ID NO:142组成的CDR3区;
[0295] 包含SEQ ID NO:121和由SEQ ID NO:121组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:132和由SEQ ID NO:132组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:143和由SEQ ID NO:143组成的CDR3区;或[0296] 包含SEQ ID NO:122和由SEQ ID NO:122组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:133和由SEQ ID NO:133组成的CDR2区;和包含SEQ ID NO:144和由SEQ ID NO:144组成的CDR3区。
[0297] 在一些实施方式中,多肽仅包含上述多肽的指定CDR1和CDR2序列,因为CDR3区可能更易于替换而不丧失活性(如用不相关的CDR3(即不结合真菌的CDR3)替换CDR3区所证明的)。因此,CDR3区序列是可选的。一般而言,多肽仍可包含CDR3区(例如以确保其保持结构完整性),但CDR3区的序列不太重要。例如,多肽可以包含CDR1区、CDR2区和CDR3区,其中CDR1和CDR2区各自包含如本文指定的序列或由该指定序列组成,但CDR3区包含任何序列(例如具有8至16个氨基酸残基长度的任何序列)。
[0298] 本文定义的多肽可以适当地具有某些框架区序列。例如,多肽可以包含:包含选自SEQ ID NO:149、150、154、155、158和159的序列或由该序列组成的框架区1(FR1)序列,包含选自SEQ ID NO:151、156和160的序列或由该序列组成的框架区2(FR2)序列,包含选自SEQ ID NO:152、157和161的序列或由该序列组成的构架区3(FR3)序列,以及包含SEQ ID NO:153或由SEQ ID NO:153组成的构架区4(FR4)序列。
[0299] 在一些实施方式中,例如与本文称为10G11的克隆的或衍生自该克隆的任何多肽相关的那些,包括10G11Q、任何突变体1至11或任何单个ALA突变体1至34、任何突变体10G11‑A至10G11K,并且包括与其具有任何特定序列同一性或来自它的任何取代的任何多肽,可包含:包含选自SEQ ID NO:149和150的序列或由该序列组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:151或由SEQ ID NO:151组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:152或由SEQ ID NO:152组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由SEQ ID NO:153组成的框架区4(FR4)序列。
[0300] 在一些实施方式中,例如与本文称为10E11的克隆的或衍生自该克隆的任何多肽相关的那些,包括10E11Q,并且包括与其具有任何特定序列同一性或来自它的任何取代的任何多肽,可包含:包含选自SEQ ID NO:154和155的序列或由该序列组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:156或由SEQ ID NO:156组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:157或由SEQ ID NO:157组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由SEQ ID NO:
153组成的框架区4(FR4)序列的序列。
[0301] 在一些实施方式中,例如与本文称为12C03的克隆的或衍生自该克隆的任何多肽相关的那些,包括12C03Q,并且包括与其具有任何特定序列同一性或来自它的任何取代的任何多肽,可包含:包含选自SEQ ID NO:158和159的序列或由该序列组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:160或由SEQ ID NO:160组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:161或由SEQ ID NO:161组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由SEQ ID NO:
153组成的框架区4(FR4)序列。
[0302] CDR和框架区可以根据Kabat编号系统定义。
[0303] 在一些实施方式中,多肽的长度可以是80至200个残基。
[0304] 本发明的多肽可以组合物的形式提供,例如农化组合物。
[0305] 包含至少一种多肽的组合物
[0306] 一方面,本发明人提供了包含至少一种多肽的农化组合物,多肽可以特异性结合害虫。重要的是,通过与害虫的特定分子结构的这种相互作用,本文公开的组合物能够抑制、防止或降低植物病原体的一种或多种生物活性,从而使植物病原体生长被抑制、防止或减少。在某些实施方式中,本文公开的农化组合物能够通过至少一种多肽的特异性相互作用杀死植物害虫,多肽可以特异性结合害虫并且包含在组合物中。
[0307] 因此,本文公开的农化组合物通过与植物害虫的靶上存在的结合位点结合,从而影响所述害虫的天然生物活性(例如但不限于生长)和/或该害虫的结构靶参与的一种或多种生物途径,从而可用于调节(例如降低或抑制)植物害虫的生物功能。
[0308] 此外,与本领域已知的传统免疫球蛋白和非免疫球蛋白结合剂相比,包含如本文公开的至少一种多肽的组合物具有几个附加优点。实际上,在某些实施方式中,本文公开的氨基酸序列是分离的重链免疫球蛋白可变结构域,其比常规的四链抗体更有效且更稳定,导致(1)更低的剂型、更低的剂量频率,因此更少副作用;和(2)提高的稳定性,从而提供更广泛的给药途径选择。由于它们的小尺寸,重链免疫球蛋白可变结构域具有跨膜并渗透到其他较大的多肽和蛋白质无法进入的生理区室、组织和器官的能力。
[0309] 在一个具体但非限制性的实施方式中,所述包含在如本文公开的组合物中的至少一种多肽可以是包含免疫球蛋白折叠或在合适的条件(例如生理条件)下能够形成免疫球蛋白折叠(即通过折叠)的多肽。尤其参考Halaby et al.,J.(1999)Protein Eng.12,563‑71的综述。优选地,当适当折叠以形成免疫球蛋白折叠时,这样的多肽序列能够特异性结合(如本文所定义的)靶或抗原;并且更优选地,能够以如本文所定义的亲和力(适当地测量和/或表示为KD‑值(实际或表观)、KA‑值(实际或表观)、kon‑率和/或koff‑率或替代地为IC50值,如本文进一步描述的)与害虫靶或害虫抗原结合。此外,此类多肽序列的部分、片段、类似物、突变体、变体、等位基因和/或衍生物优选地使得它们包含免疫球蛋白折叠或能够在合适的条件下形成免疫球蛋白折叠。
[0310] 在具体的实施方式中,本发明提供了一种用于防治植物害虫(更特别是植物真菌)的农化组合物或生物农药组合物,该组合物包含80至200个氨基酸的至少一种多肽或氨基酸序列作为活性物质。注意,本文使用的“80至200个氨基酸”是指从80到200,即包括80个氨基酸的量,也包括200个氨基酸的量。因此,“80至200个氨基酸”可以与“从80到200个氨基酸”互换使用。
[0311] 在某些进一步的实施方式中,本发明提供了一种用于防治植物害虫的农化组合物,包含80至200个氨基酸的至少两种(不同的)多肽或至少两种(不同的)氨基酸序列作为活性物质。
[0312] 在更进一步的实施方式中,本发明提供了一种用于防治植物害虫的农化组合物,该组合物包含80至200个氨基酸的至少三种(不同的)多肽或至少三种(不同的)氨基酸序列作为活性物质。还设想了不同多肽的其他组合。
[0313] 根据本发明的农化组合物是如本文所定义的用于防治如前定义的植物害虫农化组合物,意指农化组合物,更特别是包含在该农化组合物中的如前定义的活性物质,能够干扰(优选减少或阻止)一种或多种植物害虫对一种或多种植物(优选作物)的有害影响。
[0314] 本文公开的组合物中包含的多肽或氨基酸序列可以是天然存在的多肽或氨基酸序列,它们可以衍生自天然存在的多肽,或者它们可以完全人工设计或合成。多肽或氨基酸序列可以是基于免疫球蛋白的,或者它们可以基于存在于蛋白质中的结构域,所述蛋白质包括但不限于微生物蛋白质、蛋白酶抑制剂、毒素、纤连蛋白、脂质运载蛋白、单链反平行卷曲螺旋蛋白或重复基序蛋白。具有本文所述的氨基酸长度范围的此类多肽的非限制性实例包括碳水化合物结合结构域(Blake et al(2006)J.Biol.Chem.281,29321‑29329)、重链抗体(hcAb)、单结构域抗体(sdAb)、微型抗体(Tramontano et al(1994)J.Mol.Recognition 7,9‑24)、骆驼重链抗体的可变结构域(VHH)、新抗原受体的可变结构域(VNAR)、亲和体(Nygren P.A.(2008)FEBS J.275,2668‑2676)、α抗体(alphabodies)(参见WO2010066740)、设计的锚蛋白重复结构域(DARPins)(Stumpp et al(2008)Drug Discovery Today 13,
695‑701)、抗运载蛋白(anticalin)(Skerra et al(2008)FEBS J.275,2677‑2683)、打结素(Kolmar et al(2008)FEBS J.275,2684‑2690)和工程化CH2结构域(纳米抗体,参见
Dimitrov DS(2009)mAbs1,26‑28)。特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列由单个多肽链组成并且未经翻译后修饰。更特别地,所公开的多肽或氨基酸序列源自先天性或适应性免疫系统,优选源自先天性或适应性免疫系统的蛋白质。还更特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列源自免疫球蛋白。最特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列包含4个框架区和3个互补决定区,或其任何合适的片段(则其通常将含有形成至少一个互补决定区的至少一些氨基酸残基)。特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列易于以高产率生产,优选在微生物重组表达系统中生产,并且便于随后分离和/或纯化。特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列选自DARPins、打结素、α抗体和VHH。更特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列选自α抗体和VHH。最特别地,本文公开的多肽或氨基酸序列是VHH。
[0315] 特别地,包含在本文公开的组合物中的所述至少一种多肽可以由单个多肽链组成并且未经翻译后修饰。更特别地,包含在本文公开的组合物中的所述至少一种多肽可以源自先天性或适应性免疫系统,优选源自先天性或适应性免疫系统的蛋白质。还更特别地,包含在如本文所公开的组合物中的所述至少一种多肽可以衍生自免疫球蛋白。最特别地,包含在本文公开的组合物中的所述至少一种多肽可以包含4个框架区和3个互补决定区,或其任何合适的片段(则其通常将含有形成至少一个互补决定区的至少一些氨基酸残基)。特别地,本文公开的组合物中包含的所述至少一种多肽易于以高产率生产,优选在微生物重组表达系统中生产,并且便于随后分离和/或纯化。
[0316] 根据特定的实施方式,本发明提供了许多氨基酸残基的伸展(即小肽),它们特别适合于结合害虫抗原或害虫靶,例如但不限于真菌抗原或真菌靶。
[0317] 这些氨基酸残基伸展可存在于和/或可掺入本文公开的多肽中,特别是以它们形成该多肽的抗原结合位点(一部分)的方式。由于这些氨基酸残基伸展首先生成为抗体(例如重链抗体)的CDR序列或针对害虫靶产生的VH或VHH序列的CDR序列(或可基于和/或源自此类CDR序列,如本文进一步描述的),它们在本文中通常也称为“CDR序列”(即分别称为CDR1序列、CDR2序列和CDR3序列)。然而,应注意的是,本发明在其最广义上不限于这些氨基酸残基伸展在本文公开的多肽中可能具有的特定结构作用或功能,只要这些氨基酸残基伸展允许如本文所公开的多肽特异性结合害虫靶(例如真菌抗原或真菌靶)即可。因此,一般而言,本发明在其最广义上涉及包含多肽的农化组合物,多肽能够结合害虫靶,例如真菌抗原或真菌靶,并且多肽包含如本文所述的CDR序列的组合。
[0318] 因此,在特别但非限制性的实施方式中,本文公开的多肽可以是包含从本文所述的CDR1序列、CDR2序列和CDR3序列中选择的至少一种氨基酸序列的多肽。特别地,本文公开的多肽可包含至少一个抗原结合位点,其中所述抗原结合位点包含本文所述的CDR1序列、CDR2序列和CDR3序列的至少一种组合。
[0319] 包含在如本文所公开的农化组合物中并具有这些CDR序列组合之一的任何多肽,优选地使得它可以特异性结合(如本文所定义的)害虫靶或害虫抗原,并且更特别地使得它‑8特异性结合植物病原体的靶,特别是溶液中多肽的解离常数(Kd)为10 摩尔/升或更低。
[0320] 解离常数(Kd)可以基于ELISA的结果进行估算。在ELISA中的平衡分析中,可以从平衡结合反应中计算出Kd。在ELISA板孔包被有靶抗原并且靶抗原可以是贵腐霉菌膜的含脂质的级分的情况下,这样的方法可以进一步使用结合靶抗原的多肽的一系列浓度。在ELISA通常为代表多肽与靶抗原结合的每种多肽浓度提供定量吸附测量的情况下,多肽的浓度范围可以是例如0.5、1、2.5、5和10μM。使用的最合适浓度范围可以根据多肽对靶抗原的亲和力而变化。当将吸收值相对于多肽浓度的对数转换作图时,通过ELISA确定的相应吸收值可产生S形曲线。该S形曲线可用于定义IC50值。在该IC50是多肽的浓度的情况下,其中相应的吸收值为由S形函数的最大值估计的饱和值的50%,Kd可以通过1/Ka来估计,缔合常数(Ka)可以估计为1/IC50。因此,Kd对应于在50%结合饱和度下达到平衡的分析物浓度。通常的计算方法可以用于这些计算。例如,这可以使用GraphPad完成。在一些实施方式中,可以通过表面等离子共振(SPR)来确定Kd。
[0321] IC50可以是抑制例如尖孢镰刀菌和/或贵腐霉菌的孢子萌发和/或菌丝体生长的IC50(即抑制50%的孢子萌发和/或菌丝体生长的浓度(μM))。在一些实施方式中,多肽具有小于约10μM(例如小于约1μM)的为抑制孢子萌发和/或菌丝体生长的IC50。
[0322] Kd可以是与含脂质级分结合的Kd,所述含脂质级分可以如本文别处所述获得(即通过色谱法,并且可以是来自真菌如尖孢镰刀菌或灰葡萄孢菌的含脂质的级分)。多肽的Kd可以小于约10μM,例如小于约1μM。可以根据任何合适的方法来确定Kd。例如,可以通过生物层干涉法(BLI)来确定Kd,例如在Octet上。用于确定Kd的测定可以是ELISA测定。
[0323] 多肽与害虫靶的特异性结合可以以本身已知的任何合适方式确定,包括例如生物淘选、Scatchard分析和/或竞争性结合测定,例如放射免疫测定(RIA)、酶免疫测定(EIA)和夹心竞争测定,以及本领域已知的其不同变型。
[0324] 在一个优选的实施方式中,通过针对特定害虫靶分子的亲和选择获得80至200个氨基酸的多肽,并且多肽对所述害虫靶分子具有高亲和力:通常,多肽与其害虫靶分子之间‑5 ‑6 ‑7结合的解离常数小于10 M,更优选解离常数小于10 M,甚至更优选解离常数小于10 M,最‑8
优选解离常数小于10 M。
[0325] 在特定实施方式中,包含在本文公开的组合物中的所述至少一种多肽在溶液中对所述植物病原性真菌具有1.0μg/mL或更低的所述可变结构域的最低抑制浓度(MIC)值。
[0326] 本文还公开了具有80至200个氨基酸或如本文之前公开的子范围的多肽,其通过对特定植物害虫靶的亲和选择获得,其能够约0.00001至1μM的最低抑制浓度抑制作物害虫的生长和/或活性。在具体实施方式中,最低抑制浓度为0.0001至1μM,0.001至1μM,0.01至1μM,0.1至1μM,0.0001至0.1μM,0.001至0.1μM,0.01至0.1μM,0.00001至0.01μM,0.0001至0.01μM或0.001至0.01μM。在其他具体实施方式中,最低抑制浓度为约0.0001至约1μM,约
0.001至约1μM,约0.01至约1μM,约0.1至约1μM,约0.0001至约0.1μM,约0.001至约0.1μM,约
0.01至约0.1μM,约0.00001至约0.01μM,约0.0001至约0.01μM,或约0.001至约0.01μM。
[0327] 最低抑制浓度或MIC值是在温育后抑制作物或植物害虫可见生长的药剂(例如多肽)的最低浓度。例如,最低杀真菌浓度(MFC)被认为是在24小时内阻止真菌接种物生长并减少至少99.90%的多肽的最低浓度。MFC(最低真菌浓度)可以在琼脂板上确定,但也可以在液体中方便地测定(例如在微孔板中),具体取决于真菌的类型和测定条件。
[0328] 在进一步的具体实施方式中,如本文所公开的组合物至少包含多肽,该多肽:
[0329] 包含具有SEQ ID NO:52所示序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示序列的CDR3区的组合(并且其能够与真菌结合);或
[0330] 包含具有SEQ ID NO:53所示序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69所示序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:85所示序列的CDR3区的组合(并且其能够与真菌结合);或
[0331] 包含具有SEQ ID NO:54所示序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70所示序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:86所示序列的CDR3区的组合(并且其能够与真菌结合);或
[0332] 包含具有选自SEQ ID NO:52至67和112至122的序列的CDR1区、具有选自SEQ ID NO:68至83和123至133的序列的CDR2区以及具有选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列的CDR3区的组合(并且其能够与真菌结合);或
[0333] 包含选自SEQ ID NO:1至51或与其中任一者具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列的氨基酸序列(并且该多肽能够与真菌结合)。
[0334] 在具体实施方式中,本文公开的组合物中的多肽是重链可变结构域,该重链可变结构域包含四个框架区(分别为FR1至FR4)和三个互补决定区(分别为CDR1至CDR3)、由其组成或基本上由其组成;或此类重链可变结构域的任何合适片段(其通常将含有形成至少一个CDR的至少一些氨基酸残基,如本文进一步描述的)。框架区的序列可以是可变的,或者它们可以被指定。
[0335] 如本文所公开的多肽尤其可以是抗体,例如重链抗体。在进一步的具体实施方式中,本文公开的多肽可以是源自常规四链抗体的抗体的重链可变结构域序列(例如但不限于源自人类抗体的VH序列)或为衍生自所谓的“重链抗体”(如本文所定义)的所谓VHH‑序列(如本文所定义)。
[0336] 在具体实施方式中,如本文所公开的组合物,至少包含衍生自抗体或其功能片段的重链可变结构域序列,例如但不限于骆驼重链抗体或其功能片段,该可变结构域序列因此可以是例如骆驼重链抗体的重链可变结构域(VHH)。
[0337] 然而,应当注意的是,本发明不限制包含在本文公开的组合物中的多肽(或用于表达它的本发明的核苷酸序列)的来源,也不限制(或已经)产生或获得多肽或其核苷酸序列的方式。因此,本文公开的组合物中的多肽可以是天然存在的多肽(来自任何合适的物种)或合成或半合成的多肽。在本发明的具体但非限制性实施方式中,多肽是天然存在的免疫球蛋白序列(来自任何合适的物种)或者合成或半合成的免疫球蛋白序列,包括但不限于“骆驼化”免疫球蛋白序列,以及已通过多种技术获得的免疫球蛋白序列,所述多种技术诸如亲和力成熟(例如从合成的、随机或天然产生的免疫球蛋白序列开始)、CDR移植、镶合、组合来源于不同免疫球蛋白序列的片段、使用重叠引物的PCR组装以及本领域技术人员众所周知的工程化免疫球蛋白序列的类似技术;或任何前述的任何适当组合。
[0338] 本文公开的组合物的多肽序列尤其可以是结构域抗体(或适合用作结构域抗体的重链可变结构域)、单结构域抗体(或适合用作单结构域抗体的重链可变结构域)或“dAb”(或适合用作dAb的重链可变结构域);其他单个可变结构域或其任何一个的任何合适片段。对于(单)结构域抗体的一般描述,还参考上述引用的现有技术以及EP 0 368 684。对于术语“dAb”,例如参考Ward et al.(Nature 1989Oct 12;341(6242):544‑6);Holt et al.,Trends Biotechnol.,2003,21(11):484‑490;以及例如Domantis Ltd.的WO 06/030220、WO 
06/003388和其他公开专利申请。
[0339] 因此,在特定实施方式中,本发明提供具有(一般)结构的多肽
[0340] FR1‑CDR1‑FR2‑CDR2‑FR3‑CDR3‑FR4
[0341] 其中FR1至FR4分别指框架区1至4,其中CDR1至CDR3分别指互补决定区1至3,并且进一步如本文所定义。
[0342] 特别地,在一些具体实施方式中,本发明提供了包含至少一种多肽的农化组合物,该多肽抵抗害虫靶(例如真菌靶)并且与SEQ ID NO:1至51中至少一个具有至少70%、至少75%、至少80%、优选至少85%(诸如至少90%或至少95%或至少98%)序列同一性或更高序列同一性,以及编码此类氨基酸序列的核酸序列。
[0343] 如本文所公开的一些特别优选的多肽序列是这样的多肽序列,其可以结合和/或抵抗害虫(例如真菌)并且与SEQ ID NO:1至51的氨基酸序列中的至少一个具有至少90%(例如至少95%或至少97%)的氨基酸同一性,其中与参考序列(即指定的SEQ ID NO序列)相比,序列中的任何变化仅发生在CDR区中。如本文所公开的一些特别优选的多肽序列是这样的多肽序列,其可以结合和/或抵抗害虫(例如真菌)并且与SEQ ID NO:1至51的氨基酸序列中的至少一个具有至少90%(例如至少95%或至少97%)的氨基酸同一性,其中与参考序列(即指定的SEQ ID NO序列)相比,序列中的任何变化仅发生在框架区中。在其他实施方式中,与参考序列(即指定的SEQ ID NO序列)相比,序列中的变化可发生在CDR区和/或框架区。在一些实施方式中,与参考序列(即指定的SEQ ID NO序列)相比,序列中的变化可发生在CDR3区。
[0344] 再有,此类多肽可以以任何合适的方式和从任何合适的来源衍生,并且可以例如是天然存在的VHH序列(即来自合适的骆驼科物种)或合成或半合成的重链可变结构域,包括但不限于“骆驼化”免疫球蛋白序列(特别是骆驼化重链可变结构域序列),以及通过诸如亲和力成熟(例如从合成、随机或天然存在的免疫球蛋白序列开始)、CDR移植、镶合、组合源自不同免疫球蛋白序列的片段、使用重叠引物的PCR组装、以及本领域技术人员熟知的用于工程化免疫球蛋白序列的类似技术等技术获得的那些;或如本文进一步描述的任何前述的任何合适组合。
[0345] 应当理解的是,本文公开的农化组合物或生物防治组合物在储存期间和使用期间都是稳定的,这意味着农化组合物的完整性在农化组合物的储存和/或利用条件下得以维持,所述条件可包括升高的温度、冻融循环、pH值或离子强度的变化、UV照射、有害化学物质的存在等。更优选地,具有80至200个氨基酸以及本文所述的各种子范围的多肽在农化组合物中保持稳定,这意味着多肽的完整性和杀虫活性在农业化学组合物的存储和/或利用条件下得以维持,所述条件可能包括升高的温度、冻融循环、pH或离子强度的变化、UV照射、有害化学物质的存在等。最优选地,当农化组合物在环境温度下储存两年时间或当农化组合物在54℃下储存两周时,所述80至200个氨基酸和本文所述的各种子范围的多肽在农化组合物中保持稳定。优选地,本发明的农化组合物保留至少约70%的活性,更优选至少约80%的活性,最优选至少约90%或更高的活性。可选地,多肽可以包含在如所定义的载体中,以保护多肽免受由农化组合物中的其他组分引起的有害影响或在储存或应用期间免受有害影响。合适的载体的例子包括但不限于藻酸盐、树胶、淀粉、β‑环糊精、纤维素、聚脲、聚氨酯、聚酯、微生物细胞或粘土。
[0346] 农化组合物可以任何类型的制剂存在,优选的制剂是粉剂、可湿性粉剂、可湿性颗粒剂、水分散粒剂、乳剂、可乳化浓缩物、粉剂、混悬剂、悬浮剂、悬乳剂(混悬剂和乳液的混合物)、胶囊混悬剂、水分散体、油分散体、气溶胶、糊剂、泡沫、浆液或可流动浓缩物。
[0347] 80至200个氨基酸以及上文所述的各种子范围的多肽可以是根据本发明的农业化学或生物防治组合物中唯一的活性物质;然而,除了多肽或氨基酸序列(或至少一种、至少两种或至少三种公开的多肽或氨基酸序列)外,所述农业化学品组合物还可包含一种或多种如定义的附加农业化学品。此类附加农化或生物防治组合物可能对植物害虫具有与多肽或氨基酸序列不同的作用,它们可能与多肽或氨基酸序列具有协同作用,或者它们甚至可能改变多肽或氨基酸序列在某些植物上的活性。合适的附加农业化学品可以是除草剂、农药、杀真菌剂、杀线虫剂、杀螨剂、杀菌剂、杀病毒剂、植物生长调节剂、安全剂等。此类农业化学品可以是化学品或可以是生物物质,例如微生物。它们包括但不限于草甘膦、百草枯、异丙甲草胺、乙草胺、硝磺草酮、2,4‑D、莠去津、草铵膦、草硫膦、恶唑禾草灵、二甲戊乐灵、毒莠定、氟乐灵、溴草腈、炔草酯、氟草定、烟嘧磺隆、苄嘧磺隆、咪草烟、麦草畏、吡虫啉、噻虫嗪、氟虫腈、毒死蜱、溴氰菊酯、高效氯氟氰菊酯、硫丹、甲胺磷、卡巴呋喃、噻虫胺、氯氰菊酯、阿维菌素、吡氟酰草胺、多杀菌素、茚虫威、联苯菊酯、七氟菊酯、嘧菌酯、噻虫嗪、戊唑醇、代森锰锌、氰霜唑、氟啶胺、唑菌胺酯、氟环唑、百菌清、铜杀真菌剂(例如氯氧化铜、氢氧化铜)、肟菌酯、丙硫菌唑、苯醚甲环唑、多菌灵、丙环唑、托布津、硫、啶酰菌胺、三环唑、己唑醇、甲霜灵、苯菌灵、稻瘟净、戊唑醇、克啉菌、丙森锌、硫酸链霉素和氧四环素和其他已知的农业化学品或它们任何合适的组合。
[0348] 合适的附加农业化学品可以是生物物质,例如微生物,例如假单胞菌菌株、芽孢杆菌菌株或链霉菌菌株。
[0349] 包含多肽序列变体的组合物
[0350] 在某些方面,包含在如本文公开的农化组合物中的多肽可以可选地被修饰,例如以增加正电荷的量(该多肽具有的)。也就是说,可以修饰多肽,典型地通过一个或多个氨基酸取代,从而可以增加多肽的正电荷量。因此,氨基酸可以因此被具有增加正电荷量的氨基酸取代(与其取代的氨基酸相比)。可以进行多于一个此类取代,例如两个、三个、四个或五个此类取代。在一些实施方式中,可以进行多达一个、多达两个、多达三个、多达四个或多达五个此类取代。此类取代通常可以在CDR区中进行,例如CDR1区、CDR2区或CDR3区。
[0351] 也可以对多肽进行其他取代。例如,可以进行对多肽的电荷没有总体影响的取代。有利地,取代不降低多肽的总电荷,因为本发明人惊奇地发现较高的正电荷可能与改善的抗真菌效果相关。
[0352] 还考虑了其他取代。例如,多肽可以以D残基或Q残基开始。本发明人惊奇地发现,在多肽的位置1处具有D残基(即框架1区序列的第一个残基)可以提高多肽的抗真菌特性,尽管也可以使用Q。因此,对于本文公开的任何特定多肽序列(包括具有SEQ ID NO:1至51或101至111中任一个的序列的所有肽),位置1处的残基可以是Q残基,或者,优选地对于一些实施方式,可以是D残基。参考多肽如10G11Q表明该多肽以Q残基开始。参考多肽如10G11(不带Q后缀)表明多肽以D残基开始。10G11在本文中可替代地称为10G11Q1D(指示在位置1处从Q替换到D的注释)。
[0353] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至51,或与SEQ ID NO:1至51中任一个具有至少约70%、至少约75%、至少约80%、至少约85%、至少约90%或至少约95%或至少约98%的同一性。与给定的SEQ ID NO具有特定%序列同一性的任何多肽可以具有与参考序列相同的总电荷,或者可以具有更高的正电荷。有利地,与给定SEQ ID NO具有指定%序列同一性的任何多肽不具有比参考序列更多的负电荷。
[0354] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至51,或对SEQ ID NO:1至51具有至多1个、至多2个、至多3个、至多4个或至多5个氨基酸取代的氨基酸序列。
