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1. 发明公开

CN113186256A 生物样本的空间区别、多重核酸分析审中-实审
公开(公告)号：CN113186256A
公开(公告)日：2021-07-30
申请号：CN202110417606.5
申请日：2016-04-04
申请人：空间转录公司 , 宜曼达股份有限公司
发明人：约纳斯·弗里森 , 帕特里克·斯托尔 , 约阿基姆·伦德贝格 , 戈登·M·卡恩 , 莉拉·巴扎尔甘 , 亚历克斯·阿拉瓦尼什
IPC分类号： C12Q1/6834 , C12Q1/6874
摘要：本申请涉及生物样本的空间区别、多重核酸分析，包括一种空间标注生物样本的核酸的方法，其包括以下步骤：(a)提供固体载体，其包含随机定位在所述固体载体上的不同核酸探针，其中所述不同核酸探针各自包括与所述固体载体上的其它随机定位探针的条形码序列不同的条形码序列；(b)在所述固体载体上进行核酸检测反应以定位所述固体载体上的所述条形码序列；(c)使生物样本与具有所述随机定位探针的所述固体载体接触；(d)使所述随机定位探针与来自所述生物样本的部分的靶核酸杂交；和(e)修饰与所述靶核酸杂交的所述随机定位探针，由此产生包括所述条形码序列和靶特异性修饰的经修饰探针，由此空间标注所述生物样本的所述核酸。

2. 发明公开

CN117457074A 测序数据读段重新比对的方法审中-实审
公开(公告)号：CN117457074A
公开(公告)日：2024-01-26
申请号：CN202311487928.2
申请日：2017-11-15
申请人：宜曼达股份有限公司
发明人： G·贝里 , 庄瀚宇 , J·戈登 , 陈晓 , S·坦纳
IPC分类号： G16B30/10 , G16B30/00
摘要：本发明涉及测序数据读段重新比对的方法。一种方法是从序列比对数据集获得读段序列与参考序列的初始比对，并对所述初始比对进行重新比对处理。重新比对处理包含鉴定候选插入缺失，所述候选插入缺失包含比对读段中的零或多个插入缺失以及在比对读段近端比对的零或多个插入缺失，如序列比对数据集指示；至少基于从比对读段中去除由初始比对指示的任何插入缺失来创建扁平化比对读段；并基于针对候选重新比对中的每个候选重新比对将候选插入缺失中的至少一个相应候选插入缺失引入扁平化比对读段来确定读段序列与参考序列的候选重新比对。所述方法进一步基于选择标准来提供初始比对或候选重新比对中的所选候选重新比对。

3. 发明公开

CN110168647A 测序数据读段重新比对的方法有权
公开(公告)号：CN110168647A
公开(公告)日：2019-08-23
申请号：CN201780077066.2
申请日：2017-11-15
申请人：宜曼达股份有限公司
发明人： G·贝里 , 庄瀚宇 , J·戈登 , 陈晓 , S·坦纳
IPC分类号： G16B20/00
摘要：本发明涉及测序数据读段重新比对。一种方法是从序列比对数据集获得读段序列与参考序列的初始比对，并对所述初始比对进行重新比对处理。重新比对处理包含鉴定候选插入缺失，所述候选插入缺失包含比对读段中的零或多个插入缺失以及在比对读段近端比对的零或多个插入缺失，如序列比对数据集指示；至少基于从比对读段中去除由初始比对指示的任何插入缺失来创建扁平化比对读段；并基于针对候选重新比对中的每个候选重新比对将候选插入缺失中的至少一个相应候选插入缺失引入扁平化比对读段来确定读段序列与参考序列的候选重新比对。所述方法进一步基于选择标准来提供初始比对或候选重新比对中的所选候选重新比对。

