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1. 发明申请

WO2018231985A1 POLYNUCLEIC ACID MOLECULE ENRICHMENT METHODOLOGIES 审中-公开
公开(公告)号：WO2018231985A1
公开(公告)日：2018-12-20
申请号：PCT/US2018/037337
申请日：2018-06-13
申请人： GENETICS RESEARCH, LLC, D/B/A ZS GENETICS, INC.
发明人： GLOVER, William
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/683 , C12Q1/6806 , C12Q1/6886 , C12Q2600/156 , C12Q2521/301 , C12Q2525/125 , C12Q2533/101 , C12Q2537/159 , C12Q2521/501 , C12Q2521/319 , C12Q2521/525 , C12Q2522/101 , C12Q2537/164
摘要： The invention provides methods of isolating a target nucleic acid in a sample. A polynucleotide region flanking a target nucleic acid may be modified by polymerase extension using modified nucleotides resistant to nuclease degradation to create a modified polynucleotide. Alternatively, an oligonucleotide including the modified nucleotides may be ligated to those regions to create the modified polynucleotide. The sample is exposed to a nuclease, thereby isolating the modified polynucleotide and the target nucleic acid. In other alternatives, terminal phosphates may be removed from a desired portion of a polynucleotide with a double-stranded break to create a modified polynucleotide that is resistant to nuclease degradation, or an epigenetic -binding moiety may be bound to a polynucleotide sequence within or flanking target nucleic acids to sterically inhibit nuclease degradation of the target nucleic acids.

2. 发明申请

WO2017075436A1 COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETERMINING MODIFIED CYTOSINES BY SEQUENCING 审中-公开
标题翻译：测序修饰细胞因子的组成和方法
公开(公告)号：WO2017075436A1
公开(公告)日：2017-05-04
申请号：PCT/US2016/059447
申请日：2016-10-28
申请人： NEW ENGLAND BIOLABS, INC. , VAISVILA, Romualdas , SUN, Zhiyi , GUAN, Shengxi , SALEH, Lana , ETTWILLER, Laurence , DAVIS, Theodore, B.
发明人： VAISVILA, Romualdas , SUN, Zhiyi , GUAN, Shengxi , SALEH, Lana , ETTWILLER, Laurence , DAVIS, Theodore, B.
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N9/02
CPC分类号： C12Q1/6872 , C12N9/0071 , C12Q1/6806 , C12Q1/6827 , C12Q1/6869 , C12Q2537/164
摘要： A method for identifying the location and phasing of modified cytosines (C) in long stretches of nucleic acids is provided. In some embodiments, the method may comprise (a) reacting a first portion of a nucleic acid sample containing at least one C and/or at least one modified C with a DNA glucosyltransferase and a cytidine deaminase to produce a first product and optionally reacting a second portion of the sample with a dioxygenase and a cytidine deaminase to produce a second product and; (b) comparing the sequences from the first and optionally the second product obtained in (a), or amplification products thereof, with each other and/or an untreated reference sequence to determine which Cs in the initial nucleic acid fragment are modified. A modified TET methylcytosine dioxygenase that is more efficient at converting methylcytosine to carboxymethylcytosine is also provided.
摘要翻译：提供了用于鉴定长链核酸中修饰胞嘧啶（C）的位置和定相的方法。在一些实施方案中，所述方法可以包括（a）使含有至少一个C和/或至少一个修饰的C的核酸样品的第一部分与DNA葡糖基转移酶和胞苷脱氨酶反应以产生第一产物并任选地使第二部分样品与双加氧酶和胞苷脱氨酶反应以产生第二种产物; （b）比较来自（a）中获得的第一种和任选的第二种产物或其扩增产物与彼此和/或未处理的参考序列的序列，以确定初始核酸片段中的哪些C8被修饰。还提供了更有效地将甲基胞嘧啶转化为羧甲基胞嘧啶的修饰的TET甲基胞嘧啶双加氧酶。