[0355] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至10和12至51或与其任一者具有至少约70%、至少约75%、至少约80%、至少约85%、至少约90%或至少约95%or至少约98%同一性的氨基酸序列。与给定的SEQ ID NO有指定%序列同一性的任何多肽可以具有与参考序列相同的总电荷,或者可以具有更高的正电荷。有利地,与给定SEQ ID NO具有指定%序列同一性的任何多肽不具有比参考序列更多的负电荷。
[0356] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至10和12至51,或对SEQ ID NO:1至10和12至51具有至多1、至多2、至多3、至多4或至多5个氨基酸取代的氨基酸序列。
[0357] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至6或与其任一者具有至少约70%、至少约75%、至少约80%、至少约85%、至少约90%或至少约95%或至少约98%同一性的氨基酸序列。与给定的SEQ ID NO具有指定%序列同一性的任何多肽可以具有与参考序列相同的总电荷,或者可以具有更高的正电荷。有利地,与给定SEQ ID NO具有指定%序列同一性的任何多肽不具有比参考序列更多的负电荷。
[0358] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至6或对其具有至多1个、至多2个、至多3个、至多4个或至多5个氨基酸取代的氨基酸序列。
[0359] 多肽中的任何氨基酸取代都可以增加多肽的总电荷或可能不改变多肽的总电荷。在一些实施方式中,任何氨基酸取代都不会降低多肽的总电荷。
[0360] 多肽中的任何氨基酸取代都可以发生在多肽序列中的任何位置。可选地,氨基酸取代可限于CDR区(并且在此类实施方式中,多肽保留了原始框架区序列),或可限于CDR区。在一些实施方式中,序列中的任何取代或变化可发生在CDR区中或在CDR区两侧至多2个氨基酸残基的任何残基处(由Kabat编号系统定义)。在一些实施方式中,序列中的任何取代或变化可发生在CDR区中或在CDR区任一侧至多1个氨基酸残基的任何残基处(如由Kabat编号系统所定义)。在一些实施方式中,序列中的任何取代或变化可发生在CDR区中或与CDR3区N末端相邻的残基处(如Kabat编号系统所定义)。
[0361] 本发明提供了特定的突变体,在本文中称为突变体1至5(其中多肽的总电荷被改变以确定对多肽的功能影响)以及在本文中称为“单ALA突变体”1至34的突变体,其进行了丙氨酸扫描,尽管在某些位置进行了丙氨酸以外的取代。本发明还延伸至所公开的多肽序列的附加突变体或变体形式,例如具有附加取代或具有不同的取代组合,或具有作为多肽序列中不同位置的取代。合适地,所公开的多肽序列的任何突变体或变体与参考序列相比不具有减少的正电荷。在一些情况下,所公开的多肽序列的突变体或变体可能具有增加的总体正电荷。
[0362] 可以在任何取代或变化之前和之后计算多肽的总电荷,其中在引入序列中的取代或变化之前和之后,在相同pH的水溶液中计算多肽的电荷。
[0363] 可以根据本领域技术人员已知的任何合适的方法计算多肽的总电荷。例如,可以根据免费提供的在线工具计算电荷,例如ExPASy–ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)。
[0364] 优选地,在pH 7下计算多肽的电荷。通常,多肽将具有总正电荷(在pH 7)。序列中的取代或变化优选不会降低总电荷(在pH 7)。在一些实施方式中,序列中的取代或变化将增加多肽的总正电荷(在pH 7)。
[0365] 多肽的电荷或总电荷将影响多肽的等电点(pI)。多肽的等电点是分子不带净电荷的pH值。通常,多肽将具有大于7的pI,表明在pH 7时它们具有总体正电荷。序列中的取代或变化优选不会降低pI。在一些实施方式中,序列中的取代或变化将增加pI。
[0366] 本发明还提供了具有允许在特定位置发生突变或取代的某些序列的多肽(和包含多肽的组合物)。此类突变体包括在本文中称为10G11‑A至10G11‑K的那些。
[0367] 例如,在一个实施方式中,本发明提供了一种包含以下序列的多肽:
[0368] X1VQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASX2X3X4FX5INAMDWYRQAPGKQREWVAGITX6GGTTX7YADSVKGRFTISRDNAKKKVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVLX8GEQPX9X10X11DYWGQGTQVTVSS
[0369] 其中X1是D或Q并且X2至X11中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸(SEQ ID NO:101,在本文中也称为10G11‑A)。
[0370] 在一些实施方式中,X1是D或Q,并且X2至X11中的每一个是独立的任何天然存在的氨基酸,除了E或D(SEQ ID NO:102,在本文中也称为10G11‑B)。
[0371] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是G、A、V、M、L、I、K、R或H并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸,除了E或D(SEQ ID NO:103,在本文中也称为10G11‑C)。
[0372] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是A、K、R或H并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸,除了E或D(SEQ ID NO:104,在本文中也称为10G11‑D)。
[0373] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是A、K、R或H,X3、X5和X10中的每一个独立地是极性不带电或带正电的氨基酸(即S、T、C、P、N、Q、K、R或H),X4是非极性脂肪族或带正电荷的氨基酸(即I、G、A、V、M、L、K、R或H)并且X9是芳香族或带正电荷的氨基酸(即W、F、Y、K、R或H)(SEQ ID NO:105,本文也称为10G11‑E)。
[0374] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是A、K、R或H并且X3和X5中的每一个独立地是S、K、R或H,X4是I、K、R或H,X9是W、K、R或H并且X10是T、K、R或H(SEQ ID NO:106,本文也称为10G11‑F)。
[0375] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立的是并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是(SEQ ID NO:107,在本文中也称为10G11‑G)。
[0376] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X8和X11中的每一个是R,并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸(SEQ ID NO:108,也称为此处为10G11‑H)。
[0377] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个是R并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸,除了E或D(SEQ ID NO:109,在本文中也称为10G11‑I)。
[0378] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X8和X11中的每一个是R,X3、X5和X10中的每一个独立地是极性不带电或带正电的氨基酸(即S、T、C、P、N、Q、K、R或H),X4是非极性脂肪族或带正电荷的氨基酸(即I、G、A、V、M、L、K、R或H),X7是K,并且X9是芳香族或带正电荷的氨基酸(即W、F、Y、K、R或H)(SEQ ID NO:110,本文也称为10G11‑J)。
[0379] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X8和X11各自是R,X3和X5和X10各自是S、K、R或H,X4是I、K、R或H,X7是K,X9是W、K、R或H,并且X10是T、K、R或H(SEQ ID NO:111,本文也称为10G11‑K)。
[0380] 在一些实施方式中,本发明提供了一种多肽,其包含:包含序列X2X3X4FX5INAMD或由其组成的CDR1区、包含序列GITX6GGTTX7或由其组成的CDR2区以及包含序列LX8GEQPX9X10X11DY或由其组成的CDR3区,其中X2至X11中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:112、123和134的序列)。
[0381] 在一些实施方式中,其中X2至X11中的每一个独立地是除E或D之外的任何天然存在的氨基酸(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:113、124和135的序列)。
[0382] 在一些实施方式中,X2、X6、X7、X8和X11各自独立地为G、A、V、M、L、I、K、R或H,并且X3、X4、X5、X9和X10各自独立地为任何天然存在的氨基酸,除了E或D(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:114、125和136的序列)。
[0383] 在一些实施方式中,X1是D或Q,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是A、K、R或H并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸,除了E或D(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:115、126和137的序列)。
[0384] 在一些实施方式中,X2、X6、X7、X8和X11各自独立地为A、K、R或H,X3、X5和X10各自独立地为极性不带电荷或带正电荷的氨基酸(即S、T、C、P、N、Q、K、R或H),X4是非极性脂肪族或带正电荷的氨基酸(即I、G、A、V、M、L、K、R或H)并且X9是芳香族或带正电荷的氨基酸(即W、F、Y、K、R或H)(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:116、127和138的序列)。
[0385] 在一些实施方式中,X2、X6、X7、X8和X11各自独立地为A、K、R或H,并且X3和X5各自独立地为S、K、R或H,X4为I、K、R或H,X9是W、K、R或H,并且X10是T、K、R或H(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:117、128和139的序列)。(SEQ ID NO:106)。
[0386] 在一些实施方式中,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个独立地是并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立的是(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:118、129和140的序列)。(SEQ ID NO:107)。
[0387] 在一些实施方式中,X2、X6、X8和X11中的每一个是R,并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸(并且因此 CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:119、130和141的序列)。(SEQ ID NO:108)。
[0388] 在一些实施方式中,X2、X6、X7、X8和X11中的每一个是R,并且X3、X4、X5、X9和X10中的每一个独立地是任何天然存在的氨基酸,除了E或D(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:120、131和142的序列)。(SEQ ID NO:109)。
[0389] 在一些实施方式中,X2、X6、X8和X11中的每一个是R,X3、X5和X10中的每一个独立地是极性不带电荷或带正电荷的氨基酸(即S、T、C、P、N、Q、K、R或H),X4是非极性脂肪族或带正电荷的氨基酸(即I、G、A、V、M、L、K、R或H),X7是K,X9是芳香族或带正电荷的氨基酸(即W、F、Y、K、R或H)(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:121、132和143的序列)。(SEQ ID NO:110)。
[0390] 在一些实施方式中,X2、X6、X8和X11各自为R,X3和X5和X10各自为S、K、R或H,X4为I、K、R或H,X7为K,X9为W、K、R或H,并且X10是T、K、R或H(并且因此CDR1、CDR2和CDR3区分别具有SEQ ID NO:122、133和144的序列)。(SEQ ID NO:111)。
[0391] 本文公开的任何多肽,包括其变体,可以包含在组合物(例如农化组合物)中。
[0392] 通常,虽然本发明扩展至多肽的变体,但多肽可以保留它们的功能特性,或者可以改进它们的功能特性。例如,变体可能能够(特异性地)与真菌结合。更具体地,变体可能够(特异性地)结合真菌膜或真菌膜的组分。在一些实施方式中,变体可能不结合真菌的细胞壁或细胞壁的组分。例如,在一些实施方式中,变体多肽不(特异性地)结合真菌的葡糖神经酰胺。
[0393] 变体可能能够与真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的质膜的含脂质的级分结合。含脂质的级分可以是通过色谱法能够获得的。例如,所述含脂质级分可以是通过以下方法能够获得的,该方法包括:
[0394] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0395] 变体还可以导致真菌孢子生长的延迟和/或所述真菌孢子裂解。也就是说,变体多肽与真菌的结合导致所述真菌的孢子生长延迟和/或所述真菌的孢子裂解。
[0396] 在一些实施方式中,当在基本相同的条件下测量时,变体可导致真菌孢子生长延迟和/或所述真菌孢子裂解,其IC50等于或小于参考多肽的IC50。IC50可以是抑制50%例如尖孢镰刀菌的孢子萌发和/或菌丝体生长的浓度(μM)。
[0397] 在一些实施方式中,当在基本相同的条件下测量时,变体可以(特异性地)结合真菌(例如真菌的膜或真菌膜的组分),其KD等于或小于参考多肽的KD。
[0398] 在一些实施方式中,当在基本相同的条件下测量时,变体可以(特异性地)表现出等于或小于参考多肽的MIC的真菌生长的MIC。
[0399] 在某些方面,包含在如本文公开的农化组合物中的多肽可以可选地通过一个或多个接头与一种或多种进一步的基团、部分或残基连接。这些一种或多种进一步的基团、部分或残基可用于与其他目的靶结合。应该清楚的是,此类进一步的基团、残基、部分和/或结合位点可以或可以不为本文所公开的多肽(和/或存在它的组合物)提供进一步的功能,并且可以或可以不改变本文公开的多肽的特性。此类基团、残基、部分或结合单元也可以是例如具有生物活性的化学基团。
[0400] 在特定实施方式中,这些基团、部分或残基可以在N‑或C‑末端与本文公开的组合物中的多肽连接。
[0401] 在特定的实施方式中,如本文所公开的农化组合物中的多肽也可以被化学修饰。例如,这种修饰可以涉及将一个或多个官能团、残基或部分引入或连接到重链可变结构域中或之上。这些基团、残基或部分可以赋予多肽一种或多种所需特性或功能。这样的官能团的例子对技术人员来说是清楚的。
[0402] 例如,将此类官能团引入或连接至多肽可导致多肽溶解度和/或稳定性的增加,多肽毒性的降低,或多肽的任何不希望的副作用的消除或减弱,和/或产生其他有利特性。
[0403] 在特定实施方式中,所述一个或多个基团、残基、部分通过一种或多种合适的接头或间隔物与多肽连接。
[0404] 在进一步的特定实施方式中,本文公开的农化组合物中的两种或更多种靶‑特异性多肽可以彼此连接或可以相互连接。在特定实施方式中,两种或更多种多肽通过一种或多种合适的接头或间隔物彼此连接。用于偶联如本文所公开的不同重多肽的合适的间隔物或接头对于技术人员来说是清楚的,并且通常可以是本领域中用于连接肽和/或蛋白质的任何接头或间隔物。
[0405] 一些特别合适的接头或间隔物包括例如但不限于多肽接头,例如甘氨酸接头、丝氨酸接头、混合的甘氨酸/丝氨酸接头、富含甘氨酸和丝氨酸的接头或由大部分极性多肽片段组成的接头或同‑或异双官能化学交联化合物,例如戊二醛或可选的PEG间隔的马来酰亚胺或NHS酯。
[0406] 例如,多肽接头或间隔物可以是合适的氨基酸序列,其长度为1至50个氨基酸,例如1至30个且特别是1至10个氨基酸残基。应该清楚的是,接头的长度、柔性程度和/或其他性质可能对多肽的性质有一些影响,包括但不限于对害虫靶的亲和力、特异性或亲合力。应该清楚的是,当使用两个或多个接头时,这些接头可以相同或不同。在本发明的上下文和公开内容中,本领域技术人员将能够确定用于偶联如本文公开的重链可变结构域的最佳接头而没有任何过度的实验负担。
[0407] 包含多肽序列的片段的组合物
[0408] 本发明还涵盖如本文公开的组合物中包含的多肽的部分、片段、类似物、突变体、变体和/或衍生物和/或包含此类部分、片段、类似物、突变体、变体和/或衍生物中的一种或多种或基本上由所述一种或多种组成的多肽,只要这些部分、片段、类似物、突变体、变体和/或衍生物适用于本文设想的目的。根据本发明的这些部分、片段、类似物、突变体、变体和/或衍生物仍然能够特异性地结合害虫靶,例如真菌,例如植物病原性真菌。
[0409] 靶
[0410] 在特定实施方式中,包含在本文公开的组合物中的多肽通过针对特定害虫靶(例如真菌抗原或真菌靶)的亲和选择而获得。通过针对特定害虫靶的亲和选择获得合适多肽可以例如通过筛选在表面上表达结合害虫靶分子的多肽的细胞的组、集合或文库来进行,该分子在本领域是已知的农药的靶;所有这些都可以以本身已知的方式进行,主要包括以下非限制性步骤:a)获得害虫靶分子的分离溶液或悬浮液,该分子已知是农药的靶;b)针对所述靶分子从多肽文库来生物淘选噬菌体或其他细胞;c)分离与所述靶分子结合的噬菌体或其他细胞;d)从单个结合噬菌体或其他细胞确定编码多肽插入物的核苷酸序列;e)使用重组蛋白表达产生一定量的根据该序列的多肽;和f)确定多肽对所述害虫靶的亲和力;和可选地g)在针对所述害虫的生物测定中测试多肽的农药活性。可以使用多种方法来确定多肽和害虫靶分子之间的亲和力,包括例如酶联免疫吸附测定(ELISA)或表面等离子共振(SPR)测定,它们在本领域中是常见的做法,例如,如Sambrook et al.(2001),Molecular Cloning,ALaboratory Manual.Third Edition.Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY中的描述。解离常数通常用于描述多肽与其害虫靶分子之间的亲‑5 ‑6和力。通常,多肽与其害虫靶分子结合的解离常数低于10 M,更优选解离常数低于10 M,甚‑7 ‑8
至更优选解离常数低于10 M,最优选解离常数低于10 M。
[0411] 如本文所公开的害虫靶分子是存在于害虫生物体内或之上的分子,并且当被结合和/或被抑制时,其杀死或阻止、抑制或降低所述害虫生物体的生长或农药活性。此类合适的靶分子可容易地从本领域技术人员的现有文献或专利数据库中获得,并且包括但不限于作为根结线虫的合适害虫靶分子的分泌的寄生蛋白(诸如16D10)(Huang et al(2006)PNAS 103:14302‑14306),作为鞘翅目、半翅目、双翅目昆虫物种和线虫的合适害虫靶分子的V‑ATP酶质子泵(Knight AJ and Behm CA(2011)Ex.Parasitol.Sept 19),作为贵腐霉菌和稻瘟病菌的合适真菌害虫靶分子的跨膜四蛋白PLS1(Gourgues  et  al(2002)
Biochem.Biophys.Res.Commun.297:1197)或作为抗真菌靶的质子泵‑ATP酶(Manavathu EK et al(1999)Antimicrob Agents and Chemotherapy,Dec p.2950)。应当理解的是,优选的害虫靶分子在细胞外空间中是可接近的(与细胞内害虫靶相反)。
[0412] 更特别地,本文公开的农化组合物的至少一种多肽结合的害虫靶可以是害虫的质膜组分。如本文所用的害虫的质膜组分可以是包含在害虫细胞的质膜磷脂双分子层中或嵌入其中的任何蛋白质中的任何组分,或可以是所述质膜磷脂双分子层的一部分或嵌入其中的任何蛋白质的一部分(即其至少一部分关联、存在于、连接至或结合至所述质膜磷脂双分子层或嵌入其中的任何蛋白质)。在特定实施方式中,害虫的质膜组分可以是磷脂、糖蛋白、碳水化合物或胆固醇。
[0413] 在特定实施方式中,本文公开的组合物中的所述至少一种多肽特异性结合的害虫的质膜组分不是蛋白质。
[0414] 因此,在特定实施方式中,本文公开的组合物中的所述至少一种多肽特异性结合的害虫的质膜组分是脂质,例如磷脂、碳水化合物或胆固醇。
[0415] 在某些特定实施方式中,本发明农化组合物中的多肽结合的靶不是细胞壁组分。
[0416] 在某些具体实施方式中,本发明农化组合物中的多肽结合的靶不是几丁质。
[0417] 在优选的实施方式中,被本文公开的农化组合物或生物防治组合物防治的植物害虫是真菌,例如,如前所定义的植物病原性真菌。真菌对植物非常有害,并可能导致作物的严重收成损失。植物病原性真菌包括坏死性真菌和生物营养性真菌,包括子囊菌、担子菌和卵菌。
[0418] 植物病原性真菌的例子在本领域是已知的并且包括但不限于选自以下属的那些:链格孢属;壳二孢属;葡萄孢属;尾孢属;刺盘孢属;色二孢属;白粉菌属;镰胞菌;小球腔霉属;顶囊壳属;长蠕孢霉;壳球孢菌;丛赤壳属;粉孢属、霜霉属;层锈菌属;茎点霉属;瘤梗孢属;疫霉属;单轴霉属;叉丝单囊壳属;柄锈菌;Puthium;核腔菌属;梨孢属;腐霉属;丝核菌;
小菌核菌属;核盘菌属;壳针孢属;根串珠霉;钩丝壳属;黑星菌属;和轮枝菌属。可以用本发明的农化组合物防治的植物真菌感染的具体实例包括水果和蔬菜作物(如葡萄和草莓)中的白粉病和贵腐霉菌。可以用本发明的农化组合物防治的植物真菌感染的其他具体实例包括:谷物中的小麦白粉菌,葫芦科植物中的菊科白粉菌和黄瓜白粉病菌,苹果中的苹果白粉病,滇赤才叉丝单囊壳(Podosphaera aphanis),例如用于治疗例如草莓上的白粉病,苍耳单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii),例如治疗例如黄瓜上的白粉病,新番茄粉孢菌(Oidium neolycopersici),例如用于治疗例如西红柿上的白粉病,葡萄藤中的葡萄钩丝壳菌,谷物中的柄锈病,棉花、土豆、稻米和草坪中的丝核菌,谷物和甘蔗中的香蒲黑粉菌,苹果中的苹果黑星菌(疥癣),谷物中的长蠕孢菌,小麦中的颖枯壳针孢,小麦中的小麦壳针孢,大麦中的大麦云纹病菌,草莓、西红柿和葡萄中的贵腐霉菌(灰霉),落花生中的花生褐斑病菌,烟草中的霜霉病菌,或各种作物中的其他霜霉病菌,小麦和大麦中的小麦基腐病菌,大麦中的大麦网斑长蠕孢菌,水稻中的稻瘟病,马铃薯和西红柿中的致病疫霉,镰刀菌(如尖孢镰刀菌)和各种植物中的轮枝孢属,葡萄中的葡萄霜霉病菌,水果和蔬菜中的链格孢属,黄瓜中的黄瓜霜霉病菌,香蕉中的香蕉黑条叶斑病菌,鹰嘴豆中的壳二孢属,油菜中的小球腔菌,各种作物中的层锈菌属,如豆薯层锈菌和刺盘孢属,例如可引起南瓜炭疽病的炭疽病菌。根据本发明的组合物针对通常敏感和抗性物种以及针对植物病原性真菌生命周期中的所有或某些阶段具有活性。
[0419] 在特定实施方式中,本文公开的农化组合物针对来自选自以下的属的植物病原性真菌:链格孢属、壳二孢属、葡萄孢属、尾孢属、刺盘孢属、色二孢属、白粉菌属、镰胞菌、小球腔霉属、顶囊壳属、长蠕孢属、壳球孢菌、丛赤壳属、粉孢属、青霉菌属、霜霉属、茎点霉属、瘤梗孢属、疫霉属、单轴霉属、叉丝单囊壳属、柄锈属、核腔菌属、梨孢属、腐霉属、丝核菌属、小菌核菌属、核盘菌属、壳针孢属、根串珠霉属、钩丝壳属、黑星菌属、轮枝菌属、稻温病菌、白粉病菌属、球腔菌属、黑粉菌属、栅锈菌属、层锈菌属、链核盘菌属、毛霉属、根霉菌属和曲霉属。
[0420] 在某些特定实施方式中,本文公开的组合物至少包含多肽,其特异性结合来自真菌种葡萄孢属、镰刀菌属或青霉菌属的真菌靶,例如真菌的质膜组分。
[0421] 在特定实施方式中,本发明提供了包含多肽的农化组合物,多肽特异性地针对害虫的质细胞膜的结构分子组分。
[0422] 在特定实施方式中,本发明提供了包含多肽的农化组合物,多肽特异性地针对害虫的质细胞膜的结构分子组分,其不是蛋白质。
[0423] 在又另一个特定实施方式中,植物害虫是植物病原性细菌,包括但不限于:燕麦食酸菌燕麦亚种(Acidovorax avenae subsp.avenae)(导致水稻细菌棕色条纹),燕麦食酸菌卡特兰亚种(Acidovorax avenae subsp.cattleyae)(引起卡特兰的细菌性褐斑病),魔芋食酸菌(Acidovorax konjaci Konnyaku)(引起细菌性叶枯病),发根土壤杆菌(引起甜瓜的毛状根)、根癌土壤杆菌(引起冠瘿病),须芒草伯克霍尔德菌(Burkholderia andropogonis)(引起康乃馨的细菌性斑点病),石竹伯克霍尔德菌(导致康乃馨青枯病)、洋葱伯克霍尔德菌(导致大花蕙兰细菌性褐斑病),唐菖蒲伯克霍尔德菌(引起唐菖蒲的颈腐病),水稻细菌性谷枯病菌(引起水稻细菌性谷物腐烂),植物伯克霍尔德菌(Burkholderia plantarii)(引起水稻细菌性苗枯病),密执安棍状杆菌密执安亚种(Clavibacter 
michiganensis subsp.michiganensis)(导致番茄细菌性溃疡),密执安棍状杆菌
sepedonicus亚种(Clavibacter michiganensis subsp.sepedonicus)(导致马铃薯环腐病),梭菌属(导致马铃薯软腐病),萎蔫短小杆菌(Curtobacterium flaccumfaciens)(导致洋葱细菌性溃疡病),梨火疫病菌(导致梨火疫病),萝欧文氏菌(导致水稻细菌性褐变),胡萝卜软腐欧文氏菌马铃薯黑胫亚种(Erwinia carotovora subsp.atroseptica)(导致马铃薯黑脚病),胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐致病亚种(Erwinia  carotovora 
subsp.carotovora)(引起蔬菜细菌性软腐病)、菊欧文氏菌(引起芋头细菌性苗枯病)、菊欧文氏菌玉米致病变种(Erwinia chrysanthemi pv.zeae)(导致水稻细菌性基腐病),草生欧文菌崖豆藤变种(Erwinia herbicola pv.millettiae)(引起紫藤菌瘿),菊苣属假单胞菌(引起菊花细菌性斑点病),皱纹假单胞菌(引起番茄坏死),褐鞘假单胞菌(引起水稻鞘褐腐病),边缘假单胞菌边缘致病变种(Pseudomonas marginalis pv.marginalis)(导致卷心菜软腐病),红苍白假单胞菌(Pseudomonas rubrisubalbicans)(导致甘蔗斑驳条纹),丁香假单胞菌甜菜致病变种(Pseudomonas syringae pv.aptata)(导致甜菜细菌疫病),丁香假单胞菌绛红致病变种(Pseudomonas syringae pv.atropurpurea)(导致黑麦草晕斑病),丁香假单胞菌栗溃疡病致病变种(Pseudomonas syringae pv.castaneae)(导致板栗细菌性溃疡),丁香假单胞菌大豆致病变种(Pseudomonas syringae pv.glycinea)(导致大豆细菌性疫病),丁香假单胞杆菌黄瓜角斑病致病变种(Pseudomonas syringae pv.lachrymans)(导致黄瓜细菌性斑点),丁香假单胞杆菌斑点致病变种(Pseudomonas syringae 
pv.maculicola)(导致卷心菜细菌黑斑病),丁香假单胞菌桑疫病致病变种(Pseudomonas syringae pv.Mori)(导致桑树细菌疫病),丁香假单胞菌核果树致病变种(Pseudomonas syringae pv.morsprunorum)(导致李子细菌性溃疡),丁香假单胞菌水稻致病变种
