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1. 发明专利

KR102230156B1 KR102230156B1 - A drug repositioning system using network-based gene set enrichment analysis method 有权
公开(公告)号：KR102230156B1
公开(公告)日：2021-03-19
申请号：KR1020180122701A
申请日：2018-10-15
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 한헌종
IPC分类号： G16B25/00 , G16B30/00 , G16B50/00
CPC分类号： G16B25/00 , G16B30/00 , G16B50/00
摘要： 본 발명은 네트워크 기반의 유전자 세트 증강 분석 방법에 관한 것으로, 단독 유전자뿐만 아니라 이웃하는 유전자의 기능적 네트워크를 분석하여 유전자 발현 표현형과 일치하는 경로 유전자 세트를 효과적으로 확인할 수 있는 방법을 제공한다. 또한, 본 발명의 방법을 활용한 알려진 약물의 재창출 방법이 제공된다.

2. 发明申请

WO2022169249A1 폐암에서 면역 항암 요법에 대한 치료 반응 예측 방법 审中-公开
公开(公告)号：WO2022169249A1
公开(公告)日：2022-08-11
申请号：PCT/KR2022/001649
申请日：2022-01-28
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 김혜련 , 하상준 , 이인석 , 조재원 , 김가민 , 박세연
IPC分类号： G01N33/574 , C12Q1/6886
摘要： 본 명세서에서는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에 대한, ITGAE, ID2, IFNG, CD7, CXCR6, PRF1, GZMA, GZMB, GNLY, GZMK, GZMH, GZMM, HAVCR2 및 LAG3 중 적어도 하나의 마커 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계, 및 측정된 마커 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질의 수준을 기초로 개체에 대한 면역 항암 요법의 치료 반응을 결정하는 단계를 포함하는, 폐암에서 면역 항암 요법에 대한 치료 반응 예측 방법을 제공한다.

3. 发明申请

WO2020246846A1 TOX에 기초한 면역 항암 요법에 대한 치료 반응 예측 방법 审中-公开
公开(公告)号：WO2020246846A1
公开(公告)日：2020-12-10
申请号：PCT/KR2020/007335
申请日：2020-06-05
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 김경수 , 하상준 , 박세연 , 김혜련 , 김가민
IPC分类号： C12Q1/6886
摘要： 본 명세서에서는, 개체로부터 분리된 생물학적 시료에 대하여 TOX의 발현 수준을 측정하는 단계, 및 측정된 TOX의 발현 수준을 기초로 개체에 대한 면역 항암 요법의 치료 반응을 예측하는 단계를 포함하는, 면역 항암 요법에 대한 치료 반응 예측 방법이 제공된다.

4. 发明申请

WO2020235827A1 면역 항암 요법의 치료 반응에 관한 정보 제공 방법 및 이를 이용한 키트 审中-公开
公开(公告)号：WO2020235827A1
公开(公告)日：2020-11-26
申请号：PCT/KR2020/005625
申请日：2020-04-28
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 김혜련 , 이인석 , 조재원
IPC分类号： C12Q1/6886
摘要： 본 명세서에서는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 pDMRs의 DNA 메틸화를 측정하는 단계 및 측정된 pDMRs의 DNA 메틸화를 기초로 개체에 대한 면역 항암 요법의 치료 반응을 평가하는 단계를 포함하는, 면역 항암 요법의 치료 반응에 관한 정보 제공 방법 및 이를 이용한 정보 제공용 키트가 제공된다.