3. 发明申请

WO2016205233A3 INTEGRATED PURIFICATION AND MEASUREMENT OF DNA METHYLATION AND CO-MEASUREMENT OF MUTATIONS AND/OR MRNA EXPRESSION LEVELS IN AN AUTOMATED REACTION CARTRIDGE 审中-公开
标题翻译：一体化纯化和测量自动反应盒中DNA甲基化和同时测量的突变和/或MRNA表达水平
公开(公告)号：WO2016205233A3
公开(公告)日：2017-02-02
申请号：PCT/US2016037422
申请日：2016-06-14
申请人： CEPHEID
发明人： LAI EDWIN W , KOHLWAY ANDREW , VANATTA REUEL , HIGAUCHI RUSSELL , GALL ALEXANDER , KOCMOND KRISZTEN
IPC分类号： C12N15/10 , B01L3/00 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , B01L7/52 , B01L2300/0864 , B01L2300/087 , C12N15/1006 , C12N15/1017 , C12Q1/6806 , C12Q1/6886 , C12Q2600/154 , C12Q2523/125 , C12Q2537/164
摘要： In various embodiments methods of determining methylation of DNA are provided. In one illustrative, but non-limiting embodiment the method comprises i) contacting a biological sample comprising a nucleic acid to a first matrix material comprising a first column or filter where said matrix material binds and/or filters nucleic acids in said sample and thereby purifies the DNA; ii) eluting the bound DNA from the first matrix material and denaturing the DNA to produce eluted denatured DNA; iii) heating the eluted DNA in the presence of bisulfite ions to produce a deaminated nucleic acid; iv) contacting said deaminated nucleic acid to a second matrix material comprising a second column to bind said deaminated nucleic acid to said second matrix material; v) desulfonating the bound deaminated nucleic acid and/or simultaneously eluting and desulfonating the nucleic acid by contacting the deaminated nucleic acid with an alkaline solution to produce a bisulfite converted nucleic acid; vi) eluting said bisulfite converted nucleic acid from said second matrix material; and vii) performing methylation specific PCR and/or nucleic acid sequencing, and/or high resolution melting analysis (HRM) on said bisulfite-converted nucleic acid to determine the methylation of said nucleic acid, wherein at least steps iv) through vi) are performed in a single reaction cartridge.
摘要翻译：在各种实施方案中，提供了确定DNA甲基化的方法。在一个说明性但非限制性的实施方案中，该方法包括：将包含核酸的生物样品与包含第一柱或过滤器的第一基质材料接触，其中所述基质材料与所述样品中的核酸结合和/或过滤，从而净化 DNA; ii）从第一基质材料洗脱结合的DNA并使DNA变性以产生洗脱的变性DNA; iii）在亚硫酸氢盐离子的存在下加热洗脱的DNA以产生脱氨酸的核酸; iv）使所述脱氨酸核酸与包含第二柱的第二基质材料接触，以将所述脱氨酸核酸与所述第二基质材料结合; v）通过使脱氨酸的核酸与碱性溶液接触以产生亚硫酸氢盐转化的核酸，使结合的脱氨酸核酸脱磺化和/或同时洗脱和脱离核酸; vi）从所述第二基质材料洗脱所述亚硫酸氢盐转化的核酸; 和vii）对所述亚硫酸氢盐转化的核酸进行甲基化特异性PCR和/或核酸测序和/或高分辨率融合分析（HRM）以确定所述核酸的甲基化，其中至少步骤iv）至vi）为在单个反应盒中进行。

4. 发明申请

WO2016097319A1 METHODS FOR DETECTING CpG METHYLATION AND FOR DIAGNOSING CANCER 审中-公开
标题翻译：检测CpG甲基化和诊断癌症的方法
公开(公告)号：WO2016097319A1
公开(公告)日：2016-06-23
申请号：PCT/EP2015/080549
申请日：2015-12-18
申请人： EPIGENOMICS AG
发明人： KOTTWITZ, Denise , LEWIN, Jörn , SCHLEGEL, Anne , TETZNER, Reimo
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6848 , C12Q1/6858 , C12Q2600/154 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158 , C12Q2523/125 , C12Q2525/186 , C12Q2525/197 , C12Q2525/204 , C12Q2537/163 , C12Q2537/164
摘要： The present invention relates to the field of pharmacogenomics and in particular to detecting the presence or absence of hypermethylated DNA. The detection of CpG methylation in marker DNA is useful for the diagnosis of cancers and the invention provides improved methods for this purpose. These improved methods allow in particular for a more sensitive detection of methylated marker DNA with high backgrounds of unmethylated marker DNA.
摘要翻译：本发明涉及药物基因组学领域，特别涉及检测甲基化DNA的存在或不存在。标记DNA中CpG甲基化的检测对于癌症的诊断是有用的，并且本发明为此提供改进的方法。这些改进的方法尤其可以更灵敏地检测具有高甲基化标记DNA背景的甲基化标记DNA。