(Pseudomonas syringae pv.oryzae)(导致水稻晕斑病),丁香假单胞菌菜豆致病变种
(Pseudomonas syringae pv.phaseolicola)(引起菜豆晕斑病),丁香假单胞菌豌豆致病变种(Pseudomonas syringae pv.pisi)(导致豌豆细菌疫病),丁香假单胞菌芝麻致病变种(Pseudomonas syringae pv.sesame)(引起芝麻细菌性斑点病),丁香假单胞菌条纹致病变种(Pseudomonas syringae pv.striafaciens)(导致燕麦细菌性条纹枯萎病),丁香假单胞菌丁香致病变种(Pseudomonas syringae pv.syringae)(引起小红珠的细菌性褐斑病),丁香假单胞菌烟草致病变种(Pseudomonas syringae pv.tabaci)(引起烟草野火),丁香假单胞菌茶致病变种(Pseudomonas syringae pv.theae)(导致茶的细菌性芽枯病),丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv.tomato)(引起番茄细菌性叶斑病),绿黄假单胞菌(引起菜豆细菌性褐斑病),青枯病菌(引起青枯病),鸭茅蜜穗病菌(Rathayibacter rathayi)(引起果园草细菌性头枯病),疮痂病链霉菌(引起马铃薯疮痂病),番薯链霉菌(导致甘薯土壤腐烂),白纹黄单孢菌(造成甘蔗白色条纹病),野油菜黄单胞菌谷物致病变种(Xanthomonas campestris pv.cerealis)(导致黑麦细菌性条斑病),野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonas campestris pv.campestris)(导致黑腐病),野油菜黄单胞菌柑橘致病变种(Xanthomonas campestris pv.citri)(导致柑橘溃疡),野油菜黄单胞杆状细菌黄瓜致病(Xanthomonas campestris pv.cucurbitae)(引起黄瓜细菌性褐斑病),野油菜黄单胞菌大豆致病变种(Xanthomonas campestris pv.glycines)(导致大豆的细菌脓包病),野油菜黄单胞菌辣椒斑点病致变种(Xanthomonas campestris pv.incanae)(导致根茎黑腐病),野油菜黄单胞菌锦葵致病变种(Xanthomonas campestris pv.malvacearum)(导致棉花角斑病),野油菜黄单胞菌致病变种(Xanthomonas campestris pv.)(导致芒果细菌性溃疡病),野油菜黄单胞杆菌芒果致病变种(Mangiferaeindicae Xanthomonas 
campestris pv.mellea)(导致威斯康星州烟草细菌性叶斑病),野油菜黄单胞杆菌黑斑致病变种(Xanthomonas campestris pv.nigromaculans)(引起大牛蒡的细菌性斑点病),野油菜黄单胞菌菜豆致病变种(Xanthomonas campestris pv.phaseoli)(导致菜豆的细菌脓包病),野油菜黄单胞菌豌豆致病变种(Xanthomonas campestris pv.pisi)(导致菜豆细菌性茎腐病),野油菜黄单胞菌桃李致病变种(Xanthomonas campestris pv.pruni)(导致桃的细菌性穿孔病),野油菜黄单胞菌莱菔子致病变种(Xanthomonas campestris 
pv.raphani)(引起日本萝卜的细菌性斑点病),野油菜黄单胞菌蓖麻致病变种
(Xanthomonas campestris pv.ricini)(引起蓖麻油植物的细菌性斑点病),野油菜黄单胞菌栖茶致病变种(Xanthomonas campestris pv.theicola)(导致茶溃疡病),野油菜黄单胞菌小麦致病变种(Xanthomonas campestris pv.translucens)(引起果园草细菌疫病),野油菜黄单胞菌辣椒斑点病致变种(Xanthomonas campestris pv.vesicatoria)(导致番茄细菌性斑点病),水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)(导致水稻细菌性叶枯病)。
[0424] 在又另一个实施方式中,本发明的农业化学配方还可以用于对抗在农业、园艺、森林、花园和休闲设施中遇到的植物害虫,例如昆虫、蜘蛛、蠕虫、病毒、线虫和软体动物。根据本发明的组合物对通常敏感和抗性物种以及对所有或某些发育阶段具有活性。这些植物害虫包括:来自以下门的害虫:节肢动物门,特别是来自蛛形纲动物的纲,例如粉螨属、桔芽瘿螨、刺皮节蜱属、刺瘿螨属、花蜱、横纹叶蟎、锐缘蜱属、牛壁蝨属、短须螨属、苜蓿苔、刺尾蝎属、皮螨属、鸡皮刺螨、屋尘螨(Dermatophagoides pteronyssius)、粉尘螨、革蜱、始叶螨属、枣叶锈螨、真叶螨属、瘿螨属、赤足夜螨、半跗线螨属、璃眼蜱属、硬蜱科硬蜱属、红斑蛛属、褐蛛属、瘤叶螨属、Nuphersa spp.、小爪螨属、钝缘蜱属、皮刺螨科禽刺螨属、全爪螨属、柑橘锈螨、侧多食跗线螨、痒螨科痒螨属、硬蝉科扇头蜱属、根螨属、疥螨科疥螨属、中东金蝎、狭跗线螨属(Stenotarsonemus spp.)、跗线螨属、叶螨属、Vaejovis spp.、Vasates lycopersici。
[0425] 还有其他的例子来自虱目(虱毛目),例如牛虱属、血虱属、毛虱属、虱科虱亚科虱属、阴虱(Ptirus pubis)、啮毛虱属。
[0426] 还有其他例子来自唇足亚纲,例如地蜈蚣属、蚰蜒属。
[0427] 还有其他的例子来自鞘翅目,例如条纹黄瓜甲虫(Acalymma vittatum)、菜豆象(Acanthoscelides obtectus)、喙丽金龟属(Adoretus spp.)、桤木叶甲(Agelastica alni)、细胸金针虫属(Agriotes spp.)、小粉虫、粉吹金龟子(Amphimallon solstitialis)、家具甲虫(Anobium punctatum)、星天牛属(Anoplophora spp.)、花象属(Anthonomus spp.)、皮蠹属(Anthrenus spp.)、长喙小象属(Apion spp.)、甘蔗金龟属(Apogonia spp.)、浅带羽蛛属(Atomaria spp.)、黑毛皮蠹属(Attagenus spp.)、恶条豆象(Bruchidius obtectus)、豆象属(Bruchus spp.)、龟叶甲(Cassida spp.)、菜豆莹叶甲(Cerotoma trifurcata)、龟象属(Ceutorrhynchus spp.)、跳甲属(Chaetocnema spp.)、卑微楤象虫(Cleonus mendicus)、宽胸叩头虫属(Conoderus spp.)、根颈象属(Cosmopolites spp.)、褐新西兰肋翅鳃角金龟(Costelytra zealandica)、叩甲属(Ctenicera spp.)、象虫属(Curculio  spp.)、杨干隐喙象(Cryptorhynchus  lapathi)、细枝象属
(Cylindrocopturus spp.)、皮蠹属(Dermestes spp.)、叶甲属(Diabrotica spp.)、蛀野螟属(Dichocrocis spp.)、Diloboderus spp.、食植瓢虫属(Epilachna spp.)、毛跳甲属(Epitrix spp.)、钻孔虫属(Faustinus spp.)、裸蛛甲(Gibbium psylloides)、菜心野螟(Hellula undalis)、黑异爪蔗金龟(Heteronychus arator)、寡节鳃金龟属(Heteronyx spp.)、Hylamorpha elegans、北美家天牛(Hylotrupes bajulus)、紫苜蓿叶象(Hypera postica)、咪小蠹属(Hypothenemus spp.)、甘蔗大褐齿爪鳃金龟(Lachnosterna 
consanguinea)、合瓜负泥虫属(Lema spp.)、马铃薯甲虫(Leptinotarsa decemlineata)、银潜蛾属(Leucoptera spp.)、稻水象(Lissorhoptrus oryzophilus)、筒喙象属(Lixus spp.)、Luperodes spp.、粉蠹属(Lyctus spp.)、美洲叶甲属(Megascelis spp.)、梳爪叩头虫属(Melanotus spp.)、油菜花露尾甲(Meligethes aeneus)、鳃金龟属(Melolontha spp.)、Migdolus spp.、墨天牛属(Monochamus spp.)、象甲(Naupactus xanthographus)、黄蛛甲(Niptus hololeucus)、椰蛀犀金龟(Oryctes rhinoceros)、锯谷盗(Oryzaephilus surinamensis)、Oryzaphagus oryzae、耳喙象属(Otiorrhynchus spp.)、小青花金龟(Oxycetonia jucunda)、辣根猿叶虫(Phaedon cochleariae)、食叶鳃金龟属(Phyllophaga spp.)、条跳甲属(Phyllotreta spp.)、日本金龟子(Popillia japonica)、象甲属
(Premnotrypes spp.)、大谷蠹(Prostephanus truncatus)、蚤跳甲属(Psylliodes spp.)、蛛甲属(Ptinus spp.)、暗色瓢虫(Rhizobius ventralis)、谷蠹(Rhizopertha dominica)、象虫科象鼻属(Sitophilus spp.)、尖隐喙象属(Sphenophorus spp.)、药材甲(Stegobium paniceum)、茎干象属(Sternechus spp.)、宽幅天牛属(Symphyletes spp.)、纤毛象属(Tanymecus spp.)、黄粉虫(Tenebrio molitor)、拟谷盗属(Tribolium spp.)、斑皮蠹属(Trogoderma spp.)、籽象属(Tychius spp.)、脊虎天牛属(Xylotrechus spp.)、距步甲属(Zabrus spp.)。
[0428] 还有一些例子来自弹尾目,例如武装棘跳虫(Onychiurus armatus)。
[0429] 还有其他的例子来自倍足目,例如千足虫(Blaniulus guttulatus)。
[0430] 还有其他例子来自双翅目,例如伊蚊属(Aedes spp.)、潜蝇属(Agromyza spp.)、按实蝇属(Anastrepha spp.)、按蚊属(Anopheles spp.)、瘿蚊属(Asphondylia spp.)、果实蝇属(Bactrocera spp.)、花园毛蚊(Bibio hortulanus)、天青丽蝇(Calliphora erythrocephala)、地中海实蝇(Ceratitis capitata)、摇蚊属(Chironomus spp.)、金蝇属(Chrysomyia spp.)、斑虻属(Chrysops spp.)、锥蝇属(Cochliomyia spp.)、康瘿蚊属(Contarinia spp.)、皮蛆蝇瘤蝇(Cordylobia anthropophaga)、家蚊属(Culex spp.)、糠蚊属(Culicoides spp.)、脉毛蚊属(Culiseta spp.)、黄蝇属(Cuterebra spp.)、橄榄实蝇(Dacus oleae)、叶瘿蚊属(Dasyneura spp.)、地种蝇属(Delia spp.)、人肤蝇(Dermatobia hominis)、果蝇属(Drosophila spp.)、稻象属(Echinocnemus spp.)、厕蝇属(Fannia spp.)、胃蝇属(Gasterophilus spp.)、舌蝇属(Glossina spp.)、麻虻属(Haematopota spp.)、毛眼水蝇属(Hydrellia spp.)、黑蝇属(Hylemyia spp.)、Hyppobosca spp.、皮蝇属(Hypoderma spp.)、斑潜蝇属(Liriomyza spp.)、绿蝇属(Lucilia spp.)、罗蛉属
(Lutzomia spp.)、曼蚊属(Mansonia spp.)、家蝇属(Musca spp.)、绿蝽属(Nezara spp.)、狂蝇属(Oestrus spp.)、瑞典杆蝇(Oscinella frit)、泉蝇属(Pegomyia spp.)、白蛉属(Phlebotomus spp.)、草种蝇属(Phorbia spp.)、伏蝇属(Phormia spp.)、Prodiplosis spp.、胡萝卜茎蝇(Psila rosae)、绕实蝇属(Rhagoletis spp.)、麻蝇属(Sarcophaga spp.)、蚋属(Simulium spp.)、螫蝇属(Stomoxys spp.)、虻属(Tabanus spp.)、Tannia spp.、根斑蝇属(Tetanops spp.)、大蚊属(Tipula spp.)。
[0431] 还有其他的例子来自异翅目,例如南瓜缘蝽(Anasa tristis)、拟丽蝽属(Antestiopsis spp.)、Boisea spp.、土长蝽属(Blissus spp.)、俊盲蝽属(Calocoris spp.)、斑腿微剌盲蝽(Campylomma livida)、异背长蝽属(Cavelerius spp.)、臭虫属(Cimex spp.)、白辧麦寄蝇属(Collaria spp.)、绿盲蝽(Creontiades dilutus)、胡椒缘蝽(Dasynus piperis)、Dichelops furcatus、厚氏长棒网蝽(Diconocoris hewetti)、棉红蝽属(Dysdercus spp.)、美洲蝽属(Euschistus spp.)、扁盾蝽属(Eurygaster spp.)、盲蝽属(Heliopeltis spp.)、Horcias nobilellus、稻缘蝽属(Leptocorisa spp.)、叶缘缘蝽(Leptoglossus phyllopus)、草盲蝽属(Lygus spp.)、蔗黑长蝽(Macropes excavatus)、盲蝽科(Miridae)、金光绿盲蝽(Monalonion atratum)、绿蝽属(Nezara spp.)、稻蝽属
(Oebalus spp.)、Pentomidae、方背皮蝽(Piesma quadrata)、璧蝽属(Piezodorus spp.)、盲蝽属(Psallus spp.)、Pseudacysta persea、红猎蝽属(Rhodnius spp.)、可可褐盲蝽(Sahlbergella singularis)、齿栗叶盾蝽(Scaptocoris  castanea)、黑蝽属
(Scotinophora spp.)、梨冠网蝽(Stephanitis nashi)、Tibraca spp.、锥猎蝽属
(Triatoma spp.)。
[0432] 还有其他的例子来自同翅目,例如无网长管蚜属(Acyrthosipon spp.)、Acrogonia spp.、Aeneolamia spp.、隆脉木虱属(Agonoscena spp.)、粉虱属(Aleurodes spp.)、蔗粉穴粉虱(Aleurolobus barodensis)、绵粉虱属(Aleurothrixus spp.)、芒果叶蝉属(Amrasca spp.)、圆尾蚜(Anuraphis cardui)、肾圆盾蚧属(Aonidiella spp.)、梨瘤蚜(Aphanostigma pin)、蚜属(Aphis spp.)、葡萄叶蜂(Arboridia apicalis)、小圆盾蚧属(Aspidiella spp.)、圆盾蚧属(Aspidiotus spp.)、Atanus spp.、茄沟无网蚜
(Aulacorthum solani)、小粉虱属(Bemisia spp.)、李短尾蚜(Brachycaudus 
helichrysii)、微管姆属(Brachycolus spp.)、甘蓝蚜(Brevicoryne brassicae)、小褐稻虱(Calligypona marginata)、丽黄头大叶蝉(Carneocephala fulgida)、甘蔗绵蚜
(Ceratovacuna lanigera)、沫蝉科(Cercopidae)、蜡蚧属(Ceroplastes spp.)、草莓钉蚜(Chaetosiphon fragaefolii)、蔗黄雪盾蚧(Chionaspis tegalensis)、茶绿叶蜂
(Chlorita  onukii)、核桃黑斑蚜(Chromaphis juglandicola)、黑褐圆盾蚧
(Chrysomphalus ficus)、玉米叶蝉(Cicadulina mbila)、Coccomytilus halli、软蚧属(Coccus spp.)、隐瘤蚜(Cryptomyzus ribis)、黄翅叶蝶属(Dalbulus spp.)、裸粉虱属(Dialeurodes spp.)、桔木虱属(Diaphorina spp.)、白背盾蚧属(Diaspis spp.)、履绵蚧属(Drosicha spp.)、西圆尾蚜属(Dysaphis spp.)、灰粉蚧属(Dysmicoccus spp.)、小绿叶蝉属(Empoasca spp.)、绵蚜属(Eriosoma spp.)、斑叶蝉属(Erythroneura spp.)、殃叶蝉(Euscelis bilobatus)、拂粉阶属(Ferrisia spp.)、咖啡地粉蚧(Geococcus coffeae)、蔗蝗属(Hieroglyphus spp.)、假桃病毒叶蝉(Homalodisca coagulata)、梅大尾蚜
(Hyalopterus arundinis)、吹绵蚧属(Icerya spp.)、片角叶蝉属(Idiocerus spp.)、扁喙叶蝉属(Idioscopus spp.)、灰飞虱(Laodelphax striatellus)、蜡蚧属(Lecanium spp.)、盾蚧属(Lepidosaphes spp.)、萝卜蚜(Lipaphis erysimi)、长管蚜属(Macrosiphum 
spp.)、沫蝶属(Mahanarva spp.)、高粱蚜(Melanaphis sacchari)、Metcalfiella spp.、麦无网蚜(Metopolophium dirhodum)、黑缘平翅斑蚜(Monellia costalis)、帕克斯较抗黄蚜(Monelliopsis pecanis)、瘤蚜属(Myzus spp.)、莴苣衲长管蚜(Nasonovia ribisnigri)、黑尾叶蝉属(Nephotettix spp.)、褐飞虱(Nilaparvata lugens)、Oncometopia spp.、Orthezia praelonga、杨梅粉虱(Parabemisia myricae)、虱啮属(Paratrioza spp.)、片盾蚧属(Parlatoria spp.)、瘿绵蚜属(Pemphigus spp.)、玉米蜡蝉(Peregrinus maidis)、绵粉蚧属(Phenacoccus spp.)、杨平翅绵蚜(Phloeomyzus passerinii)、忽布疣蚜(Phorodon humuli)、葡萄根瘤蚜属(Phylloxera spp.)、苏铁褐点并盾蚧(Pinnaspis aspidistrae)、臀纹粉蚧属(Planococcus spp.)、梨形原绵腊蚧(Protopulvinaria pyriformis)、桑白盾蚧(Pseudaulacaspis pentagona)、粉蚧属(Pseudococcus spp.)、木虱属(Psylla spp.)、金小蜂属(Pteromalus spp.)、Pyrilla spp.、笠圆盾蚧属(Quadraspidiotus spp.)、Quesada gigas、平刺粉蚧属(Rastrococcus spp.)、缢管蚜属(Rhopalosiphum spp.)、黑盔蚧属(Saissetia spp.)、葡萄叶蝉(Scaphoides titanus)、麦二叉蚜(Schizaphis 
graminum)、苏铁刺圆盾蚧(Selenaspidus articulatus)、长唇基飞虱属(Sogata spp.)、白背飞虱(Sogatella furcifera)、稻飞风属(Sogatodes spp.)、非替那角蝉(Stictocephala festina)、Tenalaphara malayensis、美洲山核桃长斑蚜(Tinocallis caryaefoliae)、广胸沫蝉属(Tomaspis spp.)、声蚜属(Toxoptera spp.)、温室粉虱(Trialeurodes spp.)、尖翅木虱属(Trioza spp.)、小叶蝉属(Typhlocyba spp.)、尖盾蚧属(Unaspis spp.)、葡萄根瘤蚜(Viteus vitifolii)、叶蝉属(Zygina spp.)。
[0433] 还有其他的例子来自膜翅目,例如顶切叶蚁属(Acromyrmex spp.)、菜叶蜂属(Athalia spp.)、美切叶蚁属(Atta spp.)、松叶蜂属(Diprion spp.)、实叶蜂属
(Hoplocampa spp.)、毛蚁属(Lasius spp.)、小家蚁(Monomorium pharaonis)、红火蚁(Solenopsis invicta)、臭蚁属(Tapinoma spp.)、胡蜂属(Vespa spp.)。
[0434] 还有其他的例子来自等足目,例如普通卷甲虫(Armadillidium vulgare)、栉水虱(Oniscus asellus)、球鼠妇(Porcellio scaber)。
[0435] 还有其他的例子来自等翅目,例如家白蚁属(Coptotermes spp.)、堆角白蚁(Cornitermes cumulans)、堆砂白蚁属(Cryptotermes spp.)、楹白蚁属(Incisitermes spp.)、稻麦小白蚁(Microtermes obesi)、土白蚁属(Odontotermes spp.)、散白蚁属(Reticulitermes spp.)。
[0436] 还有其他的例子来自鳞翅目,例如桑剑纹夜蛾(Acronicta major)、褐带卷蛾属(Adoxophyes spp.)、白斑烦夜蛾(Aedia leucomelas)、地夜蛾属(Agrotis spp.)、波纹夜蛾属(Alabama spp.)、脐橙螟(Amyelois transitella)、条麦蛾属(Anarsia spp.)、干煞夜蛾属(Anticarsia spp.)、条小卷蛾属(Argyroploce spp.)、甘蓝夜蛾(Barathra brassicae)、籼弄蝶(Borbo cinnara)、棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella)、松尺蠖(Bupalus piniarius)、干夜蛾属(Busseola spp.)、卷叶蛾属(Cacoecia spp.)、茶细蛾(Caloptilia theivora)、烟卷蛾(Capua reticulana)、苹果蠹蛾(Carpocapsa 
pomonella)、桃柱果蛾(Carposina niponensis)、Chematobia brumata、禾草螟属(Chilo spp.)、色卷蛾属(Choristoneura spp.)、葡萄果蠹蛾(Clysia ambiguella)、纵卷叶野螟属(Cnaphalocerus spp.)、云卷蛾属(Cnephasia spp.)、茶枝尖细蛾属(Conopomorpha 
spp.)、球颈象属(Conotrachelus spp.)、Copitarsia spp.、小卷蛾属(Cydia spp.)、Dalaca noctuides、绢野螟属(Diaphania spp.)、小蔗杆草螟(Diatraea saccharalis)、钻夜蛾属(Earias spp.)、Ecdytolopha aurantium、南美玉米苗斑螟(Elasmopalpus 
lignosellus)、甘薯杆螟(Eldana saccharina)、粉斑螟属(Ephestia spp.)、叶小卷蛾属(Epinotia spp.)、苹淡褐卷蛾(Epiphyas postvittana)、荚斑螟属(Etiella spp.)、棕卷蛾属(Eulia spp.)、女贞细卷蛾(Eupoecilia ambiguella)、黄毒蛾属(Euproctis spp.)、切夜蛾属(Euxoa spp.)、脏切叶蛾属(Feltia spp.)、大蜡螟(Galleria mellonella)、细蛾属(Gracillaria spp.)、小食心虫属(Grapholitha spp.)、甘蔗螟属(Hedylepta spp.)、铃夜蛾属(Helicoverpa spp.)、实夜蛾属(Heliothis spp.)、褐织蛾(Hofmannophila 
pseudospretella)、斑螟属(Homoeosoma spp.)、长卷蛾属(Homona spp.)、苹果巢蛾
(Hyponomeuta padella)、柿举枝蛾(Kakivoria flavofasciata)、贪夜蛾属(Laphygma spp.)、蠹食心虫(Laspeyresia molesta)、茄白翅野螟(Leucinodes orbonalis)、纹潜蛾属(Leucoptera spp.)、潜叶细蛾属(Lithocolletis spp.)、绿果冬夜蛾(Lithophane 
antennata)、花翅小卷蛾属(Lobesia spp.)、豆白隆切根虫(Loxagrotis albicosta)、毒蛾属(Lymantria spp.)、潜蛾属(Lyonetia spp.)、黄褐天幕毛虫(Malacosoma neustria)、豆荚野螟(Maruca testulalis)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、毛胫夜蛾属(Mocis 
spp.)、东方粘虫(Mythimna separata)、水螟属(Nymphula spp.)、Oiketicus spp.、麦秆夜蛾属(Oria spp.)、瘤丛螟属(Orthaga spp.)、秆野螟属(Ostrinia spp.)、牛屎虫(Oulema oryzae)、小眼夜蛾(Panolis flammea)、稻弄蝶属(Parnara  spp.)、红铃虫属
(Pectinophora spp.)、潜跳甲属(Perileucoptera spp.)、茄麦蛾属(Phthorimaea spp.)、桔潜蛾(Phyllocnistis citrella)、小潜细蛾属(Phyllonorycter spp.)、粉蝶属(Pieris spp.)、荷兰石竹小卷蛾(Platynota stultana)、印度谷螟(Plodia interpunctella)、金翅夜蛾属(Plusia spp.)、小菜蛾(Plutella xylostella)、小白巢蛾属(Prays spp.)、斜纹夜蛾属(Prodenia spp.)、烟草天蛾(Protoparce spp.)、拟粘液蛾属(Pseudaletia spp.)、大豆尺夜蛾(Pseudoplusia includens)、玉米螟(Pyrausta nubilalis)、薄荷灰夜蛾
(Rachiplusia nu)、禾螟属(Schoenobius spp.)、白禾螟属(Scirpophaga spp.)、黄地老虎(Scotia segetum)、蛀茎夜蛾属(Sesamia spp.)、长须卷蛾属(Sparganothis spp.)、灰翅夜蛾属(Spodoptera spp.)、举肢蛾属(Stathmopoda spp.)、花生麦蛾(Stomopteryx 
subsecivella)、透翅蛾属(Synanthedon spp.)、安第斯马铃薯块茎蛾(Tecia 
solanivora)、大豆夜蛾(Thermesia gemmatalis)、衣蛾(Tinea pellionella)、幕谷蛾(Tineola  bisselliella)、卷叶蛾属(Tortrix spp.)、毛毡衣蛾(Trichophaga 
tapetzella)、粉夜蛾属(Trichoplusia spp.)、番茄斑潜蝇(Tuta absoluta)、灰蝶属(Virachola spp.)。
[0437] 还有其他的例子来自直翅目,例如家蟋蟀(Acheta domesticus)、东方蠊(Blatta orientalis)、德国小蠊(Blattella germanica)、Dichroplus spp.、蝼蛄属(Gryllotalpa spp.)、马德拉蜚蠊(Leucophaea maderae)、飞蝗属(Locusta spp.)、黑蝗属(Melanoplus spp.)、大蠊属(Periplaneta spp.)、跳蚤(Pulex irritans)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)、棕带蜚蠊(Supella longipalpa)。