5. 发明申请

WO2016088949A1 애기장대 유전자네트워크를 이용한 식물의 복합 형질 관련 유전자 예측 시스템 审中-公开
标题翻译：使用ARABIDOPSIS THALIANA基因网络预测与植物复合物种相关基因的系统
公开(公告)号：WO2016088949A1
公开(公告)日：2016-06-09
申请号：PCT/KR2015/003527
申请日：2015-04-08
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 이탁
IPC分类号： G06F19/18
CPC分类号： G06F19/18
摘要： 본 발명은 식물의 유전자 기능 예측(prediction)을 위한 컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장 매체를 제공한다. 본 발명에 따라 제작된 AraNet v2는 다양한 생물학적 관계로부터 유래한 대량의 마이크로어레이 데이터 및 지놈-스케일 단백질-단백질 상호작용 데이터를 포함하고 있어 예측 능력에 있어 상당히 개선되었다. 본 발명의 방법을 이용하여, 가이딩 유기제(예컨대, 애기장대)의 유전자 네트워크에서 비-모델 식물 유전자의 오톨로지-기반 예측을 이용하여, 애기장대 및 27개 비-모델 식물종에 대한 기능적 예측 데이터를 생성할 수 있으며, 상기 예측데이터는 매우 개선된 예측 정확도를 나타낸다. 따라서, AraNet v2를 이용한 비-모델 식물의 네트워크-지원 기능 예측은 지놈-와이드(genome-wide) 유전학 연구를 보완할 수 있을 것이며, 향후 식량 및 에너지 작물의 복잡 형질의 유전적 분석에 있어 크게 기여할 것이다.
摘要翻译：提供了一种用于预测植物基因功能的计算机可读存储介质。根据本发明创建的AraNet v2包含从各种生物学关系导出的大量微阵列数据，以及基因组尺度的蛋白质 - 蛋白质相互作用数据，从而具有极大改进的预测能力。根据本发明的方法，通过从引导生物（例如拟南芥）的基因网络中使用基于非模型植物基因的基于垂直的预测，拟南芥和27个非模型植物物种的功能预测数据可以生成预测数据，预测精度提高。因此，使用AraNet v2的非模型植物的网络支持功能预测可以补充对全基因组遗传学的研究，并将显着促进未来对食物和能源作物复杂性状的遗传分析。

6. 发明申请

WO2022010169A1 장내 미생물 기반 면역 항암 요법의 치료 반응 예측과 향상 방법 및 후보 프리바이오틱스 스크리닝 방법 审中-公开
公开(公告)号：WO2022010169A1
公开(公告)日：2022-01-13
申请号：PCT/KR2021/008284
申请日：2021-06-30
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 하상준 , 김찬영 , 김혜련 , 안병철
IPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/6869 , A61K35/741 , A61P37/00 , A61P35/00 , A61K35/00
摘要： 환자로부터 분리된 분변에 대하여, GTDB 계통 분류에 따른 TANB77 목 (order), 상기 TANB77 목 (order) 에 속하는 분류군 (taxa)의 균주의 풍부도 (enrichment) 를 평가하는 단계, 및 상기 TANB77 목, 또는 상기 분류군의 풍부도에 기초하여, 환자에 대한 면역 항암 요법에 대한 치료 반응을 예측하는 단계를 포함하는 면역 항암 요법의 치료 반응에 대한 예측 방법과 치료 반응을 향상시키기 위한 프로바이오틱스 조성물, 분변 미생물군 이식용 조성물 및 이를 이용한 후보 프리바이오틱스 스크리닝 방법이 제공된다.

7. 发明授权

KR101795596B1 전사조절 네트워크 데이터베이스를 이용한 인간 유전자 분석 시스템 有权
标题翻译：人类基因分析系统使用转录调控网络数据库
公开(公告)号：KR101795596B1
公开(公告)日：2017-11-13
申请号：KR1020150048579
申请日：2015-04-06
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 한헌종
IPC分类号： G06F19/18 , G06F19/20 , G06F19/28
摘要： 본발명은인간의전사인자(transcriptional factors, TFs) 및타겟유전자간의조절상호작용(regulatory interaction) 예측을위한컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장매체(Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text-mining, TRRUST)를제공한다. 본발명의저장매체(TRRUST)는논문을통해증명된정보량을고려했을때 가장많은전사인자에대한가장많은조절관계정보를포함하고있다. 특히, 전체정보중 60%는전사인자가대상유전자의발현을활성화(activation) 또는억제(repression)하는지에대한정보를추가적으로제공할수 있다. TRRUST는전사인자및 타겟유전자간의단순한조절관계뿐아니라, 사용자들에게웹사이트를통해전사인자들간의단백질상호작용정보, 대상유전자들간의기능적상관관계에대한정보, 협동적으로작용하는전사인자에대한정보및 쿼리유전자과관련된질병, 신호전달경로그리고생물공정에관한정보를추가적으로제공할수 있다.
摘要翻译：本发明是一种人转录因子（转录因子，转录因子）和用于通过基于句子的文本挖掘解开预测读取可用的（计算机可读）存储介质（转录调控关系的基因（调控相互作用）计算机之间的目标控制交互，TRRUST）。本发明（TRRUST）的存储介质中包含的考虑的信息通过纸来证明量时有关的转录因子的数量的控制信息的数量最多。具体地，信息60％可以是转录因子提供了进一步的信息，以该基因是否启用的表达（激活）或降低（抑制）。 TRRUST是转录因子和靶基因简单地调整通过网站信息到转录因子之间的用户的关系以及有关蛋白质相互作用，靶基因之间的关系的功能相关性，用于转录因子充当之间的协作信息和查询基因，信号通路和生物过程。