5. 发明申请

WO2015124702A1 SINGLE-STRANDED OLIGONUCLEOTIDE PROBES FOR CHROMOSOME OR GENE COPY ENUMERATION 审中-公开
标题翻译：用于染色体或基因拷贝的单链寡核苷酸探针
公开(公告)号：WO2015124702A1
公开(公告)日：2015-08-27
申请号：PCT/EP2015/053555
申请日：2015-02-20
申请人： VENTANA MEDICAL SYSTEMS, INC. , F. HOFFMANN-LA ROCHE AG
发明人： FARRELL, Michael , HUBBARD, Antony , JOHNSON, Donald , KELLY, Brian D. , SHINGLER, Taylor , TANG, Lei , ZHANG, Wenjun
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6841 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158 , C12Q2537/143 , C12Q2537/16 , C12Q2537/164
摘要： Single-stranded oligonucleotide probes, systems, kits and methods for chromosome enumeration, gene copy enumeration, or tissue diagnostics. The probes are particularly suited for detecting gene amplification, deletion, or rearrangement in tissue samples in a single, dual, or multiplexed assay. The probes exhibit improved performance compared to industry leading dual-stranded probes; particularly in terms of the rate of hybridization.
摘要翻译：用于染色体计数，基因拷贝计数或组织诊断的单链寡核苷酸探针，系统，试剂盒和方法。探针特别适用于单次，双重或多重测定中检测组织样品中的基因扩增，缺失或重排。与行业领先的双链探针相比，探针表现出改善的性能; 特别是在杂交速率方面。

6. 发明申请

WO2014189957A2 TRANSPOSITION INTO NATIVE CHROMATIN FOR PERSONAL EPIGENOMICS 审中-公开
标题翻译：作为个人染色体的原色染色体
公开(公告)号：WO2014189957A2
公开(公告)日：2014-11-27
申请号：PCT/US2014038825
申请日：2014-05-20
申请人： UNIV LELAND STANFORD JUNIOR
发明人： GIRESI PAUL , BUENROSTRO JASON D , CHANG HOWARD Y , GREENLEAF WILLIAM J
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6874 , C12Q1/6869 , C12Q2521/301 , C12Q2537/164
摘要： Provided herein is a method for analyzing polynucleotides such as genomic DNA. In certain embodiments, the method comprises: (a) treating chromatin isolated from a population of cells with an insertional enzyme complex to produce tagged fragments of genomic DNA; (b) sequencing a portion of the tagged fragments to produce a plurality of sequence reads; and (c) making an epigenetic map of a region of the genome of the cells by mapping information obtained from the sequence reads to the region. A kit for performing the method is also provided.
摘要翻译：本文提供了分析多核苷酸（例如基因组DNA）的方法。在某些实施方案中，所述方法包括：（a）用插入的酶复合物处理从细胞群分离的染色质，以产生基因组DNA的标记片段; （b）对标记片段的一部分进行测序以产生多个序列读数; 和（c）通过将从序列读取获得的信息映射到该区域来制作细胞基因组区域的表观遗传图谱。还提供了用于执行该方法的套件。

7. 发明申请

WO2014142228A1 メチルシトシン検出法审中-公开
标题翻译：甲基鸟苷检测方法
公开(公告)号：WO2014142228A1
公开(公告)日：2014-09-18
申请号：PCT/JP2014/056633
申请日：2014-03-13
申请人：独立行政法人産業技術総合研究所
发明人：栗田　僚二 , 柳澤　博幸 , 吉岡　恭子 , 丹羽　修
IPC分类号： C12N15/09 , C12Q1/44 , C12Q1/68 , G01N33/53
CPC分类号： C12Q1/683 , C12Q1/6804 , C12Q1/6827 , G01N33/5308 , G01N2440/12 , C12Q2537/164 , C12Q2521/307 , C12Q2563/131 , C12Q2565/501
摘要：　抗メチルシトシン抗体を用いたメチルシトシンの検出法を用いて、ゲノムDNAにおける特定のシトシンのメチル化を選択的に検出し、その定量性および信頼性を向上させる手法を提供する。　核酸中に含まれる特定の位置のシトシンのメチル化状態を検出する方法であって、　核酸を制限酵素により断片化する工程と、　該断片化核酸と、該断片化核酸とハイブリダイズするが、該断片化核酸内の特定の位置のシトシンとは塩基対を形成しない塩基配列及び固相結合部を有する１本鎖核酸との間で２本鎖核酸を形成させる工程と、　該２本鎖核酸を該固相結合部を用いて固相上に結合させる工程と、　該固相上で該２本鎖核酸への抗体の結合量を測定する工程、を有する方法。　これにより、測定対象のシトシン以外はすべてグアニンと塩基対を形成し、抗体により検出されないこととなり、長大なゲノムから測定対象の塩基配列部分の特定のシトシンのメチル化の有無を選択的に検出することが可能となる。
摘要翻译：提供了使用抗甲基胞嘧啶抗体检测甲基胞嘧啶的方法，其中选择性地检测基因组DNA甲基化中特异性胞嘧啶的甲基化，并提高其定量性质和可靠性。一种检测核酸包含的特定位置的胞嘧啶的甲基化状态的方法，所述方法包括：将所述核酸用限制酶片段化的步骤; 在片段化核酸与具有与片段化核酸杂交的固相键部分和碱基序列的单链核酸之间形成双链核酸但不形成碱基对的步骤在片段化核酸内的特定位置具有胞嘧啶; 使用固相键部分将双链核酸结合在固相上的步骤; 测定与固相上的双链核酸结合的抗体的量。作为该配置的结果，除了被测量的胞嘧啶外的所有物质都与鸟嘌呤形成碱基对，并且不被抗体检测，并且可以选择性地检测要测量的碱基序列的特异性胞嘧啶的甲基化来自大基因组。