[0438] 还有其他的例子来自蚤目,例如角叶蚤属(Ceratophyllus spp.)、栉头蚤属(Ctenocephalides spp.)、穿皮潜蚤(Tunga penetrans)、印鼠客蚤(Xenopsylla 
cheopis)。
[0439] 还有其他的例子来自于综合纲目,例如幺蚰属(Scutigerella spp.)。
[0440] 还有其他例子来自缨翅目,例如玉米黄呆蓟马(Anaphothrips obscurus)、稻蓟马(Baliothrips biformis)、葡萄镰蓟马(Drepanothris reuteri)、 Enneothrips flavens、花蓟马属(Frankliniella spp.)、阳蓟马属(Heliothrips spp.)、温室条蓟马(Hercinothrips femoralis)、莲雾腹钩蓟马(Rhipiphorothrips cruentatus)、硬蓟马属(Scirtothrips spp.)、Taeniothrips cardamoni、蓟马属(Thrips spp.)。
[0441] 还有其他的例子来自衣鱼目(=缨尾目),例如衣鱼(Lepisma saccharina)、家衣鱼(Thermobia domestica)。例如衣鱼、家衣鱼。
[0442] 在另一个实施方式中,软体动物门的害虫,特别是来自双壳纲类的害虫,例如饰贝属也是重要的植物害虫。
[0443] 在另一个实施方式中,腹足纲的害虫是重要的植物害虫,例如Anion spp.、双脐螺属(Biomphalaria spp.)、小泡螺属(Bulinus spp.)、野蛞蝓属(Deroceras spp.)、土蜗属(Galba spp.)、椎实螺属(Lymnaea spp.)、钉螺属(Oncomelania spp.)、福寿螺属(Pomacea spp.)、琥珀螺属(Succinea spp.)。
[0444] 在又一个实施方式中,来自线虫动物门的植物害虫是重要的植物害虫,即植物寄生线虫,因此意味着对植物造成损害的植物寄生线虫。植物线虫包括植物寄生线虫和生活在土壤中的线虫。植物寄生线虫包括但不限于体表寄生虫,例如剑线虫属(Xiphinema spp.)、长针线虫属(Longidorus spp.)和毛刺线虫属(Trichodorus spp.);半寄生虫,如小垫刃属(Tylenchulus spp.);迁移体内寄生虫,如短体线虫(Pratylenchus spp.)、穿孔线虫属(Radopholus spp.)、和盾线虫属(Scutellonerna.spp.);固着寄生虫,如异皮线虫属(Heterodera spp.)、球异皮线虫属(Globodera spp.)、和根结线虫属(Meloidogyne spp.)以及茎叶体内寄生虫,如茎线虫属(Ditylenchus spp.)、滑刃线虫属(Aphelenchoides spp.)和Hirshmaniella spp.。此外,有害的根部寄生土壤线虫是异皮线虫属或球形皮线虫属的包囊形成线虫,和/或根结线虫属的根结线虫。这些属的有害物种是例如南方根结线虫(Meloidogyne incognata)、大豆胞囊线虫(大豆胞囊线虫)、马铃薯白线虫和马铃薯金线虫(马铃薯胞囊线虫)。作为植物害虫的其他重要属包含肾状线虫属(Rotylenchulus spp.)、拟毛刺线虫属(Paratriclodorus spp.)、穿刺短体线虫(Pratylenchus penetrans)、Radolophus simuli、鳞球茎茎线虫(Ditylenchus dispaci)、柑桔根线虫(Tylenchulus semipenetrans)、剑线虫属(Xiphinema spp.)、伞滑刃线虫属(Bursaphelenchus spp.)等,特别是滑刃线虫属(Aphelenchoides spp.)、伞滑刃线虫属、茎线虫属(Ditylenchus 
spp.)、球异皮线虫属(Globodera spp.)、异皮线虫属(Heterodera spp.)、长针线虫属(Longidorus spp.)、根结线虫属(Meloidogyne spp.)、短体线虫属(Pratylenchus spp.)、相似穿孔线虫(Radopholus similis)、毛刺线虫属(Trichodorus spp.)、柑桔根线虫
(Tylenchulus semipenetrans)、剑线虫属(Xiphinema spp.)。
[0445] 在又一个实施方式中,植物害虫是病毒,并且本发明的农化制剂涉及在植物中治疗病毒感染或抑制病毒感染性,所述植物病毒选自苜蓿花叶病毒(alfamovirus)、葱属X病毒属(allexivirus)、隐藏病毒属(alphacryptovirus)、anulavirus、苹果锈皮类病毒属(apscaviroid)、黄金葛病毒属(aureusvirus)、燕麦属病毒属(avenavirus)、aysunviroid、杆状去氧核糖核酸病毒属(badnavirus)、菜豆金黄花叶病毒属(begomovirus)、甜菜坏死黄脉病毒属(benyvirus)、隐藏病毒属(betacryptovirus)、乙型线形病毒(betaflexiviridae)、雀麦花叶病毒属(bromovirus)、大麦黄色镶嵌病毒属(bymovirus)、线形病毒属(capillovirus)、香石竹潜病毒属(carlavirus)、香石竹斑驳病毒属
(carmovirus)、花椰菜花叶病毒属(caulimovirus)、木薯叶脉镶嵌样病毒属
(cavemovirus)、樱桃锉叶病毒属(cheravirus)、黄化丝状病毒属(closterovirus)、椰子死亡类病毒属(cocadviroid)、锦紫苏类病毒属(coleviroid)、豇豆花叶病毒属(comovirus)、长线状病毒属(crinivirus)、黄瓜花叶病毒属(cucumovirus)、甜菜曲顶病毒属
(curtovirus)、质型弹状病毒属(cytorhabdovirus)、香石竹病毒属(dianthovirus)、碗豆耳突花叶病毒属(enamovirus)、幽影病毒属和B型卫星病毒(umbravirus&B‑type 
satellite virus)、豆科病毒属(fabavirus)、斐济病毒属(fijivirus)、真菌传杆状病毒属(furovirus)、大麦病毒属(hordeivirus)、啤酒花矮化类病毒属(hostuviroid)、悬钩子病毒属(idaeovirus)、等轴不稳环斑病毒属(ilarvirus)、番薯属病毒属(ipomovirus)、黄矮病毒属(luteovirus)、玉米褪绿斑驳病毒属(machlomovirus)、柘橙病毒属
(macluravirus)、玉米细线病毒属(marafivirus)、(mastrevirus)、矮化病毒属
(nanovirus)、坏死病毒属(necrovirus)、线虫传多面体病毒(nepovirus)、胞核弹状病毒属(nucleorhabdovirus)、油橄榄病毒属(oleavirus)、蛇形病毒属(ophiovirus)、水稻病毒属(oryzavirus)、黍属镶嵌病毒属(panicovirus)、花生丛簇病毒属(pecluvirus)、牵牛花叶脉透明样病毒属(petuvirus)、植物呼肠病毒属(phytoreovirus)、马铃薯叶卷病毒属
(polerovirus)、马铃薯病毒属(pomovirus)、马铃薯纺锤块茎类病毒属(pospiviroid)、马铃薯X病毒属(potexvirus)、马铃薯Y病毒属(potyvirus)、呼吸道肠道病毒(reovirus)、棒状病毒属(rhabdovirus)、黑麦草镶嵌病毒属(rymovirus)、温州蜜柑矮缩病毒属
(sadwavirus)、SbCMV样病毒、伴生病毒属(sequivirus)、南方菜豆花叶病毒属
(sobemovirus)、纤细病毒属(tenuivirus)、TNsatV‑样卫星病毒、烟草花叶病毒属
(tobamovirus)、番茄伪曲顶病毒属(topocuvirus)、番茄斑萎病毒属(tospovirus)、毛发状病毒属(trichovirus)、小麦属病毒属(tritimovirus)、水稻衰退杆状样病毒属
(tungrovirus)、芜菁黄花叶病毒属(tymovirus)、幽影病毒属(umbravirus)、叶脉曲张病毒属(varicosavirus)、葡萄属病毒属(vitivirus)或矮化病毒属(waikavirus)。
[0446] 靶抗原的形式
[0447] 基于本文的公开内容将理解,对于农业化学和生物防治应用,本文公开的组合物的多肽可以针对或特异性结合多种不同形式的害虫靶,例如真菌靶。还预期本文公开的组合物的多肽将结合其害虫靶的许多天然存在的或合成的类似物、变体、突变体、等位基因、部分和片段。更具体地,预期本文所公开的组合物的多肽将至少与(仍然)含有那些多肽结合的天然靶的结合位点、部分或结构域的靶的那些类似物、变体、突变体、等位基因、部分和片段结合。
[0448] 制剂
[0449] 设想本文所公开的农化或生物防治组合物中所含的多肽含量可在宽范围内变化,并且通常由制造商根据待减毒的特定作物害虫来修改特定多肽的浓度范围。
[0450] 在特定实施方式中,本发明提供了包含至少一种多肽的农化组合物,其中所述重链可变结构域以有效于保护或治疗植物或所述植物的一部分免受感染或与所述植物病原体的其他生物相互作用的量存在。
[0451] 在一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以是至少0.0001重量%。
[0452] 在一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以高达50重量%。
[0453] 在一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.0001重量%至50重量%。
[0454] 在特定的实施方式中,本发明提供了包含至少一种多肽的农化组合物,其中所述农化组合物中至少一种多肽的浓度范围为0.001重量%至50重量%。
[0455] 在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.001重量%至50重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.01重量%至50重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.1重量%至50重量%。
[0456] 在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为1重量%至50重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为10重量%至50重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.0001重量%至40重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.001重量%至40重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.01重量%至40重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.1重量%至40重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为1重量%至40重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.0001重量%至30重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.001重量%至30重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.01重量%至30重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.1重量%至30重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为1重量%至30重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.0001重量%至10重量%。
在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.001重量%至10重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.01重量%至10重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为
0.1重量%至10重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为1重量%至10重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.0001重量%至1重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.001重量%至1重量%。在又另一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.01重量%至1重量%。在又一个具体实施方式中,包含在农化组合物中的多肽的浓度可以为0.1重量%至1重量%。
[0457] 在特定实施方式中,本文公开的农化组合物包含至少一种多肽,其被配制在水溶液中。
[0458] 在进一步的特定实施方式中,本文公开的农化组合物包含至少一种多肽并且还包含农业化学上合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂。
[0459] 除了上述抗害虫多肽之外,根据本发明的组合物可以包含在植物和/或植物部分的害虫处理中可接受的固体或液体载体和/或在植物和/或植物部分的害虫处理中也可接受的表面活性剂。特别是,可以使用惰性和常用的载体和常用的表面活性剂。这些组合物不仅包括准备施用于待通过浸渍或使用合适装置处理的植物和/或植物部分的组合物,还包括在施用于植物和/或植物部分之前必须稀释的商业浓缩组合物。
[0460] 根据本发明的这些农化组合物还可以含有任何种类的其他成分,例如保护胶体、粘合剂、增稠剂、触变剂、渗透剂、稳定剂、螯合剂、纹理剂、调味剂、增味剂、糖、甜味剂、着色剂等。更一般地,活性物质,即所述至少一个重链可变结构域,可以与对应于通常配制技术的任何固体或液体添加剂组合。
[0461] 根据本发明的这些农化组合物还可以含有任何种类的其他活性成分,例如其他抗细菌或抗真菌活性成分。
[0462] 在本公开中,术语“载体”表示天然或合成的有机或无机物质,抗虫活性物质与其组合以促进其应用于植物和/或一个或多个植物部分。因此,这种载体通常是惰性的,并且在农业部门中应该是可以接受的。载体可以是固体(粘土、天然或合成硅酸盐、二氧化硅、树脂、蜡、固体肥料等)或液体(水、醇,特别是丁醇等)。
[0463] 表面活性剂可以是离子型或非离子型的乳化剂、分散剂或润湿剂或这些表面活性剂的混合物。例如,可以提及聚丙烯酸的盐、木质素磺酸的盐、苯酚磺酸或萘磺酸的盐、环氧乙烷与脂肪醇或与脂肪酸或与脂肪胺的缩聚物、取代酚(特别是烷基酚或芳基酚)、磺基琥珀酸酯的盐、牛磺酸的衍生物(特别是牛磺酸烷基酯)、聚氧乙基化酚或醇的磷酸酯、脂肪酸和多元醇的酯、上述化合物的含硫酸盐、磺酸盐和磷酸盐官能团的衍生物。当惰性载体不溶于水并且用于应用的载体剂是水时,至少一种表面活性剂的存在通常是必不可少的。
[0464] 如本文所公开的农化组合物本身是相当多样的固体或液体形式。
[0465] 作为固体组合物形式,可以提及可撒粉的粉末(活性物质的含量可高达100%)和颗粒,特别是通过挤压、通过压实、通过浸渍粒状载体、通过使用粉末作为起始材料制粒而获得的那些(这些颗粒中活性物质的含量在后一种情况下为0.5%至80%)。这种固体组合物可以可选地以液体的形式使用,该液体的粘性或多或少取决于所需的应用类型,例如通过在水中稀释。
[0466] 作为液体组合物形式或意欲在施用期间构成液体组合物的形式,可以提及溶液,特别是水溶性浓缩物、乳液、悬浮浓缩物、可湿性粉末(或喷雾粉末)、油和蜡。
[0467] 制备可以通过喷雾施用的悬浮浓缩物以获得不形成沉积物的稳定流体产品,它们通常含有10至75%的活性物质、0.5至15%的表面活性剂、0.1至10%的触变剂、0至10%的适当添加剂,例如消泡剂、腐蚀抑制剂、稳定剂、渗透剂和粘合剂,以及作为载体的水或所述活性物质不溶于或极不溶于其中的有机液体:一些有机固体或无机盐可以溶解在载体中以帮助防止沉降或作为水的抗胶凝剂。
[0468] 如本文所公开的农化组合物可以原样、以其制剂的形式或以由其制备的使用形式使用,例如气溶胶分配器、胶囊悬浮液、冷雾浓缩物、热雾浓缩物、包封颗粒剂、细颗粒剂、用于种子处理的可流动浓缩物、即用溶液、粉剂、可乳化浓缩物、水包油乳剂、油包水乳剂、大颗粒剂、大颗粒剂、油分散粉剂、油混可流动浓缩物、油混溶液体、泡沫、糊剂、种子包衣农药、悬浮浓缩物(可流动浓缩物)、悬浮液‑乳液‑浓缩物、可溶性浓缩物、悬浮液、可溶性粉剂、颗粒剂、水溶性颗粒剂或片剂、用于种子处理的水溶性粉剂、可湿性粉剂、浸渍有活性化合物的天然和合成材料、聚合物材料和种子护套中的微胶囊化、微胶囊化生物颗粒(例如在WO2018/201160、WO2018/201161和WO2019/060903中描述的那些)、以及ULV‑冷热雾化制剂、气体(加压)、气体发生产品、植物小棒、干种子处理用粉末、种子处理用溶液、超低体积(ULV)液体、超低体积(ULV)悬浮液、水分散性颗粒剂或片剂、浆料处理用水分散粉剂。
[0469] 这些制剂以已知的方式通过将活性化合物或活性化合物组合与常规添加剂混合来制备,例如常规填充剂以及溶剂或稀释剂、乳化剂、分散剂和/或粘合剂或固定剂、润湿剂、防水剂、(如果适当)干燥剂和UV稳定剂、着色剂、颜料、消泡剂、防腐剂、二次增稠剂、胶粘剂、赤霉素和水以及进一步加工助剂。
[0470] 这些组合物不仅包括准备好通过合适的装置(例如喷雾或撒粉装置)施用于待处理的植物或种子的组合物,而且还包括在施用于作物之前必须稀释的浓缩商业组合物。
[0471] 植物保护或处理方法
[0472] 在某些方面,本发明提供了用于保护或治疗植物或植物部分免受植物病原体感染或其他生物相互作用的方法,至少包含直接或间接向所述植物或植物部分施用如本文公开的农化组合物或多肽的步骤。可以在有效保护或治疗植物或植物部分免受所述感染或与植物病原体的生物相互作用的条件下施用组合物或多肽。
[0473] 在特定实施方式中,这些方法包括将本文公开的农化组合物直接或间接施用于植物或植物的一部分,例如以每公顷高于50g农化组合物的施用量,例如但不限于每公顷高于75g农化组合物的施用量,例如每公顷高于100g农化组合物的施用量,或者特别是每公顷高于200g农化组合物的施用量。
[0474] 在特定实施方式中,这些方法包括将本文公开的农化组合物直接或间接施用于植物或植物的一部分,例如以每公顷50g至200g农化组合物的施用量,例如但不限于每公顷50g至200g农化组合物的施用量,特别是每公顷75g至175g农化组合物的施用量,例如每公顷75g至150g农化组合物或每公顷75g至125g。
[0475] 在又一个实施方式中,本发明提供了防治或抑制植物害虫的方法,该方法包括将根据本发明的农化或生物防治组合物施用于植物(例如作物)或植物或作物的一部分,例如以每公顷低于50g多肽的施用量。在具体实施方式中,施用量低于45g/ha、低于40g/ha、低于35g/ha、低于30g/ha、低于25g/ha、低于20g/ha、低于15g/ha、低于10g/ha、低于5g/ha、低于
1g/ha或甚至更低量的多肽/ha。
[0476] 可以理解的是,根据作物和植物害虫的环境压力,农民可以改变施用量。在与特定农化组合物一起交付的技术表中指定了这些施用量差异。
[0477] 在又另一个实施方式中,本发明提供了本发明的农化或生物防治组合物在防治或抑制植物害虫中的用途。
[0478] 在又另一个实施方式中,本发明提供了本发明的多肽在防治或抑制植物害虫中的用途。
[0479] 将根据本发明的农化或生物防治组合物或多肽施用于作物可以使用用于将农化或生物防治组合物施用于农作物的任何合适的方法来完成,包括但不限于喷洒(包括高容量(HV)、低容量(LV)和超低容量(ULV)喷洒)、刷涂、敷料、滴落、涂覆、浸渍、浸没、涂抹、雾化、以小液滴、薄雾或气溶胶形式施用。
[0480] 因此,在特定实施方式中,如本文所公开的用于保护或治疗植物或植物部分免受植物病原体感染或与植物病原体的其他生物相互作用的方法包括将所述农化组合物直接或间接施用于所述植物或植物部分,例如通过喷雾、雾化、起泡、成雾、水培培养、水栽培培养、涂覆、浸没和/或包壳。
[0481] 在某些特定的实施方式中,本发明提供抑制、防止、减少或控制植物病原体生长的方法,至少包含直接或间接向植物或所述植物的一部分施用如本文公开的农化组合物的步骤。
[0482] 在某些其他实施方式中,本发明提供了杀死植物病原体的方法,至少包含直接或间接向植物或所述植物的一部分施用如本文公开的农化组合物或多肽的步骤。
[0483] 或者,根据本发明的农化组合物的施用量,即施用于作物的农化组合物的量,使得每公顷小于50g、45g、40g、35g、30g、25g、20g、15g、10g、5g、1g或甚至低于1g包含在根据本发明的农化或生物防治组合物中的多肽施用于作物上。
[0484] 根据本文所公开的方法,所述农化或生物防治组合物可以施用于作物一次,或者可以以每两次施用之间的间隔彼此之后施用两次或更多次。根据本发明的方法,根据本发明的农化或生物防治组合物可单独施用于或与其他材料(优选其他农化或生物防治组合物)混合施用于作物;或者,根据本发明的农化或生物防治组合物可以与其他材料(优选其他农化或生物防治组合物)一起在不同时间单独施用于同一作物。根据本发明的方法,根据本发明的农化或生物防治组合物可以预防性地施用于作物,或者,一旦在待处理的特定作物上鉴定出目标害虫,就可以将其施用于作物。
[0485] 如本文所公开的农化组合物可以通过上述方法直接施用于植物、作物或植物的一个或多个部分,例如在收获前或收获后阶段直接施用于整个植物或直接施用于植物的一个或多个部分。收获前施用可能对收获后产生影响。在某些进一步的实施方式中,如本文公开的农化组合物可以通过上述方法直接施用于植物的一个或多个部分,例如直接施用于茎秆、叶、块茎、茎、芽、种子、果实、根、花、谷粒、芽等。
[0486] 如本文所公开的处理方法也可用于保护储存物品免受植物病原体侵袭的领域。在这种处理方法中,本发明组合物的应用可以在收获前或收获后进行。根据本发明,术语“储存物品”被理解为表示植物或动物来源的天然物质及其加工形式,它们取自自然生命周期并且需要长期保护。植物来源的储存物品,例如植物或其部分,例如茎杆、叶、块茎、种子、果实或谷粒,可以以新鲜收获状态或加工形式(例如预干燥、湿润、粉碎、磨碎、压制或烤制)下保护。木材也属于存储物品的定义,无论是原木形式,如建筑木材、电塔和障碍物,还是成品形式,如家具或木材制成的物品。动物来源的储存物品是生皮、皮革、毛皮、毛发等。根据本发明的组合可以防止不利影响,例如腐烂、变色或发霉。优选地,“储存物品”被理解为表示植物来源的天然物质及其加工形式,更优选水果及其加工形式,例如梨果、核果、软果和柑橘类水果及其加工形式。
[0487] 如本文所公开的农化组合物还可以通过上述方法间接施用于植物、作物或植物的一个或多个部分,例如在收获前或收获后阶段间接施用于整个植物或间接施用于植物的一个或多个部分。本文公开的农化组合物可在接近收获时施用,例如收获前约三周,例如收获前两周或收获前一周或收获前不到一周。收获前施用可能对收获后产生影响。因此,在某些实施方式中,本文公开的农化组合物可以通过上述方法间接施用于植物、作物或植物的一个或多个部分,例如通过将农化组合物施用于植物或植物的一个或多个部分在其中生长或储存的周围环境或介质,例如但不限于空气、土壤、水培、溶液培养或液体培养基,例如植物或植物的一个或多个部分在其中生长或储存的水性液体介质或水。
[0488] 如本文所公开的农化组合物可以作为综合害虫管理方法的组成部分直接施用。
[0489] 因此,在本申请的上下文中通常应当理解,用本文公开的农化组合物治疗植物和植物部分是直接进行的,或者通过正常治疗方法对其环境、栖息地或储存区域的作用来进行,例如通过浇水(喷淋)、滴灌、喷洒、蒸发、雾化、撒播、撒粉、起泡、涂抹和作为撒粉。此外,可以通过超低体量法施用组合物,或将活性化合物制剂或活性化合物本身注射到土壤中。
[0490] 在特定的实施方式中,如本文所公开的用于保护或治疗植物或植物的一部分免受植物病原体的感染或与其植物病原体的它生物相互作用的方法,包含在收获前或收获后阶段将农化组合物直接或间接施用于植物或植物的一部分。
[0491] 根据具体实施方式,所收获的产品是果实、花、坚果或蔬菜、具有不可食用果皮的果实或蔬菜,优选地选自鳄梨、香蕉、大蕉、柠檬、葡萄柚、甜瓜、柑桔、菠萝、奇异果、番石榴、桔子、芒果、南瓜、草莓、葡萄和小南瓜,更优选香蕉、柑桔、柠檬和桃子,特别是香蕉。根据进一步的具体实施方式,收获的产品是来自观赏植物的切花,优选地选自六出花属植物、康乃馨、菊花、小苍兰、非洲菊、剑兰、锥花丝石竹(石头花属)、向日葵、绣球花、百合花、洋桔梗、玫瑰和夏花。
[0492] 如本文所公开的农化组合物可以施用的植物物种可以是例如但不限于玉米、大豆、紫花苜蓿、棉花、向日葵、芸苔油籽例如欧洲油菜(例如油菜、油菜籽)、芜菁、芥菜型油莱(例如(田间)芥菜)和埃塞俄比亚芥、棕榈科属(例如油棕、椰子)、大米、小麦、甜菜、甘蔗、燕麦、黑麦、大麦、小米和高粱、黑小麦、亚麻、坚果、葡萄和藤蔓以及来自各种植物分类群的各种水果和蔬菜,例如蔷薇科(例如苹果和梨等梨果,还有诸如杏、樱桃、杏仁、李子和桃子等核果,以及诸如草莓、树莓、红醋栗和黑醋栗和醋栗等浆果类水果)、茶蔗子科(Ribesioidae sp.)、胡桃科、桦木科、漆树科、山毛榉科、桑科、木犀科(例如橄榄树)、猕猴桃科、樟科(例如鳄梨、肉桂、樟脑)、芭蕉科(例如香蕉树和种植园),茜草科(例如咖啡)、山茶科(例如茶)、梧桐科、芸香科(例如柠檬、柑桔、桔子和葡萄柚);茄科(例如西红柿、土豆、胡椒、辣椒、茄子、烟草)、百合科植物、菊科(例如生菜、洋蓟和菊苣‑包括菊苣根、菊苣或普通菊苣),伞形科(例如胡萝卜、欧芹、芹菜和块根芹)、葫芦科(例如黄瓜‑包括小黄瓜、小南瓜、西瓜、葫芦和甜瓜)、葱科(例如韭菜和洋葱),十字花科(例如白菜、红甘蓝、西兰花、花椰菜、球芽甘蓝、小白菜、大头菜、萝卜、辣根、水芹和大白菜),豆科(例如花生、豌豆、扁豆和豆类‑例如普通豆类和蚕豆),藜科(例如唐莴苣、饲料甜菜、菠菜、甜菜根)、亚麻科(例如大麻),大麻科(例如印度大麻),锦葵科(如秋葵、可可)、罂粟科(如罂粟)、天门冬科(如芦笋);花园和树林中的有用植物和观赏植物,包括草皮、草坪、草和甜叶菊;并且在每种情况下,这些植物的转基因类型。
[0493] 在本文公开的治疗方法的优选实施方式中,作物选自大田作物、草、水果和蔬菜、草坪、树木和观赏植物。
[0494] 在某些方面,本发明因此还提供用于保护或治疗收获的植物或植物的收获部分免受植物病原体的感染或与植物病原体的其他生物相互作用的收获后处理方法,至少包括步骤:在有效保护或治疗收获的植物或植物的收获部分免受所述感染或与植物病原体的生物相互作用的条件下,直接或间接地向收获的植物或植物的收获部分施用如本文公开的农化组合物。根据具体实施方式,收获的产品是水果、花、坚果或蔬菜、具有不可食用果皮的水果或蔬菜,优选地选自鳄梨、香蕉、大蕉、柠檬、葡萄柚、甜瓜、柑桔、菠萝、奇异果、番石榴、桔子、芒果和小南瓜,更优选香蕉、柑桔、柠檬和桃子,特别是香蕉。根据进一步的具体实施方式,收获的产品是来自观赏植物的切花,优选地选自六出花属植物、康乃馨、菊花、小苍兰、非洲菊、剑兰、锥花丝石竹(石头花属)、向日葵、绣球花、百合花、洋桔梗、玫瑰和夏花。根据进一步的具体实施方式,收获的产品是割草或木材。
[0495] 收获后病症是例如皮孔斑、焦痕、衰老分解、苦陷病、晒焦、水核、褐变、脉管破裂、CO2损伤、CO2或O2缺乏和软化。
