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序号 专利名 申请号 申请日 公开(公告)号 公开(公告)日 发明人
21 一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法 CN202110086027.7 2021-01-22 CN112750494A 2021-05-04 王嘉福; 王志勇; 犹龙江; 陈芳; 孙镘熹; 刘畅; 黄世会; 牛熙; 冉雪琴
本发明提供一种香猪表型性状的个体基因组育种值评估方法,涉及动物育种技术领域,为香猪的选种、配种提供理论依据。该发明采用GBLUP(基因组最佳线性无偏估计)模型,结合表型、基因型和谱系信息进行基因组育种值估测,采用自编写的Python程序,计算个体的育种值(即种畜个体遗传潜力的相对值)。
22 一种快速稳定的动物个体基因组育种值评估方法 CN201811620927.X 2018-12-28 CN109524059B 2023-02-28 赵书红; 刘小磊; 杨翔; 李新云; 朱猛进; 项韬; 马云龙; 余梅; 王志全; 尹立林
本发明提供一种快速稳定的动物个体基因组育种值评估方法,涉及动物育种技术领域。该方法采用HIBLUP使用表型、基因型和谱系信息进行基因组育种值的预测,最终输出中包括估计的个体遗传价值、每个个体的加性效应和显性效应值以及用于基因分型芯片中的每个遗传标记效应的反向解析值。本发明全面利用谱系、表型和基因型信息来预测每个动物的遗传(加性和显性效应)价值以及每个SNP标记位点的效应值,实现最先进的基因组育种值的预测和方差组分估计算法而实现基因组选择。
23 一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法 CN201610326595.9 2016-05-16 CN105755162B 2017-02-22 王伟继; 吕丁; 胡玉龙; 栾生; 孔杰
本发明的目的是提供一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法,从而在没有物理系谱的条件下,推算出个体亲缘系数从而进行遗传参数评估。本发明无需记录谱系,而传统选育时,需对选育群体进行物理标记,记录谱系以评价个体间的遗传关系,这项工作耗费大量人力。本发明的方法可以直接利用分子对个体间遗传关系进行评价省去系谱记录环节。而且,本发明的方法对个体间的遗传关系评价更为准确。
24 一种改良棉花纤维强度和马克隆值的分子育种方法 CN201110127228.3 2011-05-17 CN102229981B 2013-04-10 张天真; 王鹏; 郭旺珍; 曹志斌
本发明一种改良棉花纤维强度和马克隆值的分子育种方法,专用于农作物(棉花)定向改良农艺性状和新品种的选育。通过对海岛棉染色体片段导入系进行棉纤维品质检测,筛选出纤维强度显著增加且马克隆值显著降低的导入系IL088-A7-3。以此导入系为非轮回亲本,新疆棉区品种新陆早38号为轮回亲本,进行杂交,回交2代且自交3代并辅以分子标记辅助选择获得纤维强度和马克隆值都优良的棉花新品系。利用这一方法,已经培育出优质、高产的棉花新品系“南农海导3号”。
25 一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法 CN201610326595.9 2016-05-16 CN105755162A 2016-07-13 王伟继; 吕丁; 胡玉龙; 栾生; 孔杰
本发明的目的是提供一种对大菱鲆随机群体进行个体育种值评估的方法,从而在没有物理系谱的条件下,推算出个体亲缘系数从而进行遗传参数评估。本发明无需记录谱系,而传统选育时,需对选育群体进行物理标记,记录谱系以评价个体间的遗传关系,这项工作耗费大量人力。本发明的方法可以直接利用分子对个体间遗传关系进行评价省去系谱记录环节。而且,本发明的方法对个体间的遗传关系评价更为准确。
26 一种改良棉花纤维强度和马克隆值的分子育种方法 CN201110127228.3 2011-05-17 CN102229981A 2011-11-02 张天真; 王鹏; 郭旺珍; 曹志斌