8. 发明申请

WO2013136087A1 METHOD AND APPARATUS 审中-公开
标题翻译：方法和装置
公开(公告)号：WO2013136087A1
公开(公告)日：2013-09-19
申请号：PCT/GB2013/050661
申请日：2013-03-15
申请人： BASE4 INNOVATION LTD
发明人： FRAYLING, Cameron Alexander
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2522/101 , C12Q2537/164 , C12Q2565/631
摘要： A method for mapping the number and location of methylated CpG islands in a target nucleic acid comprises the steps of (1) translocating a target nucleic acid having detectable elements characteristic of the presence of methylated CpG islands therein through an analysing device comprising a nanopore and a detection window and (2) causing the detectable elements to be detected as they pass though the detection window. Typically the detectable elements are formed by selectively attaching one or more marker molecules to the methylated CpG islands e.g. by employing a fluorescently labelled methyl-CpG-binding protein. The data or signal obtained from the detection is suitably in the form of a distribution profile of the detectable elements, and therefore the methylated CpG islands along the length of the target nucleic acid and can be used to create a reference set of like distribution profiles against which new distributions can be compared. When the target nucleic acid is human DNA or RNA such comparisons enable valuable insights to be drawn about an individual's susceptibility to certain health conditions or the biochemical origins thereof especially cancer.
摘要翻译：用于映射目标核酸中甲基化CpG岛的数目和位置的方法包括以下步骤：（1）通过分析装置将具有特征在于甲基化CpG岛的特征的可检测元素的靶核酸易位，所述分析装置包括纳米孔和检测窗口和（2）使得可检测元件在通过检测窗口时被检测。通常，可检测元件通过选择性地将一个或多个标记分子附着到甲基化CpG岛而形成，例如，通过使用荧光标记的甲基CpG结合蛋白。从检测获得的数据或信号适当地是可检测元件的分布曲线的形式，因此沿着目标核酸的长度的甲基化CpG岛可以用于产生相对于哪些新发行版可以比较。当目标核酸是人类DNA或RNA时，比较可以得出关于个体对某些健康状况或其生化来源，特别是癌症的敏感性的有价值的见解。

9. 发明申请

WO2012149154A1 POLYNUCLEOTIDE PRIMERS AND PROBES 审中-公开
标题翻译：多核苷酸引物和探针
公开(公告)号：WO2012149154A1
公开(公告)日：2012-11-01
申请号：PCT/US2012/035206
申请日：2012-04-26
申请人： SWIFT BIOSCIENCES, INC. , MAKAROV, Vladimir , KURIHARA, Laurie , MISHRA, Anjali , CHUPRETA, Sergey, V.
发明人： MAKAROV, Vladimir , KURIHARA, Laurie , MISHRA, Anjali , CHUPRETA, Sergey, V.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q1/6818 , C12Q1/6827 , C12Q1/6853 , C12Q1/6858 , C12Q2525/301 , C12Q2537/143 , C12Q2537/164
摘要： The present disclosure provides a novel technology that involves improved primer design. These primer pairs have a wide range of applications and provide high sensitivity and specificity.
摘要翻译：本公开提供了一种涉及改进的底漆设计的新技术。这些引物对具有广泛的应用范围，提供高灵敏度和特异性。

10. 发明申请

WO2012138973A2 COMPOSITION AND METHODS RELATED TO MODIFICATION OF 5-METHYLCYTOSINE (5mC) 审中-公开
标题翻译：与5-甲基喹啉（5mC）相关的组合物和方法
公开(公告)号：WO2012138973A2
公开(公告)日：2012-10-11
申请号：PCT/US2012032489
申请日：2012-04-06
申请人： UNIV CHICAGO , HE CHUAN , ZHANG LIANG , SONG CHUNXIAO , YU MIAO
发明人： HE CHUAN , ZHANG LIANG , SONG CHUNXIAO , YU MIAO
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6827 , C12Q2521/531 , C12Q2537/164
摘要： The present invention relates to methods and compositions for detecting, evaluating, and/or mapping 5 -methyl-modified and/or 5-hydroxylmefhyl-modified cytosine bases within a nucleic acid molecule.
摘要翻译：本发明涉及用于检测，评估和/或测定核酸分子内的5-甲基修饰和/或5-羟甲基修饰的胞嘧啶碱基的方法和组合物。

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