[0496] 真菌病可由例如下列真菌引起:球腔菌属,香蕉球腔菌(Mycosphaerella musae),分枝杆菌碎裂菌,柠檬球腔菌;毛霉菌属,例如梨形毛霉;链核盘菌属,例如褐腐病菌、核果褐腐病菌;拟茎点霉属,纳他拟茎点霉(Phomopsis natalensis);刺盘孢属,例如香蕉炭疽病菌、盘长孢状刺盘孢、球炭疽菌;轮枝菌属,例如可可轮枝菌(VerticiHium theobromae);黑孢属;葡萄孢属,例如贵腐霉菌;色二孢属,例如柑橘色二孢菌(Diplodia citri);无柄盘菌属;链格孢属,例如柑橘链格孢菌、互隔交链孢霉;壳针孢属,例如Septoria depressa;黑星菌属,例如苹果黑星菌、梨黑星菌;根霉菌属,例如匍枝根霉、米根霉;小丛壳属,例如围小丛壳属于盘菌;核盘菌属,例如果生核盘菌(Sclerotinia fruiticola);长喙壳属,例如奇异长喙壳(Ceratocystis paradoxa);镰刀菌属,例如半裸镰刀菌、串珠镰刀菌、腐皮镰刀菌、尖孢镰刀菌;枝孢属,例如黄枝孢霉、芽枝霉菌、瓜枝孢菌、蘑菇枝孢菌;青霉菌属,例如绳状青霉、扩展青霉、指状青霉、意大利青霉;疫霉属,例如柑桔褐腐疫霉、草莓疫霉、恶疫霉、寄生疫霉;星裂盘孢属(Phacydiopycnis spp.),例如Phacydiopycnis malirum;盘长孢属,例如白盘长孢、Gloeosporium perennans、果生盘长孢菌(Gloeosporium 
fructigenum)、Gloeosporium singulata;地丝菌属,例如念珠地丝菌;壳蛇孢属
(Phlyctaena spp.),例如Phlyctaena vagabunda;柱孢属,例如Cylindrocarpon mail;
Stemphyllium spp.,例如Stemphyllium vesica um;根串珠霉属,例如奇异根串珠霉(Thielaviopsis paradoxy);曲霉属,例如黑曲霉、炭黑曲霉;丛赤壳属,例如仁果癌丛赤壳菌;尾孢属,例如Cercospora angreci、芹菜早枯尾孢霉、黑线尾孢、芭蕉假尾孢、玉蜀尾胞菌。
[0497] 在进一步的方面,本发明提供了如本文所公开的农化组合物作为抗虫剂的用途,例如生物抑制剂或杀虫剂,包括但不限于抑菌剂或杀真菌剂。
[0498] 在一个特定实施方式中,通过根据本发明的方法防治的植物害虫是如前所定义的植物病原性真菌。作为施用根据本发明的方法的结果,病变数量、病变大小和真菌病原体的孢子形成程度都可以减少。
[0499] 医疗应用
[0500] 在某些其他实施方式中,本发明提供了用于保护或治愈人类或动物免受害虫且尤其是真菌感染的方法,或一种治疗人类或动物被害虫且尤其是真菌感染的方法,至少包括步骤:向人类或动物或者人类或动物的一部分直接或间接施用或给药包含本发明至少一种多肽的组合物,该多肽特异性结合害虫,例如但不仅限于真菌。该组合物可以在有效保护或治愈人类或动物免受害虫侵害的条件下施用。
[0501] 因此,本发明提供了与害虫靶特异性结合的本发明多肽,其用于在受试者中预防和/或治疗由害虫引起的至少一种疾病和/或病症(例如真菌引起的疾病和/或病症)的方法中使用。本发明还提供了本发明的组合物,其用于在受试者中预防和/或治疗由害虫引起的至少一种疾病和/或病症(例如由真菌引起的疾病和/或病症)的方法中使用。本发明还提供了与害虫靶特异性结合的本发明多肽,其用于在受试者中预防和/或治疗由害虫引起的感染(例如真菌感染)的方法中使用。本发明还提供了与害虫靶特异性结合的本发明组合物,其用于在受试者中预防和/或治疗由害虫引起的感染(例如真菌感染)的方法中使用。在特定实施方式中,本发明还提供了用于预防和/或治疗由害虫引起的至少一种疾病和/或病症的方法,包含向有需要的受试者施用药学活性量如本文公开的一种或多种氨基酸序列、多肽和/或药物组合物。特别地,所述药学活性量可以是足以(在循环中产生一定水平的所述氨基酸序列或多肽)以抑制、预防或降低与其结合的害虫的一种或多种生物活性或途径的量。
[0502] 因此,在某些方面,本发明提供了包含至少一种多肽的组合物,该多肽与害虫特异性结合以在患有由害虫(例如真菌)引起的疾病和/或病症的受试者(诸如动物或人类)中用作抗害虫剂。
[0503] 在具体实施方式中,抗害虫剂是生物抑制剂或杀虫剂。在具体实施方式中,抗害虫剂是抑菌剂或杀真菌剂。
[0504] 此外,在某些方面,本发明提供了用于预防和/或治疗由害虫引起的疾病和/或病症的方法,该方法包括步骤:
[0505] (a)提供如本文公开的氨基酸序列、多肽或组合物,
[0506] (b)将所述氨基酸序列、多肽或药物组合物施用于患有由害虫引起的疾病和/或病症的患者。
[0507] 可以使用任何合适的体外测定法、基于细胞的测定法、体内测定法和/或本身已知的动物模型或其任何组合来测试本文公开的多肽和包含该多肽的组合物的功效,具体取决于所涉及的特定疾病或病症。合适的测定法和动物模型以及在以下实验部分和本文引用的现有技术中使用的测定法和动物模型对技术人员来说是清楚的。本领域技术人员通常能够选择合适的体外测定法、细胞测定法或动物模型,来测试本文公开的氨基酸序列和多肽与害虫靶或害虫抗原的结合或者它们影响害虫靶或害虫抗原的活性的能力,和/或它所涉及的生物学机制;以及它们对于与害虫抗原相关的一种或多种疾病和病症的治疗和/或预防效果。
[0508] 药物组合物
[0509] 在又进一步方面,本发明提供了药物组合物,其包含一种或多种如本文所公开的氨基酸序列、多肽和/或核酸序列和可选地至少一种药学上可接受的载体(本文也称为本发明的药物组合物)。根据某些特定的实施方式,本文所公开的所述药物组合物可进一步可选地包含至少一种其他药学活性化合物。
[0510] 本发明的药物组合物可用于诊断、预防和/或治疗与害虫(例如真菌)相关的疾病和病症,其中害虫靶与本文公开的多肽结合。
[0511] 特别地,本发明提供了包含多肽的药物组合物,其适用于温血动物且特别是哺乳动物且更特别是人类的预防、治疗和/或诊断用途。
[0512] 本发明还提供了包含如本文所公开的氨基酸序列和多肽的药物组合物,其可用于兽医目的以预防和/或治疗或诊断与害虫(例如真菌)相关的一种或多种疾病、病症或病况,其中害虫靶与本文公开的多肽结合。
[0513] 通常,对于药物用途,本文公开的多肽可以配制成药物制剂或组合物,其包含至少一种本文公开的多肽和至少一种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂和/或佐剂,以及可选的一种或多种进一步的药学活性多肽和/或化合物。这样的制剂可以适用于口服、肠胃外给药、局部给药或吸入给药。因此,如本文所公开的氨基酸序列或多肽和/或包含它们的组合物可以例如口服、腹膜内(例如静脉内、皮下、肌肉内、透皮、局部、通过栓剂、通过吸入等)给药,再次,这取决于要使用的具体药物制剂或组合物。临床医生将能够选择合适的给药途径和用于这种给药的合适的药物制剂或组合物。
[0514] 药物组合物还可包含合适的粘合剂、崩解剂、甜味剂或调味剂。片剂、丸剂或胶囊可以用例如明胶、蜡或糖等包衣。此外,本文公开的氨基酸序列和多肽可以掺入缓释制剂和装置中。
[0515] 适用于注射或输注的药物剂型可以包括无菌水溶液或分散体或包含活性成分的无菌粉末,该无菌粉末适用于临时制备无菌可注射或可输注溶液或分散体并且其可选封装在脂质体中。在所有情况下,最终剂型必须是无菌的、流动的并且在制造和储存条件下是稳定的。液体载体或载具可以是溶剂或液体分散介质,包含例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇、液体聚乙二醇等)、植物油、无毒甘油酯和其合适的混合物。可以可选地添加抗菌剂和抗真菌剂等。
[0516] 如本文所公开的氨基酸序列和多肽的有用剂量可以通过比较它们的体外活性和动物模型中的体内活性来确定。用于将小鼠和其他动物中的有效剂量外推至人类的方法是技术人员已知的。
[0517] 用于预防和/或治疗所需的本文公开的氨基酸序列和多肽的量不仅可以随所选的特定氨基酸序列或多肽而变化,而且还可以随给药途径、所治疗病症的性质以及患者的年龄和状况而变化,最终将由主治医师或临床医生酌情决定。此外,本文公开的氨基酸序列和多肽的剂量可根据靶细胞、肿瘤、组织、移植物或器官而变化。
[0518] 根据适合于预防和/或治疗要预测、诊断、预防或治疗的疾病或病症的治疗方案来施用本文公开的氨基酸序列或多肽和/或包含它们的组合物。临床医生通常能够确定合适的治疗方案。通常,治疗方案将包括以一个或多个药学有效量或剂量施用一种或多种如本文所公开的氨基酸序列或多肽,或包含它们的一种或多种组合物。
[0519] 所需剂量可以方便地以单剂量或分剂量(可再次分剂量)以适当的时间间隔给药。给药方案可以包括长期(即至少两周,例如几个月或几年)或每日治疗。
[0520] 本文所公开的氨基酸序列或多肽的给药量将由医学从业者尤其根据病情的严重程度和待治疗的患者确定。通常,对于每种疾病适应症,将确定光学剂量,指定每天每kg体重的给药量,要么连续(例如通过输注)作为单次每日剂量,要么作为一天中的多次分剂量。取决于本文提及的因素,临床医生通常能够确定合适的日剂量。同样清楚的是,在特定情况下,临床医生可能会选择偏离这些量,例如基于上述因素和他的专家判断。
[0521] 特别地,本文所公开的氨基酸序列或多肽可以与其他药物活性化合物或成分组合使用,这些药物活性化合物或成分用于或可用于预防和/或治疗本文所引用的疾病和病症,其结果是可能会或可能不会获得协同效应。此类化合物和成分的实例,以及用于施用它们的途径、方法和药物制剂或组合物对临床医生来说是清楚的。
[0522] 本发明的组合物可以与已知的抗真菌剂结合使用。合适的抗真菌剂包括但不限于唑类(例如氟康唑、伊曲康唑)、多烯(例如两性霉素B)、氟胞嘧啶和角鲨烯环氧酶抑制剂(例如特比萘芬)[另见参考文献57]。组合物也可以与已知的抗病毒药物结合使用,例如HIV蛋白酶抑制剂、2',3'‑双脱氧核苷(例如DDC、DDI)、3'‑叠氮基‑2',3'‑双脱氧核糖核苷(AZT)、3'‑氟‑2',3'‑双脱氧核糖核苷(FLT)、2',3'‑二脱氢‑2',3'‑双脱氧核糖核苷(例如D4C、D4T)及其碳环衍生物(例如卡波佛)、2'‑氟‑ara‑2',3'‑双脱氧核糖核苷、1,3‑二氧戊环衍生物(例如2',3'‑二脱氧基‑3'‑硫胞苷)、氧环烷菌素类似物及其碳环衍生物(例如环丁‑G)和9‑(2‑膦酰基甲氧基乙基)腺嘌呤(PMEA)和9‑(3‑氟‑2‑膦酰基甲氧基丙基)腺嘌呤(FPMPA)衍生物、四氢‑咪唑并[4,5,1jk][1,4]‑苯二氮卓‑2(1H)酮(TIBO)、1‑[(2‑羟乙氧基)‑甲基]‑6‑(苯硫基)胸腺嘧啶(HEPT)、二吡啶并[3,2‑b:2',3'‑e]‑[1,4]二氮卓‑6‑酮(奈韦拉平)和吡啶‑2(1H)酮衍生物、3TC等。
[0523] 所述氨基酸序列、多肽和药物组合物特别有用于治疗动物和人类中以下物种的感染:念珠菌属物种,例如白色念珠菌;隐球菌属物种,例如新生隐球菌;肠球菌物种,如粪肠球菌;链球菌属物种,如肺炎链球菌、变异链球菌、无乳链球菌和化脓链球菌;利什曼原虫物种,例如硕大利什曼原虫和婴儿利什曼原虫;棘阿米巴属物种,如卡氏棘阿米巴;曲霉属物种,例如烟曲霉和黄曲霉;肺囊虫属物种,例如卡氏肺孢子菌;分枝杆菌属物咱,如结核分枝杆菌;假单胞菌属物种,例如铜绿假单胞菌;葡萄球菌属物种,如金黄色葡萄球菌;沙门氏菌属物种,如鼠伤寒沙门氏菌;球孢子菌属物种,例如厌酷球孢子菌;毛癣菌属物种,例如疣状发癣菌;芽生菌属物种,例如皮炎芽生菌;组织胞浆菌属物种,如荚膜组织胞浆菌;副球孢子菌属物种,如巴西副球孢子菌;腐霉属物种,例如隐袭腐霉(P.insidiosum);和大肠杆菌物种,如大肠杆菌。所述氨基酸序列、多肽和药物组合物特别有用于治疗疾病,包括但不限于:念珠菌病、曲霉病、隐球菌病、皮肤真菌病、孢子丝菌病和其他皮下真菌病、芽生菌病、组织胞浆菌病、球孢子菌病、副球孢子菌病、肺孢子菌病、鹅口疮、结核病、分枝杆菌病、呼吸道感染、猩红热、肺炎、脓疱疮、风湿热、败血症、败血病、皮肤和内脏利什曼病、角膜棘阿米巴病、角膜炎、囊性纤维化、伤寒、肠胃炎和溶血性尿毒症综合征。抗白色念珠菌活性对于治疗艾滋病患者的感染特别有用。
[0524] 多肽的生产和制造方法
[0525] 本发明进一步提供了制备或产生多肽序列的方法,以及产生编码这些多肽的核酸和包含这些多肽序列的宿主细胞、产物和组合物的方法。此类方法的一些优选但非限制性示例将从本文的进一步描述中变得清楚。
[0526] 如本领域技术人员将清楚的,用于制备如本文所公开的多肽序列的一种特别有用的方法通常包括步骤:
[0527] (a)表达编码如本文所公开的多肽序列的核苷酸序列或含有编码该多肽序列的核苷酸序列的载体或遗传构建体,和
[0528] (b)可选地分离和/或纯化多肽序列。
[0529] 在本文设想的具体实施方式中,所述害虫特异性多肽序列可以通过这样的方法获得,该方法包括产生氨基酸序列的随机文库和筛选该文库中能够与害虫靶特异性结合的氨基酸序列。
[0530] 因此,在特定实施方式中,制备如本文公开的多肽序列的方法包括步骤:
[0531] a)提供氨基酸序列的组、集合或文库;和
[0532] b)筛选所述组、集合或文库中可与害虫靶结合和/或对害虫靶具有亲和力的氨基酸序列,和
[0533] c)分离可与害虫靶结合和/或对害虫靶具有亲和力的氨基酸序列。
[0534] 在这样的方法中,多肽序列的组、集合或文库可以是任何合适的氨基酸序列组、集合或文库。例如,氨基酸序列的组、集合或文库可以是免疫球蛋白片段序列(如本文所述)的组、集合或文库(如本文所述),例如免疫球蛋白片段序列的幼稚组、集合或文库;免疫球蛋白片段序列的合成或半合成组、集合或文库;和/或已经经历亲和力成熟的免疫球蛋白片段序列的组、集合或文库。
[0535] 在该方法的特定实施方式中,氨基酸序列的组、集合或文库可以是免疫球蛋白片段序列的免疫组、集合或文库,例如源自已经用害虫靶或用基于其或衍生自其的合适抗原决定簇(例如其抗原部分、片段、区域、结构域、环或其他表位)合适地免疫的哺乳动物。在一个特定方面,所述抗原决定簇可以是细胞外部分、区域、结构域、环或其他细胞外表位。
[0536] 在上述方法中,多肽序列的组、集合或文库可以展示在噬菌体、噬菌粒、核糖体或合适的微生物(例如酵母)上,以便于筛选。用于展示和筛选氨基酸序列(组、集合或文库)的合适方法、技术和宿主生物对于本领域技术人员将是清楚的,例如基于本文的进一步公开。还参考Hoogenboom在Nature Biotechnology,23,9,1105‑1116(2005)中的综述。
[0537] 在其他实施方式中,用于产生如本文所公开的多肽序列的方法至少包括步骤:
[0538] a)提供表达多肽序列的细胞的集合或样品;
[0539] b)筛选所述细胞集合或细胞样品中表达可与害虫靶结合和/或对害虫靶具有亲和力的氨基酸序列的细胞;和
[0540] c)(i)分离所述氨基酸序列;或(ii)从所述细胞中分离出编码所述氨基酸序列的核酸序列,然后表达所述氨基酸序列。
[0541] 细胞的集合或样品可以例如是B细胞的集合或样品。此外,在该方法中,细胞样品可以来源于已经用真菌靶或用基于其的或源自其的合适抗原决定簇(例如其抗原部分、片段、区域、结构域、环或其他表位)适当地免疫的哺乳动物。在一个具体实施方式中,抗原决定簇可以是细胞外部分、区域、结构域、环或其他细胞外表位。
[0542] 在其他实施方式中,产生针对害虫靶的多肽序列的方法可以至少包括步骤:
[0543] a)提供编码多肽氨基酸序列的核酸序列的组、集合或文库;
[0544] b)筛选所述核酸序列组、集合或文库中编码可与害虫靶结合和/或对害虫靶具有亲和力的氨基酸序列的核酸序列;和
[0545] c)分离所述核酸序列,然后表达所述氨基酸序列。
[0546] 在上述方法中,所述害虫靶可以是真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的质膜的含脂质的级分。含脂质的级分可以是通过色谱法能够获得的。例如,含脂质的级分可以通过包括以下的方法获得:
[0547] 通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝,并选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0548] 在上述方法中,编码氨基酸序列的核酸序列的组、集合或文库可以例如是编码免疫球蛋白片段序列的幼稚组、集合或文库的核酸序列的组、集合或文库;编码免疫球蛋白片段序列的合成或半合成组、集合或文库的核酸序列组、集合或文库;和/或编码已经经历亲和力成熟的免疫球蛋白片段序列的组、集合或文库的核酸序列的组、集合或文库。
[0549] 特别地,在这样的方法中,所述核酸序列的组、集合或文库编码多肽(例如VH结构域或VHH结构域)的组、集合或文库。例如,所述核酸序列的组、集合或文库可以编码结构域抗体或单结构域抗体的组、集合或文库,或者能够充当结构域抗体或单结构域抗体起作用的氨基酸序列的组、集合或文库。在具体实施方式中,核苷酸序列的组、集合或文库编码VHH序列的组、集合或文库。
[0550] 在上述方法中,核苷酸序列的组、集合或文库可以展示在噬菌体、噬菌粒、核糖体或合适的微生物(例如酵母)上,以便于筛选。用于展示和筛选编码氨基酸序列的核苷酸序列(组、集合或文库)的合适方法、技术和宿主生物对于本领域技术人员将是清楚的,例如基于本文的进一步公开。还参考Floogenboom在Nature Biotechnology,23,9,1105‑1116(2005)中的综述。
[0551] 本发明还涉及多肽序列,其通过上述方法可获得或获得,或者通过包含上述方法之一和附加至少以下步骤的方法可获得或获得:确定所述免疫球蛋白序列的核苷酸序列或氨基酸序列;和以本身已知的方式表达或合成所述氨基酸序列,例如通过在合适的宿主细胞或宿主生物体中表达或通过化学合成。
[0552] 多肽序列的分离
[0553] 在一些情况下,如本文设想的用于产生与真菌靶特异性结合的氨基酸序列的方法可以进一步包括步骤:从氨基酸序列文库中分离至少一种多肽,该至少一种多肽对害虫靶具有可检测的结合亲和力,或对害虫靶具有可检测的体外效应。
[0554] 这些方法可以进一步包括步骤:扩增编码对害虫靶的活性具有可检测结合亲和力或可检测体外效应的至少一种多肽的序列。例如,从本文所述方法的选择步骤获得的展示特定氨基酸序列的噬菌体克隆,可以通过宿主细菌的再感染和在生长培养基中温育来扩增。
[0555] 在特定的实施方式中,这些方法可以包括确定能够与害虫靶结合的一种或多种氨基酸序列的序列。
[0556] 在合适的细胞或噬菌体或颗粒上展示包含在氨基酸序列的组、集合或文库中的多肽序列的情况下,可以从所述细胞或噬菌体或颗粒中分离编码该氨基酸序列的核苷酸序列。以这种方式,可以通过常规测序方法确定所选氨基酸序列文库成员的核苷酸序列。
[0557] 在进一步的特定实施方式中,用于产生如本文所设想的多肽的方法包括步骤:在合适的条件下在宿主生物中表达所述核苷酸序列,以获得实际所需的氨基酸序列。该步骤可以通过本领域技术人员已知的方法进行。
[0558] 此外,所获得的对害虫靶的活性具有可检测结合亲和力或可检测体外效应的多肽序列,可选地在它们的序列已被鉴定之后,可合成为可溶性蛋白质构建体。
[0559] 例如,通过上述方法获得的、可获得的或选择的多肽序列可以使用本领域已知的重组方法或化学合成方法合成。此外,通过上述方法获得的、可获得的或选择的氨基酸序列可以通过基因工程技术产生。因此,用于合成通过上述方法获得的、可获得的或选择的多肽序列的方法可以包含:用编码氨基酸序列的核酸或载体转化或感染宿主细胞,该氨基酸序列对害虫靶的活性具有可检测的结合亲和力或可检测的体外效应。因此,可以通过重组DNA方法制备所述对害虫靶的活性具有可检测结合亲和力或可检测体外效应的氨基酸序列。使用常规方法可以容易地合成编码氨基酸序列的DNA。一旦制备好,可以将DNA引入表达载体,然后可以将其转化或转染到宿主细胞(如大肠杆菌)或任何合适的表达系统中,以获得在重组宿主细胞中和/或在这些重组宿主细胞所在的培养基中表达氨基酸序列。
[0560] 应该理解的是,如蛋白质表达和纯化领域的技术人员所知,使用合适的表达系统从表达载体产生的多肽可以使用例如His‑标签或便于纯化的其他序列标签进行标记(通常在氨基酸序列的N‑末端或C‑末端)。
[0561] 核酸或载体向宿主细胞的转化或转染可以通过本领域技术人员已知的多种方法完成,包括磷酸钙‑DNA共沉淀、DEAE‑葡聚糖‑介导的转染、聚凝胺介导的转染、电穿孔、显微注射、脂质体融合、脂质体转染、原生质体融合、逆转录病毒感染和基因枪。
[0562] 用于表达所需多肽序列的合适宿主细胞可以是任何真核或原核细胞(例如细菌细胞如大肠杆菌、酵母细胞、哺乳动物细胞、鸟类细胞、两栖动物细胞、植物细胞、鱼细胞和昆虫细胞),无论是位于体外还是体内。例如,宿主细胞可以位于转基因植物或动物中。
[0563] 因此,本申请还提供了用于产生对害虫靶的活性具有可检测结合亲和力或可检测体外效应的多肽序列的方法,包含用编码此类氨基酸序列的核酸序列或载体转化、转染或感染宿主细胞并在合适的条件下表达氨基酸序列。本申请还提供了生产对害虫靶的活性具有可检测结合亲和力或可检测体外效应的多肽序列的方法,包含提供包含编码该多肽的核酸序列或载体的宿主细胞并在合适条件下表达多肽。本发明的方法可以进一步包括分离多肽,例如从细胞培养基或发酵液中或从宿主细胞内部(例如在裂解宿主细胞的步骤之后)分离多肽。
[0564] 在又一个实施方式中,本发明进一步提供了用于制造(或其等效措辞‘生产’)如本文所公开的农化或生物防治组合物的方法。
[0565] 在特定的实施方式中,本发明提供了用于生产如本文所公开的农化组合物的方法,至少包括步骤:
[0566] ‑获得至少一种多肽,其与害虫特异性结合,和
[0567] ‑将多肽或其功能片段配制成农化组合物。
[0568] 在这些方法的特定实施方式中,所述获得至少一种与害虫特异性结合的多肽的步骤包含:
[0569] (a)表达编码与害虫特异性结合的多肽的核苷酸序列,并且可选地
[0570] (b)分离和/或纯化多肽。
[0571] 在这些方法的其他特定实施方式中,所述获得至少一种与害虫特异性结合的多肽的步骤包含:
[0572] a)提供多肽序列的组、集合或文库;
[0573] b)筛选多肽序列组、集合或文库中与害虫特异性结合和/或对害虫具有亲和力的序列,和可选地
[0574] c)分离所述与害虫特异性结合和/或对害虫具有亲和力的多肽序列。
[0575] 本申请进一步公开了用于制造(或其等效措辞‘生产’)如本文公开的农化或生物防治组合物的方法,包含使用至少一种常规农化助剂配制具有农药活性的80至200个氨基酸或如上文所定义的其他合适亚范围的氨基酸序列或多肽。
[0576] 合适的制造方法是本领域已知的并且包括但不限于高或低剪切混合、湿法或干法研磨、滴浇铸、包封、乳化、包衣、包壳、制成药丸、挤出造粒、流化床造粒、共挤出、喷雾干燥、喷雾冷却、雾化、加聚或缩聚、界面聚合、原位聚合、凝聚、喷雾包封、冷却熔融分散体、溶剂蒸发、相分离、溶剂萃取、溶胶‑凝胶聚合、流化床包衣、锅包衣、熔化、被动或主动吸收或吸附。
[0577] 具体而言,可以通过化学合成来制备如本文所公开的80至200个氨基酸或如前文定义的其他合适子范围的氨基酸序列或多肽。
[0578] 进一步公开了80至200个氨基酸的或如前文定义的其他合适子范围的氨基酸序列或多肽,可以通过体外重组微生物表达系统制备并分离以供进一步使用。此类氨基酸序列或多肽可以在粗细胞裂解物、悬浮液、胶体等中,或者可以在与常规农化助剂一起配制之前进行纯化、精制、缓冲和/或进一步加工。
[0579] 具体而言,重组方法通常涉及将表达目的氨基酸序列、蛋白质或多肽的DNA分子插入到该DNA分子异源(即宿主中通常不存在)的表达系统中。异源DNA分子以适当的有义方向和正确的阅读框插入到表达系统或载体中。该载体含有转录和翻译插入的蛋白质‑编码序列所必需的元件。DNA的转录依赖于启动子的存在。类似地,原核生物中mRNA的翻译取决于与真核生物不同的适当原核信号的存在。关于最大化基因表达的综述,参见Roberts and Lauer,Methods in Enzymology 68:473(1979)。无论采用何种具体的调控序列,使用本领域中的标准克隆程序将DNA分子克隆到载体中,如Sambrook et al,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,Cold Springs Laboratory,Cold Springs Harbor,N.Y.(1989)所述。一旦分离的编码蛋白质的DNA分子被克隆到表达系统中,它就可以被整合到宿主细胞中。这种掺入可以通过各种形式的转化进行,这取决于载体/宿主细胞系统。合适的宿主细胞包括但不限于细菌、病毒、酵母、哺乳动物细胞、昆虫、植物等。可选地,重组宿主细胞可以是表达天然或重组的功能性III型分泌系统的宿主细胞。这在US6,596,509中有详细描述。
作为表达功能性III型分泌系统的结果,细胞将表达多肽,然后将蛋白质分泌到培养基中。
这可以简化多肽的分离和纯化。重组宿主细胞可以在合适的发酵室中生长,优选在优化宿主细胞生长和多肽表达的温度和营养条件下。本领域技术人员能够确定用于特定宿主细胞的最佳条件。在发酵之后,例如可以将细菌悬浮液稀释在例如约2至5倍体积的缓冲液中以将pH调节至约5.5至10,更优选调节至约7至9,甚至更优选调节至约8.0的pH。合适的缓冲剂是本领域熟知的并且可以包括例如磷酸钾缓冲剂或Tris‑EDTA缓冲剂。缓冲剂的浓度可以为约0.001mM至约0.5M。在pH调节后,将(细菌)悬浮溶液热处理至约60‑130℃的温度,优选约95‑125℃的温度。热处理可以进行任何合适的时间。在一个实施方式中,热处理进行约5分钟至约30分钟的时间。然后冷却加热的悬浮液。合适的冷却温度是但不限于约35‑55℃,优选约45℃。冷却后,如果需要,裂解细菌悬浮液中的细菌细胞以释放多肽。可以例如通过使细菌悬浮液与溶菌酶接触来进行细胞裂解。溶菌酶的浓度可为约2ppm至100ppm。或者,细胞裂解可涉及非化学方法,例如高压或超声处理,这两种方法都是本领域普通技术人员所熟知的。可能需要在细胞裂解后温育细菌悬浮液。合适的温育时间可能会有所不同。例如,可能需要在约40‑42℃的温度下温育细菌悬浮液约30‑45分钟的时间。裂解后,可以通过去除细胞碎片和由先前热处理步骤产生的变性蛋白质来进一步提取所需的多肽。在一个实施方式中,将提取物离心约10‑20分钟以去除一些细胞碎片。合适的离心速度可以为约4,000至20,000rpm并且旋转停机时间可以为约10分钟至20分钟。然后可以通过热处理和离心上清液去除更多的细胞碎片,以通过去除超过总固体的约60%、70%、80%、90%或95%,获得基本上不含细胞碎片的液体提取物。该后续热处理可以在约60℃的温度下进行长达约2小时,在约100℃下进行约10分钟,或在约121℃和15psi的压力下进行约5分钟。这些温度和时间可能会因其他条件而异。制备含有如本文所公开的氨基酸序列或多肽的稳定液体组合物的方法进一步涉及向液体提取物中引入杀生物剂以及可选地蛋白酶抑制剂和非离子表面活性剂中的一种或两种,从而获得包含多肽的液体组合物。在一个实施方式中,在没有非离子表面活性剂的情况下,将蛋白酶抑制剂引入到液体提取物中。在另一个实施方式中,在没有蛋白酶抑制剂的情况下,将非离子表面活性剂引入到液体提取物中。在进一步实施方式中,将蛋白酶抑制剂和非离子表面活性剂都引入到液体提取物中。在又另一个实施方式中,既不将蛋白酶抑制剂也不将非离子表面活性剂引入到液体提取物中。或者,可使用例如HPLC分析或可鉴定特定蛋白质或多肽的量的其他合适程序,评估如本文所公开的液体组合物的稳定性。可以通过将老化的液体组合物中的蛋白质的量与最近制备的液体组合物中的量进行比较,或与对同一组合物进行的先前定量进行比较,确定如本文所公开的组合物中氨基酸序列或多肽的稳定性。蛋白质稳定性的测量与其活性的保留密切相关。
[0580] 常规农化助剂是本领域众所周知的,并且包括但不限于水性或有机溶剂、缓冲剂、酸化剂、表面活性剂、润湿剂、铺展剂、增粘剂、胶粘剂、载体、填料、增稠剂、乳化剂、分散剂、螯合剂、抗沉降剂、聚结剂、流变改性剂、消泡剂、光保护剂、防冻剂、杀生物剂、渗透剂、矿物油或植物油、颜料和漂移控制剂或其任何合适的组合。
[0581] 在又另一个实施方式中,本发明提供了一种具有80至200个氨基酸或本文之前公开的子范围的多肽,其通过对某种植物害虫靶的亲和选择获得,其能够约0.00001至1μM的最低抑菌浓度抑制植物害虫的生长和/或活性。
[0582] 在本文公开的用于保护、预防、治愈或治疗植物免受真菌感染的方法的具体实施方式中,通过喷雾、雾化、发泡、成雾、溶液培养/水栽培、涂覆、浸没和/或包壳将本文公开的多肽或组合物直接或间接施用于植物。
[0583] 核酸序列
[0584] 在进一步方面,本发明提供了编码如本文所公开的多肽序列(或其合适的片段)的核酸序列。这些核酸序列也可以是载体或基因构建体或多核苷酸的形式。如本文所公开的核酸序列可以是合成或半合成序列、已从文库(特别是表达文库)中分离的核苷酸序列、已使用重叠引物通过PCR制备的核苷酸序列或已使用本身已知的DNA合成技术制备的核苷酸序列。
[0585] 本发明包括编码本文公开的任何多肽的核酸序列。例如,本发明包括编码多肽的核酸序列,多肽包含选自以下的氨基酸序列:SEQ ID NO:1至161及其变体(例如对其具有氨基酸取代或特定百分比同一性的那些序列)。
[0586] 构建体、载体、宿主细胞
[0587] 如本文所公开的遗传构建体可以是DNA或RNA,并且优选地是双链DNA。本发明的遗传构建体还可以是适合于转化目标宿主细胞或宿主生物体的形式、适合于整合到目标宿主细胞的基因组DNA中的形式或者适合于独立复制、维持和/或在预期的宿主生物中遗传的形式。例如,本发明的遗传构建体可以是载体的形式,例如质粒、粘粒、YAC、病毒载体或转座子。特别地,载体可以是表达载体,即可以提供体外和/或体内(例如在合适的宿主细胞、宿主生物体和/或表达系统中)表达的载体。