本发明一种改良棉花纤维强度和马克隆值的分子育种方法,专用于农作物(棉花)定向改良农艺性状和新品种的选育。通过对海岛棉染色体片段导入系进行棉纤维品质检测,筛选出纤维强度显著增加且马克隆值显著降低的导入系IL088-A7-3。以此导入系为非轮回亲本,新疆棉区品种新陆早38号为轮回亲本,进行杂交,回交2代且自交3代并辅以分子标记辅助选择获得纤维强度和马克隆值都优良的棉花新品系。利用这一方法,已经培育出优质、高产的棉花新品系“南农海导3号”。
27 一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法 CN202210118580.9 2022-02-08 CN114611874A 2022-06-10 刘天飞; 瞿浩; 罗成龙; 计坚; 舒鼎铭
本发明公开一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法,涉及家禽选育技术领域。该方法包括测定鸡群体重和产蛋数、基因组标记分型、估计基因组标记效应值、计算基因组标记评估指数,计算个体基因组评估指数、选择留种个体等步骤。本发明基于黄羽肉鸡体重和产蛋数基因组标记效应值,解析基因组标记对拮抗效应的影响,制定标记效应评估指数,进而计算个体基因组评估指数,用于决定种用个体选留。本发明适应黄羽肉鸡产蛋性状育种需求,能够保持生长速度增长的基础上,提高鸡群的产蛋量,为拮抗性状的选择提供支持。
28 多性状育种值的测定方法、装置、设备及存储介质 CN202211588735.1 2022-12-08 CN115938477A 2023-04-07 张兴; 丁偌楠; 杨雨婷; 牛安然; 荆晓燕; 张锡飞; 杨昌雨; 张丽萍; 马康; 梁志刚; 龚华忠; 闫之春
本申请公开了一种多性状育种值的测定方法、装置、设备及存储介质,通过获取多性状育种参数,所述多性状育种参数包括多种形状对应的表型文件参数、系谱文件参数和基因组文件参数,并利用克罗内克定理,根据BLUP算法的预设等价式模型,对所述多性状育种参数进行分解,以提取每种性状对应的克罗内克分量,从而将多性状测定过程分解为多个单性状测定过程,进而减少多性状测定过程对内存的消耗;再对每个所述克罗内克分量进行单性状测定,得到每个所述克罗内克分量对应的第一育种值,以及根据多个所述第一育种值,计算所述多性状育种参数对应的第二育种值。实现提升育种值测定速度以及满足单机内存需求,有效提升多性状育种值测定的内存性能。
29 一种以颜色色值为彩色扁豆选育标准的聚合育种方法 CN201710172314.3 2017-03-22 CN107047283B 2019-03-12 王彪; 姚陆铭; 袁娟; 卢欣欣; 王黎娜; 唐玉英; 邢茂玉; 陈新; 武天龙
本发明公开了一种以颜色色值为彩色扁豆选育标准的聚合育种方法,其特征在于,采用红色、绿色和蓝色的RGB值表征扁豆荚的颜色。本发明把RGB的颜色组成引进在彩色蔬菜育种中,提供一种以颜色色值为标准的培育彩色扁豆的方法,采用基因聚合育种手段,根据基因累加效应的原理,建立彩色扁豆亲本选配组配技术,即把工业上的颜色组成和生物界相联系,建立能够预测杂交后代果实颜色的分离方法,创造出新的植物颜色。本发明实施简便,能创新性的提高彩色育种的效果。
30 一种以颜色色值为彩色扁豆选育标准的聚合育种方法 CN201710172314.3 2017-03-22 CN107047283A 2017-08-18 王彪; 姚陆铭; 袁娟; 卢欣欣; 王黎娜; 唐玉英; 邢茂玉; 陈新; 武天龙
本发明公开了一种以颜色色值为彩色扁豆选育标准的聚合育种方法,其特征在于,采用红色、绿色和蓝色的RGB值表征扁豆荚的颜色。本发明把RGB的颜色组成引进在彩色蔬菜育种中,提供一种以颜色色值为标准的培育彩色扁豆的方法,采用基因聚合育种手段,根据基因累加效应的原理,建立彩色扁豆亲本选配组配技术,即把工业上的颜色组成和生物界相联系,建立能够预测杂交后代果实颜色的分离方法,创造出新的植物颜色。本发明实施简便,能创新性的提高彩色育种的效果。
31 一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法及应用 CN201410067189.6 2014-02-26 CN103914631A 2014-07-09 丁向东; 张勤; 李秀金; 王胜; 张哲; 王重龙; 黄菊; 李乐义