4. 发明授权

CN107532207B 生物样本的空间区别、多重核酸分析有权
公开(公告)号：CN107532207B
公开(公告)日：2021-05-07
申请号：CN201680020206.8
申请日：2016-04-04
申请人：空间转录公司 , 宜曼达股份有限公司
发明人：约纳斯·弗里森 , 帕特里克·斯托尔 , 约阿基姆·伦德贝格 , 戈登·M·卡恩 , 莉拉·巴扎尔甘 , 亚历克斯·阿拉瓦尼什
IPC分类号： C12Q1/6841 , C12Q1/6874
摘要：本发明涉及一种空间标注生物样本的核酸的方法，其包括以下步骤：(a)提供固体载体，其包含随机定位在所述固体载体上的不同核酸探针，其中所述不同核酸探针各自包括与所述固体载体上的其它随机定位探针的条形码序列不同的条形码序列；(b)在所述固体载体上进行核酸检测反应以定位所述固体载体上的所述条形码序列；(c)使生物样本与具有所述随机定位探针的所述固体载体接触；(d)使所述随机定位探针与来自所述生物样本的部分的靶核酸杂交；和(e)修饰与所述靶核酸杂交的所述随机定位探针，由此产生包括所述条形码序列和靶特异性修饰的经修饰探针，由此空间标注所述生物样本的所述核酸。

5. 发明公开

CN107532207A 生物样本的空间区别、多重核酸分析有权
公开(公告)号：CN107532207A
公开(公告)日：2018-01-02
申请号：CN201680020206.8
申请日：2016-04-04
申请人：空间转录公司 , 宜曼达股份有限公司
发明人：约纳斯·弗里森 , 帕特里克·斯托尔 , 约阿基姆·伦德贝格 , 戈登·M·卡恩 , 莉拉·巴扎尔甘 , 亚历克斯·阿拉瓦尼什
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6841 , C12Q1/6874 , C12Q2525/131 , C12Q2525/173 , C12Q2525/179 , C12Q2535/122 , C12Q2565/515 , C12Q2543/10
摘要：本发明涉及一种空间标注生物样本的核酸的方法，其包括以下步骤：(a)提供固体载体，其包含随机定位在所述固体载体上的不同核酸探针，其中所述不同核酸探针各自包括与所述固体载体上的其它随机定位探针的条形码序列不同的条形码序列；(b)在所述固体载体上进行核酸检测反应以定位所述固体载体上的所述条形码序列；(c)使生物样本与具有所述随机定位探针的所述固体载体接触；(d)使所述随机定位探针与来自所述生物样本的部分的靶核酸杂交；和(e)修饰与所述靶核酸杂交的所述随机定位探针，由此产生包括所述条形码序列和靶特异性修饰的经修饰探针，由此空间标注所述生物样本的所述核酸。

6. 发明授权

CN110168647B 测序数据读段重新比对的方法有权
公开(公告)号：CN110168647B
公开(公告)日：2023-10-31
申请号：CN201780077066.2
申请日：2017-11-15
申请人：宜曼达股份有限公司
发明人： G·贝里 , 庄瀚宇 , J·戈登 , 陈晓 , S·坦纳
IPC分类号： G16B20/00
摘要：本发明涉及测序数据读段重新比对。一种方法是从序列比对数据集获得读段序列与参考序列的初始比对，并对所述初始比对进行重新比对处理。重新比对处理包含鉴定候选插入缺失，所述候选插入缺失包含比对读段中的零或多个插入缺失以及在比对读段近端比对的零或多个插入缺失，如序列比对数据集指示；至少基于从比对读段中去除由初始比对指示的任何插入缺失来创建扁平化比对读段；并基于针对候选重新比对中的每个候选重新比对将候选插入缺失中的至少一个相应候选插入缺失引入扁平化比对读段来确定读段序列与参考序列的候选重新比对。所述方法进一步基于选择标准来提供初始比对或候选重新比对中的所选候选重新比对。

7. 外观设计

CN308639859S 测序仪的流动室承载甲板部分有权
公开(公告)号：CN308639859S
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202230871192.9
申请日：2022-12-29
申请人：宜曼达股份有限公司
设计人：埃里克·阿莱格伦 , 詹姆斯·迈克尔·奥斯马斯 , 马克斯·沃伦·波洛克 , 罗伯特·尼古拉斯·迪恩
摘要： 1.本外观设计产品的名称：测序仪的流动室承载甲板部分。
2.本外观设计产品的用途：测序仪的流动室承载甲板部分作为测序仪的一部分，用于接受并保持用于对包含在流动室盒内的生物样品进行生化分析的流动室盒；测序仪用于进行基因组测序操作。
3.本外观设计产品的设计要点：在于形状。
4.最能表明设计要点的图片或照片：设计1立体图。
5.指定设计1为基本设计。