[0588] 因此,在另一个进一步方面,本发明还提供了包含本发明一种或多种核酸序列的载体。
[0589] 在又进一步方面,本发明提供了表达或能够表达如本文所公开的一种或多种氨基酸序列的宿主或宿主细胞。用于表达本发明的氨基酸序列、多肽的宿主或宿主细胞的合适实例对技术人员来说是清楚的。
[0590] 本申请还公开了具有80至200个氨基酸或本文前面讨论的子范围的多肽在如定义的农化或生物防治组合物中保持稳定,这意味着多肽的完整性和如定义的农药活性在农化组合物的储存和/或使用条件下,可包括升高的温度、冻融循环、pH或离子强度的变化、UV照射、有害化学物质的存在等条件下,得以保持。最优选地,当农化组合物在环境温度下储存两年或当农化组合物在54℃下储存两周时,80至200个氨基酸的这些多肽在农化组合物中保持稳定。特别地,当在环境温度下在农化组合物中存储两年后或当含有多肽的农化组合物在54℃下储存两周时,包含在农化组合物中具有80至200个氨基酸的多肽在储存后保留至少约70%的活性,更特别地至少约70%至80%的活性,最特别地约80%至90%的活性。
[0591] 在又另一个实施方式中,为了用于本文公开的方法,本申请公开了编码具有80至200个氨基酸的多肽的核酸序列,其中多肽通过对特定植物病原靶的亲和选择获得,该多肽能够抑制以约0.00001至1μM的最低抑制浓度抑制作物害虫的生长和/或活性。
[0592] 还公开了包含以下可操作连接的DNA元件的嵌合基因:a)植物可表达启动子,b)当转录时产生能够翻译成多肽的mRNA分子的DNA区域和c)包含转录终止和在所述植物的细胞中起作用的多腺苷酸化信号的3’末端区。
[0593] “嵌合基因”或“嵌合构建体”是重组核酸序列,其中启动子(例如植物可表达启动子)或调控核酸序列与编码mRNA的核酸序列可操作地连接或缔合,从而当引入细胞(如植物细胞)中时,调控核酸序列能够调节相关核酸编码序列的转录或表达。嵌合基因的调控核酸序列通常不与自然界中发现的相关核酸序列可操作地连接。
[0594] 在本发明中,“植物启动子”包含调控元件,其介导编码序列区段在植物细胞中的表达。为了在植物中表达,核酸分子必须可操作地连接或包含合适的启动子,该启动子在正确的时间点以所需的空间表达模式表达基因。
[0595] 如本文所用,术语“可操作地连接”是指启动子序列和目的基因之间的功能性连接,使得启动子序列能够启动目的基因的转录。
[0596] 植物可表达启动子包含能够指导转基因在植物中表达的核酸序列。植物可表达启动子的实例是组成型启动子,其在生长和发育的大多数但不一定全部阶段以及在大多数环境条件下在至少一种细胞、组织或器官中具有转录活性,其他启动子是诱导型启动子,其他实例是组织特异性启动子,还其他例子是非生物胁迫诱导型启动子。
[0597] 当在植物中转化时嵌合基因(或表达盒)表达导致蛋白质表达的核酸。
[0598] 还公开了包含如前本文所述的表达盒(或嵌合基因)的重组载体。
[0599] 术语“终止子”包括控制序列,其是转录单元末端的DNA序列,其发出初级转录物的3'加工和多腺苷酸化以及转录的终止的信号。终止子可以来源于天然基因、来源于多种其他植物基因或来源于T‑DNA。待添加的终止子可以来源于例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因,或者替代地来源于另一种植物基因,或者较不优选地来自任何其他真核基因。
[0600] “可选择标记物”、“可选择标记物基因”或“报道基因”包括任何基因,其在表达它的细胞上赋予表型以促进识别和/或选择用本发明的核酸构建体转染或转化的细胞。这些标记物基因能够通过一系列不同的原理识别核酸分子的成功转移。合适的标记物可选自赋予抗生素或除草剂抗性、引入新的代谢性状或允许视觉选择的标记物。可选择标记物基因的实例包括赋予针对抗生素的抗性的基因(例如磷酸化新霉素和卡那霉素的nptll,或磷酸化潮霉素的hpt,或赋予针对例如博来霉素、链霉素、四环素、氯霉素、氨苄青霉素、庆大霉素、遗传霉素(G418)、壮观霉素或杀稻瘟菌素的抗性的基因)、针对除草剂抗性的基因(例如提供针对 的抗性的bar;提供对草甘膦的抗性的aroA或gox,或赋予对例如咪唑啉酮、草丁膦或磺酰脲的抗性的基因)或提供代谢性状的基因(例如允许植物使用甘露糖作为唯一碳源或用于利用木糖的木糖异构酶的manA,或抗营养标记物,例如针对2‑脱氧葡萄糖的抗性)。视觉标记物基因的表达导致形成颜色(例如β‑葡萄糖醛酸酶、GUS或β‑半乳糖苷酶及其有色底物,例如X‑Gal)、发光(例如萤光素/萤光素酶系统)或荧光(绿色荧光蛋白质、GFP及其衍生物)。此列表仅代表少数可能的标记物。本领域技术人员熟悉这些标记物。取决于生物体和选择方法,优选不同的标记物。
[0601] 已知在将核酸稳定或瞬时整合到植物细胞中后,只有少数细胞吸收外源DNA,并且如果需要,可以将其整合到其基因组中,这取决于所使用的表达载体和所使用的转染技术。为了识别和选择这些整合体,通常将编码可选择标记物(例如上述那些)的基因与目的基因一起引入宿主细胞。例如,这些标记物可用于这些基因通过例如常规方法缺失而不起作用的突变体中。此外,编码可选择标记物的核酸分子可以在包含编码本发明多肽的序列的同一载体上或在本发明方法中使用的相同载体上或在单独的载体中被引入宿主细胞中。可以例如通过选择(例如已经整合了选择标记物的细胞存活而其他细胞死亡)来识别已经被引入的核酸稳定转染的细胞。
[0602] 由于一旦成功引入了核酸,转基因宿主细胞中不再需要或不需要标记物基因,特别是对抗生素和除草剂具有抗性的基因,因此根据本发明的用于引入核酸的方法有利地采用这样的技术:该技术能够去除或切除这些标记物基因。一种这样的方法是所谓的共转化。共转化方法同时使用两种载体进行转化,一种载体带有根据本发明的核酸,而第二种载体带有标记物基因。大部分转化体接受或在植物的情况下包含(高达40%或更多的转化体)两种载体。在用农杆菌转化的情况下,转化体通常只接受载体的一部分,即被T‑DNA所侧翼的序列,它通常代表表达盒。随后可以通过进行杂交从转化的植物中去除标记物基因。在另一种方法中,整合到转座子中的标记物基因与所需核酸一起用于转化(称为Ac/Ds技术)。转化体可以与转座酶源杂交,或者转化体用赋予转座酶瞬时或稳定表达的核酸构建体转化。在某些情况下(大约10%),一旦转化成功,转座子就会跳出宿主细胞的基因组并丢失。在更多情况下,转座子会跳到不同的位置。在这些情况下,必须通过进行杂交来消除标记物基因。
在微生物学中,开发了使检测此类事件成为可能或促进检测的技术。另一种有利的方法依赖于所谓的重组系统;其优点是可以省去杂交淘汰。这种类型最著名的系统是所谓的Cre/lox系统。Cre1是一种重组酶,可去除位于loxP序列之间的序列。如果标记物基因整合在loxP序列之间,一旦转化成功,即通过重组酶的表达将其去除。进一步的重组系统是HIN/HIX、FLP/FRT和REP/STB系统(Tribble et al.,J.Biol.Chem.,275,2000:22255‑22267;
Velmurugan et al.,J.Cell Biol.,149,2000:553‑566)。根据本发明的核酸序列可以位点特异性整合到植物基因组中。
[0603] 为了本发明的目的,“转基因的”、“转基因”或“重组”是指例如核酸序列、包含所述该核酸序列的表达盒、基因构建体或载体或用根据本发明的核酸序列、表达盒或载体转化的生物体。
[0604] 因此,用于本发明目的的转基因植物被理解为如上所述,是指本发明方法中使用的核酸不存在于或不源自所述植物的基因组,或存在于在所述植物的基因组中但不在其在所述植物基因组中的天然基因座处,核酸可以同源或异源地表达。然而,如上所述,转基因还意味着,虽然根据本发明的或用于本发明方法的核酸处于植物基因组中的天然位置,但相对于天然序列该序列已被修饰,和/或天然序列的调控序列已被修饰。转基因的优选理解为是指根据本发明的核酸在基因组中的非天然基因座处表达,即发生核酸的同源或异源表达。本文中提及了优选的转基因植物。
[0605] 术语“表达”或“基因表达”是指特定基因或多个特定基因或特定基因构建体的转录。术语“表达”或“基因表达”特别是指将一个或多个基因或遗传构建体转录成结构性RNA(rRNA、tRNA)或mRNA,随后将后者翻译成蛋白质或不翻译成蛋白质。该过程包括DNA的转录和产生的mRNA产物的加工。
[0606] 如本文所用,术语“增加的表达”或“过表达”是指除了原始野生型表达水平之外的任何形式的表达。为了本发明的目的,原始野生型表达水平也可能为零,即不存在表达或可测量的表达。
[0607] 用于增加基因或基因产物的表达的方法在本领域中有充分的文献记载并且包括例如由合适的启动子驱动的过表达(如本文前文所述)、使用转录增强子或翻译增强子。可将用作启动子或增强子元件的分离的核酸引入非异源形式的多核苷酸的适当位置(通常上游),以上调编码目的多肽的核酸的表达。如果需要多肽表达,通常需要在多核苷酸编码区的3'‑端包括聚腺苷酸化区。聚腺苷酸化区可以来源于天然基因、来源于多种其他植物基因或来源于T‑DNA。待添加的3'端序列可以来源于例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因,或替代地来源于另一种植物基因,或者较不优选地来源于任何其他真核基因。
[0608] 也可以将内含子序列添加到5'非翻译区(UTR)或部分编码序列的编码序列中,以增加在胞质溶胶中积累的成熟信息的量。在植物和动物表达构建体的转录单位中包含可剪接内含子已被证明可将基因表达在mRNA和蛋白质水平上增加高达1000倍(Buchman and Berg(1988)Mol.Cell biol.8:4395‑4405;Callis et al.(1987)Genes Dev 1:1 183‑1200)。这种基因表达的内含子增强通常在靠近转录单位的5'端时最大。玉米内含子Adh1‑S内含子1、2和6,Bronze‑1内含子的使用在本领域是已知的。有关一般信息,请参见:The Maize Handbook,Chapter 1 16,Freeling and Walbot,Eds.,Springer,N.Y.(1994)。
[0609] 如本文所指的术语“引入”或“转化”包括将外源多核苷酸或嵌合基因(或表达盒)转移到宿主细胞中,而与用于转移的方法无关。能够随后通过器官发生或胚胎发生进行克隆繁殖的植物组织可以用本发明的基因构建体转化,并由此再生整株植物。选择的特定组织将根据可用于和最适合被转化的特定物种的克隆繁殖系统而有所不同。示例性组织靶包括叶盘、花粉、胚胎、子叶、下胚轴、雌配子体、愈伤组织、现有的分生组织(例如顶端分生组织、腋芽和根分生组织)和诱导的分生组织(例如子叶分生组织和下胚轴分生组织)。多核苷酸可以瞬时或稳定地引入宿主细胞中,并且可以保持非整合,例如作为质粒。或者,它可以整合到宿主基因组中。然后,可以将所得的转化植物细胞以本领域技术人员已知的方式用于再生转化植物。
[0610] 将外源基因转移到植物基因组中称为转化。植物物种的转化现在是一种相当常规的技术。有利地,可以使用多种转化方法中的任何一种将目的基因引入合适的祖先细胞中。描述的用于从植物组织或植物细胞转化和再生植物的方法可用于瞬时或稳定转化。转化方法包括使用脂质体、电穿孔、增加游离DNA摄取的化学物质、将DNA直接注射到植物中、粒子枪轰击、使用病毒或花粉的转化和显微投影。方法可以选自用于原生质体的钙/聚乙二醇方法(Krens,F.A.et al.,(1982)Nature 296,72‑74;Negrutiu I et al.(1987)Plant Mol Biol 8:363‑373);原生质体的电穿孔(Shillito R.D.et al.(1985)Bio/Technol 3,1099‑
1 102);显微注射到植物材料中(Crossway Aet al.,(1986)Mol.Gen Genet 202:179‑
185);DNA或RNA包被的粒子轰击(Klein TM et al.,(1987)Nature 327:70)、用(非整合性)病毒感染等。优选通过农杆菌介导的转化产生转基因植物,包括转基因作物植物。一种有利的转化方法是植物(planta)中的转化。为此,例如,可以使农杆菌作用于植物种子或用农杆菌接种植物分生组织。根据本发明,已证明使转化的农杆菌悬浮液作用于完整植物或至少作用于花原基是特别有利的。随后使植物生长直到获得处理植物的种子(Clough and 
Bent,Plant J.(1998)16,735‑743)。用于农杆菌介导的水稻转化的方法包括众所周知的水稻转化方法,例如以下文献中任一者描述的那些:欧洲专利申请EP1198985,Aldemita and Hodges(Planta 199:612‑617,1996);Chan et al.(Plant Mol Biol22(3):491 ‑506,
1993),Hiei et al.(Plant J 6(2):271‑282,1994),其公开内容通过引用并入本文,如同完整阐述一样。在玉米转化的情况下,优选的方法如Ishida et al.(Nat.Biotechnol 14(6):745‑50,1996)或Frame et al.(Plant Physiol 129(1):13‑22,2002)中所述,其公开内容通过引用并入本文,如同完整阐述一样。例如,B.Jenes et al.,Techniques for Gene Transfer,in:Transgenic Plants,Vol.1,Engineering and Utilization,eds.S.D.Kung and R.Wu,Academic Press(1993)128‑143和Potrykus Annu.Rev.Plant Physiol.Plant Molec.Biol.42(1991)205‑225)中进一步描述了所述方法。待表达的核酸或构建体优选克隆到适合转化根癌农杆菌的载体中,例如pBin19(Bevan et al(1984)Nucl.Acids Res.12‑
8711)。由这种载体转化的农杆菌然后可以以已知方式用于转化植物,例如用作模型的植物,如拟南芥属(拟南芥在本发明的范围内不被视为农作物)或农作物植物,例如烟草植物,例如通过将受伤的叶子或切碎的叶子浸入农杆菌溶液中,然后在合适的培养基中对其进行培养。例如,Hofgen and Willmitzer在Nucl.Acid Res.(1988)16,9877中描述了通过根癌农杆菌转化植物,或者尤其从F.F.White,Vectors for Gene Transfer in Higher 
Plants;in Transgenic Plants,Vol.1,Engineering and Utilization,eds.S.D.Kung and R.Wu,Academic Press,1993,pp.15‑38而公知。
[0611] 除了转化体细胞(然后其必须再生为完整植物)之外,还可以转化植物分生组织的细胞,特别是那些发育成配子的细胞。在这种情况下,转化的配子跟随自然植物发育,产生转基因植物。因此,例如,用农杆菌处理拟南芥的种子并从发育中的植物中获得种子,其中一定比例的植物被转化并因此是转基因的[Feldman,KAand Marks MD(1987).Mol Gen Genet 208:1‑9;Feldmann K(1992).In:C Koncz,N‑H Chua and J Shell,eds,Methods in Arabidopsis Research.Word Scientific,Singapore,pp.274‑289]。替代方法基于重复去除花序并用转化的农杆菌培养莲座叶中心的切除部位,由此同样可以在稍后的时间点获得转化的种子(Chang(1994).Plant J.5:551 ‑558;Katavic(1994).Mol Gen Genet,245:
363‑370)。然而,一种特别有效的方法是真空渗透法及其改进,例如“花浸法”。在拟南芥真空渗透的情况下,在减压下用农杆菌悬浮液处理完整的植物[Bechthold,N(1993).CR Acad Sci Paris Life Sci,316:1 194‑1 199],而在“花浸法”的情况下,将发育中的花组织与表面活性剂处理的农杆菌悬浮液一起短暂温育[Clough,SJ and Bent AF(1998)The Plant J.16,735‑743]。在这两种情况下都收获了一定比例的转基因种子,并且这些种子可以通过在上述选择性条件下生长而与非转基因种子区分开来。此外,质粒体的稳定转化是有利的,因为质粒体是母系遗传的,大多数作物减少或消除了转基因通过花粉流动的风险。叶绿体基因组的转化通常通过在Klaus et al.,2004[Nature Biotechnology 22(2),225‑229]中示意性展示的过程来实现。简而言之,将要转化的序列与可选择标记物基因一起克隆到与叶绿体基因组同源的侧翼序列之间。这些同源的侧翼序列指导位点特异性整合到质体系中。已经为许多不同植物物种描述了质体转化,并且Bock(2001)Transgenic plastids in basic research and plant biotechnology.J Mol Biol.2001Sep 21;312(3):425‑38或Maliga,P(2003)Progress towards commercialization of plastid transformation technology.Trends Biotechnol.21,20‑28中给出了综述。最近以无标记物质体转化体的形式报道了进一步的生物技术进展,所述转化体可以由瞬时共整合的标记物基因产生
(Klaus et al.,2004,Nature Biotechnology 22(2),225‑229)。
[0612] 可以通过技术人员熟悉的所有方法再生遗传修饰的植物细胞。可以在S.D.Kung and R.Wu,Potrykus或Hofgen and Willmitzer的前述出版物中找到合适的方法。
[0613] 通常在转化后,针对一种或多种由与目的基因共转移的植物可表达基因编码的标记物的存在,选择植物细胞或细胞群,然后将转化的材料再生为整株植物。为了选择转化的植物,通常使转化中获得的植物材料经历选择性条件,从而可以将转化的植物与未转化的植物区分开来。例如,可以种植以上述方式获得的种子,并在初始生长期后,通过喷雾进行合适的选择。另一种可能性在于,如果合适的话,在灭菌后,使用合适的选择剂在琼脂板上培养种子,以便只有转化的种子才能长成植物。或者,筛选转化植物是否存在可选择标记物,例如上述的标记物。
[0614] 在DNA转移和再生之后,还可以评估推定的转化植物,例如使用Southern分析,以评估目的基因、拷贝数和/或基因组组织的存在。替代地或附加地,可使用Northern和/或Western分析监测新引入的DNA的表达水平,这两种技术为本领域普通技术人员所熟知。
[0615] 产生的转化植物可以通过多种方式繁殖,例如通过克隆繁殖或经典育种技术。例如,第一代(或T1)转化植物可以是自花授粉的并选择纯合的第二代(或T2)转化体,然后T2植物可以通过经典育种技术进一步繁殖。产生的转化生物体可以采取多种形式。例如,它们可以是转化细胞和非转化细胞的嵌合体;克隆转化体(例如所有转化为含有表达盒的细胞);转化和未转化组织的移植物(例如在植物中,将转化的根茎嫁接到未转化的接穗上)。
[0616] 现在将通过以下非限制性实施例来说明本发明。
[0617] 实施例
[0618] 实施例1:制备用作免疫剂、噬菌体展示和筛选测定的尖孢镰刀菌Folch低相抗原[0619] 在室温下使用2:1和1:2(v/v)比例的氯仿:甲醇连续提取尖孢镰刀菌的完整菌丝和分生孢子。将提取物合并并干燥,并按照Folch et al(1957(1957).Asimple method for the  isolation  and  purification  of  total  lipids  from  animal tissues.J.Biol.Chem.226,497–509.)的描述来分配粗脂质提取物。回收来自Folch下层的脂质并用于免疫。
[0620] 实施例2:制备用于噬菌体展示和筛选测定的尖孢镰刀菌神经酰胺单己糖苷级分[0621] 按照从Eliana Barreto‑Bergter获得的Barreto‑Bergter et al.(2011Barreto‑Bergter E,Sassaki G and,de Souza LM.(2011).Structural analysis of fungal cerebrosides.Front Microbiol.2:239.)中的方法所述,制备了来自尖孢镰刀菌的神经酰胺单已糖苷级分。
[0622] 实施例3:结合VHH的尖孢镰刀菌Folch低相抗原的鉴别
[0623] 3.1免疫接种
[0624] VHH由用来自尖孢镰刀菌的Folch低相提取物免疫的美洲驼产生。根据标准协议,用来自尖孢镰刀菌的薄层色谱(TLC)点样Folch低相提取物,6次加强免疫美洲驼。从板上刮下吸附了Folch低相提取物的二氧化硅并悬浮在磷酸盐缓冲液中。将悬浮液超声处理,与弗氏不完全佐剂混合,并用于皮下注射。所有美洲驼在整个免疫过程中都保持健康,并且在免疫前和后采集了血液样品。
[0625] 3.2文库构建
[0626] 对于文库构建,使用Ficoll‑Hypaque根据制造商的说明从免疫美洲驼的血液样品中制备外周血单核细胞。从这些细胞中提取总RNA并用作RT‑PCR的起始材料以扩增VHH编码基因片段。将这些片段克隆到噬菌粒载体pASF20中。pASF20是一种源自pUC119的表达载体,它含有lacZ启动子、合成前导序列、多克隆位点、大肠杆菌噬菌体pIII蛋白编码序列、氨苄青霉素抗性基因和用于单链生产的M13噬菌体源。在VHH编码序列的框架内,该载体编码C‑末端(His)6肽标签和c‑myc肽标签。根据标准方法(Phage Display of Peptides and Proteins:ALaboratory Manual;Brian K.Kay,Jill Winter,Dr.John McCafferty)制备噬菌体。获得了克隆多样性等于或大于1E+08的文库,并产生了确保抗体多样性呈现的噬菌体。
[0627] 3.3选择
[0628] 如下进行两轮淘选:将真菌脂质级分始终包被在5%氯仿/甲醇中的聚苯乙烯Maxisorp多孔板上。在第一轮选择中,使用四种不同的条件从文库中选择25μl噬菌体(1,
00E+11噬菌体/选择条件):两种不同的脂质级分(真菌;尖孢镰刀菌)浓度(50μg/ml和5μg/ml)和两种不同的空白条件(5%CHCl3/MeOH和PBS)用于背景对照。对于第二轮选择,除了第一轮选择的条件外,还包括较低的抗原浓度(0.5μg/ml)。对于第二轮选择,与第一轮选择的输入相比,噬菌体输入减少了10倍,这减少了非特异性噬菌体结合的选择。
[0629] 在第一轮选择中观察到良好的富集,特别是对于来自50μg/ml选择条件的输出。拯救来自该选择的噬菌体输出、沉淀并用作第二轮选择的输入。在这一轮选择中,除了0.5μg/ml选择条件外,对于抗原包被条件,观察到了显著更高的富集。
[0630] 将用在第二轮淘选后获得的选定洗脱噬菌体池感染的大肠杆菌TG1细胞的单个集落挑选到96孔板中,母板(MP)每孔含有100μl含有2%葡萄糖和100μg/ml羧苄青霉素的2xTY培养基,并在37℃下培养过夜。母板在‑80℃下储存在20%甘油中,并且用于周质提取物生产、筛选和测序。
[0631] 实施例4:筛选与尖孢镰刀菌脂质级分结合的VHH
[0632] 为了验证VHH是否与尖孢镰刀菌脂质级分结合,通过ELISA评估结合。筛选每个单独的克隆与用5%CHCl3/MeOH中的10μg/ml真菌脂质级分包被的孔和仅用5%CHCl3/MeOH包被的孔的结合。当抗原包被孔与相应空白孔的OD450nm结合信号之间的比率高于2倍时,认为克隆是阳性的。基于应用于所测试的360个单个克隆的定义的截止标准,获得了14.2%的总命中率。
[0633] 实施例5:VHH 10G11在体外抗真菌测定中以剂量依赖性方式抑制贵腐霉菌的生长[0634] 在体外评估了VHH 10G11Q(SEQ ID NO:1)针对植物病原性真菌贵腐霉菌R16的抗真菌活性。
[0635] 在96孔微量滴定板中制备了纯化VHH 10G11Q的两倍稀释液。向20μl这些稀释液和20μl作为对照的水中加入80μl真菌孢子悬浮液(1E+05孢子/ml,在半强度马铃薯葡萄糖肉汤(PDB)中),从10μM的最终VHH10G11Q浓度开始。使用IncuCyte Zoom活细胞成像系统,将测试板在25℃下温育36小时。所有测试均进行至少2个重复。
[0636] 图1所示的抗真菌活性测定的结果表明了明显的剂量依赖性生长抑制模式,表示为VHH 10G11Q浓度(μM)函数中的%真菌生长(总绿色物体面积)。
[0637] 实施例6:与糖基神经酰胺结合VHH 41D01相比,VHH 10G11在体外抗真菌测定中更有效地抑制贵腐霉菌的生长
[0638] WO2014/177595A1和WO2014/191146A1描述了抗葡萄糖神经酰胺结合VHH,其中VHH 41D01显示出对多种测试菌株(包括贵腐霉菌R16)具有最显著的抗真菌活性。
[0639] 将VHH 10G11Q(SEQ ID NO:1)的生长抑制特性与VHH 41D01在体外针对植物病原性真菌贵腐霉菌R16的生长抑制特性进行了比较。
[0640] 在96孔微量滴定板中制备纯化VHH 10G11Q和41D01的两倍稀释液。向20μl这些稀释液和20μl作为对照的水中加入80μl真菌孢子悬浮液(1E+05孢子/ml,在半强度马铃薯葡萄糖肉汤(PDB)中),从40μM的最终VHH 10G11Q浓度开始。使用IncuCyte Zoom活细胞成像系统,将测试板在25℃下温育48小时。所有测试均进行至少2个重复。
[0641] 图2所示的抗真菌活性测定结果令人惊讶地表明,与VHH生物活性41D01相比,VHH 10G11Q的生长抑制模式更为显著。
[0642] 实施例7:位点定向诱变
[0643] 如下进行VHH的位点定向诱变。将编码VHH序列变体的核苷酸序列合成构建为基因片段,并且进一步克隆到适合转化至毕赤酵母的pPpT4GAPαS质粒( et al(2012),Plos One,7(6):e39720)中。该质粒包含PAOX启动子以驱动克隆基因片段的表达。在构建含有所需VHH序列变体的质粒期间使用标准克隆技术。对成功的克隆进行测序以确认所需VHH序列变体的存在和正确克隆。此后,使用标准电穿孔协议将线性化质粒转化到感受态毕赤TM
酵母ATCC 76273 细胞中。随后使用成功的转化体产生VHH序列变体。首先在BMGY(缓冲甘油‑复合物培养基)中培养转化体,然后转移到BMMY(缓冲甲醇‑复合物培养基)培养基中以开始诱导(Weidner et al(2020),J Vis Exp,36:1862)。随后使用本领域公知的过滤和/或色谱技术纯化VHH。
[0644] 实施例8:VHH 10G11的Ala扫描
[0645] 通过Ala扫描评估VHH 10G11的所有3个CDR区以确定单个氨基酸取代对VHH 10G11(SEQ ID NO:18至51)的抗真菌效应的影响。如实施例7中所述构建和生产10G11的变体,并且如实施例5中所述进行随后的抗真菌测定。令人惊讶的是,在用丙氨酸取代CDR区中的单个氨基酸的大多数情况下,10G11显示出保持的性能,突变体保持的抗真菌效应清楚地表明了这一点(图3)。使用甘氨酸(R26G;SEQ ID NO:18和D35G;SEQ ID NO:27)、丝氨酸(R53S;SEQ ID NO:32和T56S;SEQ ID NO:36)或天冬酰胺(K58N;SEQ ID NO:39)代替丙氨酸构建了附加单个氨基酸取代,具有相似的结果(图3)。
[0646] 实施例9:His‑标记版本的VHH 10G11具有提高的抗真菌活性
[0647] 通常将His标签添加到多肽中,以便使用亲和色谱进行纯化。在使用如实施例5中所述的抗真菌测定法的常规测试期间,令人惊讶地发现,C末端添加了6x His‑标签(SEQ ID NO:148)的10G11Q多肽具有显著提高的抗真菌活性(图4)。由于His标签由6个带正电荷的组氨酸氨基酸组成,这表明正电荷可能有利于10G11的抗真菌相互作用。
[0648] 实施例10:VHH 10G11Q的计算机建模
[0649] 为了更好地了解10G11分子,使用计算机方式对其3‑D结构进行了建模。对蛋白质数据库(PDB)进行BLAST搜索以获得与要建模的10G11分子具有相同CDR长度的抗体的结构坐标。使用Blosum 62矩阵,间隙成本为13。在前250个命中中,将具有与所研究的10G11分子相同的CDR长度的每个结构用于同源建模尝试。首先,将获得的PDB结构和10G11分子之间不同的残基突变。然后,如在Dunbrack 2010旋转异构体文库(Shapovalov and Dunbrack,(2011),Structure,19(6):844‑58)中发现的,根据观察到的偏好对这些残基的侧链进行建模。如果合适,还对直接附近的侧链进行了建模,以适应建模的突变。将该模型用作指导以确定分子的重要氨基酸残基。