本发明属于生物信息学技术领域,提供了一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法,步骤S1,获取数据文件,并对数据文件进行预处理,获得可靠的预处理数据;步骤S2,对步骤S1获得的预处理数据进行基因组育种值估计,利用GBLUP方法估计基因组育种值,或者利用贝叶斯方法估计基因组育种值,获得单个性状的个体基因组育种值;步骤S3,综合基因组育种值估计,重复步骤S2,获得多个性状的个体基因组育种值,计算综合基因组育种值。本方法整合了SNP芯片信息、系谱信息、表型信息,可对动物的育种选留做出判断,可推进基因组选择在国内动物育种领域的应用,可更好地发挥基因组选择在动物育种领域的优势。
32 一种评估花鲈生长和抗性性状综合育种值的方法及应用 CN202310065413.7 2023-01-30 CN116064846A 2023-05-05 李昀; 张冲; 张永航; 温海深; 齐鑫
本发明涉及动物遗传育种领域,本发明提供了一种评估花鲈生长和抗性性状综合育种值的方法及应用,所述方法包括:测量参考群体的生长性状和抗性性状;对参考群体进行全基因组重测序及SNP分型;针对生长性状和抗性性状进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状和抗性性状相关的SNP位点;基于不同的SNP标记数量建立全基因组选择模型;基于最佳全基因组选择模型计算参考群体和验证群体的基因组育种值;根据参考群体和验证群体的基因组育种值计算综合育种值。本发明建立了评估花鲈生长性状和抗性性状协同选育的综合育种值的方法,通过对候选亲鱼的综合育种值进行评估可以挑选出兼具生长和抗性优势的核心育种群体,大大缩短育种年限,具有广阔的应用前景。
33 一种基于SNP芯片的阈性状基因组育种值估计方法及应用 CN202110859235.6 2021-07-28 CN113555063A 2021-10-26 李秀金; 黄运茂; 田允波
本发明的基于SNP芯片的阈性状基因组育种值估计方法,包括以下步骤:步骤S1,获取数据文件,并对所述数据文件进行预处理,获得可靠的预处理数据;步骤S2,对步骤S1获得的预处理数据进行SNP效应值估计,选择贝叶斯方法LD‑BayesT进行估计SNP效应,获得单个性状的所有SNP效应值;步骤S3,根据SNP效应值和候选群SNP基因型,获得单个阈性状的个体基因组育种值。本发明整合了SNP芯片信息、SNP位置信息、表型信息,根据动物的SNP信息即可对动物具有经济价值的阈性状进行基因组育种估计,用于动物的精准选种。
34 一种基于高通量测序平台的基因组育种值估计方法与应用 CN201910861678.1 2019-09-12 CN110564832B 2023-06-23 刘天飞; 瞿浩; 罗成龙; 王艳; 计坚; 舒鼎铭
本发明公开了一种基于高通量测序平台的基因组育种值估计方法与应用。该方法包括如下步骤:(1)确定参考群体和候选群体;(2)测定参考群体的目标性状表型,并剔除固定效应,获取校正表型值;(3)参考群体的全基因组标记分型;(4)参考群体的基因标记质量控制;(5)参考群体纯合等位基因标记对应表型偏离幅度的统计:(6)参考群体的无效基因组标记剔除;(7)候选群体的全基因组标记分型;(8)候选群体的基因标记质量控制;(9)候选群体的无效基因组标记剔除:(10)估计基因组育种值。本发明方法从等位基因纯合子对表型的偏离程度判断基因标记是否有效,剔除无效标记,保留有效标记,大幅提升基因组育种值估计准确性。
35 一种基于高通量测序平台的基因组育种值估计方法与应用 CN201910861678.1 2019-09-12 CN110564832A 2019-12-13 刘天飞; 瞿浩; 罗成龙; 王艳; 计坚; 舒鼎铭
本发明公开了一种基于高通量测序平台的基因组育种值估计方法与应用。该方法包括如下步骤:(1)确定参考群体和候选群体;(2)测定参考群体的目标性状表型,并剔除固定效应,获取校正表型值;(3)参考群体的全基因组标记分型;(4)参考群体的基因标记质量控制;(5)参考群体纯合等位基因标记对应表型偏离幅度的统计:(6)参考群体的无效基因组标记剔除;(7)候选群体的全基因组标记分型;(8)候选群体的基因标记质量控制;(9)候选群体的无效基因组标记剔除:(10)估计基因组育种值。本发明方法从等位基因纯合子对表型的偏离程度判断基因标记是否有效,剔除无效标记,保留有效标记,大幅提升基因组育种值估计准确性。