8. 发明公开

KR1020170114504A 단백질 도메인의 생물경로 특이성 판단 방법, 및 이를 이용한 질병 유전자 발굴 방법 审中-实审
标题翻译：一种确定蛋白质结构域的生物学途径特异性的方法，以及使用该方法发现疾病基因的方法
公开(公告)号：KR1020170114504A
公开(公告)日：2017-10-16
申请号：KR1020160041518
申请日：2016-04-05
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 심정은
IPC分类号： G06F19/18 , G06F19/12 , G06F17/18
摘要： 본발명은네트워크기반의단백질도메인의생물경로특이성판단방법에관한것으로, (a) 가중치상호정보량(Weighted Mutual Information; WMI) 측정법에기반하여단백질상호간도메인프로파일의유사성을분석하는단계; (b) 상기단백질도메인프로파일의유사성에기반하여단백질상호간의공동-생물경로네트워크(co-pathway network)를구축하는단계; 및 (c) 단백질도메인및 생물경로간의연관성을평가하는단계;를포함하는단백질도메인의생물경로특이성판단방법이제공된다.
摘要翻译：分析的步骤;本发明的基础上的域配置文件之间（WMI加权互信息）蛋白质测定法相似涉及的基于网络的，（a）所述重互信息的蛋白结构域的生物学特异性路径确定方法; （b）基于蛋白质结构域谱的相似性构建蛋白质的相互共路径网络; 和（c）评估蛋白质结构域与生物学途径之间的关联。

9. 发明公开

KR1020170033048A 벼의 유전자 네트워크를 이용한 유전자 기능 분석 시스템 无效
标题翻译：基因水稻基因网络的基因功能分析系统
公开(公告)号：KR1020170033048A
公开(公告)日：2017-03-24
申请号：KR1020150130871
申请日：2015-09-16
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 이탁
IPC分类号： G06F19/12 , G06F19/28 , G06F19/24
摘要： 본발명은벼의형질또는생물학적경로와연관된유전자를검색하고이들을순위매김하는컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장매체를이를포함하는시스템에관한것이다. 본발명의시스템은 Oryza sativa ssp. 자포니카유전자에대한향상된네트워크우선순위결정서버인 RiceNet v2 ()에관한것으로서, 상기서버는상당히많은데이터를포함하고있으며, 기기러닝알고리즘(machine learing algorithm)이향상되었고, 네트워크분석방법을포함한다. 본발명의향상된네트워크및 유전자우선순위결정방법은 37K 로추정되는벼 유전자의기능에대한효과적인가설생성에이용될수 있다.
摘要翻译：本发明涉及一种包含计算机可读存储介质的系统，用于检索和分级与稻米性状或生物途径相关的基因。本发明的系统可以用于水稻（Oryza sativa ssp）的处理。（RiceNet v2）是一种改进的用于粳稻基因的网络优先级服务器，其包含大量数据，专门用于机器学习算法，并且包括网络分析方法。本发明的改进的网络和基因优先方法可用于产生关于在37K估计的水稻基因的功能的有效假设。

10. 发明授权

KR101636995B1 도메인 특이적인 계통발생학적 프로파일 유사성을 이용한 유전자 네트워크의 개선 방법 有权
标题翻译：使用领域特异性系统发育谱相似性的基因网络的改进方法
公开(公告)号：KR101636995B1
公开(公告)日：2016-07-21
申请号：KR1020140012940
申请日：2014-02-05
申请人： 연세대학교 산학협력단
发明人： 이인석 , 신준하
IPC分类号： G06F19/12
摘要： 본발명은도메인-특이적 PPS를이용한유전자네트워크의개선방법에관한것이다. 본발명에따른방법에의해신호전달경로에서상호의존적인두 유전자에대한도메인특이적인 PPS를측정할수 있다. 본발명에따른유전자에대한도메인특이적 PPS를이용하여유전자의생명체내 신호전달경로를효과적으로재구축할수 있다. 또한, 본발명의도메인특이적 PPS에기반한유전자네트워크를병합하여공통-유전되는유전자들에대한계통발생학적프로파일사이의유사성을정확하게측정할수 있으며상기구축된유전자네트워크를이용하여인간의질병에관련된유전자를예측할수 있다.

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