[0650] 图5示出了具有指示的3个CDR区的结果模型。在10G11的带状图上显示了暴露的侧链的选择,并且根据Kabat编号指示了氨基酸(图5还显示了种系序列并指示了导致10G11序列的取代。它还提供了相应的Kabat编号)。将这些氨基酸残基选定为定向氨基酸取代的最佳候选者,因为侧链暴露并且怀疑有最小的结构干扰。
[0651] 实施例11:10G11电荷变体的抗真菌活性
[0652] 从图3中显示的测定结果观察到,抗真菌活性降低的突变体的五分之四的特征在于带正电的氨基酸被不带电荷的变体取代。连同观察到带正电荷的His‑标记的变体具有增加的抗真菌活性(图4),进一步研究了电荷的影响。为此,如实施例7所述产生了不同的10G11电荷变体,并且如实施例5所述测试了它们的抗真菌活性。设计了以下取代以减少
10G11分子在分子的抗原结合界面处的总电荷:
[0653] ·突变体1:CDR1中的R26A取代(SEQ ID NO:7)
[0654] ·突变体2:CDR2中的R53A和K58A取代(SEQ ID NO:8)
[0655] ·突变体3:CDR3中的R96A和R100cA取代(SEQ ID NO:9)
[0656] ·突变体4:CDR1中的R26A取代,CDR2中的R53A和K58A取代以及CDR3中的R96A和R100cA取代(SEQ ID NO:10)
[0657] ·突变体5:CDR1中的R26A取代,CDR2中的R53A和K58A取代,CDR3中的R96A和R100cA取代以及恒定区中的K76N和K77T取代(SEQ ID NO:11)。
[0658] 总电荷降低的这些突变体显示出抗真菌活性降低或缺失(图6)。这进一步强调了正电荷对10G11活性很重要的猜测。因此,基于如实施例10中所述的结构分析设计了以下带正电荷的变体:
[0659] ·突变体6:CDR1中的S27H、I28H和S30H取代(SEQ ID NO:12)
[0660] ·突变体7:CDR3中的W100aH和T100bH取代(SEQ ID NO:13)
[0661] ·突变体8:CDR1中的S27H、I28H和S30H取代以及CDR3中的W100aH和T100bH取代(SEQ ID NO:14)
[0662] ·突变体9:CDR1中的S27K、I28K和S30K取代(参见图7)(SEQ ID NO:15)
[0663] ·突变体10:CDR3中的W100aK和T100bK取代(SEQ ID NO:16)
[0664] ·突变体11:CDR1中的S27K、I28K和S30K取代和CDR3中的W100aK和T100bK取代(参见图8)(SEQ ID NO:17)
[0665] 图6显示,突变体6和7具有与10G11相当的抗真菌活性。突变体8、9、10和11显示抗真菌活性显著提高,其中突变体11的抗真菌活性比10G11提高了5倍。
[0666] 最后,进行延长温育抗真菌测定,其中如实施例5中所述的实验设置进行了14天的时间段,显示出突变体9和突变体11在评估的时间内防止孢子生长的持续效果,与10G11相反,虽然10G11非常有效,但允许孢子生长在3天后部分地重新开始(图9)。
[0667] 实施例12:10G11与Folch低相提取物的级分3结合
[0668] 为了研究10G11及其变体的推定相互作用伴侣,如实施例1中所述从贵腐霉菌菌丝中提取脂质。为了总脂质提取物的进一步分级,使用了薄层色谱法(TLC;Skipski et al(1965),Biochimica et Biophysica Acta,106(2):386‑396)。将提取物点在硅胶玻璃板上并在装有100mL氯仿/甲醇混合物(85/15,v/v)的色谱罐中运行。通过TLC分离的脂质带用α‑萘酚染色,从而可以目视检测脂质。鉴别了四个级分(图10):级分1,极性脂质的级分;级分2,保留因子(Rf)类似于葡萄糖神经酰胺参考标准(来自Tamogitake的GlcCer),可能是神经酰胺;级分3,Rf略高于参考标准;和级分4,非极性磷脂(PL)。为了从单独的级分中获得足够的材料,可以使用正相快速色谱法(Gorden,M.H.(2015).Encyclopedia of Analytical Science(Second edition),Elsevier)。因此,通过添加几滴MeOH将TLE溶解在CH2Cl2中,并加载到具有15μm颗粒的4g正相快速柱上。用CH2Cl2/MeOH(85/15,v/v)作为洗脱液运行该柱。最后,通过0.45μm注射器过滤器(尼龙膜)过滤级分,并干燥。此后,通过添加1,6‑二苯基‑1,3,5‑己三烯(DPFI)的薄膜水合法,制备了来自真正脂质提取物及其各个级分的脂质体(Trucillo et al,2020.Processes 8(9):1022;Zhang,2017.Liposomes 1522:1 7‑22)。
DPH在水性介质中几乎不发荧光,并且当它嵌入脂质膜时表现出强荧光。脂质膜的任何破坏都会导致荧光信号的降低。此后,测试了10G11与这些脂质体的相互作用。图11中的结果表明,10G11与存在于总脂质提取物(TLE)、级分3和级分4中的脂质相互作用。此外,这表明,
10G11导致囊泡破裂,这指向10G11对膜破坏的有趣影响。
[0669] 通过生物层干涉法(BLI)进一步证实了10G11与级分3的结合。BLI是一种用于测量生物分子相互作用的无标签光学分析技术(Kamat et al,2017.Analytical biochemistry 536:16‑31;Wallner et al.2013.Journal of Pharmaceutical and Biomedical 
Analysis 72:150‑154)。该分析证实了10G11与级分3的结合(图12)。
[0670] 实施例13:附加的级分3粘合剂
[0671] 通过添加生物素化的脂质(12:0生物素基MG(1‑(12‑N‑生物素)氨基十二烷酰基‑rac‑甘油),Sigma Aldrich)来修改用于形成脂质体的上述方法(实施例12),以允许使用链TM TM霉亲和素包被的板(Pierce 链霉亲和素包被的高容量板,透明,96孔,用SuperBlock 缓冲液封闭,Thermo Fisher Scientific),使用这些脂质体进行ELISA。使用该方法筛选附加的级分3粘合剂,鉴别了两个附加的级分3结合分子,其具有SEQ ID NO:3(10E11Q)和SEQ ID NO:5(12C03Q),如图13所示。
[0672] 实施例14:作用方式
[0673] 10G11对贵腐霉菌孢子的影响可见于孢子开始生长时受到抑制的孢子水平,令人惊讶的是,由于10G11的活性,相当一部分孢子也被裂解,正如在IncuCyte Zoom活细胞成像系统上的显微延时成像期间突然失去结构完整性所证明的那样(图14)。10G11破坏脂质体的作用(实施例12),进一步强调了孢子的裂解可归因于10G11的作用。
[0674] 实施例15:温室中由豆薯层锈菌引起的大豆上大豆锈病的防治
[0675] 用125ml含有如表1所述浓度活性成分的水悬浮液喷洒4份盆栽大豆植物(4株/盆)。间隔14天完成两次施用。在第一次施用(施用A)活性成分两天后,用豆薯层锈菌接种植物一次。将10G11Q的生长抑制特性与非抗真菌参考VHH分子、未经处理的对照和系统性化学品Quadris Top SBX(嘧菌酯、双非康唑)的生长抑制特性进行了比较。
[0676] 治疗 比率 施用数未处理的(用豆薯层锈菌接种) 未施用 0
10G11 250g ai/ha 2(AB)
10G11 500g ai/ha 2(AB)
10G11 750g ai/ha 2(AB)
参考VHH 250g ai/ha 2(AB)
参考VHH 500g ai/ha 2(AB)
参考VHH 750g ai/ha 2(AB)
Quadris Top SBX 7‑7.5oz./A 2(AB)
[0677] 表1.治疗列表
[0678] 疾病严重程度记录为0‑100%范围内的严重程度百分比。当第一个症状出现时开始记录,然后每周评估至少直到第二次施用(施用B)活性成分后3周。百分比严重性等级根据植物上的位置分开:低冠层严重程度百分比、中冠层严重程度百分比和上冠层严重程度百分比,以很好地跟踪疾病的进展并遵循自然界中疾病的自然发展。
[0679] 图15中显示的结果指示了,与参考VHH和下冠层中未处理的接种对照相比,直至第二次施用后3周,10G11的显著且与剂量相关的生长抑制模式。
[0680] 图表中x轴上的时间指示涉及记录疾病严重程度或发病率的时间。这些是相对的,并且以记录发生时施用后的天数表示。例如,在第二次施用(施用B)之后13天的记录将表示为13DAB。此代码适用于图15至图28。
[0681] 图16中显示的结果指示了,与参考VHH和中间冠层中未处理的接种对照相比,直到第二次施用后3周,10G11的显著和剂量相关的生长抑制模式。
[0682] 图17中显示的结果指示了,与参考VHH和上冠层中未处理的接种对照相比,直到第二次施用后3周,10G11的显著和剂量相关的生长抑制模式。
[0683] 一般而言,750g ai/ha下的10G11经常显示出与化学参考Quadris Top SBX“同等”的活性。
[0684] 实施例16:温室中由炭疽病菌引起的南瓜上炭疽病的防治
[0685] 用125ml含有表2中所述浓度活性成分的水悬浮液喷洒4份盆栽南瓜植物(每盆2株)。四个施用间隔6或7天完成。在第一次施用(施用A)活性成分两天后,用炭疽病菌接种植物一次。将10G11Q的功效与未处理的对照和化学参考Bravo WS(百菌清)的功效进行了比较。
[0686]
[0687]
[0688] 表2.治疗列表
[0689] 疾病严重程度记录为0‑100%范围内的严重程度百分比。当第一次出现症状时开始记录,然后定期评估,直到第四次施用(施用D)活性成分后2周。
[0690] 图18中显示的结果指示了,与未处理的接种对照相比,直到最后一次施用后2周,10G11Q具有明显的和剂量相关的生长抑制模式。
[0691] 实施例17:田间葡萄藤上的贵腐霉菌的防治
[0692] 根据当地实践,用8L喷雾溶液处理10株葡萄藤(每块地33.6m2)的4个重复,对应的喷雾量为600l/ha。喷雾混合物含有如表3中所述浓度的活性成分。在葡萄藤的特定物候发育阶段进行了四次施用:BBCH 77、BBCH 79、BBCH 81和BBCH 85(根据标准化的BBCH‑规模)。没有进行人工感染,并且基于预测的疾病压力,第一次喷雾是预防性的。将10G11的功效与未经处理的对照和化学参考Teldor(环酰菌胺)的功效进行了比较。此外,还测试了Switch(咯菌腈+嘧菌环胺)和Teldor的化学轮换以及Switch和10G11的轮换。
[0693]
[0694] 表3.治疗列表
[0695] 疾病严重程度记录为0‑100%(PESSEV)范围内的严重程度百分比。当第一个症状出现时开始记录,就在第四次施用之前。在最后一次施用后13天和20天进行了附加评估。在每次评估中,每块地块随机选择100串葡萄串,评估受病害影响的葡萄串表面的百分比。
[0696] 图19中显示的结果指示直至最后一次施用后20天,10G11具有明显且与剂量相关的性能。
[0697] 实施例18:田间葡萄藤上的白粉病(葡萄钩丝壳菌)的防治
[0698] 根据当地的实践和葡萄藤的生长阶段,用8或10L喷雾溶液处理10株葡萄藤(每块地25m2)的4个重复,相应的喷雾量为600或800l/ha。喷雾混合物含有如表4所述浓度的活性成分。进行了八次施用,平均间隔10天。没有进行人工感染,并且第一次喷洒是在开花前阶段,在第一次白粉病症状出现之前。将10G11的功效与未经处理的对照和化学参考Topas 10EC(戊菌唑)的功效进行比较。此外,还评估了Tiovit Jet(硫)、Vivando(美特拉芬酮)、Sercadis(氟唑菌酰胺)、Prosper 500EC(螺环菌胺)和Karathane Star(敌螨普)的化学轮换。如表4所述,第七次处理用10G11代替了该化学轮换中的部分化学品。
[0699]
[0700] 表4.治疗列表
[0701] 通过评估从新枝上相同位置随机选择的100片叶子上受影响的叶面积百分比,对叶子上的功效进行了评估。此外,果实上的白粉病感染评估为每块地随机选择的50串感染面积的百分比。评估一直持续到最后一次施用后的4周。
[0702] 图20和图21中显示的结果指示,尽管疾病压力非常高,但直到施用后4周,10G11仍具有明显且剂量相关的性能。在叶子和串上观察到白粉病症状的良好减少。
[0703] 实施例19:番茄上由新番茄粉孢菌引起的白粉病的防治
[0704] 根据当地实践,用3.96L喷雾溶液处理15株番茄植株(每块9.9m2)的四个重复,对应的喷雾量为1000l/ha。喷雾混合物含有如表5所述浓度的活性成分。进行五次施用,间隔7天。没有进行人工感染,并在观察到第一个症状时进行第一次喷雾。将10G11的功效与未处理的对照和化学参考Topas(戊菌唑)的功效进行了比较。此外,还评估了Systhane Forte(腈菌唑)、Ortiva(嘧菌酯)、Signum(啶酰菌胺+唑菌胺酯)和Topas的化学轮换。如表5所述,第七次处理用10G11代替了该化学轮换中的部分化学品。
[0705]
[0706] 表5.治疗列表
[0707] 在每块地随机选择的10片叶子,记录受疾病影响的叶面积百分比(疾病严重程度)。基于这些值计算发生百分比(PESINC;受影响叶子的%)。每周进行一次评估,并持续到最后一次施用后的1周。
[0708] 图22和图23中显示的结果指示了直至在最后一次施用后一周,10G11具有明显且剂量相关的性能。在这些温和的疾病压力条件下观察到10G11的良好性能,导致番茄白粉病的严重程度和发病率明显降低。
[0709] 实施例20:温室内草莓由滇赤才叉丝单囊壳(Podosphaera aphanis)引起的白粉病的防治
[0710] 根据当地实践,用0.576或0.72L喷雾溶液处理20株草莓植株(每块地3m2)的4个重复,相应的喷雾量为400或500l/ha。喷雾混合物含有如表6中所述浓度的活性成分。进行六次施用,间隔7天。没有进行人工感染,并且在出现第一个症状之前进行了第一次喷雾。将10G11的功效与未处理的对照和化学参考Topas 2.5WG(戊菌唑)的功效进行比较。此外,评估了Ganzo(腈菌唑)、Topas 2.5WG(戊菌唑)和Signum(啶酰菌胺+唑菌胺酯)的化学轮换。如表6中所述,第七次处理用10G11代替了该化学循环中的部分化学物品。
[0711]
[0712] 表6.治疗列表
[0713] 在每块地的20片叶子上进行了功效评估,评估整个地块上受影响的叶面积百分比(PESSEV)和受影响的叶子百分比(PESINC)。每周进行一次评估,并持续到最后一次施用后2周。
[0714] 图24和25中显示的结果指示了直至最后一次施用后两周,10G11具有明显且剂量相关的性能。施用10G11后,白粉病的发生率和严重程度都得到了很好的降低。
[0715] 实施例21:草莓上贵腐霉菌的防治
[0716] 根据当地实践,用0.576或0.72L喷雾溶液处理20株草莓植株(每块地3m2)的4个重复,相应的喷雾量为400或500l/ha。喷雾混合物含有如表7中所述浓度的活性成分。进行了六次施用,间隔7天。未进行人工感染,并且在开花开始时进行第一次喷雾。将10G11的功效与未经处理的对照和化学参考Teldor(环酰菌胺)的功效进行了比较。此外,还评估了Switch(嘧菌环胺+咯菌腈)、Teldor(环酰菌胺)和Scala(嘧霉胺)的化学轮换。如
[0717] 表7中所述,第七次处理用10G11代替了该化学轮换中的部分化学品。
[0718]
[0719] 表7.治疗列表
[0720] 在收获时在果实上进行功效评估,并评估了健康和患病果实的数量和重量。然后将每块地的50个健康果实放入冷藏库(2℃)两天,然后在环境温度(7‑10℃)下继续进行5天以上的采后评估。在环境贮藏的第0、2和5天评估了贮藏水果的灰霉病发病率和严重程度。
[0721] 图26和27中显示的结果指示,在收获时和收获后,10G11都具有明显且剂量相关的性能。开花期间在田间施用10G11可降低收获时灰霉病的发病率。10G11的性能在收获后得到了证实,其中观察到贮藏果实的灰霉病严重程度与剂量相关的降低。
[0722] 实施例22:温室中由苍耳单囊壳白粉菌引起的黄瓜上白粉病的防治
[0723] 根据作物高度,用1000至1875l/ha的喷雾量处理每块黄瓜植物地(每块地4m2)的10株植物的四个重复。喷雾混合物含有如表8所述浓度的活性成分。进行了八次施用,间隔7天。未进行人工感染,并在开花开始时进行第一次喷雾。将10G11的功效与未处理的对照、化学参考Topaz(戊菌唑)、生物参考Sonata(短小芽胞杆菌菌株QST 2808)与佐剂Elasto G5的组合以及Takumi(环氟菌胺)、Flint(肟菌酯)和Topaz的化学轮换的功效进行比较。
[0724]
[0725] 表8.治疗列表。*LWA=叶壁面积
[0726] 在每块地的40片叶子上进行了功效评估,评估受影响的叶面积百分比(PESSEV)。每周进行一次评估,并持续到最后一次施用后两周。
[0727] 图28中显示的结果指示了直至第七次施用后1周,10G11具有明显且剂量相关的性能。当疾病压力从第八次ytbn用达到非常严重的值时,性能下降。
[0728] 实施例23:10G11的结合特性
[0729] 确定了10G11的各种结合特性。
[0730] 使用 Base分析软件的图形/导出菜单中的时间图功能生成微孔板图形。将处理样品在中对数生长时汇合的原始数据输出到GraphPad Prism 8中并绘制为标准浓度的半对数函数。在用四参数逻辑回归曲线拟合数据后外推IC50值。是根据IC50测量病原体敏感性,IC50是指抑制50%的孢子萌发和/或菌丝体生长的浓度(μM)。计算出的IC50为
0.76±0.10μM。不相关的VHH标准在等摩尔量下没有显示出任何抗真菌活性(图1)。
[0731] 为了估算10G11与级分3结合的解离常数Kd值,使用如实施例13中所述的来自级分3的生物素化脂质体的ELISA设置。以通过在磷酸盐缓冲液中连续稀释制备的下列浓度添加
10G11多肽:0.5、1、2.5、5和10μM。图29中显示了得到的ELISA吸收图。将该图用于使用GraphPad估计Kd解离常数。其中使用非线性回归拟合。这产生了0.76‑1.55μM的IC50范围。
这可以转换为0.76μM至1.55μM范围内的解离常数Kd的估计值。
[0732] 实施例24‑CDR2区的取代。
[0733] 在CDR1和CDR3区中制得10G11分子的变体,因为当将CDR2反转为种系序列时,通过抗真菌活性丧失来判断,CDR2被证明对于抗真菌活性很重要(图30)。相反,用不相关的CDR3区(参考VHH的)取代CDR3不会妨碍抗真菌活性(图30)。表明CDR3可能更易于进行氨基酸修饰而不会失去抗真菌活性。
[0734] 在下文中列出了如本文所公开的多肽、组合物和方法的陈述(特征)和实施方式。如此定义的本发明公开的每个陈述和实施方式可以与任何其他陈述和/或实施方式组合,除非有明确的相反指示。特别地,被指示为优选或有利的任何特征可以与被指示为优选或有利的任何其他一个或多个特征组合。
[0735] 本申请中公开的编号陈述包括:
[0736] 1.一种多肽,其能够与真菌结合并导致所述真菌的孢子生长迟延和/或所述真菌的孢子裂解。
[0737] 2.根据陈述1的多肽,其中多肽与真菌的膜或真菌膜的组分结合。
[0738] 3.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽不结合真菌的细胞壁或细胞壁的组分。
[0739] 4.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽不结合真菌的葡糖神经酰胺。
[0740] 5.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽结合真菌质膜的含脂质的级分,例如贵腐霉菌或其他真菌的含脂质的级分。
[0741] 6.根据陈述5的多肽,其中含脂质的级分是通过色谱法获得的。
[0742] 7.根据陈述6的多肽,其中可以对从真菌菌丝和/或分生孢子获得的粗脂质提取物进行色谱法。
[0743] 8.根据陈述6或陈述7的多肽,其中色谱法是薄层色谱法或正相快速色谱法。
[0744] 9.根据陈述6或陈述7或陈述8的多肽,其中色谱在基底上进行的,例如在涂有硅胶的玻璃板上进行。
[0745] 10.根据陈述6至9中任一项多肽,其中使用氯仿/甲醇混合物(例如85/15%v/v)作为洗脱液进行色谱法。
[0746] 11.根据陈述5至10中任一项的多肽,其中含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得或可获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0747] 12.根据陈述5至10中任一项的多肽,其中含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得或可获得:通过总脂质提取物薄层色谱,在硅胶涂布的载玻片上使用氯仿/甲醇混合物(例如85/15%v/v)作为洗脱液,分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0748] 13.根据陈述5至10中任一项的多肽,其中含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得或可获得:通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0749] 14.根据陈述5至10中任一项的多肽,其中含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得或可获得:通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包含将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中并使用CH2Cl2/MeOH(例如85/15%,v/v)作为洗脱液,然后通过过滤器过滤级分。
[0750] 15.根据陈述5至10中任一项的多肽,其中含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得或可获得:通过总脂质提取物正相快速色谱分级真菌(例如贵腐霉菌或其他真菌)的菌丝和/或分生孢子,包含将TLE溶解在二氯甲烷(CH2Cl2)和MeOH中,将TLE加载到相快速柱(例如具有15μm颗粒的快速柱)上,用CH2Cl2/MeOH(85/15%,v/v)作为洗脱液运行柱,并通过过滤器(例如具有尼龙膜的0.45μm注射器过滤器)过滤级分并干燥级分。
[0751] 16.根据陈述5至15中任一项的多肽,其中来自色谱的级分可以在测试多肽与级分的结合或与级分的相互作用之前进行处理。
[0752] 17.根据陈述16所述的多肽,包含从含脂质的级分制备脂质体。
[0753] 18.根据陈述17的多肽,其中所述方法包括薄膜水合。
[0754] 19.根据陈述17或陈述18的多肽,其中所述制备脂质体的方法使用添加1,6‑二苯基‑1,3,5‑己三烯(DPH)的薄膜水合。
[0755] 20.一种多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至51和101至111,或与SEQ ID NO:1至51和101至111具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列,或对SEQ ID NO:1至51和101至
111具有至多1个、至多2个、至多3个、至多4个或至多5个氨基酸取代的序列。
[0756] 21.根据陈述20的多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至10、12至51和101至111,或与SEQ ID NO:1至10、12至51和101至111具有至少
70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0757] 22.根据陈述20或陈述21的多肽,其包含选自以下的氨基酸序列或由该氨基酸序列组成:SEQ ID NO:1至6,或与SEQ ID NO:1至6具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0758] 23.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:1,或与SEQ ID NO:1具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0759] 24.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:2,或与SEQ ID NO:2具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0760] 25.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:3,或与SEQ ID NO:3具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0761] 26.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:4,或与SEQ ID NO:4具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0762] 27.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:5,或与SEQ ID NO:5具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0763] 28.一种多肽,其包含以下序列或由该序列组成:SEQ ID NO:6,或与SEQ ID NO:6具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%同一性的序列。
[0764] 29.一种多肽,其包含:
[0765] CDR1区,其包含选自SEQ ID NO:52至67和112至122的序列或由该序列组成;
[0766] CDR2区,其包含选自SEQ ID NO:68至83和123至133的序列或由该序列组成;
[0767] CDR3区,其可选地包含选自SEQ ID NO:84至100和134至144的序列或由该序列组成。
[0768] 30.根据陈述29的多肽,其包含:
[0769] CDR1区,其包含选自SEQ ID NO:52、53和54的序列或由该序列组成;
[0770] CDR2区,包含选自SEQ ID NO:68、69和70的序列或由该序列组成;和
[0771] CDR3区,其可选地包含选自SEQ ID NO:84、85和86的序列或由该序列组成。
[0772] 31.根据陈述29或陈述30的多肽,其包含:
[0773] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由组成的CDR3区;
[0774] 包含SEQ ID NO:53或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:69或由其组成的CDR2区;可选地包含SEQ ID NO:85或由其组成的CDR3区;
[0775] 包含SEQ ID NO:54或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:70或由其组成的CDR2区和可选地包含SEQ ID NO:86或由其组成的CDR3区;
[0776] 包含SEQ ID NO:55或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0777] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:71或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0778] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:87或由其组成的CDR3区;
[0779] 包含SEQ ID NO:55或由的组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:71或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:87或由其组成的CDR3区;
[0780] 包含SEQ ID NO:56或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0781] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:88或由其组成的CDR3区;