36 基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0 CN201810143549.4 2018-02-12 CN108388765A 2018-08-10 郑天清; 徐建龙; 黎志康; 崔艳茹; 徐世忠; 王春超; 陈凯
本发明涉及一种利用基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0的创建及运用其进行全基因组选择中育种值无偏估计的方法。将BLUP与REML的方法结合,利用R撰写可供Linux环境下运行的无偏估计工具GS1.0,并整合到数据库网站平台,方便用户远程分析使用;所创建的育种值无偏估计分析工具GS1.0完全免费,开放友好,能够为更多的育种工作者服务,加快育种进程。该分析工具主要应用于作物基于全基因组选择的分子育种。
37 一种提高绒山羊绒毛性状基因组育种值估计准确性的方法 CN202311528466.4 2023-11-16 CN117524300A 2024-02-06 苏蕊; 严晓春; 王志英; 张涛; 李文泽; 张嘉欣; 张燕军; 王瑞军; 吕琦
本发明公开了一种提高绒山羊绒毛性状基因组育种值估计准确性的方法,所述提高绒山羊绒毛性状基因组育种值估计准确性的方法具体包括如下步骤,步骤一:选取内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)群体作为实验样本,并记录详细准确的表型数据,以及系谱数据,具体实验的研究性状包括有绒山羊的绒长、绒细和产绒量。该提高绒山羊绒毛性状基因组育种值估计准确性的方法,通过设置SSGBLUP法H矩阵的尺度参数进行遗传参数和基因组育种值估计,大大提高了对内蒙古绒山羊绒毛性状基因组育种值估计的准确性,可用于后续开展绒毛性状的基因组选择,加快绒山羊种群的遗传改良,缩短世代间隔。
38 一种连续性状和阈性状基因组育种值联合估计的贝叶斯方法 CN201610357061.2 2016-05-21 CN106022005A 2016-10-12 王重龙; 丁向东; 李秀金; 钱蓉; 张勤
本发明公开了一种连续性状和阈性状基因组育种值联合估计的贝叶斯方法。该方法为基于线-阈模型的新贝叶斯方法,称为LT‑BayesCπ,用于连续性状和阈性状联合分析。使用模拟数据和第十四届QTL‑MAS国际研讨会公共数据验证LT‑BayesCπ,其基因组预测的准确性与基于单性状模型的BayesCπ、BayesTCπ进行比较,同时研究了其性能表现的影响因素。本发明结果表明,在所有情形下,LT-BayesCπ对阈性状的基因组预测准确性比BayesTCπ显著增加,然而对连续性状的准确性与BayesCπ相当。
39 一种连续性状和阈性状基因组育种值联合估计的贝叶斯方法 CN201610357061.2 2016-05-21 CN106022005B 2019-02-05 王重龙; 丁向东; 李秀金; 钱蓉; 张勤
本发明公开了一种连续性状和阈性状基因组育种值联合估计的贝叶斯方法。该方法为基于线-阈模型的新贝叶斯方法,称为LT‑BayesCπ,用于连续性状和阈性状联合分析。使用模拟数据和第十四届QTL‑MAS国际研讨会公共数据验证LT‑BayesCπ,其基因组预测的准确性与基于单性状模型的BayesCπ、BayesTCπ进行比较,同时研究了其性能表现的影响因素。本发明结果表明,在所有情形下,LT‑BayesCπ对阈性状的基因组预测准确性比BayesTCπ显著增加,然而对连续性状的准确性与BayesCπ相当。
40 一种改良棉花纤维长度、纤维强度和马克隆值的分子育种方法 CN201110127252.7 2011-05-17 CN102229982A 2011-11-02 张天真; 王鹏; 郭旺珍; 曹志斌
本发明涉及一种改良棉花纤维长度、纤维强度和马克隆值的分子育种方法,专用于农作物(棉花)定向改良农艺性状和新品种的选育。通过对海岛棉染色体片段导入系进行棉纤维品质检测,筛选出纤维长度、纤维强度显著增加且马克隆值显著降低的导入系IL080-D6-1。以此导入系为非轮回亲本,新疆棉区品种新陆早38号为轮回亲本,进行杂交,回交2代且自交3代并辅以分子标记辅助选择获得纤维长度、纤维强度和马克隆值优良的棉花新品系。利用这一方法,已经培育出优质、高产的棉花新品系“南农海导2号”。