8. 外观设计

CN306479572S 具有动画图形用户界面的显示屏幕面板有权
公开(公告)号：CN306479572S
公开(公告)日：2021-04-20
申请号：CN202030331834.7
申请日：2020-06-24
申请人：宜曼达股份有限公司
设计人：克里斯托弗·戴伊 , 安东尼·布拉西奥 , 特拉维斯·马瑟 , 埃里克·威廉姆森 , 依莱扎·万·格比希 , 杰克·戈弗雷·伍德 , 约翰·塔特·萨格尔 , 吕文斐
摘要： 1.本外观设计产品的名称：具有动画图形用户界面的显示屏幕面板。
2.本外观设计产品的用途：本外观设计的图形用户界面用于帮助并允许基因组测序仪运行；具体来说，在测序开始前向用户传递测序仪的设备状态信息；向用户传达测序已完成的信息；向用户传达有关测序运行的信息，并允许用户与图形用户界面进行交互；本外观设计应用领域：生物技术/基因组测序；应用产品：基因组测序仪。
3.本外观设计产品的设计要点：在于图形用户界面。
4.最能表明设计要点的图片或照片：设计1主视图。
5.指定设计1为基本设计。

9. 外观设计

CN306323345S 流动室盒有权
公开(公告)号：CN306323345S
公开(公告)日：2021-02-09
申请号：CN202030241928.5
申请日：2020-05-22
申请人：宜曼达股份有限公司
设计人：杰伊·泰勒 , 詹姆斯·奥斯马斯 , 菲利普·派克 , 杰克·戈弗雷-伍德 , 卡洛斯·多明格斯
摘要： 1.本外观设计产品的名称：流动室盒。
2.本外观设计产品的用途：用于测序操作中，诸如例如DNA或RNA测序的基因组测序；本外观设计可用于容纳一种或多种液体，溶液，DNA，RNA，化学物质或其他介质，例如试剂；本外观设计可用于与分析装置一起使用以进行测序或生化分析。
3.本外观设计产品的设计要点：在于形状。
4.最能表明设计要点的图片或照片：设计1立体图。
5.设计2的主视图、左视图、右视图、仰视图与设计1的主视图、左视图、右视图、仰视图相同，省略设计2的主视图、左视图、右视图、仰视图;设计5、设计6、设计7的主视图、左视图、右视图、仰视图与设计4的主视图、左视图、右视图、仰视图相同，省略设计5、设计6、设计7的主视图、左视图、右视图、仰视图;设计6、设计7的后视图与设计4的后视图相同，省略设计6、设计7的后视图。
6.指定设计1为基本设计。

10. 外观设计

CN305912664S 具有图形用户界面的显示屏有权
公开(公告)号：CN305912664S
公开(公告)日：2020-07-10
申请号：CN201930559644.8
申请日：2018-06-28
申请人：宜曼达股份有限公司
设计人：依莱扎·万·格比希 , 伊戈尔·弗赖拉法特 , 杰弗里·波尔曼
摘要： 1.本外观设计产品的名称：具有图形用户界面的显示屏。
2.本外观设计产品的用途：用于生物化学分析工具的显示屏。
3.本外观设计产品的设计要点：在于形状与图案的结合。
4.最能表明设计要点的图片或照片：设计1主视图。
5.设计2、3、4的后、左、右、俯、仰视图与设计1的后、左、右、俯、仰视图相同，省略设计2、3、4的后、左、右、俯、仰视图。
6.指定设计1为基本设计。
7.图形用户界面的用途：显示生物化学分析。
8.图形用户界面的人机交互方式：设计1、2、4为具有图形用户界面的显示屏的视图，包括可点击的按键和显示系统不同检查的进度的状态条/进度指示器；设计1显示的是当生物测序仪开启并开始运行时的视图；在系统检查的过程中，根据检查的进度，设计1的界面会依次由设计1变化状态图1依次变化至设计1变化状态图5，当变化至设计1变化状态图5时，表明检查完成；在检查进行中，当用户单击“Cancel”按键，可以取消运行；设计3的人机交互方式与设计1的人机交互方式相同，在系统检查的过程中，根据检查的进度，设计3的界面会依次由设计3变化状态图1依次变化至设计3变化状态图5，当变化至设计3变化状态图5时，表明检查完成；在检查进行中，当用户单击“Cancel Run”按键，可以取消运行。

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