[0782] 包含SEQ ID NO:56或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:88或由其组成的CDR3区;
[0783] 包含SEQ ID NO:57或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0784] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:89或由其组成的CDR3区;
[0785] 包含SEQ ID NO:57或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:89或由其组成的CDR3区;
[0786] 包含SEQ ID NO:58或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0787] 包含SEQ ID NO:59或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0788] 包含SEQ ID NO:60或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0789] 包含SEQ ID NO:61或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0790] 包含SEQ ID NO:62或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0791] 包含SEQ ID NO:63或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0792] 包含SEQ ID NO:64或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0793] 包含SEQ ID NO:65或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0794] 包含SEQ ID NO:66或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0795] 包含SEQ ID NO:67或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0796] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:72或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0797] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:73或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0798] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:74或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0799] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:75或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0800] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:76或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0801] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:77或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0802] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:78或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0803] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:79或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0804] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:80或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0805] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:81或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0806] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:82或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0807] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:83或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0808] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:84或由其组成的CDR3区;
[0809] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:90或由其组成的CDR3区;
[0810] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:91或由其组成的CDR3区;
[0811] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:92或由其组成的CDR3区;
[0812] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:93或由其组成的CDR3区;
[0813] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:94或由其组成的CDR3区;
[0814] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:95或由其组成的CDR3区;
[0815] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:96或由其组成的CDR3区;
[0816] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:97或由其组成的CDR3区;
[0817] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:98或由其组成的CDR3区;
[0818] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:99或由其组成的CDR3区;
[0819] 包含SEQ ID NO:52或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:68或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:100或由其组成的CDR3区;
[0820] 包含SEQ ID NO:112或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:123或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:134或由其组成的CDR3区;
[0821] 包含SEQ ID NO:113或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:124或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:135或由其组成的CDR3区;
[0822] 包含SEQ ID NO:114或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:125或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:136或由其组成的CDR3区;
[0823] 包含SEQ ID NO:115或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:126或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:137或由其组成的CDR3区;
[0824] 包含SEQ ID NO:116或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:127或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:138或由其组成的CDR3区;
[0825] 包含SEQ ID NO:117或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:128或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:139或由其组成的CDR3区;
[0826] 包含SEQ ID NO:118或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:129或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:140或由其组成的CDR3区;
[0827] 包含SEQ ID NO:119或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:130或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:141或由其组成的CDR3区;
[0828] 包含SEQ ID NO:120或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:131或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:142或由其组成的CDR3区;
[0829] 包含SEQ ID NO:121或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:132或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:143或由其组成的CDR3区;或
[0830] 包含SEQ ID NO:122或由其组成的CDR1区、包含SEQ ID NO:133或由其组成的CDR2区;和可选地包含SEQ ID NO:144或由其组成的CDR3区。
[0831] 32.根据陈述29至31中任一项的多肽,其包含:包含选自SEQ ID NO:149、150、154、155、158和159的序列或由其组成的框架区1(FR1)序列,包含选自SEQ ID NO:151、156和160的序列或由其组成的框架区2(FR2)序列,包含选自SEQ ID NO:152、157和161的序列或由其组成的框架区3(FR3)序列,以及包含SEQ ID NO:153或由其组成的框架区4(FR4)序列。
[0832] 33.根据陈述29至31中任一项的多肽,包含:包含选自SEQ ID NO:149和150的序列或由其组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:151或由其组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:152或由其组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由其组成的框架区4(FR4)序列。
[0833] 34.根据陈述29至31中任一项的多肽,包含:包含选自SEQ ID NO:154和155的序列或由其组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:156或由其组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:157或由其组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由其组成的框架区4(FR4)序列。
[0834] 35.根据陈述29至31中任一项的多肽,包含:包含选自SEQ ID NO:158和159的序列或由其组成的框架区1(FR1)序列,包含SEQ ID NO:160或由其组成的框架区2(FR2)序列,包含SEQ ID NO:161或由组成的框架区3(FR3)序列,和包含SEQ ID NO:153或由其组成的框架区4(FR4)序列。
[0835] 36.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽的长度为80至200个残基。
[0836] 37.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽是抗体或其功能片段。
[0837] 38.根据任一项前述陈述的多肽,其中多肽是抗体的重链可变结构域(VH或VHH)或其功能片段。
[0838] 39.根据陈述1至19中任一项的多肽,其中多肽是陈述20至38中任一项的多肽。
[0839] 40.一种组合物,其包含任何前述陈述中定义的多肽。
[0840] 41.根据陈述40所述的组合物,其中组合物是农化组合物。
[0841] 42.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽能够与真菌结合,从而导致所述真菌的孢子的生长延迟和/或真菌孢子的裂解。
[0842] 43.根据陈述42的组合物,其中所述至少一种多肽特异性地结合所述真菌的至少一种质膜组分。
[0843] 44.一种包含至少一种多肽的组合物,其中所述至少一种多肽能够结合贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,含脂质的级分可以通过包含以下方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0844] 45.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至111中任一项所列的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够与真菌结合。
[0845] 46.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。
[0846] 47.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:53所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:85所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。
[0847] 48.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:54所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:86所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。
[0848] 49.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至111中任一项所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够结合真菌,其中多肽包含导致与SEQ ID NO:1至51或101至111中的任一项相比增加正电荷的一个或多个取代。
[0849] 50.根据陈述42至49中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽是抗体或其功能片段。
[0850] 51.根据陈述42至50中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽是抗体的重链可变结构域(VH或VHH)或其功能片段。
[0851] 52.根据陈述45至51中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽特异性结合所述真菌的至少一种质膜组分。
[0852] 53.根据陈述52的组合物,其中所述至少一种多肽能够结合贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0853] 54.根据陈述40至53中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽在组合物中的浓度范围为0.0001重量%至50重量%。
[0854] 55.根据陈述40至53中任一项的组合物,其为农化组合物。
[0855] 56.根据陈述55的组合物,其还包含农业化学上合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂。
[0856] 57.根据陈述1至39中任一项的多肽或根据陈述40至56中任一项的组合物,其中所述真菌是植物病原性真菌。
[0857] 58.根据陈述57的多肽或组合物,其中所述植物病原性真菌的属选自链格孢属、壳二孢属、葡萄孢属、尾孢属、刺盘孢属、色二孢属、白粉菌属、镰胞菌、小球腔霉属、顶囊壳属、长蠕孢属、壳球孢菌、丛赤壳属、青霉菌属、霜霉属、茎点霉属、瘤梗孢属、疫霉属、单轴霉属、叉丝单囊壳属、柄锈属、核腔菌属、梨孢属、腐霉属、丝核菌属、小菌核菌属、核盘菌属、壳针孢属、根串珠霉属、钩丝壳属、黑星菌属、轮枝菌属、稻温病菌、白粉病菌属、球腔菌属、黑粉菌属、栅锈菌属、层锈菌属、链核盘菌属、毛霉属、根霉菌属和曲霉属。
[0858] 59.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1至51或101至111中任一项所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0859] 60.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0860] 61.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:53所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:69所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:85所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0861] 62.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:54所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:70所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:86所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0862] 63.根据陈述40至62中任一项的组合物用作抗真菌剂。
[0863] 64.根据陈述1至39、57或58中任一项的多肽用作抗真菌剂。
[0864] 65.根据陈述40至62中任一项的组合物或陈述1至39中任一项的多肽作为抗真菌剂的用途。
[0865] 66.根据陈述65的用作,作为植物上的抗真菌剂。
[0866] 67.一种保护或治疗植物或所述植物的一部分免受植物病原性真菌感染的方法,至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述植物或所述植物的一部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据陈述40至62任一项的组合物或陈述1至39中任一项的多肽直接或间接施用于所述植物或所述植物的一部分。
[0867] 68.一种用于保护或治疗收获植物或所述植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的收获后处理方法,至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述收获植物或所述植物的收获部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据陈述40至62中任一项的组合物或陈述1至39中任一项的多肽直接或间接施用于所述收获植物或所述植物的收获部分。
[0868] 69.一种抑制或杀死植物病原性真菌生长的方法,至少包含将根据陈述40至62中任一项的组合物或陈述1至39中任一项的多肽直接或间接施用于植物或所述植物的一部分的步骤。
[0869] 70.如陈述40至62中任一项所定义的多肽。
[0870] 71.一种制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽的方法,该方法包括:用真菌靶或用基于其或衍生自其的合适抗原决定簇,例如其抗原性部分、其片段、其区域、其结构域、其环或其其他表位免疫动物;从免疫的动物获得表达多肽序列的细胞集合或样品;筛选所述细胞集合或样品中表达与所述真菌靶结合和/或对所述真菌靶具有亲和力的氨基酸序列的细胞;要么(i)分离所述氨基酸序列,要么(ii)从所述细胞集合或样品中分离编码所述氨基酸序列的核酸序列;和表达所述氨基酸序列,从而制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽。
[0871] 72.根据陈述71的方法,其中所述真菌靶是根据陈述6至19中任一项所定义的方法获得或可获得的含脂质的级分。
[0872] 73.根据陈述71的方法,其中所述真菌靶是贵腐霉菌质膜的含脂质的级分,含脂质的级分可以通过包括以下各项的方法获得:通过总脂质提取物薄层色谱分级贵腐霉菌的菌丝,和选择保留因子(Rf)高于神经酰胺级分并且低于非极性磷脂级分的级分。
[0873] 74.一种制备抗真菌组合物的方法,该方法包括:根据陈述71至74中任一项的方法制备抗真菌多肽;和将所述抗真菌多肽与一种或多种合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂组合。
[0874] 75.一种转基因植物、植物部分、种子或植物细胞,其包含编码如陈述1至39中任一项所定义的多肽的核酸序列。
[0875] 76.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列或与其任一者具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够与真菌结合。
[0876] 77.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合。
[0877] 78.根据陈述76或77的组合物,其中所述至少一种多肽是抗体或其功能片段。
[0878] 79.根据陈述76至78中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽是抗体的重链可变结构域(VH或VHH)或其功能片段。
[0879] 80.根据陈述76至79中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽特异性结合所述真菌的至少一种质膜组分。
[0880] 81.根据陈述76至80中任一项的组合物,其中所述至少一种多肽在组合物中的浓度范围为0.0001重量%至50重量%。
[0881] 82.根据陈述76至81中任一项的组合物,其为农化组合物。
[0882] 83.根据陈述82的组合物,其还包含农业化学上合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂。
[0883] 84.根据前述陈述中任一项的组合物或多肽,其中所述真菌是植物病原性真菌。
[0884] 85.根据陈述84的组合物或多肽,其中所述植物病原性真菌的属选自链格孢属、壳二孢属、葡萄孢属、尾孢属、刺盘孢属、色二孢属、白粉菌属、镰胞菌、小球腔霉属、顶囊壳属、长蠕孢属、壳球孢菌、丛赤壳属、青霉菌属、霜霉属、茎点霉属、瘤梗孢属、疫霉属、单轴霉属、叉丝单囊壳属、柄锈属、核腔菌属、梨孢属、腐霉属、丝核菌属、小菌核菌属、核盘菌属、壳针孢属、根串珠霉属、钩丝壳属、黑星菌属、轮枝菌属、稻温病菌、白粉病菌属、球腔菌属、黑粉菌属、栅锈菌属、层锈菌属、链核盘菌属、毛霉属、根霉菌属和曲霉属。
[0885] 86.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列或与其任一项具有至少约80%序列同一性的氨基酸序列,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0886] 87.一种包含至少一种多肽的组合物,该多肽包含具有SEQ ID NO:52所示氨基酸序列的CDR1区、具有SEQ ID NO:68所示氨基酸序列的CDR2区和具有SEQ ID NO:84所示氨基酸序列的CDR3区,并且该多肽能够与真菌结合以用作抗真菌剂。
[0887] 88.根据陈述76至87中任一项的组合物作为抗真菌剂的用途。
[0888] 89.根据陈述88的用途,用作植物上的抗真菌剂。
[0889] 90.一种保护或治疗植物或所述植物的一部分免受植物病原性真菌感染的方法,至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述植物或所述植物的一部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据陈述76至87中任一项的组合物直接或间接施用于所述植物或所述植物的一部分。
[0890] 91.一种用于保护或治疗收获植物或所述植物的收获部分免受植物病原性真菌感染的收获后处理方法,至少包括步骤:在有效于保护或治疗所述收获植物或所述植物的收获部分免受所述植物病原性真菌的所述感染的条件下,将根据陈述76至87中任一项的组合物直接或间接施用于所述收获植物或所述植物的收获部分。
[0891] 92.一种抑制或杀死植物病原性真菌生长的方法,至少包括将根据陈述76至87中任一项的组合物直接或间接施用于植物或所述植物的一部分的步骤。
[0892] 93.如陈述76至87中任一项所定义的多肽。
[0893] 94.一种制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽的方法,该方法包括:使用真菌靶,或使用基于其或衍生自其的合适抗原决定簇,例如其抗原性部分、其片段、其区域、其结构域、其环或其其他表位免疫动物;从免疫的动物获得表达多肽序列的细胞集合或样品;筛选所述细胞集合或样品中表达与植物害虫靶结合和/或对植物害虫靶具有亲和力的氨基酸序列的细胞;要么(i)分离所述氨基酸序列,要么(ii)从所述细胞集合或样品中分离编码所述氨基酸序列的核酸序列;和表达所述氨基酸序列,从而制备与真菌特异性结合和/或对真菌具有亲和力的多肽。
[0894] 95.一种制备抗真菌组合物的方法,该方法包括:根据陈述94的方法制备抗真菌多肽;和将所述抗真菌多肽与一种或多种合适的载体和/或一种或多种合适的佐剂组合。
[0895] 96.一种转基因植物、植物部分、种子或植物细胞,其包含编码如陈述76至87中任一项所定义的多肽的核酸序列。
[0896] 97.一种编码如陈述1至39中任一项所定义的多肽的核酸。
[0897] 98.一种包含陈述97的核酸的载体或质粒。
[0898] 99.一种包含陈述98的载体或质粒的宿主细胞。
[0899] 100.一种生产多肽的方法,包含在诱导所述载体或质粒表达的条件下培养陈述99的宿主细胞,和可选地从培养基或发酵液中分离多肽。